Заместители руководителя : Геннадий Петрович Пилипенко (с 28.8.2008), Евгений Леонидович Писаревский (с 28.8.2008); Александр Васильевич Радьков (с 16.1.2009)
Управление анализа, прогнозирования и организации гостиничной и туристической деятельности: Андрей Григорьевич Тютюник (с 2008)
Правовое управление: Изо Вениевна Арахамия (с 2008)
Управление международного сотрудничества: Валерий Алексеевич Коровкин (с 2009)
Управление развития внутреннего туризма и государственных туристических проектов: Александр Александрович Сирченко (с 2008)
Управление делами: Ирина Васильевна Ярцева (с 2008)
МИНИСТЕРСТВО ТРАНСПОРТА РФ
Министр : Игорь Евгеньевич Левитин (с 20.5.2004)
Статс-секретарь — заместитель министра : Сергей Алексеевич Аристов (с 26.11.2005)
Заместители министра: Андрей Николаевич Недосеков (с 29.12.2007); Олег Валентинович Белозеров (с 17.3.2009); Валерий Михайлович Окулов (с 1.4.2009); Николай Сергеевич Лямов (с 7.7.2009); Виктор Александрович Олерский (с 30.7.2009)
Департамент государственной политики в области гражданской авиации: Владимир Тасун (с 28.12.2007)
Департамент государственной политики в области дорожного хозяйства: Сергей Васильевич Костин (с 14.5.2009)
Департамент государственной политики в области автомобильного и городского пассажирского транспорта (с 2009): Олег Игоревич Старовойтов (с 2009)
Департамент государственной политики в области железнодорожного транспорта: Александр Болотский (с 26.11.2007)
Департамент государственной политики в области морского и речного транспорта: Алексей Юрьевич Клявин (с 2009)
Департамент международного сотрудничества: Александр Алексеевич Андреев (с 2009)
Департамент правового обеспечения и законопроектной деятельности: Алексей Александрович Дружинин (с 20.3.2008)
Департамент программ развития: Алексей Константинович Семенов (с 10.11.2009)
Департамент имущественных отношений и территориального планирования: Александр Васильевич Тихонов
Административный департамент: А.В. Крылов
Департамент транспортной безопасности и специальных программ: Геннадий Аркадьевич Денисюк (с 17.1.2008)
Департамент экономики и финансов: Татьяна Владимировна Горбачик
Федеральная служба по надзору в сфере транспорта (Ространснадзор)
Руководитель : Геннадий Кульмич Курзенков (с 14.12.2009)
Заместители руководителя : Александр Иванович Касьянов (с 1.6.2006), Владимир Алексеевич Попов (с 17.1.2006), Михаил Юрьевич Суров (с 17.11.2008); Андрей Викторович Жуков (c 17.8.2009)
Управление государственного надзора за деятельностью гражданской авиации (Госавианадзор): Виктор Владимирович Кононенко
Управление государственного автомобильного и дорожного надзора (Госавтодорнадзор): Андрей Геннадьевич Соколов (с 2009)
Управление государственного железнодорожного надзора (Госжелдорнадзор): Георгий Борисович Якимов
Управление государственного морского и речного надзора (Госморречнадзор): Петр Михайлович Ермолаев
Управление транспортной безопасности: Александр Николаевич Свешников
Управление государственной службы, кадров и специальных программ: Владимир Федорович Гришечкин (с 2009)
Финансовое управление: Петр Лаврентьевич Лаврентьев
Управление правового и документального обеспечения: Александра Александровна Новик
Федеральное агентство воздушного транспорта (Росавиация)
Руководитель : Александр Васильевич Нерадько (с 14.12.2009)
Заместитель руководителя: Олег Олегович Клим; Владимир Иванович Дмитриев; Константин Анатольевич Махов (с 12.11.2008)
Управление воздушных перевозок: Алексей Русланович Кошкин
Управление аэропортной деятельности: Анатолий Александрович Пчелин (с 2009)
Управление финансов, бухгалтерского учета и отчетности: Виктория Викторовна Шаромова (с 2009)
Управление государственной службы, кадров и документального обеспечения: Вадим Леонидович Филиппов (с 2009)
Управление имущественных отношений, земельного фонда и правового обеспечения: Александр Сергеевич Ядренников (с 2009)
Управление летных стандартов: Владимир Владиславович Солдатов
Управление поддержания летной годности гражданских воздушных судов: Юрий Иванович Евдокимов (с 2008)
Управление экмплуатационной инспекции: Андрей Владимирович Борисов (с 2009)
