Сержанты и солдаты-специалисты (механики-водители танков, БМП, водители БТР, наводчики-операторы и т. п.) до направления в Афганистан также проходили соответствующую подготовку в учебных частях на территории СССР. Сержантский состав и специалисты готовились в учебных частях, расположенных в основном на территории Туркестанского военного округа. Некоторые категории специалистов готовились в учебных частях других военных округов. Качество готовившихся специалистов определялось соответствующими директивами Главнокомандующего Сухопутных войск с таким расчетом, чтобы обеспечить смену увольнявшихся в запас и выбывших из строя военнослужащих, а также создание резерва подготовленных специалистов, которые содержались в 40-й армии сверх штата. Аналогичным образом определялось и количество военнослужащих, проходивших подготовку в линейных частях военных округов (водителей, гранатометчиков, пулеметчиков, снайперов и других). До весны 1987 г. продолжительность этой подготовки составляла три месяца, а с весны 1987 г. и позже — 5,5 месяца.
С прибытием военнослужащих в Афганистан осуществлялась непосредственная их подготовка к выполнению функциональных обязанностей в боевой обстановке, которая продолжалась в течение всего времени пребывания офицеров, прапорщиков, сержантов и солдат в составе 40-й армии. Она проходила в рамках командирской плановой боевой и политической подготовки войск.
Командирская подготовка охватывала все категории офицеров и сержантов. Она строилась исходя из особенностей боевых действий в сложных условиях горно-пустынной местности и опыта предыдущих операций и боев. Ее основные усилия сосредоточивались на выработке у командиров твердых навыков в организации боя, в управлении штатными и приданными силами и средствами, а также на развитии их инициативы, творчества и способности самостоятельно решать различные боевые задачи. Командирская подготовка проводилась в перерывах между боевыми действиями в дни, свободные от несения боевого дежурства и выполнения различных хозяйственных задач. В 1981–1981 гг. она осуществлялась на основе программ командирской подготовки, разработанных применительно для мирного времени. Однако уже первые годы пребывания советских войск в Афганистане показали несоответствие этих программ условиям боевой деятельности. Выявилось, что большинство из них были сориентированы на подготовку военных специалистов, необходимых для ведения классических боевых действий с равнозначным противником, а не со специфическим врагом в условиях партизанской войны. Применение этих программ в Афганистане не позволяло быстро отказываться от выработанных годами стереотипов тактического мышления и приспосабливаться к совершенно новым, необычным условиям боевой обстановки.
По мере приобретения боевого опыта стали происходить и значительные изменения в планировании и проведении подготовки командного состава в целях ее улучшения. Большая работа была проделана оперативным отделом 40-й армии и оперативными отделениями соединений. В результате к началу 1982 г. в войска поступила новая программа подготовки офицеров, которая учла недостатки предыдущей и была более приспособлена к условиям боевой деятельности частей и подразделений в сложной, быстро меняющейся обстановке. Основное внимание в ней уделялось выработке практических навыков и умений в организации боевых действий; в управлении силами и средствами подчиненных, приданных и поддерживающих частей и подразделений в бою; овладению приемами и способами вооруженной борьбы в сложных условиях горно-пустынной местности со специфическим противником: внедрению положительного боевого опыта; развитию инициативы, военной хитрости, способности пойти на разумный риск; формированию высоких морально-боевых качеств всего личного состава. Такой подход к обучению позволял более целенаправленно готовить офицерский и сержантский состав к предстоящим боевым действиям.
Специфика повседневной деятельности советских войск в Афганистане заставляла вырабатывать особые подходы к вопросам планирования командирской подготовки. В первую очередь это относилось к периодичности планирования; составу учебных групп, организации учебного процесса, выбору наиболее рациональных форм и методов проведения занятий.
