Началом аграрной реформы стал Указ, принятый 9 ноября 1906 г. между I и II Думами в порядке ст. 87 «Основных государственных законов». По новому закону домохозяину, владеющему надельной землей на общинном праве, разрешалось требовать укрепления его части земли в личную собственность. При наличии излишков больше душевого наделения домохозяева могли и эту землю укрепить за собой. Выделенная земля становилась личной собственностью домохозяина, которой он мог распоряжаться, но с ограничениями. Продавать ее можно было только лицам, приписанным к сельскому обществу, закладывать — только в Крестьянском поземельном банке, а завещать — только ближайшим наследникам. Закон ориентировался на зажиточные слои деревни, которые получали возможность мобилизации земельных владений за счет скупки наделов бедноты. Указ поступил на рассмотрение Думы в конце 1909 г. Правооктябристское большинство готово было его сразу одобрить. Кадеты, страшась нового революционного взрыва, предлагали действовать осторожно и постепенно. Решительно против столыпинского указа выступили трудовики. Крестьянские депутаты из правых фракций дополнительно внесли законопроект, предлагая наделение безземельных и малоземельных крестьян за счет помещичьих земель. Их требования поддержали социал-демократы. Поправка думской земельной комиссии к проекту была направлена на расширение условий выделов. Сельские общества, в которых не проводилось в течение последних 24 лет общих переделов, объявлялись целиком перешедшими к наследственному землевладению. С этим дополнением правительственный законопроект был принят Думой. Поправка Государственного совета устанавливала единоличное владение также в обществах, где переделов не было с момента наделения землей. 14 июня 1910 г. закон был утвержден царем. 29 мая 1911 г. был принят Закон о проведении землеустроительных работ, по которому селения, где прошло землеустройство, оказывались перешедшими к наследственному участковому владению. Подобная норма давала право землеустроительным комиссиям насаждать хуторское и отрубное землепользование.
К началу реализации столыпинской аграрной реформы от общего числа 12,3 млн крестьянских и казацких дворов владели землей на общинном праве в Европейской России 9,5 млн (или 77 %). Желание выйти из общины было характерно для части зажиточной верхушки, стремившейся освободиться от стеснительных общинных порядков и завести более рациональное хозяйство. Эти тенденции особенно проявлялись в районах сравнительно недавнего заселения (Новороссия, Предкавказье, степное Заволжье), где община была слабее и где более интенсивно шел процесс капитализации аграрного хозяйства. Достаточно многочисленной в русской деревне была группа выделенцев, намеревавшихся полученную землю сразу продать. Это были, как правило, малоземельные крестьяне, уже порвавшие связь с хозяйством или желавшие этого. Две крайние группы деревни — богатая и беднейшая — и составили основное число выходцев из общины, причем вторая преобладала. Часть середняков выделялась из опасения остаться в начавшейся земельной перетасовке с худшими и урезанными наделами.
Данные об итогах реформы свидетельствуют, что община упорно сопротивлялась переделу крестьянской земли, поскольку помещичья оставалась нетронутой. К сентябрю 1914 г. заявления об укреплении земли в личную собственность подало 2,7 млн хозяев, т. е. менее трети. Из них только около 27 % получили согласие сельских сходов, поэтому 9 % крестьян взяли свои заявления обратно. Больше всего выходов приходилось на Поволжье, Таврическую, Херсонскую, Екатеринославскую губернии. В 1907 г. выделилось из общины 48,3 тыс. хозяйств. В 1908 и 1909 гг. этот показатель составил соответственно больше 508 тыс. и почти 580 тыс. выделов, т. е. увеличение к первому году было в 10 и 12 раз. В последующее пятилетие выделы неуклонно снижались, достигнув в 1914 г. 98 тыс., а в военном 1915 г., опустившись до 30 тыс. Невелико было число выделов в общинах, которые по закону 1910 г. признавались полностью перешедшими на новые права землевладения. За 1910–1915 гг. из 3,7 млн членов этих общин удостоверительные документы потребовало около 17 % домохозяев, а получило менее 13 %. В общей сложности за 1907–1915 гг. около 2,5 млн крестьян получили право собственности на бывшую надельную землю. К этому числу следует добавить 2,8 млн хозяйств с подворным владением землей, для которых снимались ограничения в продаже земли. В итоге 39 млн десятин земли могло свободно покупаться и продаваться.
Процесс втягивания укрепленной в личное владение надельной земли в торговый оборот шел весьма интенсивно. За 1908–1915 гг. продало свои наделы почти 1,1 млн домохозяев. Большая часть этой земли (3,4 млн десятин) приходилась на долю бывших общинников, и только 600 тыс. десятин — подворников. По официальным данным, в 45 губерниях Российской империи 1/4 из числа крестьян, продавших землю к 1914 г., порвала с хозяйством раньше его продажи. Среди оставшихся продали свою землю сразу и полностью половина крестьян, а другая половина лишилась земли частично. Основными причинами расставания крестьян с землей были нехватка рабочих рук и общий упадок хозяйства (25 %), продажа с целью купить землю в Других местах (20 %), а для развития хозяйства — только 6 %.
