Как ни горячо он был привязан к своей анти-охийской пастве, пришлось ему внезапно покинуть ее: Богу угодно было призвать его к новой тяжкой борьбе.
Слава Иоанна гремела в империи. Когда скончался в Константинополе архиепископ Нектарий, император Аркадий, сын Феодосия Великого, остановил свой выбор на Иоанне. Итак, по единодушному желанию императора и всего народа, Иоанн был призван занять кафедру столицы. Чтобы избежать сопротивления, Иоанна вызвали из Антиохии обманом.
В Константинополе он был восторженно приветствован народом и угрюмо встречен противниками его избрания. Во главе недовольных был Феофил, патриарх Александрийский, который со злобой в душе должен был повиноваться приказанию императора и признать Иоанна патриархом, — но с той самой поры ненависть его не ослабевала, и много бед и скорбей навлекла она на святителя.
26 февраля 398 года Иоанн вступил на патриарший престол и понял с первого же дня, до чего был труден предстоявший ему подвиг. Укрепленный новыми дарами Святого Духа, он со властью вступил в новую свою деятельность. Плачевно было состояние Церкви, запустение чувствовалось во всем, а распущенность нравов была ужасающая.
С первого раза Златоуст произвел впечатление неблагоприятное. Как и Григорию Богослову, ему недоставало той внушительной наружности, которая сразу действует на воображение народа: он был малого роста и изможденного вида; одни только удивительно проницательные глаза придавали особое выражение бледным чертам его. Доступный для бедных и страждущих, он мог казаться надменным и резким в отношении к знатным и праздным посетителям. Строгий образ его жизни, с утра до ночи исполненной трудов непрестанных, не мог нравиться среди разврата роскошной столицы. Поднялись обвинения; но сильный сознанием своей правоты, Иоанн гордо безмолвствовал, не отвечая на нападки, направленные лично против него. В деле же Божием он не мог уступать никому — и, как гром с неба, разразилось его грозное слово; ничто не могло утаиться от него. Столица не привыкла к такому слову, и оно показалось невыносимым всем тем, к кому относилось обличение: богатым, утопавшим в роскоши и разврате, властителям, забывшим долг власти, хищникам и неправедным судьям.
Между тем он умножал труды свои, и мало-помалу заря нового дня начала озарять Церковь. В селениях созидались новые храмы; призывая народ к молитве, Иоанн всячески старался восстановить богослужение во всей его красоте. Особое внимание он обращал на пение: "Ничто так не возбуждает и не окрыляет душу, — писал он, — ничто с такой силой не отторгает ее от земли, ничто так не располагает к любви святой, как гармонический стих и священная песнь. Природа наша так услаждается песнопением и стихом, что и грудные дети, когда плачут, усыпляются ими. Кормилицы, нося их на руках, ходят туда и сюда, и напевая им детские песенки, тем утишают их плач; песнью услаждается всякий труд, и душа при звуке святой песни может легче выносить все — и тоску и печаль. Духовная песнь — это источник освящения, слова ее очищают душу, и Святой Дух нисходит в души поющих, так как те, которые поют псалмы с сознанием, действительно призывают на себя благодать Его". Вся любовь Иоанна к церкви отражается в беседах его. Действуя своим примером, он убеждал к тому же всех слушателей своих: "От примера, — говорит он, — исходит самое действенное учение. Выходя из церкви, человек не учит, не проповедует; но спокойствие в чертах лица его, но взгляд его, самый голос являют не бывшим в церкви, какую вкусил он радость, какое получил благо для души своей: что лучше такого увещания, такого призыва? Мы должны выходить отсюда, как из святилища выходят посвященные — чтобы, смотря на нас, все явно ощущали, какое благо выносим мы отсюда".
Он ограждал свою Церковь богослужебными уставами, изложил письменно чин литургии, сократив употреблявшийся дотоле состав литургии Василия Великого; установил всенощные бдения, крестные ходы с пением антифонов. Действуя и словом, и примером, он приучил снова духовенство исполнять долг святого служения, и Церковь точно воздвигалась вновь, и народ толпами стремился к ней.
Он всячески старался привлекать к православию и многочисленных ариан, которых более всего было среди готов. С этой целью он посвящал им священников из их племени, отдал им церковь для богослужения на их родном языке, сам часто там проповедовал, причем его слова переводились на готский язык особым переводчиком. Также имел он горячую заботу о распространении Евангелия в отдаленных странах, отправлял проповедников к скифам, к готам, к славянам. Мало-помалу восторженная любовь, которую он сумел возбудить в Антиохии, возгорелась к нему и среди его новой константинопольской паствы. И сам он всей душой привязался к тем, которых силой своей любви вывел на широту: "Вы, — говорил он своему народу, — вы мои отцы, мои братья, мои сыновья, мои члены, мое тело, моя жизнь, мой венец, мое утешение, мой свет!"
