Пинский и Хельмский, знатнейшее духовенство киевское и почетное братство лаврское письменно изъявили на то свое согласие. Как велика была ревность к святому делу в Лавре доказывает подпись одного из числа братии ее, Антония Мужиловского, который подписался так: «Антоний Мужиловский, иеромонах и старец монастыря Печерского, притом кровь свою пролить готов».
Однако же вскоре по прошению главных сословий: православного духовенства, войска казацкого и обывателей города Киева – Петр Могила решился соединить свое вновь заводимое училище с Богоявленским. Причиной такой перемены, с одной стороны, было опасение, чтобы училище Богоявленское совсем не упало, имея столь значительного соперника в училище лаврском, у которого были лучшие наставники, с другой, быть может, и желание самого Петра скорее достигнуть цели трудов своих, так как в училище братском воспитанники уже были готовы для высшего образования, тогда как в Лавре надлежало бы еще приготовлять их. Петр Могила удержал за собой звание старшего брата в Богоявленском братстве, опекуна, смотрителя и защитника в братском училище. Таким образом давнее желание его исполнилось: круг образования духовного был расширен и приняты в преподавании наук лучшие методы, какие существовали тогда в иностранных училищах.
На сейме 1632 года, бывшем по смерти короля Сизигмунда и избравшем на престол польский сына его Владислава, знаменитый архимандрит Печерский был в числе депутатов от Малороссии. При усиленных стараниях его и православных его сотоварищей в первый раз после водворения унии было торжественно признано правительством существование православной митрополии и четырех епархий. Тогда же положено: 1) быть двум митрополитам, униатскому и благочестивому (т. е. православному); 2) в Полоцкой епархии быть двум епископам и благочестивому иметь пребывание в Могилеве; 3) в епархиях Перемышльской и Львовской всегда быть благочестивым епископам; 4) Луцкую епископию уступить им же; 5) благочестивым свободно относиться к священникам и епископам, хотя бы другой епархии. Возвратить им несколько монастырей и храмов, отнятых униатами. Жарко спорили ляхи и униаты, не допуская внести сей акт в актовые книги; но успели только в том, что исполнение его отложено до времени. На сейме коронационном (13 февраля 1633 г.) Владислав возобновил акт, предоставлявший свободу православным, и присягнул в охранении безопасности Православия. Тогда же вся Речь Посполитая подтвердила диплом, выданный королем.
В то же время все православные, бывшие на сейме, единодушно избрали в сан митрополита Киевского Петра Могилу. Ему хорошо было известно, что иезуиты и униаты не отдадут беспрекословно того, что они уже привыкли считать своей собственностью, что с ними надо будет действовать энергично. С другой стороны, он видел, что жезл киевской иерархии в дряхлых уже руках, что старец Исаия не выдержит ожидаемого напора со стороны врагов Церкви Восточной; поставляя все это на вид православным, собравшимся на сейм, он не стал отказываться от единодушного избрания, несмотря на то, что Исаия был еще жив. Петр не мог не видеть, что оказывается как бы неблагодарным к своему ближайшему благодетелю, что дело это может лечь пятном на достославную его память: но, имея целью умиротворение страждущей Церкви и оборону ее от врагов, он решился пожертвовать своей личной безукоризненностью и принял жезл архипастырский 4.
Получив королевское утверждение и испросив благословение патриарха Цареградского, Петр Могила вызвал во Львов Валашского митрополита с епископами и принял от него посвящение (28 апреля 1633 г.). После того он снова воротился в Краков и присутствовал при коронации короля Владислава IV, последовавшей 6 февраля того же года. Во время торжеств и церемоний Могила не терял из виду своего возлюбленного учителя. Испросив себе позволение и в сане митрополита оставаться архимандритом Киево-Печерской Лавры, а также и Никольского монастыря блюстителем, Могила начал ходатайствовать о дозволении преобразовать Киево-братские Богоявленские школы в Православную академию. Но сколь легко достиг он утверждения первой своей просьбы, столь же трудно было ему отстоять последнее требование. Особенно неприятно это было католическому и униатскому духовенству: оно ясно видело, что заведением первоклассного училища готовится неизбежный подрыв всему тому, что воздвигали они столько лет и с такими неприятностями и трудами. Некоторые из значительнейших чинов сейма решительно отвергли просьбу Петра Могилы: но когда Владислав IV по неотступному его ходатайству изъявил твердую свою волю о преобразовании Киево-братского училища, тогда заспорили о переименовании его в академию. Могила уже не счел нужным гнаться за именем, когда самое дело было сделано, и получил желаемую привилегию на образование «коллегии», в которой введено было пространное преподавание философии и богословия.
Первопрестольный город Православия в России, после многократного разорения монголами и литовцами надолго оставленный своими митрополитами, во время Петра Могилы имел не более десяти или двенадцати церквей православных. Софийский кафедральный храм или монастырь, со времени унии принадлежавший униатским митрополитам, был в запустении. Петр Могила, возвратив его в свое ведение, первое старание употребил на восстановление этого священного памятника благочестия Ярославова если не в прежнем величии, но по крайней мере в достойном его благолепии. Не укрылись от его благочестивой попечительности и другие памятники древней святыни. Он возобновил древний храм Спаса в Берестове, восстановил монастырь Выдубицкий, начал возобновлять и церковь Десятинную, под развалинами которой обрел священные останки святого великого князя Владимира. Такими услугами святитель Петр засвидетельствовал не только свое благочестие, но и глубокое сочувствие ко всему древнерусскому. Заботясь об удовлетворении главнейших потребностей своей паствы, Петр Могила обратил внимание и на издание церковных книг. Он требовал, чтобы никакие церковные книги не выходили вновь без сличения с греческими, и сам трудился над их пересмотром и исправлением. Этим благовременным распоряжением он устранил от своей Церкви те смуты, какие произошли в Церкви Великороссийской от первых неисправных изданий, выходивших более полстолетия. Еще будучи архимандритом Лавры, Петр Могила вместе с собором малороссийских епископов занимался пересмотром Служебника. После того он трудился над приготовлением к изданию Цветной Триоди и особенно Потребника. Этот последний труд, кроме своей обширности, важен и по тем наставлениям, какие предлагаются для священнодействующего о существе и образе совершения Святых Таинств.
Особенное защищение православной веры и Богослужения обнаружено было Петром Могилой против сочинения бывшего ректора киевского училища, потом архимандрита Дубенского, Кассиана Саковича, который сперва обратился в унию, а после совсем перешел в Римскую Церковь. Этот отступник Православия издал книгу, исполненную самой злобной клеветы против своих прежних единоверцев – православных и униатов, в которой особенно нападал на Богослужение и обряды Православной Церкви, оставшиеся и у униатов по большей части неприкосновенными, и обвинял православных в усвоении себе реформаторских мнений. При таком нападении на Православие ревностный архипастырь не мог оставаться безответным. Он издал опровержение на клеветы Кассиана, в книге