Крестьянские земли при выделе сводились в хутор (усадебная земля, пашни и угодья объединены в одном месте) или отруб (усадьба находится в отдалении от других земель). П. А. Столыпин и другие разработчики реформ были поклонниками хуторских хозяйств, характерных для западных, прибалтийских губерний, Новороссии. Они хотели также преодолеть чересполосицу, проводя землеустройство. При этом совершенно не учитывались природно-климатические особенности различных зон, низкая плодородность почв в историческом центре России, значительные перепады ее характеристик даже на небольшом пространстве, которые и нивелировались чересполосицей. Устроители не тратили особых усилий, а тем более средств на помощь выделившимся крестьянским хозяйствам. Земельные размеры создаваемых хуторов и отрубов были в десятки раз меньше тех хозяйств, с которыми реформаторы знакомили крестьян из русских деревень, организуя с этой целью специальные поездки. Насмотревшись в ходе таких «экскурсий» на добротные хутора латышских «серых баронов» со всеми необходимыми угодьями и обилием воды, на 60-десятинные участки херсонских немцев-колонистов с каменными постройками, на 100-десятинные хутора самарских меннонитов с собственными артезианскими колодцами, крестьяне возвращались на свой 5-десятинный хутор, не имевший воды, дороги, без луга и выгона, и становились противниками хуторского хозяйства. Теоретически прогрессивное дело разбивалось о нереальную для осуществления реформы ситуацию. Землеустроительные работы, предусмотренные реформой, шли медленно из-за нехватки специалистов, ассигнований и сопротивления крестьянства, вызванного волокитой и мздоимством чиновников, необходимостью оплачивать адвокатов при земельных спорах. В итоге проводившееся землеустройство увеличивало накапливавшуюся в крестьянской среде ненависть к существующим порядкам, неистребимое желание захвата помещичьей земли.
Существенная роль в проведении реформы отводилась Крестьянскому поземельному банку с его правом покупать имения (дано в 1895 г.) и выпускать ценные бумаги на всю сумму сделок (добавлено в 1905 г.). В процессе реформы ситуация на рынке грозила обесценением помещичьей собственности, поэтому Крестьянский банк развернул массовую скупку помещичьих имений. За 1906–1907 гг. он приобрел в 3 раза больше имений, чем за 11 предыдущих лет. При этом банк поднял цены почти на 1/3, что привело к их дальнейшему росту. Всего за 1906–1916 гг. Крестьянский поземельный банк выплатил помещикам за 4,6 млн десятин около 500 млн руб. Взвинчивание банком земельных цен, сопровождавшееся наложением на заемщиков, т. е. крестьян, больших платежей, неминуемо приводило большинство хуторян и отрубников к разорению. В 1906–1915 гг. за неуплату взносов по старым и новым ссудам у заемщиков было отобрано до 570 тыс. десятин земли. Недоимки клиентов Крестьянского поземельного банка постоянно росли, а число новых сокращалось, так как падало доверие крестьян к банку. Надежды устроителей реформы на этот банк как важный рычаг создания в деревне новой социальной опоры монархии рухнули.
Составной частью столыпинской реформы была целенаправленная организация переселенческого движения. Власти поощряли заселение территорий за Уралом, надеясь ослабить искусственный земельный голод в европейской части страны. Правительство стимулировало переселение выдачей небольших пособий, ссуд и льгот по переезду и налогам. Для переселенцев был даже сконструирован особый («столыпинский») вагон. Им предоставлялось право укрепить и свободно продать свой земельный надел. Переселенческий поток возрастал, начиная с 1906 г., и особенно высоким был в 1908–1909 гг., когда на новые места двинулось более 1,3 млн человек, в том числе многие на свой страх и риск. Таких в одной только Тохмской губернии в 1910 г. скопилось около 700 тыс. Главной трудностью на новых местах было отсутствие необходимых средств для организации хозяйства у подавляющего числа переселенцев, принадлежавших в своем большинстве к деревенской бедноте. Ссуды на обзаведение, по подсчетам экономистов, требовались в сумме не менее 450 руб. даже в ближайших областях Сибири, а практически они не превышали 100 руб. Большинство переселенцев (61,5 %) имело при себе менее этих 100 руб. Если начальная часть ссуды расходовалась на прокормление, а не на хозяйство (что было обычным явлением), то переселенец терял право на получение оставшейся части. Повсеместно переселенцы сталкивались с бесконечными поборами чиновников. Все это нередко приводило к возвращению неудачных новоселов в родные края. Общее число переселенцев за 1906–1916 гг. составило более 3,1 млн человек, процент возвратившихся в первые годы равнялся 9 %, в последующие поднимался до 31 %. Дополнительные сложности возникали у переселенцев из Европейской России, в основном русских и украинцев, направлявшихся в Туркестан, Степной край, Закавказье. Отвод земель, пригодных для земледелия, сопровождался здесь нередко отчуждением их у коренных народов или земельным утеснением местного населения. Организация переселенческого движения проводилась на уровне минимальных государственных затрат и с очевидной попыткой переложить все тяготы освоения новых земель, в том числе финансовые, на крестьянские плечи. При этом недостаток государственных средств был не в реальном их отсутствии, а в продолжавшейся безмерной и многоканальной поддержке дворянского землевладения.