21 июня командование 704-й бригады приняло «Обращение к народу», в котором говорилось, что, учитывая взрывоопасность сложившейся ситуации в результате безвластия в республике и экономической разрухи, бригада принимает на себя обеспечение безопасности населения семи районов Азербайджана и объявляет о создании Талышско-Муганской Автономной Республики (ТМАР). Гумматов зачитал документ по местному телевидению.
Вскоре после этого из Баку в Ленкорань приехал политолог и преподаватель Бакинского университета Фахраддин Абосзода, который, по поручению Гумматова, принялся за разработку планов организации и легитимации национальной талышской власти. В начале июля им был составлен Конституционный закон — временная конституция автономии, а также разработано положение о выборах в учредительное собрание — Народный меджлис.
Выборы должны были быть проведены следующим образом: по определенному числу депутатов от каждого из семи талышских районов (всего 150 человек) плюс определенное число аксакалов и уважаемых представителей народа, назначенных районными советами и талышскими общинами в Баку и Сумгаите (всего 100 человек) — итого 150 человек. Районным советам были разосланы указания о проведении выборов и об утверждении назначенных Гумматовым глав районов.
Фактический глава государства Гейдар Алиев занимал по отношению к автономии двусмысленную позицию, не поддерживая ее, но и не выступая открыто против. Он не обсуждал вопроса об автономии на заседании Национального меджлиса Азербайджана, спикером которого был, а на предложение поднять этот вопрос со стороны бывшего спикера Исы Гамбара обвинил в проблеме НФА и его националистическую тюркизаторскую политику. Самого Гумматова он при этом назвал «достойным сыном Родины». 10 июля в Баку состоялась встреча Альакрама Гумматова с Гейдаром Алиевым, которая продолжалась четыре часа. Но всей видимости, Алиев уговаривал Гумматова отказаться от идеи автономии, обещая за это высокую должность, но ничего не добился. Гумматов со своей стороны требовал от Алиева признания автономии, и также безуспешно.
2—3 августа Ленкорань посетила делегация Совета министров Азербайджана, включавшая всех ключевых министров во главе с премьером Суретом Гусейновым. После переговоров с Гусейновым Гумматов выступил с требованием отставки Г. Алиева и возвращения в Баку бывшего президента Аяза Муталибова, а также расширения и без того весьма широких полномочий премьер-министра.
7 августа открылось заседание Национального меджлиса ТМАР, которое одобрило создание Талышско-Муганской Автономной Республики. Был принят Конституционный закон и создана комиссия для разработки конституции; создано правительство во главе с премьер-министром Ракифом Ходжаевым, учреждены гимн и флаг (последний включал те же «иранские» цвета, что и общепринятый в талышском национальном движении (красный, белый, зеленый), но отличавшийся от него по рисунку. Гумматов был избран президентом.
Для поддержки новой власти была создана 3-тысячная Национальная гвардия во главе с начальником оперативного отдела штаба 704-й бригады Эльманом Османовым. Руководству Азербайджана было направлено предложение утвердить провозглашение республики на очередной сессии парламента.
Формальное провозглашение автономной республики заставило Алиева реагировать: 12 августа он во второй раз встречается с Гумматовым, но получает от него решительный отказ на предложение распустить автономию. После этого Алиев выносит вопрос о ТМАР на обсуждение Национального меджлиса Азербайджана (17–18 августа). Было принято постановление, предписывавшее исполнительной власти в трехдневный срок «восстановить конституционный порядок в Южном регионе». Руководство операцией возлагалось на С. Гусейнова. Однако никакого реального результата это постановление не имело. 23 августа Алиев по телевидению обратился к населению талышских районов с призывом выступить против ТМАР. В тот же день перед зданием горисполкома, где находились органы автономии, собралась толпа, состоявшая в основном из сторонников азербайджанских националистических партий: Народного фронта и «Мусавата». Она ворвалась в горисполком, но он оказался пуст: Гумматов находился в штабе 704-й бригады. Митинг переместился к воротам воинской части. Когда толпа выломала ворота и ворвалась на территорию части, был открыт огонь: погибло 3 человека и 5 было ранено.
Осуществляя мероприятия по урегулированию проблемы и стабилизации обстановки, руководство Азербайджана перебросило в южные районы дополнительные войска, вынужденно ослабив фронтовую группировку.