Управление транспортной безопасности: Игорь Николаевич Петров (с 2009)
Федеральное дорожное агентство (Росавтодор)
Руководитель : Анатолий Михайлович Чабунин (с 17.3.2009)
Заместители руководителя : Сергей Евгеньевич Полещук (с 22.12.2004); Евгений Иванович Дитрих (с 31.12.2004); Николай Викторович Быстров (с 16.2.2009); Иннокентий Сергеевич Алафинов (с 7.4.2009)
Управление экономики и планирования: Татьяна Митрофановна Кущенко (с 2008)
Управление строительства и проектирования автомобильных дорог: Сергей Юрьевич Потапов
Управление эксплуатации и сохранности автомобильных дорог: Игорь Георгиевич Астахов (с 2009)
Управление научно-технических исследований, информационного обеспечения и ценообразования: Владимир Аркадьевич Попов (с 12.2.2009)
Управление имущества и правового обеспечения: Александр Анатольевич Каменцев (с 2008)
Управление делами: Андрей Евгеньевич Солодков (с 2009)
Управление кадров и организационного развития: Николай Иванович Бурносов
Финансовое управление: Татьяна Александровна Галкина
Управление платных автомобильных дорог и инвестиционных проектов: Игорь Владимирович Муравицкий (с 2009)
Управление транспортной безопасности (с 2009); Борис Борисович Суворов (с 2009)
Федеральное агентство железнодорожного транспорта (Росжелдор)
Руководитель : Геннадий Петрович Петраков (с 25.8.2008)
Заместители руководителя : Алан Валерьевич Лушников (с июля 2006); Леонид Игоревич Бершанский (с 11.2.2009); Владимир Юрьевич Чепец (с 2009)
Управление инфраструктуры и перевозок: Владимир Михайлович Кисляков
Управление экономики и финансов: Мария Робертовна Винтер
Управление учебных заведений и правового обеспечения: Александр Юрьевич Панычев (с 2009)
Административно-кадровое управление: Андрей Михайлович Беспалов
Управление транспортной безопасности: Михаил Валентинович Теканов (с 2009)
Федеральное агентство морского и речного транспорта
Руководитель : Александр Александрович Давыденко (с 3.9.2005)
Заместители руководителя : Олег Юнусович Шахмарданов (с 9.4.2008); Юрий Владимирович Парфенов (с 15.4.2009); Игорь Евгеньевич Захаров (с 16.4.2008)
Управление инвестиций и программ развития: Вячеслав Владимирович Гаврилов
Управление обеспечения судоходства: Александр Николаевич Ольшевский
Управление внутреннего водного транспорта: Константин Леонардович Смирнов (с 2009)
Управление экономики и государственного имущества: Серафима Михайловна Моисеева
Управление финансирования и бухгалтерского учета: Сергей Горелик (с 2009)
Организационно-правовое управление: Александр Алексеевич Самсонов
МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РФ
Министр : Алексей Леонидович Кудрин (с 9.3.2004)
Заместители министра : Антон Германович Силуанов (с 12.12.2005), Сергей Анатольевич Сторчак (с нояб. 2005), Татьяна Геннадьевна Нестеренко (с 28.9.2007), Дмитрий Владимирович Панкин (с 23.1.2008), Оксана Александровна Сергиенко (с 25.9.2008), Александр Валентинович Новак (с 29.9.2008), Алексей Львович Саватюгин (с 13.1.2010)
Статс-секретарь — заместитель министра : Сергей Дмитриевич Шаталов (с нояб. 2005)
Административный департамент: Александр Алиханович Ахполов
Департамент управления делами и контроля: Андрей Александрович Афанасьев
Департамент бюджетной политики и методологии: Алексей Михайлович Лавров
Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики: Илья Вячеславович Трунин
Департамент государственного долга и государственных активов: Константин Владимирович Вышковский
Департамент финансовой политики: Сергей Владимирович Барсуков (с янв. 2010)
Департамент межбюджетных отношений: Лариса Александровна Ерошкина (с марта 2009)
Департамент регулирования государственного финансового контроля, аудиторской деятельности, бухгалтерского учета и отчетности: Леонид Зиновьевич Шнейдман
Правовой департамент: Светлана Викторовна Ячевская (с нояб. 2008)
Департамент бюджетной политики в отраслях экономики: Игорь Робертович Кузин (с марта 2009)
Департамент бюджетной политики в сфере государственной военной и правоохранительной службы и государственного оборонного заказа: Алексей Александрович Каульбарс (с сент. 2009)