Для исполнительной власти при каждом наибе состояло от 50 до 100—300 мюридов.
Наибства делились на более мелкие округа (махали), которыми управляли мазуны (маазуны) — помощники наиба. При мазуне мюридов заменяли муртазеки. При имаме службу государственной безопасности исполнял институт мухтасибов, задачей которых был контроль за действиями наибов.
В 1842 году Имамат был разделен на три области со своими начальниками (валий): Чеченская, Аварская и Андалальская. Наибства западной области Имамата были объединены в Чеченскую область. Имам Шамиль так и называл ее — «Чечен вилайет». Общее же название всего государства горцев Северо-Восточного Кавказа от Дарьяла до Каспия было традиционное — Дагестан (чеч. ДегIаста — отчизна), а территория Северо-Западного Кавказа называлась Черкесия. С 1842 года к Имамату присоединяется еще и часть Закубанской Черкесии (Абадзехская область).
В самой крупной области — Чеченской начальником с 1842 года стал тесть Шамиля Абдула Цакхар, живший в селении Шали. С конца 1843 года до марта 1844-го начальником был Шоаип-мулла из Центороя, в начале 50-х годов — сын Шамиля Гази-Мухаммед. Если первый начальник западной области Имамата имел в обязанности только надзор за исполнением шариата и о нарушениях его наибами должен был докладывать имаму, то со времени назначения Шоаипа-муллы начальник Чеченской области был наделен уже не только религиозной, но и военной и гражданской исполнительной властью с последующим подчинением его непосредственно имаму Шамилю.
В 1843 году Шамиль ввел должность старшего наиба — мудира (генерал-губернатор), которому поручал руководство над несколькими наибствами. Однако в последнее десятилетие существования Имамата эту должность имам был вынужден отменить из-за непрекращающихся дрязг между наибами и мудирами.
После разгрома чеченцами летом 1845 года войск М. С. Воронцова увеличивается количество наибств. Происходят коренные изменения в политическом устройстве государства. Помимо высшего духовного сана имама и высшего воинского чина главнокомандующего войсками (тур да), Шамиль принимает титул монарха — эмир. Таким образом, с середины 40-х годов XIX века образуется государство Северо-Кавказский Эмират (Эмират Дагестана и Черкесии), устроенное по принципу шариатской монархии. Однако первое время власть монарха была ограничена выборностью этой должности. В январе 1848 года на съезде в столице Эмирата Ведено наследником престола был признан сын Шамиля Гази-Мухаммед. Должность эмира становилась наследственной.
Для расходов на нужды Имамата Шамиль создал государственную казну — байтамал. Она пополнялась за счет налогов, военных трофеев, штрафов и т. д. Все эти поступления носили как натуральный, так и денежный характер. Несмотря на военную и экономическую блокаду царскими войсками, в Имамате ходили в обращении царские серебряные деньги, за подделку которых фальшивомонетчики строго наказывались. Только на эти валютные средства Имамат, окруженный со всех сторон территорией Российской империи, мог делать широкие подпольные закупки, необходимые для нормального функционирования во время войны сжатого блокадой горского государства. Кроме того, изъятие денег из торгового оборота российского рынка подрывало экономику империи, ухудшая социально-экономическое положение внутри России.
Население платило в казну установленную шариатом десятую часть всех своих доходов с хлеба, овец, денег — закат; подать с горных пастбищ — харадж; одну пятую часть военной добычи — хумс и т. д.
Вызванные нуждами войны, практиковались и чрезвычайные сборы, главным образом хлеба, поставщиком которого была Чечня.
Взимаемые с населения средства тратились на закупку оружия, военного снаряжения, лошадей, пороха, продовольствия для армии и другие военные нужды, на материальную помощь неимущим людям, калекам, вдовам и сиротам, пансион героям Имамата, награжденным высшими наградами, орденами и медалями горского государства. Расходы шли также на оказание помощи в случае стихийных бедствий, закупку в казну пастбищ для армии (к примеру, у чермоевцев в Чечне была куплена гора Чермой-лам, а им в обмен были выделены земли в предгорьях, где они основали селение Махкеты), земель под укрепления (после сожжения русскими летом 1845 года столицы Имамата — чеченского аула Дарго имам купил у дишниведенцев землю для закладки новой столицы, названной Новое Дарго или Ведено).
