При Бюро Совнаркома СССР был создан специальный Комитет по распределению рабочей силы. Позже на него были возложены функции ее учета. Затем образовался Комитет продовольственного и вещевого снабжения, главные управления по снабжению отраслей народного хозяйства углем, нефтью, лесом.
Перестройка государственного аппарата управления сопровождалась резким сокращением штатов наркоматов, различных учреждений и всего управленческого аппарата. Многие специалисты из учреждений направлялись на заводы и фабрики.
Во время войны в своей огромной работе по созданию и развитию военной экономики ГКО опирался на органы управления хозяйством, приспособленные в условиях войны к обслуживанию нужд фронта; на ЦК компартий союзных республик, крайкомы и обкомы; на создававшиеся городские комитеты обороны в прифронтовых городах, а также на Совет по эвакуации, Комитет по разгрузке транзитных грузов, Комитет по эвакуации продовольственных запасов, текстильного оборудования, мануфактуры, сырья и других товаров широкого потребления и Транспортный комитет при ГКО, координировавший работу всех видов транспорта.
Большую помощь ГКО оказывало Оперативное бюро ГКО. Через этот орган ГКО осуществлял оперативный контроль за выполнением военных заказов. Структура и состав Оперативного бюро претерпевали изменения в зависимости от тех хозяйственных задач, которые решались на том или ином этапе войны. Для быстрого рассмотрения и решения вопросов снабжения, а также для проверки потребности в продовольственных и промышленных товарах и выявления дополнительных товарных ресурсов была создана комиссия при Оперативном бюро ГКО.
Централизованное руководство перестройкой народного хозяйства и развитием военной экономики осуществлял Государственный Комитет Обороны. В поле зрения ГКО находилась работа всех отраслей народного хозяйства, и особенно промышленности, как главной, ведущей отрасли военной экономики, обеспечивавшей нужды фронта и тыла. В ГКО и его органах с участием Госплана СССР и соответствующих наркоматов регулярно рассматривались итоги работы, обсуждались и решались очередные задачи военной экономики. Деятельное участие в этой работе принимал Госплан СССР, ставший экономическим штабом советской военной экономики.
Совнарком СССР 1 июля 1941 г. принял постановление «О расширении прав народных комиссаров СССР в условиях военного времени». Наркомам и наркоматам предоставлялось право самостоятельно решать вопросы распределения и перераспределения материальных и финансовых ресурсов, необходимых для выполнения планов производства и строительства. На местах значительно возросла роль партийных органов. Их усилия были направлены на осуществление скорейшей перестройки народного хозяйства, на всемерное удовлетворение нужд фронта.
Перевод государственного и партийного аппарата на режим военного времени, усиление системы централизованного управления народным хозяйством обеспечили высочайшую мобильность и маневренность военной социалистической экономики.
Коммунистическая партия направила усилия советских людей на превращение страны в кратчайший срок в единый военный лагерь, как учил В. И. Ленин. Огромную роль в мобилизации всех сил советского народа на борьбу с немецко-фашистскими захватчиками сыграла директива СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 29 июня 1941 г. В ней подробно излагались политические, идеологические, экономические и собственно военные мероприятия партии и правительства, в комплексе обеспечивавшие успешную борьбу с фашистской Германией.
Выполняя эту директиву, партийные, советские и хозяйственные организации развернули громадную организаторскую и военно-мобилизационную работу среди населения. Она обеспечила проведение ряда крупных военно-мобилизационных мероприятий, и в частности введение обязательного военного обучения и всеобщей обязательной подготовки населения к противовоздушной обороне.
Еще до войны, когда угроза военного нападения гитлеровской Германии на Советский Союз стала реальной опасностью, Советское правительство приняло мобилизационный план по боеприпасам на вторую половину 1941 и на 1942 г. В этом плане предусматривались мероприятия по перестройке работы промышленности, и особенно предприятий машиностроения, в условиях военного времени. В план были заложены конкретные задания предприятиям — по выпуску боеприпасов; по разработке технологии их производства (исходя из имевшегося на предприятиях оборудования); по изготовлению приспособлений, технологической оснастки и инструментов для выпуска боеприпасов; по созданию мобилизационных запасов материалов и полуфабрикатов, необходимых для обеспечения заданной программы производства боеприпасов.
