Кончина Антуана сделала его восьмилетнего сына Генриха первым принцем крови и наследником трона Франции после сыновей Екатерины. К этому времени Генрих покинул двор, чтобы присоединиться к своей матери, Жанне д'Альбрэ, королеве Наваррской, где под ее фанатичным влиянием он воспитывался убежденным кальвинистом. Хотя его отец, Антуан де Бурбон, иногда и причинял Екатерине некоторое беспокойство, серьезным противником она его, конечно же, не считала. А вот сын его Генрих, повзрослев, стал опасной угрозой трону Валуа. Дерзкий и энергичный, он совершал хитроумные провокации, избегая ловушек. Как тут было не тревожиться королеве-матери, если пророчества предсказателей открыли ей — этот мальчишка будет править Францией после ее сыновей! С тех пор Генрих Наваррский стал самым страшным из кошмаров Екатерины.
Одной из радостей, кои предвкушала Екатерина при взятии Руана, не суждено было сбыться. Габриэль Монтгомери с горсткой людей сбежал на корабле до того, как город пал. В порыве мщения четыре тысячи мятежников были зарублены солдатами короля, хотя Гиз пытался остановить бойню и сохранить жизнь знатным пленникам ради выкупа. Однако теперь королеву-мать занимали более насущные проблемы. Несмотря на то что сейчас ее партия владела ситуацией, основная угроза еще не была устранена: Конде со своим войском покинул Орлеан и направился к Парижу. Гиз, планировавший захватить Гавр, оставил эту затею и выдвинул армию в направлении столицы, дабы не пустить туда гугенотов. Гиз выиграл состязание, и Конде повернул навстречу английским войскам в Нормандию, планируя соединиться с ними, пока не начнутся главные события. Армия Монморанси отрезала ему путь на север, выиграв битву при Дре 19 декабря 1562 года.
Начало этого сражения, первого из серьезных столкновений в той войне, описал Франсуа де ла Ну, гугенот и воин: «Каждый из нас думал про себя, что идущие сейчас против него люди — его родственники, друзья, товарищи, и через мгновение нам предстоит убивать друг друга. Эта мысль наполняла нас ужасом, но мы хранили мужество». Яростная атака кавалерии во главе с Колиньи едва не принесла им победу, но у Гиза было больше людей, он сумел сохранить часть войск в резерве и в результате выиграл. Сент-Андре, один из членов Триумвирата и закадычный друг Генриха II, был убит, а Монморанси снова попал в плен, как, впрочем, и Конде. Теперь Гизу приходилось нести ответственность за всю королевскую армию, ибо он единственный из триумвираторов остался «на коне». Колиньи тем временем принял на себя командование силами гугенотов. Екатерина рассматривала победу при Дре как шанс начать мирные переговоры, но общественное мнение было настроено против нее, и Гиз отправился осаждать Орлеан.
Вечером 18 февраля 1563 года герцог де Гиз, проверив, как ведется осада, дал распоряжения насчет диспозиции войск под Орлеаном и отправился в свой лагерь, когда уже стемнело. Впереди него шли, по обычаю, двое: молодой человек по имени Польтро де Мере и один из пажей герцога. Польтро был юношей двадцати одного года от роду, «низеньким, с желтой кожей». Позже выяснилось, что Ла Реноди, зачинщик Амбуазского восстания, состоял с ним в дальнем родстве. Де Мере, изначально — шпион гугенотов, был превращен Гизом в контр-шпиона. Теперь же, как говорили, он получил от своего прежнего господина, адмирала де Колиньи, приказ убить Франсуа де Гиза. В тот вечер он заметил, что герцог не надел свою обычную кольчугу. Пройдя пост караульного, будущий убийца сделал несколько шагов в сторону, спрятался за кустами и выждал, пока герцог проедет мимо него на лошади. Гиз не мог видеть нападавшего, когда тот выскочил из зарослей и выстрелил из аркебузы ему в спину. Герцог, раненый, упал наземь. