Для истории Москвы и Кремля особенно важен тот факт, что, получив ярлык, Иван Калита не переехал в стольный Владимир, как делали другие князья, а остался в Москве, расширял своё княжество, подчиняя и покупая другие земли и города. При нём из Владимира в Москву переехал глава русской церкви — митрополит Пётр, авторитет которого был исключительно высок.
В связи с этим изменил своё значение и Московский Кремль. Из обычного укреплённого центра города он стал резиденцией великого князя и митрополита. На его территории стали возводить сооружения не только из дерева, но и из белого камня. На самой высокой точке Боровицкого холма в 1326–1327 годах был построен Успенский собор — главный храм княжества, в 1329 году — церковь-колокольня Иоанна Лествичника, в 1330 году — собор Спаса на Бору, а в 1333 году — собор Архангела Михаила, в котором был похоронен Иван Калита и его потомки. Эти первые белокаменные храмы Москвы определили пространственную композицию центра Кремля, которая в основных чертах сохраняется и сегодня.
При Иване Калите Москва активно растёт, а его резиденция на Боровицком холме начинает осознаваться как отдельная, главная часть города. И, видимо, неслучайно в Воскресенской летописи под 1331 годом впервые появляется её собственное имя — Кремль.
В 1339–1340 годах Иван Калита возвёл из дубовых брёвен новую, более значительную по размеру крепость «в едином дубу», то есть только из дуба. Воскресенская летопись отмечает очень быстрое окончание строительства: в ноябре заложили и «кончаша тое же зимы на весну в великое говение». Известно, что Кремль был расширен в напольную сторону (в сторону современной Красной площади).
Умирая, Калита составил духовную грамоту (завещание). Он передавал своим сыновьям не только московские земли, но и символы власти Руси того времени — золотые цепи и пояса, а также драгоценную посуду и княжеские одежды. Среди них впервые упомянута и «шапка золотая», которую отождествляют со знаменитой шапкой Мономаха — главным венцом русских государей. Так в первой половине XIV века в Кремле начала формироваться сокровищница московских великих князей.
Политика Калиты была продолжена его потомками. Особых успехов она достигла в годы правления его внука — Дмитрия Донского.
Стены, окружённые естественной водной преградой и рвом со стороны Красной площади, по мнению исследователей, были высокие и зубчатые, между зубцами ставились заборола, то есть деревянные ставни. Вероятно, белокаменный Кремль имел 8 или 9 башен и 5 из них были проездные. Причём три проездные башни вели в сторону Красной площади.
Территория Кремля была ещё увеличена за счёт напольной части холма и особенно — за счёт подола, так как южная часть стены была спущена с бровки холма к его основанию вдоль Москвы-реки.
Князь Дмитрий присоединил к Москве целый ряд княжеств, а в отношениях с Золотой Ордой перешёл к открытой борьбе за освобождение от ига — прекратил выплату дани Орде. В ответ хан Мамай двинулся большим походом на Русь.
Восьмого сентября 1380 года, на Куликовом поле, у впадения в Дон реки Непрядвы, в ожесточённой битве сошлись русские дружины и полки хана Мамая. Татары были полностью разбиты. Московский князь Дмитрий, под знамёна которого встала почти вся Северо-Восточная Русь, за эту победу получил почётное прозвище «Донской» и вошёл в историю как один из величайших полководцев Древней Руси. Победа на Куликовом поле вернула русскому народу веру в свои силы, вызвала подъём национального самосознания и культуры. Значительно выросла территория Московского княжества, увеличилось население его столицы, а в кремлёвскую сокровищницу стали поступать ценности из казны удельных князей, переходивших на службу к великому московскому князю.
Через два года, после очередного нашествия татар на Москву в 1382 году, выплату дани пришлось возобновить, но уже в меньших размерах, а рост могущества Москвы нашёл своё отражение в духовной грамоте Дмитрия Донского, где он впервые передавал свой титул великого князя по наследству.
Москва стала постепенно осознаваться как преемница древних центров земли Русской — Киева и Владимира, и к началу XV века в Кремле были возведены все архитектурные комплексы, характерные для столичного города.