Через неделю после начала войны ГКО утвердил первый план военного времени — Мобилизационный народнохозяйственный план на третий квартал 1941 г., который заменил принятый до войны план развития народного хозяйства на этот период. В плане ставилась задача увеличить производство военной техники на 26% против довоенного плана на этот период. В области капитального строительства финансовые, материально-технические и трудовые ресурсы концентрировались на важнейших оборонных объектах, главным образом в районах Поволжья, Урала и Сибири. Предусматривалась частичная или полная консервация второстепенных строек. В утвержденный список ударных строек вошли военные предприятия, электростанции, предприятия металлургической, химической и топливной промышленности, стройки железных дорог. Основные ресурсы перераспределялись в пользу военной промышленности и кооперированных с нею отраслей. Однако в целом объем работ по капитальному строительству снизился по сравнению с довоенным периодом в связи с тем, что часть материальных ресурсов, главным образом металл, была направлена на удовлетворение нужд военного производства. Довоенный уровень железнодорожных перевозок сохранялся только по перевозкам угля, нефтепродуктов, металла и зерна. С целью экономии товарных ресурсов план розничного товарооборота был снижен на 12%.
16 августа 1941 г. был принят Военно-хозяйственный план на четвертый квартал 1941 и 1942 г., охватывавший хозяйство районов Поволжья, Урала, Западной Сибири, Казахстана и Средней Азии. Он дал ясную перспективу развития слаженной военной экономики, способной обеспечить материально-технический перевес Советского Союза над фашистской Германией.
В плане ставилась задача в короткий срок создать в восточных районах СССР крупную базу военно-промышленного производства, которая смогла бы не только компенсировать временно потерянные мощности, но и значительно повысить военно-промышленный потенциал страны. В план были заложены конкретные задания по ускоренному развитию в этих районах военно-промышленного производства, по резкому расширению топливной, энергетической и металлургической базы, а также по другим отраслям промышленности, сельскому хозяйству и транспорту. План определил расширение на 6 млн. га посевных площадей в колхозах Урала, Сибири, Юго-Востока, Средней Азии и Казахстана, а также перераспределение материально-технических, финансовых и трудовых ресурсов в пользу военного производства и создания экономической базы в тылу страны. В нем предусматривались эвакуация на восток предприятий из прифронтовой полосы, огромное промышленное строительство, значительное расширение производства оружия, боеприпасов, продовольствия и вещевого снабжения Красной Армии.
Перевод экономики СССР на военные рельсы оказался очень сложным процессом, потребовавшим преодоления больших трудностей. Перестройка экономики на военный лад происходила в условиях военных действий, когда враг быстро продвигался по территории СССР. Срочное перебазирование промышленных предприятий из угрожаемых районов приводило к временному прекращению работы этих предприятий и нарушению сложившихся территориально-производственных связей в промышленности.
В первый период войны Советский Союз временно потерял ряд жизненно необходимых густонаселенных хозяйственных районов с мощной индустрией и высокопродуктивным сельским хозяйством. На территории этих наиболее развитых в экономическом отношении районов перед войной проживало около 90 млн. человек и производилось валовой продукции на 46 млрд. руб. (в старом масштабе цен), что составляло 33% всей валовой продукции страны.
Особенно высоким был удельный вес временно оккупированных районов в производстве продукции тяжелой промышленности. Они давали до войны 71% общесоюзной выплавки чугуна, 58% выплавки стали и 57% проката черных металлов. Здесь в основном производился необходимый для военной промышленности качественный металл. В первый год войны прекратили работу 61 доменная и 225 мартеновских печей, 174 прокатных стана, 131 коксовая батарея. В общей сложности потерянные мощности металлургической промышленности до войны давали около половины выпуска черных металлов.