В то же время в Москве выражали беспокойство тем, что процесс становления партии проходил медленно и сложно. Объясняли это низким теоретическим уровнем ее членов, а также отсутствием организаторского опыта у руководителей НДПА. Негативный отпечаток на деятельность партии в то время накладывало противодействие властей, ультралевых и экстремистских мусульманских группировок (типа «Братья мусульмане»). Да и для самой НДПА было характерным стремление к левацкому радикализму. В связи с этим советское политическое руководство советовало ее лидерам не форсировать события, не торопиться с коммунистическими идеями и лозунгами, больше подчеркивать в работе с массами общедемократический характер партии. Однако это не было в должной мере воспринято ни самим Н. М. Тараки, ни его соратниками (в конце 1965 г. Генеральный секретарь ЦК НДПА неофициально побывал в Москве, где встречался с ответственными работниками ЦК КПСС Р. А. Ульяновским и Н. Н. Симоненко, которые порекомендовали ему не ставить перед партией в качестве главной задачи свержение правительства ввиду ее неподготовленности и малочисленности).
К тому же сразу же после образования НДПА в ее руководстве началась борьба за лидерство на почве главным образом личного соперничества между Н. М. Тараки и Б. Кармалем. Последний, избранный депутатом парламента, болезненно воспринимал, что ему отводится… лишь вторая роль в партии. Имелись также разногласия и по некоторым тактическим вопросам. Так, например, Б. Кармаль и его сторонники в ЦК НДПА высказывались за усиление акцента на легальные формы борьбы, являлись поборниками просветительской деятельности. Они стремились добиться улучшения благосостояния народа через приобщение его к культурным ценностям, повышения образовательного уровня и т. д. Они были против распространения листовок и другой литературы революционного содержания, а наиболее эффективным методом считали выступления лидеров партии на митингах и демонстрациях. Н. Тараки же склонялся к полному переходу на нелегальную работу, объявлению партии коммунистической и образованию в случае необходимости ЦК партии в эмиграции. Он был уверен, что в условиях королевской монархии открытые выступления руководителей оппозиционной организации немедленно приведут к их аресту.
При принятии новых членов в партию Б. Кармаль предлагал не брать во внимание классовую принадлежность кандидатов, а учитывать только их взгляды и желание работать. Такая позиция Б. Кармаля объяснялась его близостью с представителями аристократии, вплоть до некоторых членов королевской семьи, ведь одно время он являлся активным сторонником возглавляемой принцем М. Даудом организации «Союз Пуштунистана», рекомендовал для вступления в НДПА начальника канцелярии премьер-министра Мохаммада Доста и других высших чинов государства.
Н. М. Тараки возражал против этого, доказывая, что с вступлением в НДПА представителей имущих классов и королевской семьи нарушится классовый принцип отбора в партию и в результате она потеряет авторитет у народа. Были также и другие противоречия.
Вскоре в руководстве произошел раскол. Тараки даже предложил исключить Кармаля из партии за связь с зятем короля — сардаром Абдул Вали. В ответ на это осенью 1966 г. Б. Кармаль со своими сторонниками вышел из состава ЦК и сформировал новую фракцию «Парчам» («Знамя»), которая официально именовала себя «НДПА — авангард всех трудящихся». Сторонники же Н. М. Тараки стали называться «НДПА — авангард рабочего класса», а в афганском обществе были известны как «Хальк» («Народ»).
По существу, это были две разные партии со своими руководящими органами, печатью и членством, хотя они на словах и признавали цели и задачи, провозглашенные первым съездом НДПА, программу и устав. Осенью 1966 г. с Б. Кармалем ушли и три других члена ЦК — Д. Панджшери, Ш. Шахпур, С. Кештманд, а также кандидаты в члены ЦК НДПА А. Х. Шараи, С. Лаек, Б. Шафи, А. В. Сафи, Н. А. Hyp (Панджваи).
