1-й заместитель директора: Александр Васильевич Фомин (с 3.11.2007)
Заместители директора: Вячеслав Карлович Дзиркалн (с 12.12.2004), Михаил Владимирович Петухов (с 1.10.2005), Константин Николаевич Бирюлин (с 11.4.2008); Сергей Васильевич Цыганцев (с 8.4.2009)
Административное управление (с 2009): Борис Александрович Лавров (с 2009)
Управление делами: Игорь Викторович Фоменко (с 2008)
Первое управление по военно-техническому сотрудничеству с иностранными государствами: Вадим Владимирович Рукавице (с 2008)
Второе управление по военно-техническому сотрудничеству с иностранными государствами: Александр Юрьевич Скобельцын
Третье управление по военно-техническому сотрудничеству с иностранными государствами: Владимир Николаевич Дрожжов
Четвертое управление по военно-техническому сотрудничеству с иностранными государствами (с 2009): Дмитрий Владимирович Матвеев (с 2009)
Управление по работе с предприятиями ОПК и контролю за реализацией перспективных проектов (с 2009): Владимир Аркадьевич Артемьев (с 2009)
Управление разрешительного порядка ввоза (вывоза) продукции военного назначения: Александр Гаврилович Обельчак (с 2009)
Финансово-экономическое управление: Виктор Анатольевич Обложный
Управление защиты информации (с 2009): Александр Александрович Панкратов (с 2009)
Отдел кадров и государственной службы: Ольга Борисовна Чубук
Отдел правового обеспечения и по связям с органами государственной власти: Алексей Анатольевич Подольский
Федеральная служба по оборонному заказу (Рособоронзаказ)
Директор: Александр Петрович Сухоруков (с 24.5.2009)
1-й заместитель директора: генерал-лейтенант Сергей Иванович Шляев (с 21.9.2006)
Заместители директора: генерал-майор Владимир Борисович Муравник (с 23.2.2005); Игорь Федорович Голиков (с 19.6.2009)
Управление контроля ценообразования и использования финансовых средств по ГОЗ
Управление контроля ГОЗ в части ВВТ общего применения, авиационной техники, средств воздушно-космической обороны и вооружения, кораблей, морского ВВТ
Управление контроля ГОЗ в части ВВС, РВСН, КВ, связи и АСУ
Управление контроля ГОЗ в части тылового обеспечения
Управление контроля ГОЗ в части капитального строительства
Управление контроля состояния организаций ОПК и размещения ГОЗ
Правовое управление
Управление делами
Федеральная служба по техническому и экспортному контролю РФ (ФСТЭК РФ)
Директор: генерал-майор Сергей Иванович Григоров (с июля 2004)
1-й заместитель директора: Владимир Викторович Селин (с 10.6.2009)
Заместители директора: Сергей Фотиевич Якимов (с 21.10.2006), Александр Ефимович Гапонов, Владимир Михайлович Гладышев, Владимир Гаврилович Анисимов
Федеральное агентство специального строительства (Спецстрой РФ)
директор: генерал армии Николай Павлович Аброськин (с 9.4.2004)
1-й заместитель директора: генерал-лейтенант Алексей Николаевич Немков (с 2009)
заместитель директора — главный инженер: генерал-майор Александр Васильевич Ходос
заместитель директора по строительству объектов специального назначения: генерал-майор Василий Петрович Богомолов (с 2009)
заместитель директора по капитальному строительству и промышленности: генерал-лейтенант Владимир Владимирович Мирзоев
заместитель директора по специальному строительству:
Центральное производственно-распорядительное управление
Штаб
Управление экономики, финансов и бухгалтерского учета
Управление кадров и образования
Управление проектирования, капитального строительства и имущественных отношений
Управление подготовки производства
Управление организации договорной работы и ценообразования
Управление делами и защиты государственной тайны
Управление информации и связей с общественностью
Правовое управление
Контрольно-ревизионное управление
Отдел охраны труда и технических инспекций
Отдел дорожного строительства
МИНИСТЕРСТВО ЮСТИЦИИ РФ
Министр: Александр Владимирович Коновалов (с 12.5.2008)
1-й заместитель министра : Александр Вячеславович Фёдоров (с 13.1.2009)
Статс-секретарь — заместитель министра : Дмитрий Вячеславович Костенников (с 5.11.2008)
Заместители министра: Аллу Дадашевич Алханов (с 15.2.2007); Алексей Михайлович Величко (с 23.6.2008); Юрии Сергеевич Любимов (с 2.8.2009); Юрий Иванович Калинин (с 3.8.2009);
Уполномоченный РФ при Европейском суде по правам человека — заместитель министра: Георгий Олегович Матюшкин (с 5.8.2008)
Департамент законопроектной деятельности и регистрации ведомственных нормативных актов: Татьяна Николаевна Хомчик (с 2009)
Департамент организации и контроля: Вячеслав Петрович Васягин (с 2009)
Департамент нормативно-правового регулирования, анализа и контроля в сфере исполнения наказаний: Георгий Федорович Игнатович (с 2009)
Департамент государственной службы и кадров: Сергей Николаевич Болтков (с 2009)
Департамент международного права и сотрудничества: Аркадий Викторович Тонкоглас (с 2009)
Департамент конституционного законодательства: Василий Алексеевич Осипов (с 2009, и.о.)