Ясное дело, что таким «козырем» не могло не воспользоваться армянское командование, которое возобновило наступательные действия. Применив принцип концентрации сил на направлении главного удара, армянская сторона вновь ввела в действие мобильные бронегруппы, ранее использовавшиеся в районах Мардакерта и Агдама. В соответствии с замыслом операции предполагалось оккупировать Физулинский, Джебраильский районы Азербайджана, выйти к иранской границе у населенного пункта Горадиз, отрезав Зангиланский и Губадлинский районы от остальной территории республики. Кроме того, 11 августа армянская армия начала наступление на райцентры Физули и Джебраил. При этом только на Физулинском направлении было задействовано не менее одного танкового батальона (до 35 танков Т-72). По истечении нескольких суток боевых действий боевая устойчивость азербайджанских частей была нарушена ввиду отсутствия подкреплений и подвоза боеприпасов.
20 августа после боев армянские части заняли оборонявшийся Ленкоранским батальоном райцентр Джебраил, ранее трижды переходивший из рук в руки. К 25 августа была оккупирована вся территория района общей площадью 1050 квадратных километров. Еще ранее — 22 августа — под давлением армян части 160-го азербайджанского полка и Физулинской бригады были вынуждены оставить город Физули и одноименный район (общей площадью 1380 км2).
В конце августа после перегруппировки армянские части нанесли удар по сходящимся направлениям с территории Армении и Карабаха по Губадлинскому району Азербайджана. 31 августа райцентр Губадлы был взят, а северная часть района была занята к 2 сентября. В стратегическом плане была ликвидирована сохранявшаяся в течение полутора лет угроза блокирования азербайджанской армией Лачинского коридора.
К началу сентября армянские войска вышли на отдельных участках на расстояние 4–5 километров от азербайджано-иранской государственной границы. В этих условиях были созданы все условия для интернационализации конфликта, так как турецкое военное командование развернуло вдоль границы с Арменией основные силы 3-й полевой армии (8-й, 9-й армейские корпуса), выдвинуло 12-ю и 13-ю механизированные бригады в район дислокации 127-й российской мотострелковой дивизии (Гюмри) и ввело повышенную степень боеготовности в авиационных частях. Одновременно командование Группы российских войск в Закавказье провело командно-штабные учения 127-й мед, на которых отрабатывались вопросы отражения турецкого наступления на территории Армении. Иран развернул и привел в полную боевую готовность в западном секторе границы с Азербайджаном крупную войсковую группировку: 21-ю пехотную дивизию регулярной армии, 31-ю пехотную дивизию Корпуса стражей исламской революции, части жандармерии, ВВС. После сосредоточения сил, переброшенных в короткие сроки автомобильным, железнодорожным транспортом и по воздуху, иранское командование начало проведение внеплановых учений «Соханд» южнее реки Аракс, в непосредственной близости от района боевых действий.
Смена власти в Азербайджане в силу целого ряда причин не способствовала корректировке и сбалансированию российского подхода к армяно-азербайджанскому конфликту. Военно-политическое давление на Азербайджан соответствовало стратегии РФ на южном геополитическом направлении и вновь вырабатываемой модели силовой реализации государственных интересов. Это обстоятельство вновь было использовано армянской стороной на завершающем этапе летне-осенней кампании.
В середине октября карабахские части начали очередное наступление на южном участке фронта в районе населенного пункта Горадиз, расположенного на иранской границе. Благодаря хорошей подготовке 23 октября армянские части при поддержке 12 танков начали штурм Горадиза. Заняв этот важный транспортный узел, армяне отрезали Зангиланский и ранее не оккупированную часть Джебраильского и Губадлинского районов от остальной территории Азербайджана. Оставшиеся в окружении немногочисленные подразделения Зангиланского полка не смогли удержать растянутую линию фронта. Нанеся удар со стороны Кафана и Мегри с территории Армении, армянские части при поддержке до 40 единиц бронетехники заняли 28 октября железнодорожную станцию Миндживан, а утром 1 ноября — райцентр Зангилан и прилегающие населенные пункты. Личный состав ополченцев (так называемого Зангиланского полка) вынужденно отошел в Иран, переправившись вместе с некоторым количеством боевой техники и вооружением через реку Аракс.