К западу от Соборной площади, культового центра Кремля, располагался двор (усадьба) великих московских князей. Он включал деревянные терема и палаты, белокаменный Благовещенский собор конца XIV века — домовый великокняжеский храм, церковь Рождества Богоматери 1393–1394 годов, возведённую великой княгиней Евдокией, вдовой Дмитрия Донского, различные хозяйственные строения и службы. Здесь же располагался Спасо-Преображенский собор, построенный ещё Иваном Калитой. За Успенским собором отстраивался двор русских митрополитов, которые со времён митрополита Петра постоянно жили в Москве. В восточной части Кремля митрополит Алексей основал Чудов монастырь, где в 1365 году построили каменную церковь Чуда Архангела Михаила. За ним, ближе к главным Фроловским (с XVII века Спасским) воротам Кремля, в 1407 году великая княгиня Евдокия основала женский Вознесенский монастырь, главный собор которого до начала XVIII века служил усыпальницей великих княгинь и цариц. Между церковью Иоанна Лествичника и зданиями Чудова монастыря стала складываться ещё одна площадь Кремля — Ивановская. Появилась в Кремле и резиденция подмосковного Троицкого монастыря (ныне знаменитой Троице-Сергиевой лавры), игумен которого Сергий Радонежский сыграл выдающуюся роль в духовном возрождении Руси. Всю северо-восточную часть крепости занимали усадьбы приближённых великого князя, служилых людей и богатых купцов. Кремль становился всё богаче каменными зданиями, что подчёркивало его значение и выделяло из общегородской деревянной застройки Москвы.
В 1404 году в Кремле, на особой башне, или часозвоне, афонский монах серб Лазарь поставил часы, о чём летописец не без удивления записал: «…не бо человек ударяше, но человековидно, самозвонно и самодвижно, страннолепно, некако сотворено есть человеческою хитростью, преизмечтанно и преухищрено»… Это были первые на Руси городские часы, появившиеся в Москве раньше часов новгородской часозвони.
Следующий этап развития Кремля был связан с событиями особой исторической важности. Рубежной датой в истории страны стал 1480 год, когда татары попытались последний раз силой заставить русских выплачивать дань. Хан Ахмат подошёл к берегам Угры, где его ожидало войско великого князя московского Ивана III. Не решившись дать генеральное сражение, хан бежал, а Иван III с бескровной победой вернулся в Москву. Так закончилось монголо-татарское иго, которое двести сорок лет сковывало русские земли.
К этому времени в основном завершился и многотрудный процесс объединения русских княжеств в единое государство.
В 1453 году под натиском турок пал Константинополь — столица Византии. Древний центр православного мира прекратил своё существование. В сознании русских людей роль нового центра православия взяла на себя Москва. В 1472 году великий князь московский Иван III вступил в брак с племянницей последнего византийского императора Софьей Палеолог. В глазах европейских правителей он предстал преемником власти византийских императоров и римских кесарей. Древний герб Византии — двуглавый орёл — стал гербом Российского государства.
Все эти события оказали существенное воздействие на формирование государственной идеологии, нашли отражение в памятниках литературы и искусства и послужили основной причиной грандиозной перестройки Московского Кремля.
По указу Ивана III в Москву для создания достойной «государя всея Руси» резиденции были приглашены не только русские мастера, но и зодчие из Италии, искусство которых высоко ценилось во всех странах Европы. Они возглавили строительные работы. В центре Кремля на основе синтеза русской традиции и художественных принципов итальянской архитектуры эпохи Возрождения был создан ансамбль главной Соборной площади.
В 1475–1479 годах итальянский архитектор Аристотель Фиораванти возвёл новый Успенский собор — главный храм Русского государства. На противоположной стороне площади ещё один итальянский зодчий Алевиз Новый в 1505–1508 годах построил великокняжеский храм-усыпальницу — собор Архангела Михаила. Западную сторону площади украсил вновь выстроенный дворец великого московского князя Ивана III, включавший Набережную палату, Среднюю Золотую палату, Большую Грановитую палату — целый комплекс парадных зданий. Далеко не все здания дворца нам сохранило время.
Но и сегодня Соборную площадь украшает парадный тронный зал Ивана III — Грановитая палата, возведённая Марко Фрязиным и Пьетро Антонио Солари в 1487–1491 годах. В юго-западной части площади поднялся Благовещенский собор (1485–1489 годы) — домовый храм великого князя, а рядом с Успенским собором — церковь Ризположения (1484–1485 годы) — домовый храм митрополита. Они были построены артелью русских мастеров, приглашённой Иваном III из Пскова. Пространство между Архангельским и Благовещенским соборами заняло здание Казённого двора, где расположилась основная часть великокняжеской сокровищницы. В 1505–1508 годах архитектор Бон Фрязин возвёл колокольню Ивана Великого и тем самым завершил создание ансамбля Соборной площади. Окружённая плотно стоящими зданиями, площадь превратилась в парадный зал под открытым небом, стала местом проведения важнейших церемоний и обрядов.