Департамент экономического законодательства: Владимир Александрович Титов
Департамент гражданского и социального законодательства Лариса Ивановна Черкесова (с 2009)
Департамент управления делами (с 2008): Игорь Викторович Бреймаер (с нояб. 2009)
Департамент по делам некоммерческих организаций (с 2009): Жунус Аманжолович Джакупов (с 2009, и.о.)
Департамент по вопросам правовой помощи и взаимодействия с судебной системой: Виктор Викторович Карпов (с 2009)
Федеральное агентство по защите результатов интеллектуальной деятельности военного, специального и двойного назначения (ФАПРИД): Владимир Викторович Зубрин (с 17.7.2009)
Федеральная служба исполнения наказаний (ФСИН РФ)
Директор: Александр Александрович Реймер (с 3.8.2009)
1-й заместитель директора: генерал-лейтенант внутренней службы Эдуард Викторович Петрухин (с 9.7.2007)
Заместители директора: Василий Павлович Большаков (с 11.10.2009); Александр Александрович Смирнов (с 11.10.2009); Сергей Аркадьевич Румянцев (с 25.10.2009)
Управление кадров и профессионального образования: полковник Геннадий Михайлович Наржонков (с 14.12.2009)
Оперативное управление: Александр Иванович Щербаков (с 25.10.2009)
Организационно-инспекторское управление: Леонид Витальевич Беляев (с 11.11.2009)
Управление безопасности: полковник внутренней службы Сергей Юрьевич Смирнов (с 5.8.2008)
Управление охраны: полковник внутренней службы Александр Константинович Новиков (с 17.10.2005)
Управление следственных изоляторов центрального подчинения (с 2009)
Управление следственных изоляторов и тюрем: полковник Владислав Владимирович Цатуров (с 14.12.2009)
Управление исполнения наказаний, не связанных с лишением свободы (с 2009)
Управление трудовой адаптации осужденных: полковник внутренней службы
Управление конвоирования и спецперевозок: полковник внутренней службы Владимир Михайлович Репьев (с 3.9.2005)
Управление по работе с личным составом: полковник внутренней службы Борис Валентинович Гонцов (с 3.9.2005)
Управление социальной, психологической и воспитательной работы с осужденными: Валерий Юрьевич Трофимов (с 11.11.2009)
Управление капитального строительства: Сергей Николаевич Обух (с 11.11.2009)
Управление инженерно-технического обеспечения и вооружения: подполковник внутренней службы Дмитрий Вячеславович Бородулин (с 12.9.2008)
Медицинское управление (с 2008): полковник Владимир Викторович Троицкий (с 1.11.2008)
Финансово-экономическое управление: генерал-майор внутренней службы Юрий Юрьевич Кузнецов (с 3.9.2005)
Правовое управление: генерал-майор внутренней службы Олег Вадимович Филимонов (с 3.9.2005)
Главная бухгалтерия (с 2009)
Управление ресурсного обеспечения: генерал-майор внутренней службы Олег Григорьевич Царьков (с 3.9.2005)
Управление исполнения приговоров и специального учета: полковник Сергей Анатольевич Есипов (с 14.12.2009)
Управление тылового обеспечения: подполковник Андрей Александрович Бертрам (с 12.1.2010)
Подразделения, непосредственного подчиненные ФСИН РФ
Управление оперативно-технических и поисковых мероприятий
Центр жилищно-коммунального хозяйства
Управление строительства
Главный центр инженерно-технического обеспечения
Следственные изоляторы центрального подчинения