Для решения государственных, законодательных, административных и религиозных дел в 1841 году был образован постоянно действующий Верховный совет — Диван-хана, главным в котором был глубоко почитаемый Шамилем мюршид (учитель) имама — шейх Джелал эд-Дин Казикумухский. Имам Шамиль не руководил Диван-ханой, но имел право вето на решения Совета, идущие вразрез с государственными интересами, что делал в исключительно редких случаях. Высшим государственным органом страны был чрезвычайный съезд народа, собираемый в судьбоносные для страны времена и уполномоченный решать абсолютно любые вопросы. Для решения важных государственных и военных вопросов и для утверждения новых законов периодически созывался съезд наибов и других должностных лиц Имамата. Съезд наибов, как и чрезвычайный съезд народа, мог сместить руководителя страны и заменить его новым, а также изменить форму правления.
Верховным руководителем государства был имам. Уже при его жизни назначался преемник, способный заменить имама в случае его смещения или смерти. Сначала это был наиб Малой Чечни (а затем и мудир) Ахверды Магома Хунзахский, погибший в 1843 году, затем другие известные наибы, а в 1848 году преемником имама был официально утвержден сын Шамиля Гази-Мухаммед. Как и всякий руководитель государства, ведущего тотальную оборонительную войну, имам Шамиль вынужден был, несмотря на демократические настроения в горских обществах, приостановить углубление демократических перемен и, сосредоточив в своих руках огромную военно-административную власть, подчинить все в стране нуждам обороны. Французский консул в Тифлисе Кастильон писал о Шамиле: «С одной стороны — это политический вождь, диктатор, которому событиями была предоставлена безграничная власть при демократическом строе, основанном на принципе абсолютного равенства. В то же время — это религиозный вождь, которому звание великого имама, верховного главы правоверных, придает священный характер. Имея это двойное звание, единственный судья в вопросе принесения жертв, требуемых войной против неверных, он распоряжается имуществом и жизнью населения. Его власть твердо организована».
Идеология Имамата вся подчинялась идеям борьбы за независимость. С помощью религии внедрялись пуританское самоотречение от всех благ и радостей жизни ради приверженности шариату и высшей форме самопожертвования, достойного всех благ Аллаха, — газавату.
В этой борьбе имам Шамиль не жалел ни себя, ни своих родных, не жалел никого. И несмотря на все тяготы жизни в военное время, на то, что горцы тяготились и страдали от жестоких порядков, а иногда открыто выражали недовольство, они верили Шамилю и шли за ним. Как писал в 1859 году царский историк А. П. Берже, «несмотря на все справедливые неудовольствия чеченцев, они упорно отстаивали против нас свою независимость».
Шамиль жестоко карал пьянство, курение, разгул и увеселения, взяточничество, злоупотребление служебным положением. Смертной казнью карались такие государственные преступления, как шпионаж, измена, а также преступления, нарушавшие моральные устои общества (например, прелюбодеяние). Система управления и внутренняя жизнь Имамата регламентировались специальными законами, вытекающими из принципа шариата и известными под названием низам. Низам касался многих сторон жизни, в частности организации вооруженных сил; он регламентировал судебное производство, налоговые обложения, штрафы и наказания, распорядок домашнего быта, положение женщины в обществе, имущественные права разведенной женщины и др.
Даже высокомерно и предвзято относившиеся к «отсталым и диким», по их мнению, горцам представители официозно настроенного дворянства вынуждены были признать заслуги Шамиля. А. П. Берже писал: «Все его усилия и реформы стремились к тому, чтобы образовать нечто похожее на правильно организованное государство. Но мог ли он надеяться на успех? Он имел против себя слишком могучего неприятеля, борьба с которым ему предвещала, рано или поздно, неминуемое падение. При всем этом на старания имама к прочному соединению разнородных племен Кавказа в одно стройное целое, повинующееся одному верховному главе, по справедливости можно смотреть как на смелые порывы энергичного ума, которому нельзя отказать ни в политическом смысле, ни в обширной предприимчивости, характеризующей гениального человека, одаренного железной волей и сумевшего в продолжение почти 25 лет управлять по своему произволу».
