Финансовое управление: Евгений Александрович Боднар
Управление государственной службы: Екатерина Викторовна Белоусова (с 2009)
Управление административной реформы и контроля платных государственных услуг: Людмила Викторовна Солонцова (с 2009)
Управление делами: Павел Викторович Заборщиков
Управление контроля размещения государственного заказа: Михаил Яковлевич Евраев
Управление контроля социальной сферы и торговли: Тимофей Витальевич Нижегородцев
Управление контроля иностранных инвестиций: Светлана Афанасьевна Левченко
Управление контроля электроэнергетики: Виталий Геннадьевич Королев
Управление по борьбе с картелями: Александр Юрьевич Кинёв
Управление контроля органов власти (с 2009): Людмила Викторовна Солонцова (с 2009)
ФЕДЕРАЛЬНАЯ ТАМОЖЕННАЯ СЛУЖБА
Руководитель: Андрей Юрьевич Бельянинов (с 12.5.2006)
1-й заместитель руководителя : Владимир Михайлович Малинин (с 2007)
Статс-секретарь — заместитель руководителя : Константин Леонтьевич Чайка (с 24.12.2008)
Заместители руководителя : Татьяна Николаевна Голендеева (с 10.9.2004); Сергей Олегович Шохин (с 24.12.2008)
Главное организационно-инспекторское управление: Сергей Викторович Лобанов
Главное управление информационных технологий: генерал-майор Алексей Евгеньевич Шашаев
Главное управление организации таможенного оформления и таможенного контроля: Дмитрий Викторович Некрасов
Главное управление по борьбе с контрабандой: Александр Викторович Иванов
Главное управление тылового обеспечения: Сергей Григорьевич Комличенко
Главное управление федеральных таможенных доходов и тарифного регулирования: Борис Валерьевич Шкуркин
Главное финансово-экономическое управление: Алексей Владимирович Авдонин
Управление таможенных расследований и дознания: генерал-лейтенант Александр Петрович Кизлык
Правовое управление: Андрей Борисович Струков
Управление торговых ограничений, валютного и экспортного контроля: Петр Анатольевич Бакланов
Управление делами: Андрей Иванович Свечников
Управление государственной службы и кадров: Геннадий Лаврентьевич Кириллов
Контрольно-ревизионное управление: Наталья Ивановна Тарасенкова
Управление по связям с общественностью: Александр Валентинович Смеляков
Управление собственной безопасности: Вадим Николаевич Кузьмин (с 2009)
Управление таможенной инспекции: Олег Викторович Грачев
Управление таможенного сотрудничества: Сергей Александрович Коноваленко
Управление таможенной статистики и анализа: генерал-майор Владимир Алексеевич Терехов
Региональное таможенное управление организации силового обеспечения: Виктор Вениаминович Белов
Управление правового обеспечения законопроектной деятельности: Эдуард Аскерович Нехай (с 2009)
Управление товарной номенклатуры: Владимир Кузьмич Катушенок
Аналитическое управление: Владимир Владимирович Ивин
ФЕДЕРАЛЬНАЯ СЛУЖБА ПО ТАРИФАМ (ФСТ)
Руководитель : Сергей Геннадьевич Новиков (с 15.3.2004)
Заместители руководителя : Дмитрий Александрович Сальков (с 18.6.2004); Николай Григорьевич Бакаев (с февр. 2007); Елена Валентиновна Помчалова (с 15.6.2009); Тамара Ивановна Стебунова (с 19.1.2010)
Управление делами: Юрий Витальевич Петрушин
Управление регионального мониторинга: Станислав Эдмондович Бржезянский
Управление регулирования и контроля за ценообразованием в электроэнергетической отрасли: Максим Борисович Егоров (и.о. с 2009)
Управление регулирования газовой и нефтяной отраслей: Денис Игоревич Волков
Управление регулирования транспорта: Виктор Владимирович Квитко
Управление по регулированию деятельности естественных монополий в области связи: Галина Михайловна Жигульская
Управление информационного развития и технологий: Александр Дмитриевич Бибиков
Управление планирования и экономического анализа: Павел Александрович Горкин
Управление регулирования в сфере жилищно-коммунального комплекса: Юрий Валерьевич Сердечкин
Управление по регулированию цен на продукцию оборонного комплекса и социально значимые товары и услуги: Игорь Владимирович Бодягин
