Осенью 2005 года администрация президента пригласила редакторов «Нью-Йорк тайме» на встречу в Белый дом. Помимо Хейдена в этой встрече приняли участие государственный секретарь Кондолиза Райс и советник президента по вопросам национальной безопасности Стивен Хедли. На совещании Хедли предупредил исполнительного редактора «Нью-Йорк тайме» Уильяма Келли о том, что публикация в газете сведений о программе АНБ насторожит террористов и сделает ее продолжение невозможным. И если США подвергнется второй террористической атаке, подобной той, которая была 11 сентября 2001 года, то ответственность за случившееся будет лежать в том числе и на «Нью-Йорк тайме». Однако эти аргументы не убедили Келли.
5 декабря 2005 года в Белом доме состоялась встреча Буша с владельцем «Нью-Йорк тайме» Артуром Шульцбергером. Буш сказал Шульцбергеру, что если его газета напишет про программу АНБ и будет новая террористическая атака на США, то и Буш, и Шульцбергер будут сидеть рядом в конгрессе и объяснять, почему это произошло и как это могло случиться. На что Шульцбергер сказал, что ничего нового от Буша не услышал и что своего решения не изменит. 16 декабря в «Нью-Йорк тайме» была опубликована статья о программе наблюдения за террористами.
На следующий день Буш затронул эту программу в своем субботнем радиообращении к американской нации: «Через несколько недель после нападения террористов на нашу страну в соответствии с законодательством и конституцией я поручил Агентству национальной безопасности осуществлять перехват сообщений, которыми обмениваются лица, связанные с Аль-Каидой и ей подобными террористическими организациями. Но перед тем, как перехватывать какие-либо сообщения, мы должны убедиться в их несомненной связи с террористической сетью». Далее Буш сказал: «Порученные мной действия подвергаются тщательному анализу примерно через каждые 45 дней. Этот анализ базируется на последних оценках степени террористической угрозы в отношении способности нашего правительства управлять страной и угрозы нанесения невосполнимого ущерба нашей родине. Каждый раз в ходе проводимого анализа оцениваются предпринятые по моему поручению действия. Результаты анализа передаются на рассмотрение нашим высшим судебным чиновникам, включая министра юстиции и советника президента. После атак 11 сентября я повторно санкционировал эту программу более 30 раз и намереваюсь делать это до тех пор, пока наша нация стоит перед лицом террористической угрозы со стороны Аль-Каиды и ей подобных групп».
Чтобы избежать появления в американской прессе выражений типа «незаконное прослушивание» или «незаконная слежка» в отношении программы АНБ, Буш попытался внедрить в сознание американцев другое название для нее. Программа в том виде, какой она приобрела в апреле 2004 года после внесения в нее изменений по требованию Коми, стала публично именоваться программой наблюдения за террористами, а то, что существовало с октября 2001 года по апрель 2004 года, «другой разведывательной деятельностью».
Почти сразу после публикации в «Нью-Йорк тайме» Американский союз защиты гражданских свобод подал в суд на АНБ, требуя признать программу наблюдения за террористами незаконной и запретить ее дальнейшее продолжение. 17 августа 2006 года 73-летняя судья Анна Тейлор вынесла решение в пользу Американского союза защиты гражданских свобод, признав необоснованными все доводы президентской администрации, включая ссылки на неотъемлемые президентские полномочия и на разрешение конгресса применять военную силу против Аль-Каиды. Тейлор постановила, что программа наблюдения за террористами является незаконной, поскольку нарушает «Закон о надзоре за внешней разведкой» и конституцию США: «Авторы конституции никогда не имели намерения предоставить президенту неограниченные полномочия, особенно в случае, когда его действия откровенно нарушают положения Билля о правах. Три ветви государственной власти в США были учреждены именно для того, чтобы контролировать и уравновешивать друг друга». По мнению Тейлор, неотъемлемые президентские полномочия не могли служить основанием для слежки за американскими гражданами: «В Америке нет наследных монархов и нет полномочий, которые не порождались бы конституцией. Поэтому любые «неотъемлемые права» должны быть установлены конституцией».