На первый взгляд в основе этого раскола лежали теоретические различия. «Парчам» следовала линии «общего фронта», то есть не отказывалась от временных компромиссов и союзов с другими силами до захвата власти. Она стремилась нести в народ знания, чтобы общество созрело для преобразований и т. д. «Хальк» же, в свою очередь, отвергала такое сотрудничество, склоняясь к так называемому бескомпромиссному революционному социализму (т. е. утопии чистейшей воды). Вместе с тем, как показывает анализ, корни этого конфликта лежали практически не в теории, а в традиционных «культурных источниках»: это этнические, социальные, классовые, национальные различия, прочное взаимное презрение между кабульцами и провинциалами, личная приверженность отдельным лидерам (наиболее характерная черта афганцев) и борьба за власть между этими лидерами. Традиционно афганцы имеют склонность к крайнему индивидуализму, независимости и верности семейному клану. Они приверженцы равенства и нелегко подчиняются коллективным мероприятиям, особенно если руководитель не снискал их личного уважения и не обладает ценимыми ими качествами.
В Советском Союзе преобладало тогда мнение, что халькисты, например, по своему социальному составу преимущественно являются выходцами из малообеспеченных, полупролетарских и трудовых слоев общества (из семей интеллигентов, мелких служащих, кочевников, дуканщиков, ремесленников, крестьян, военнослужащих и т. д.). Халькисты — это в основном уроженцы периферийных районов, в большинстве своем пуштуны. Они были менее зажиточными по сравнению с членами «Парчам», но более активными, имели тесные связи с народом и демократическими слоями общества. Среди них чаще встречались служащие низших рангов госаппарата и учебных заведений, инженерно-технические работники предприятий государственного сектора, офицеры младшего состава (особенно ВВС и танковых частей). Причем данная фракция отличалась непоследовательностью, экстремизмом и левацким уклоном. Ее представители считали себя настоящими революционерами, а парчамистов — выразителями интересов буржуазии.
В то же время считалось, что парчамисты в своем большинстве — представители процветающих семей, большей частью из интеллигенции, образованные люди. Их лидером стал сын армейского генерала Бабрак Кармаль. Хотя многие члены этой фракции были пуштунами по происхождению, в нее входили также представители и других национальностей. Это были в основном горожане, особенно из Кабула и его предместий. В связи с существовавшей тогда в Афганистане практикой представители богатых слоев общества, как правило, учились на Западе (в США, ФРГ и других государствах). Многие из них получали образование также в привилегированных лицеях столицы и Кабульском университете. Однако немало представителей этого крыла учились в то время и в СССР, имели свои партийные ячейки в некоторых московских институтах.
В политическом плане парчамисты больше склонны к умеренности. Они тоже считали себя революционерами, причем более подготовленными в теоретическом отношении.
В действительности такое разделение было чисто условным. Ведь люди, стоявшие у истоков создания той и другой фракции, мало чем отличались друг от друга в плане имущественной принадлежности. Это в последующем они навербовали себе различных сторонников.
Организационный раскол НДПА продолжался более десяти лет и нанес большой ущерб всему демократическому движению в Афганистане. Дело осложнилось еще и тем, что от основных фракций, значительно ослабив их, откололись мелкие группы, которые создали свои самостоятельные политические левые организации («Сетаме Мелли», «Революционное общество Афганистана», «Авангард молодых рабочих Афганистана», «Рабочая группа», «Авангард трудящихся Афганистана» и др.).
Обе фракции НДПА независимо друг от друга вели активную политическую работу в массах. При этом парчамисты особое внимание сосредоточили на демократической части интеллигенции и патриотически настроенных офицерах. Они пытались привлечь в свои ряды в первую очередь студентов, журналистов, работников средств массовой информации, чиновников и военнослужащих. Им удалось добиться определенных успехов. Практической работой в армии руководил М. А. Хайбар. В его руках были сосредоточены все нити управления работой в армии. Несколько позже к этому процессу подключились и халькисты. Они в то время больше гнались за массовостью, привлекая в свои ряды беднейшие слои населения (люмпен-пролетариев).
Вскоре после разрыва Д. Панджшери, Ш. Шахпур и А. Х. Шараи возвратились в «Хальк» и были восстановлены в составе ЦК. Дополнительно в ЦК были избраны X. Амин, К. Мисак и Данеш.
Предпринимаемые время от времени шаги по объединению фракций оканчивались безрезультатно. Камнем преткновения в контактах между представителями крыльев являлся, как правило, вопрос о персональном составе ЦК и особенно о кандидатуре на пост Генерального секретаря, на который претендовали Н. М. Тараки и Б. Кармаль.