Духовное обгценіе съ преп. Серафимомъ «любезнѣйшимъ его сердцу» не прерывалось о. Антоніемъ до самаго конца. Однажды, идучи по лаврскому сосновому лѣсу, о. Антоній нашелъ плоскій и гладкій камень, на подобіе аспидной дощечки, велѣлъ написать на немъ явленіе Божіей Матери преподобному Сергію, освятилъ этотъ образъ на мощахъ угодника Божія и послалъ въ благословеніе о. Серафиму. Подвижникъ за недѣлю до смерти вручилъ его одному изъ монаховъ съ такими словами: «Сей образъ надѣньте на меня, когда я умру, и съ нимъ положите меня въ могилу: онъ присланъ мнѣ честнымъ архимандритомъ Антоніемъ, намѣстникомъ святой лавры, отъ мощей преподобнаго Сергія». Завѣщаніе старца было исполнено.
О. Антоній, который духомъ и жизнью подражалъ древнимъ подвижникамъ и всегда носилъ въ сердцѣ слова преп. Серафима: «Будьте милостивы, къ милости, прибѣгайте и въ словахъ и въ дѣлахъ, и въ помышленіяхъ, ибо милость есть жизнь души», неоднократно былъ сподобленъ благодатныхъ явленій: причащая братію, онъ увидѣлъ, какъ два старца–инока, со страхомъ приступившіе къ Чашѣ со св. Таинами, причастились изъ нея небеснаго огня. Умирая 85–ти лѣтъ и лежа въ тяжкомъ недугѣ, о. Антоній увидѣлъ на яву своего покойнаго друга м. Филарета: «Тяжко тебѣ?» — спросилъ онъ его. — «Да, владыка святый». — «Читай пять разъ Христосъ Воскресе и одинъ разъ Отче нашъ», сказалъ іерархъ, и сталъ невидимъ. О. Антоній почилъ 12 мая 1877 г. Посмертнымъ явленіемъ о. Антоній исцѣлилъ одну монахиню жестоко страдавшую судорожными припадками. Это засвидетельствовано священникомъ, начальницей обители и докторомъ. И было напечатано въ «Нижегородскихъ епар. вѣд.» въ 1888 г. №16.
Въ 1833 преставился преп. Серафимъ и стало вскорѣ сбываться его пророчество о Дивѣевѣ. Его ложный ученикъ о. Іоасафъ вмѣшался въ жизнь обители и сталъ отмѣнять заповѣди Преподобнаго, данныя ему Самой Царицей Небесной. Обитель стала при нимать другой характеръ. Онъ отстранилъ «Серафимовыхъ сиротъ» и возвысилъ группу своихъ послѣдовательницъ, Н. А. Мотовиловъ, которому преп. Серафимомъ было поручено попеченіе о сестрахъ, поѣхалъ въ Москву и обратился къ намѣстнику лавры, которому, въ свою очередь, было поручено заступленіе за сиротъ. Вслѣдствіе этого между намѣстникомъ и митрополитомъ послѣдовалъ рядъ писемъ, посвягценныхъ этому дѣлу. Митрополитъ откликнулся самымъ горячимъ образомъ. Онъ помогалъ «сиротамъ» изъ своихъ средствъ. Дѣло тянулось годами. Но митрополитъ въ концѣ настоялъ, чтобы Іоасафовскія сестры были удалены. Онѣ основали собственный Понетаевскій монастырь. Дивѣевская обитель была отчислена въ Тамбовскую епархію, гдѣ тогда епископомъ былъ Ѳеофанъ, будугцій затворникъ Вышенскій. Игуменьей Дивѣевской стала Елисавета, родомъ Ушакова, согласно предсказанію Преподобнаго, въ монашествѣ игуменія Марія. Въ Дивѣевѣ спасалось единовременно до 1000 монахинь. Игуменія Марія дожила до проелавленія Преподобнаго.