Ознакомившись с постановлением суда, вынесенным Тейлор, министр юстиции Гонзалес собрал пресс-конференцию, в ходе которой заявил: «Как вы знаете, сегодня окружной судья постановила, что программа наблюдения за террористами является незаконной. Мы не согласны с этим решением». АНБ обратилось к Тейлор с просьбой не запрещать программу, пока по этому делу не будет вынесено решение апелляционного суда, куда планировало обратиться АНБ. Просьба была удовлетворена.
В ноябре 2006 года прошли выборы в американский конгресс. Победу одержали демократы, которые с особым нетерпением ждали, когда, став конгрессменами в январе следующего года, они смогут инициировать расследование незаконной слежки АНБ за американскими гражданами. На январь 2007 года также было запланировано заседание апелляционного суда, на котором администрации Буша предстояло убедить жюри из трех судей отменить решение, вынесенное Тейлор. В случае отказа последним средством добиться этого было обращение в верховный суд США.
Учитывая все возрастающее недовольство программой со стороны телекоммуникационных компаний, которые подвергались судебному преследованию по искам возмущенных клиентов и правозащитных организаций, АНБ и министерству юстиции требовалось срочно найти выход из неблагоприятно складывавшейся ситуации.
10 января 2007 года наступил черед министерства юстиции и АНБ выдвинуть свою кандидатуру в судебную комиссию по делам разведки. В нее входили 12 судей, которые поочередно в течение нескольких месяцев исполняли обязанности председателя, вынося постановления по всем обращениям в комиссию. Пользуясь поддержкой дружественного судьи на посту председателя, можно было попытаться легализовать один из ключевых пунктов программы наблюдения за террористами: АНБ очень хотело получить возможность перехватывать иностранный трафик, следовавший транзитом через американские коммутаторы, не обращаясь по каждому такому случаю за разрешением в судебную комиссию по надзору за разведкой. Согласно действующей интерпретации «Закона о надзоре за внешней разведкой», АНБ должно было получать разрешение, если перехват из линий связи осуществлялся на территории США.
Однако найденное решение было временным: пост председателя комиссии вскоре должен был перейти к другому судье, который обязательно вспомнил бы про прежнюю интерпретацию закона и сказал, что, по его мнению, если сообщение передавалось по проводным каналам связи, проходящим по территории США, то для его перехвата в любом случае требовалось получать разрешение. И АНБ вернулось бы к игре по правилам, которые действовали до 11 сентября 2001 года. Тем не менее другого решения проблемы у АНБ не было, и 17 января 2007 года министр юстиции США Гонзалес заявил, что отныне АНБ будет вести перехват по программе наблюдения за террористами только под строгим контролем судебной комиссии по надзору за внешней разведкой и что президент решил повторно не санкционировать продолжение этой программы.
Весной 2007 года «дружественный» АНБ председатель комиссии по надзору за внешней разведкой уступил свое место менее «дружественному», который отменил благоприятное для АНБ решение своего предшественника и вернулся к строгой трактовке «Закона о надзоре за внешней разведкой». Теперь АНБ не только должно было обращаться в судебную комиссию за разрешением на прослушивание, но и подробно обосновывать каждое свое обращение. В качестве небольшой уступки АНБ была дана отсрочка до конца мая 2007 года. А начиная с июня, АНБ должно было вернуться к правилам, по которым оно работало до 11 сентября 2001 года.
По мнению руководства АНБ, это решение грозило сократить возможности агентства примерно на две трети. Оно больше не могло выполнять свое основное предназначение, которое состояло в том, чтобы заранее предупреждать о готовящейся атаке террористов. В результате возврата к старым правилам АНБ лишилось оперативного доступа к транзитному трафику, который проходил через коммутаторы, расположенные на территории США. Осознав опасность такого положения дел, президентская администрация решила обратиться в американский конгресс с предложением внести соответствующие поправки в «Закон о надзоре за внешней разведкой». Если бы это было сделано сразу после террористической атаки на США 11 сентября 2001 года, изменения были бы приняты безо всяких возражений. Однако в 2007 году рейтинг республиканца Буша был хуже некуда, а в конгрессе большинство принадлежало враждебно настроенным демократам. Поэтому шансы на утверждение предлагаемых поправок конгрессом были ничтожно малы.