Вследствие неудачи этого предприятия Аристагор находился в опасном положении; в лучшем случае он мог ожидать потери тирании и конфискации его имущества. В то время, когда он находился в таком затруднительном положении, не зная, что предпринять, он получил известие из Сузы от своего тестя, Гистиея. Гистией с нетерпением переносил свой бездеятельный плен; он сильно рвался в отечество, в греческое море. В случае если бы поднялось восстание ионян, он надеялся добиться от царя того, чтобы тот послал его в отечество для усмирения этого восстания. Поэтому Гистией решился письмом побудить своего зятя произвести восстание. Письмо, чтобы его не открыли, было написано особым способом. Он наголо остриг голову своему вернейшему рабу, нацарапал на ней свое воззвание к восстанию, приказал ему снова отрастить волосы и тогда уже послал к Аристагору в Милет.
Получив это странное письмо, Аристагор имел тайное совещание со своими друзьями. Между ними был также милетец Экатей, известный у греков как историк и совершавший далекие путешествия, человек отличного ума и больших знаний. Он советовал не производить восстания, потому что считал недостаточными средства ионян ввиду ресурсов богатого, обширного персидского государства, когда же его мнение не было принято, то дал совет всеми мерами стараться о приобретении для войны денег. С этой целью милетцы должны были взять и обратить в деньги сокровища храма Бранхидского Аполлона и между ними богатые подарки Креза, так как иначе все равно рано или поздно храм этот попадет в руки персов. С ним не согласились и на этот раз.
Аристагор отказался теперь от своей тирании и призывал милетцев и всех вообще ионян к свободе. Все было готово к отпадению; велика должна была быть ненависть греков к персам, а свобода всегда была драгоценна в их глазах. К ионянам присоединились эоляне и доряне и все вообще греки азиатских берегов; Кипр и некоторые из малоазиатских варварских племен тоже восстали. Тираны греческих городов при самом же начале восстания были схвачены; друг Аристагора отправился к флоту, бывшему еще в сборе после возвращения от Наксоса, возмутил матросов и овладел находившимися на кораблях тиранами; они были выданы отдельным городам, но те дали им свободу, только жители Лесбоса вывели своего тирана Кеса за город и побили камнями.
Восстание началось еще с осени 500 года. Зимой нужно было подумать о том, чтобы быть готовыми к борьбе следующей же весной. Аристагор отправился зимой в греческую метрополию, чтобы там приобрести союзников. Он прибыл в Спарту, сильнейшее государство Греции, и обратился за помощью к обоим царям, Клеомену и Димарату, и к эфорам. Он употреблял все свое красноречие, чтобы поставить на вид спартанцам выгоду такой войны и честь освобождения своих единоплеменников; представлял персов трусами, которых легко можно победить; показывал медную доску, на которой вырезан был весь земной шар с персидским государством, — первая географическая карта, какую видели в Спарте, — и вообще говорил многое, что было противно истине. Наконец, когда его спросили, долго ли нужно идти до главного неприятельского города, Сузы, завоевание которого он имел в виду, он неосторожно ответил: три месяца, и тем испортил все дело. Спартанцы устрашились такой отдаленной войны и повелели Аристагору до заката же солнца оставить город. Прежде чем уйти из города, он еще раз попытал счастья у Клеомена. Подобно богомольцу, явился он к Клеомену в дом с оливковой ветвью в руке. Он делал большие обещания, предлагал ему сначала 10, потом 20, 30, наконец, 50 талантов. Тогда маленькая дочь царя, девочка 8 или 9 лет, по имени Горго*, случайно находившаяся в комнате, со страхом сказала отцу: «Батюшка, этот иностранец подкупит тебя, если ты не оставишь его и не уйдешь отсюда!» Клеомен обрадовался совету ребенка и ушел в другую комнату.
*Впоследствии жена павшего при Фермопилах царя Леонида.
Из Спарты Аристагор отправился в Афины. Здесь он был счастливее. Афиняне, которые в азиатских ионянах видели своих близких соплеменников, а в Милете свою колонию, решились послать в Азию 20 кораблей под главным начальством Мелантиеса. Эретрийцы с Эвбеи, точно так же единоплеменные ионянам и обязанные милетцам за их прежнее союзничество, равным образом послали 5 кораблей.