Другой заботой Митрополита было изданіе житій о.о. Марка, Серафима и Георгія Затворника, а также отдѣльное изданіе наставленій старца Серафима Саровскаго. Митрополиту пришлось пройти черезъ безконечный рядъ препятствій, чинимыхъ синодальными архіереями. Ихъ пугалъ присугцій этимъ писаніямъ элементъ чудесъ.
Какъ извѣстно, чисто православной богословской науки во времена митр. Филарета не существовало. Недавно возникшія Академіи пользовались иностранными, иновѣрными учебниками. Чистое Восточное Православное ученіе хранилось, главнымъ образомъ, въ незатронутыхъ ученостью нѣдрахъ народныхъ, разумѣется среди монашествующихъ, и прежде всего, среди обителей, куда успѣли проникнуть ученики старца Паисія и занести ученіе св. Отцовъ о внутреннемъ дѣланіи. Поэтому совершенно неудивительно, что средя образованныхъ архіереевъ господствавалъ протестантскій образъ мышленія.
По поводу этого дѣла тоже возникла переписка между митрополитомъ и намѣстникомъ. Пишетъ Митрополитъ отъ 28 іюля 1838 г. за № 199: «А я хотя черезъ порогъ смотрѣлъ въ безмолвіе, прочитавъ житіе о. Серафима, и, какъ вамъ хотѣлось, поправилъ нѣсколько словъ, гдѣ они казались поставлены не совсѣмъ правильно. Если думать о напечатаніи, то затрудненіе представить нѣкоторыя сказанія о видѣніяхъ. Цензура едва ли согласится пустить въ свѣтъ чудесное въ жизнеописаніи безъ высшаго свидетельства Церкви. Но исключить изъ жизнеописанія сказанія сего рода мнѣ кажется было бы похоже на святотатство. Если хотите, поговорите съ цензурой»…
Отъ авг. 2–го 1838 г. митрополитъ пишетъ: «Посылаю вамъ, о. Намѣстникъ, просмотрѣнныя мною поученія, или духовныя наставленія о. Серафима. Я позволилъ себѣ перемѣнить, или дополнить нѣкоторыя выраженія, частью, чтобы языкъ былъ правильнее, частью, чтобъ мысли, недовольно полно, или недовольно обыкновенно выраженныя, оградить отъ неправильнаго разумѣнія или отъ прекословія. Посмотрите и скажите мнѣ: можно ли подумать, что я не переиначилъ, или не повредилъ гдѣ либо мысли старца» … Отъ авг. 11 1838 г. онъ пишетъ… «Духовныя наставленія лучше цензоровать отдѣльно, чтобы въ случаѣ затрудненій въ житіи не затруднить и имъ дорогу» … Отъ 20 ноября 1838 г. онъ пишетъ:… «Сказаніе о онѣмѣвшемъ діаконѣ едва ли не останется въ архивѣ. Я опасался быть неуступчивымъ въ части, чтобы не испортить цѣлаго дѣла». Отъ дек. 31,1839 г.: «Дѣло о житіяхъ о. Серафима и затворника Георгія молчитъ: я не напоминаю о семъ въ ожиданіи Преосв. Кіевскаго, котораго мнѣніе благопріятно сему дѣлу». Наконецъ, въ письмѣ отъ дек. бго 1840 г. митр, жалуется, что: «Владыка Новгородскій опять возсталъ со своими недоумѣніями о чудесныхъ событіяхъ». Также возсталъ митр. Іона. «Видно согрѣшилъ саровскій игуменъ, написавъ къ митр. Іонѣ свои несвѣтлыя мысли». Однако, по милости Божіей и благодаря настойчивости митрополита Филарета, эти драгоцѣнные документы, наконецъ, увидѣли свѣтъ.
М. Филарету также принадлежала другая великая заслуга: его «усердіемъ и стараніемъ» дважды было переиздано въ 1822 г. и въ 1852 г. Добротолюбіе, впервые напечатанное въ 1793 г. митр. Гавріиломъ (см. «Житіе и писаніе Молдавскаго старца Паисія Величковскаго». Москва. 1847.111 стр.). Это «усердіе и стараніе» Филарета являются неоспоримымъ доказательствомъ его приверженности съ раннихъ поръ къ святоотеческому ученію о внутреннемъ дѣланіи.
