После Каирской конференции Гертруда Белл вернулась в Багдад, где она работала в подчинении у первого Верховного комиссара Великобритании в Месопотамии Перси Кокса, генерала-майора Британской Индийской армии, до войны являвшегося секретарем Правительства Индии, а затем участвовавшего в Месопотамской и Палестинской кампаниях в качестве политического офицера Индийского экспедиционного корпуса. Он вместе с Белл рекомендовал Фейсала в качестве короля будущего Ирака. В 1913 году он стал главным архитектором британско-османской конвенции, в результате которой в составе Османской империи был образован автономный Кувейт. Фактически он оказался под британским протекторатом. Во время войны укрепил свои отношения с правителем Неджда ибн-Саудом, с которым познакомился раньше, будучи резидентом в персидском Бушире. После начала антибританского восстания в Ираке 1 октября 1920 года он был назначен первым британским Верховным комиссаром в Месопотамии. Кокс вступил в переговоры с представителями организации «Иракский завет» и достиг с ними соглашения о формировании временного национального правительства. Новое правительство полностью поддержало английскую политику в Ираке и оказало ему помощь в подавлении восстания. Кокс использовал свои хорошие отношения с Ибн Саудом для установления иракско-саудовской границ между Ираком, Кувейтом и Саудовским государством, чтобы в будущем Великобритании не пришлось бы защищать Ирак от Саудовской Аравии.
11 октября 1920 года Перси Кокс вернулся в Багдад и попросил Гертруду продолжить ее работу как Восточного секретаря комиссии, действуя в качестве связующего звена с будущим арабским правительством. Гертруда Белл фактически играла роль посредника между членами правительства и британских чиновников. На практике же ей часто приходилось выступать посредником между различными группами в Ираке. Ведь большинство населения в южных районах составляли шииты, в центральной части Ирака – сунниты, а на севере – курды, борющиеся за свою автономию. Соблюдение интересов этих групп имело критически важное значение для сохранения политического равновесия в Ираке, что было и в интересах Англии. Ирак имел не только ценные для Британской империи ресурсы, прежде всего, нефть, но и должен был служить в качестве буферной зоны между Турцией, Персией (Ираном), и Сирией. Правительство в Лондоне, и особенно Черчилль, стремились урезать расходы в колониях, в том числе и те, что шли на урегулирование межплеменных распрей. Еще британские и новые иракские правители надеялись создать новую идентичность у населения Ирака и постепенно превратить их в единую политическую нацию. Однако этот проект полностью провалился не только во времена монархии, но и у сменявших друг друга после ее свержения военных диктаторов, равно как и у установленного на штыках международной коалиции демократического правительства. Противоречия между тремя основными этно-конфессиональными группами населения Ирака только обострялись.
Сама же Гертруда в одном из писем обмолвилась: «Я ни на секунду не сомневалась, что окончательная власть должна быть в руках суннитов, хотя численно они находятся в значительном меньшинстве. Иначе мы получим теократическое государство, которое подобно самому дьяволу». Так она характеризовала власть шиитских аятолл.
Она, как и другие британские чиновники, учитывала, что преимущественно суннитское общество «Иракский завет» проявляло гораздо большую склонность к соглашению с Англией, чем преимущественно шиитское общество «Страж независимости».
Самоуправляющийся Ирак должен был обойтись британской казне значительно дешевле, чем Ирак, непосредственно управляемый британскими чиновниками, не говоря уже о необходимости содержать дополнительные войска для подавления восстаний. В Лондоне надеялись, что в королевском Ираке, управляемом арабским правительством, восстаний не будет. В создании Иракского королевства Гертруде отводилась выдающаяся роль. Она вместе с Лоуренсом, как мы помним, предлагала в качестве будущего короля Фейсала ибн-Хуссейна. Французы только что сместили Фейсала, провозглашенного королем Сирии, и англичане собирались утешить его, предоставив сыну верного союзника Ирака. Он устраивал британских чиновников как правоверный суннит из уважаемой семьи. Гертруда тоже полагала, что надо опираться на суннитов в преимущественно шиитском Ираке. Во-первых, арабы-сунниты были наиболее тесно связаны с Англией в ходе недавнего антитурецкого восстания. Во-вторых, являясь абсолютным меньшинством в Ираке, составляя лишь около 20 % населения, арабы-сунниты вынуждены были бы в первую очередь опираться на британскую поддержку. Шииты же всегда могли надеяться на помощь единоверцев из преимущественно шиитского Ирана, а такой союз англичан совершенно не устраивал. В то же время они надеялись, что новый король, имеющий определенный дипломатический опыт, сможет примирить все враждующие группы в стране. Ведь он представлял Хашимитскую династию, не имевшую непосредственных связей с иракскими племенами, а, значит, мог быть относительно беспристрастным при решении внутрииракских конфликтов.
12 июня 1921 года Гертруда писала: «Мы не можем осуществлять прямое управление страной, хотя в этом случае она бы управлялась лучше. Но было бы довольно комично говорить людям снова и снова, что независимо от того, хотят они этого или нет, они должны иметь арабское, а не британское правительство…» Как раз в июне 1921 года Фейсал прибыл в Ирак. Ввиду активных демаршей французского МИДа, англичане предложили публично дать гарантии того, что он не будет использовать свое новое положение для организации переворота в Сирии с целью объединения ее с Ираком, на что будущему королю с неохотой, но пришлось согласиться.
В целом модель управления подмандатными территориями, активно разрабатывавшаяся и пропагандировавшаяся Коксом, Лоуренсом, Монтэгю, Белл и рядом других британских политиков и экспертов, предполагала предоставление формальной независимости арабским странам, за фасадом которой, на основе навязанных свежеиспеченным монархам неравноправных договоров, осуществлялся бы реальный британский контроль над внешней политикой, обороной и финансами, равно как из важнейшими сферами экономики, особенно за нефтедобычей и нефтепереработкой, новых ближневосточных государств. Таким образом они стремились не допустить их вовлечения в орбиту влияния других европейских держав, прежде всего Франции. Подобная схема, использованная в Египте, Ираке, Трансиордании и некоторых других странах оказалась относительно более эффективной, чем прямое правление, применявшееся французскими властями в Сирии и Ливане, где восстания вспыхивали гораздо чаще, а войск приходилось держать гораздо больше, чем Англии в Ираке. Да и стоило французское присутствие в Сирии и Ливане гораздо дороже, чем британское – в Трансиордании и Ираке. Ведь приходилось оплачивать не только войска, но и многочисленных французских чиновников на местах. А вот в Палестине Англии пришлось в течение всего межвоенного периода сохранять режим прямого правления из-за острого конфликта между арабами и евреями, постоянно переходившего в вооруженные стычки. Здесь передача управления арабам вызвала бы резкое недовольство и вооруженное сопротивление еврейских поселенцев. А создание совместной еврейско-арабской системы управления на паритетных началах не представлялось возможным из-за острых противоречий между арабской и еврейской общинами.