Лишь только афиняне и эретрийцы весной 499 года достигли Эфеса, они вместе с ионянами по Кавстру через Тмол отправились на Сарды, главный персидский город в Малой Азии, чтобы быстрым нападением предупредить персов и тем, может быть, побудить к отпадению и лидян. Наместник Артаферн был совершенно ошеломлен; его войска были на пути к главному городу, но еще не прибыли туда. Сарды были взяты греками; персидский гарнизон отступил в укрепление. Во время вторжения в город один греческий солдат бросил под крышу огонь, и так как в Сардах все дома были покрыты тростником, то пожар скоро распространился на весь город. Лидяне, на поддержку которых рассчитывали, были раздражены уничтожением своего главного города и священного храма Кибеды, соединились с персами, взялись за оружие, и среди пожара началась кровавая борьба. Греки отступили к Тмолу и в ту же ночь снова возвратились к морскому берегу.
Персидские войска со всех сторон были стянуты туда же. Недалеко от Эфеса они встретили неприятеля и дали ему сражение. Греки были разбиты, и афиняне возвратились домой.
В следующие годы дела азиатских греков шли все хуже и хуже. Афиняне их покинули, остров Кипр, на союз с которым возлагались большие надежды, был побежден персидским оружием, персидская пехота и финикийский флот завоевывали город за городом и покрыли морские берега дымящимися развалинами. Наконец сухопутная и морская война сосредоточилась у стен Милета. Греческий флот, все еще состоявший из 353 линейных кораблей, расположился весь у небольшого островка Ладе перед Милетом; против него находился персидский флот в 600 кораблей из Финикии, Египта и других приморских стран. Греки, при своем знании морского дела, могли бы вступить в сражение и с гораздо превосходнейшим неприятелем, если бы они были единодушны и состояли под одним общим начальством. Предводитель из Фокеи, Дионисий, убедил их в этом и был поставлен во главе всего флота, Ежедневными усиленными эволюция ми он старался приучить матросов к битве и возбудить в них воинственный дух; но после 8 дней истощилось терпение легкомысленных моряков. «Какого бога мы оскорбили, — говорили недовольные, — что этого хвастуна из Фокеи сделали своим главнокомандующим, который мучит нас невыносимыми пытками? Лучше переносить все другое и вместо настоящего рабства ожидать будущего». Они отказались повиноваться Дионисию и снова лениво растянулись на берегу.
Скоро наступил решительный день, необходимо было дать сражение персидскому флоту при Ладе. Когда дело дошло до горячего боя, 49 самосских кораблей, стоявших на правом крыле, неожиданно покинули боевую линию; они тайно были подговорены к измене Эаком, племянником бывшего тирана Поликрата, находившегося в персидском лагере и рассчитывавшего на тиранию в Самосе. Вследствие этого отпадения было проиграно сражение, в котором храбро дрались фокейцы, хиесцы и милетцы.
Весной следующего 496 года Милет был заперт также и с моря. Он держался еще до лета 495 года, когда стены его были разрушены и город взят штурмом. Большая часть мужчин пала в битвах, жены и дети были отведены в рабство, город разграблен и сожжен. Оставшиеся мужчины были отведены в Сузу в качестве военнопленных и получили от Дария место жительства в Ампе, недалеко от устья Тигра. Милет, правда, впоследствии снопа населился, но прежнее величие его исчезло. В продолжение одного года, до 494 года, все греческие города на азиатских приморских берегах снова подчинились владычеству персов, но большая часть их была опустошена и лишена населения; процветание Ионии было навсегда уничтожено этим ударом.
Аристагор, причинивший своим землякам все эти бедствия, чтобы только спасти свою особу, бежал еще на третьем году восстания (498), как скоро увидел, что дело его потеряно. Он передал управление делами в Милете Пифагору и удалился в Миркин, колонию своего тестя, чтобы там играть роль барина. Себялюбивый трус скоро нашел там заслуженную награду: в 497 году он был убит при осаде одной фракийской крепости.
Не лучший конец ожидал и Гистиея, другого виновника ионийского восстания. В 497 году он убедил наконец, царя Дария послать его в Малую Азию для того, чтобы уладить дела о восстании в интересах персов. Он тотчас же явился в Сарды к Артаферну; но тот проник в намерение хитрого изменника и сказал ему в лицо: «Ты сшил башмак, Аристагор надел его». Гистией в следующую же ночь неожиданно бежал в море и переправился в Хиес. Хиесцы заковали в цепи подозрительного человека, царского товарища за столом, но освободили после того, как он объявил себя виновником восстания. После неудачного покушения на жизнь опасного ему Артаферна Гистией отправился в Милет; возвращением этого города он мог снова попасть в милость у царя. Но жители Милета заперли перед ним ворота. Теперь он опять пустился в море, добыл себе несколько кораблей и занимался морским разбоем против греков и персов, пока наконец не попал в руки Артаферна. Этот последний приказал его распять на кресте и послал его голову к царю в Сузу. Дарий сожалел о смерти человека, который ему и персам оказал некогда большие услуги, и приказал похоронить его голову.