Тяжело останавливаться на последних годах жизни великого святителя, видеть, как торжествовали низость и насилие, как страдала святая добродетель.
Императрица Евдоксия, евнух Евтропий и Феофил Александрийский — вот имена нечестивых, не стерпевших праведника и погубивших его. Евнух Евтропий, любимец Аркадия, сам вначале указал императору на Иоанна — в надежде, что патриарх, ему обязанный своим возвышением, будет служить и ему опорой; но скоро убедился в своей ошибке и увидел в Иоанне грозного обличителя своих беззаконий. Феофил Александрийский вначале противился избранию Иоанна на патриарший престол и не мог простить ему его возвышения. Злоба, таившаяся в душе его, ждала случая обнаружиться. Императрица Евдоксия, стремясь избавиться от ненавистного ей господства Евтропия, который совершенно овладел слабоумным Аркадием, в новом патриархе думала найти себе могущественного союзника и всячески старалась снискать его расположение и содействие. Она богато наделяла церкви, помогала бедным и своим благочестием старалась привлечь к себе сочувствие патриарха.
В 398 году, когда совершалось перенесение мощей в усыпальницу за стенами города, она смиренно следовала за крестным ходом, босая, с непокрытой головой, и этим так тронула сердце Иоанна, что он, увлеченный и воображением, и собственным красноречием, в пламенных словах изобразил это светозарное шествие: "Смиренная, как раба Господня, светлая, как один из Его Ангелов!" Когда же она собственными усилиями сумела устроить падение Евтропия и стала сама руководящей властью в империи, то отношения ее к Иоанну изменилось. Враги Иоанна успешно воспользовались ее самолюбием, передавая ей слухи о намеках на нее, которые патриарх будто бы позволял себе делать в проповедях своих. Этого было достаточно, чтобы возбудить чувство мести в гордой, властолюбивой душе царицы; а в совести своей она должна была сознавать, что не чужда тех пороков, которые обличал Иоанн, угрожая за них судом Божиим. Евдоксия жаловалась императору; Иоанну делались выговоры за его смелые речи, а он отвечал: "Я — епископ, и мне вручено попечение о многих душах. Если царица не знает зла за собой, то ей не за что сердиться: я обличаю беззаконие, никого не называю, но учу всех не делать зла". Раздраженная достоинством епископа, Евдоксия не могла уже владеть собой — она приблизила к себе врагов его, и вместе с Феофилом Александрийским решили они созвать собор и на его обсуждение предоставить обвинения, возводимые на Златоуста. Собор, составленный из 36 епископов, вырванных из среды врагов Иоанна, открылся при Дубе, в селении близ Халкидона, на противоположном Константинополю берегу Босфора. Всех обвинений было 29 — и все они были основаны на самой наглой клевете. Иоанна обвинили, между прочим, в оскорблении императрицы, которую он будто бы дерзнул всенародно сравнить с Иезавелью. Беззаконный собор произнес низложение патриарха, приговорил его к изгнанию, и приговор был утвержден императором.
Когда весть об этом разгласилась, весь народ пришел в волнение. Со всех концов Константинополя устремился он к соборному храму святой Софии и архиерейскому дому, соединенному с ним галереей, и днем, и ночью окружил их как бы живой стеной. В городе стали ходить самые тревожные слухи; говорили уже не только об изгнании, но даже и о смертном приговоре. Народ, взволнованный такими слухами, наполнял церкви, молясь за Иоанна, или толпился на соборной площади, чтобы хоть издали увидеть архиепископа или услышать звук его голоса.
Среди общего смятения один Иоанн был спокоен. "Никто и ничто не может разлучить нас, — так говорил он своей пастве, — мы разделимся местом, но любовью останемся соединены; даже смерть не может разлучить нас: хотя умрет мое тело, но душа будет жива и никогда не забудет о сем народе. Не тревожьтесь настоящими событиями, в одном покажите мне любовь вашу — в непоколебимой вере. Я же имею залог Господа и не на свои силы полагаюсь. Я имею Его Писание; оно мне опора, оно мне крепость, оно мне спокойная пристань; слова в нем для меня щит и ограда. Какие слова? — Я с вами до скончания века(Мф. 28: 20). Христос со мною: кого мне бояться? Что Богу угодно, то да будет. Если Ему угодно оставить меня здесь, благодарю Его; взять отсюда — опять благодарю Его".