Юридическое управление: Иван Георгиевич Степаненко (с 2009)
Контрольно-ревизионное управление: Алексей Владимирович Малоземов
ФЕДЕРАЛЬНАЯ СЛУЖБА ПО ФИНАНСОВОМУ МОНИТОРИНГУ (Росинформмониторинг)
Руководитель : Юрий Анатольевич Чиханчин (с 24.5.2008)
1-й заместитель руководителя: Юрий Федорович Короткий (с 6.6.2008)
Статс-секретарь — заместитель руководителя : Николай Николаевич Варламов (с 19.11.2008)
Заместители руководителя : Дмитрий Германович Скобелкин (с июля 2004), Александр Михайлович Спиридонов (с июля 2004), Александр Семенович Клименченок (с 9.11.2007)
Управление делами и кадров
Информационно-технологическое управление
Управление безопасности и защиты информации
Управление анализа и координации деятельности
Управление по противодействию финансированию терроризма
Управление финансовых расследований
Управление организации надзорной деятельности
Управление международных связей
Юридическое управление
Административно-финансовое управление
ФЕДЕРАЛЬНАЯ СЛУЖБА ПО ФИНАНСОВЫМ РЫНКАМ (ФСФР)
Руководитель : Владимир Дмитриевич Миловидов (с 9.5.2007)
Заместители руководителя : Бембя Викторович Хулхачиев (с июня 2004), Сергей Константинович Харламов (с 12.5.2004), Александр Юрьевич Синенко (с 25.12.2007), Елена Игоревна Курицына (с 8.11.2007)
Управление регулирования и контроля над коллективными инвестициями
Управление регулирования деятельности участников финансового рынка
Управление развития регулирования на финансовом рынке
Управление эмиссии ценных бумаг
Управление организации и проведения надзорных мероприятий на рынке ценных бумаг
Управление информации и мониторинга финансового рынка
Правовое управление
Управление делами и архива
Управление экономики, финансов и бухгалтерского учета
Управление административно-технического обеспечения
ФЕДЕРАЛЬНОЕ КОСМИЧЕСКОЕ АГЕНТСТВО (Роскосмос)
Руководитель : Анатолий Николаевич Перминов (с 12.3.2004)
Заместитель руководителя — статс-секретарь: Виталий Анатольевич Давыдов (с 21.2.2008)
Заместители руководителя : Виктор Петрович Ремишевский (с июля 2004); Сергей Алексеевич Пономарев (с 21.2.2008); Сергей Валентинович Савельев (с 19.11.2008); Анатолий Евгеньевич Шилов (с 4.3.2009)
Сводное управление организации космической деятельности: Юрий Николаевич Макаров (с 2008)
Управление пилотируемых программ: Алексей Борисович Краснов
Управление автоматических космических комплексов и систем управления:
Управление космических систем навигации, связи и наземных комплексов управления: Сергей Олегович Владимиров (с 2009)
Управление по боевой ракетной технике: Сергей Николаевич Шевченко
Управление средств выведения, наземной космической инфраструктуры и кооперационных связей: Александр Николаевич Чулков
Управление по космодрому Байконур:
Управление делами: Владимир Леонтьевич Комаров
Управление обеспечения реализации программ и бухгалтерского учета: Андрей Анатольевич Панкратов
Управление международного сотрудничества: Алексей Михайлович Коростелёв
Управление кадров и безопасности: Сергей Петрович Панасюк
ФЕДЕРАЛЬНОЕ АГЕНТСТВО ПО ПОСТАВКАМ ВООРУЖЕНИЙ, ВОЕННОЙ, СПЕЦИАЛЬНОЙ ТЕХНИКИ И МАТЕРИАЛЬНЫХ СРЕДСТВ РФ (ФАПВ РФ)
Образовано Указом Президента РФ от 5.2.2007; начало деятельности определено с 1.1.2008.
Руководитель : Виктор Васильевич Черкесов (с 12.5.2008)
Заместитель руководителя : Дмитрий Владимирович Коноплёв (с 18.4.2008); Владимир Николаевич Цыбин (с 24.4.2008)
ФЕДЕРАЛЬНОЕ АГЕНТСТВО ПО ОБУСТРОЙСТВУ ГОСУДАРСТВЕННОЙ ГРАНИЦЫ РФ (Росграница)
Создано 11.10.2007.
Руководитель : Дмитрий Александрович Безделов (с 5.8.2008)
Заместитель руководителя — статс-секретарь : Владимир Иванович Гончаров (с 10.9.2008)
Заместитель руководителя : Виктор Николаевич Ельцов (с 17.3.2008); Юрий Викторович Бородин (с 29.9.2008); Юрий Алексеевич Мальцев (с 15.5.2009); Виктор Николаевич Зотов (с окт. 2009)
Организационно-контрольное управление
Управление делами и делопроизводства
Управление государственной политики в сфере обустройства государственной границы