Командирская подготовка офицеров в соединениях и частях планировалась на учебный год, в батальонах (дивизионах) — на каждый период обучения, а в ротах (батареях) — на месяц. Существовали определенные особенности при комплектовании учебных групп. Допускалось проведение занятий смешанных категорий — командиров батальонов и рот, рот и взводов. Иногда имело место объединение офицерских и сержантских групп в один учебный коллектив. Это обычно применялось при ограничении срока подготовки к предстоящим боевым действиям. На командирские занятия кроме общевойсковых офицеров привлекались также командиры приданных подразделений, авиационные и артиллерийские наводчики, а также начальники групп боевого управления и представители авиационных частей и подразделений. Это позволяло уже в рамках проведения командирских занятий намечать и отрабатывать ряд вопросов взаимодействия применительно к условиям выполнения предстоящей боевой задачи.
Немало было особенностей и при самой организации учебного процесса. Если в мирное время командирские занятия проводились в специально отведенные для этого дни ежемесячно (кроме месяцев проведения командирских сборов и ротных тактических учений с боевой стрельбой), то в боевой обстановке Афганистана подготовка офицеров, прапорщиков и сержантов осуществлялась в рамках семидневной, а после 1985 г. — двенадцатидневной программы. В этот период командирские занятия (по два с командирами батальонов, рот, взводов) предусматривалось проводить по тактике, разведывательной, огневой, технической, инженерной подготовке, практическому вождению боевых машин. Затем аналогичные занятия проводились с прапорщиками и сержантами. В дальнейшем офицеры получали практику в работе на средствах связи в ходе радиотренировок и командно-штабных учений. Завершалась подготовка тактическими учениями, где командный состав закреплял полученные навыки, получал практику управления боем.
При определении форм и методов командирских занятий исходили из реальных сроков подготовки к различным видам боевых действий. Так, при подготовке к плановой операции командиры и штабы располагали, как правило, 5-10 сутками, к неплановой — 3–5 сутками. При подготовке к засадным действиям и сопровождению колонн им выделялось всего 2–3 суток. Исходя из крайне ограниченного времени, на занятиях главный упор делался на отработку вопросов управления боем. При этом преобладающими формами обучения были групповые упражнения и тактические летучки. Значительно реже проводились лекции, семинары, инструкторско-методические занятия. Основными методами обучения являлись: рассказ, объяснение, показ и упражнение (тренировки). Особое место отводилось практической работе. Такой подход к обучению командиров в ограниченные сроки позволял более эффективно осваивать им то новое и особенное, что было необходимо для проведения конкретных боевых действий.
В период, когда боевые действия не проводились, командирская подготовка осуществлялась на командных занятиях и сборах. Занятия проводились ежемесячно. На них главное внимание уделялось обобщению и внедрению текущего боевого опыта. Сборы проводились один раз в полгода. На них более глубоко изучались недостатки боевой практики, определялись и отрабатывались приемы их ликвидации.
Тематика проводимых занятий, как правило, ориентировалась на характер предстоящих боевых действий. Командиры всех степеней занимались на фоне единой тактической обстановки. Подготовка осуществлялась с учетом задачи подразделения в предстоящем бою. На занятия наряду с общевойсковыми офицерами привлекались представители приданных и поддерживающих частей и подразделений. Это позволяло лучше отработать вопросы взаимодействия и управления.
Исключительно важная роль в деле обучения и воспитания командных кадров 40-й армии отводилась разборам боевых действий. Они проводились: в соединениях и частях — ежемесячно, а при необходимости — сразу же после завершения боя; в батальоне — роте — после каждого боя в трехдневный срок по возвращении в места постоянной дислокации; в более мелких подразделениях — сразу же после завершения боя. На разборе детально анализировалась тактическая обстановка и оценивались действия каждого командира и подразделения при выполнении боевой задачи.
Не менее серьезной была подготовка рядового состава. До прибытия в Афганистан все воины проходили двухмесячную подготовку в соединениях Туркестанского и Среднеазиатского военных округов. Она была направлена на адаптацию человека к сложным климатическим условиям горно-пустынной местности, а также на повышение профессиональных навыков и морально-психологической закалки молодого поколения. По прибытии в Афганистан все военнослужащие проходили дополнительную подготовку в течение одного-двух месяцев в части и лишь после этого включались в боевую жизнь своего подразделения.