Кромѣ попеченія о. Серафимовомъ наслѣдіи, митр. Филаретъ не меньше усердія вкладывалъ въ покровительство Оптиной Пустыни. Мы уже говорили, что Оптинскому старцу Льву угрожала ссылка въ Соловки за его подвигъ старчествованія, причемъ скиту грозило закрытіе. По этому случаю м. Филаретъ написалъ Калужскому архіерею, что о. Левъ отнюдь не является еретикомъ. Съ другой стороны митрополитъ Кіевскій Филаретъ въ бытность свою въ Оптиной Пустыни оказалъ старцу Льву знаки глубокаго уваженія въ присутствіи враждебнонастроеннаго епископа и тЬмъ заставилъ его смириться, такъ что Старчество въ Оптиной не было нарушено. Извѣстно, что м. Филаретъ Московскій имѣлъ личную встрѣчу со старцемъ Львомъ въ бытность его въ Москвѣ. О. Левъ остановился въ Симоновомъ монастырѣ, гдѣ настоятелемъ былъ о. Мельхиседекъ, бывшій казначей Бѣлобережской пустыни, благодаря интригамъ котораго, о. Левъ уступилъ ему настоятельскую должность. Арх. Мельхиседекъ повезъ о. Льва, чтобы его представить митрополиту. Владыка охотно принялъ о. Льва, а о. Мельхиседеку сказалъ, что онъ ему не нуженъ и можетъ, если понадобится, придти въ другой разъ. Кромѣ о. Льва, расположеніемъ митрополита пользовался о. Макарій, который по его приглашенію пріѣзжалъ въ Москву. Съ нимъ митрополитъ имѣлъ постоянныя сношенія во время печатанія святоотеческой литературы. Но особой любовью митрополита пользовался о. Антоній Малоярославецкій. брать иіумена Моисея — поистинѣ святой старецъ. Отношенія съ Оптиной пустынью поддерживались также черезъ о. намѣстника Троицкой лавры о. Антонія. О посѣгценіи имъ Оптиной пустыни въ первой половинѣ XIX в. сохранилась запись въ Оптинскомъ дневникѣ (См. С. А. Нилусъ. «Святыня подъ спудомъ». Изд. Св. Тр. Лавры, стр. 39–41):
«21 октября. Пятокъ. Пополудни въ 8 часовъ вечера неожиданно прибылъ въ монастырь нашъ о. Намѣстникъ Троице–Сергіевой Лавры, архимандритъ и кавалеръ Антоній съ Малоярославецкимъ о. игум. Антоніемъ Не изъ числа обыкновенныхъ смертныхъ были эти оба посетителя: Наместникъ Лавры Архимандритъ Антоній и Малоярославскій Игуменъ Антоній. Первый былъ близокъ къ Преподобному Серафиму и къ великому Митрополиту Московскому, Филарету; второй — родной братъ великаго Оптинскаго игумена (впослѣдствіи архимандрита) Моисея и Саровскаго игумена Исаіи, отличался великимъ подвигомъ личной духовной жизни. Оба были яркими представителями духовной силы истиннаго монашества первой половины XIX вѣка).
«22 октября. Храмовой праздникъ явленныя иконы Богоматери Казанскія. Божественную службу совершалъ о. игуменъ М. соборне. Высокіе гости — о. архимандритъ Антоній съ о. игуменомъ Антоніемъ утромъ посѣтили всѣ монастырскія службы: братскую трапезу, хлѣбопекарню, рухольную и проч.; потомъ слушали позднюю литургію. Трапезовали обще съ братіей. О. архимандритъ Антоній, по смиренію своему, не согласился въ трапезѣ сѣсть на приготовленномъ стулѣ возлѣ настоятеля, но сидѣлъ вмѣстѣ съ братіею, почитая себя странникомъ и ничтоже глаголаше.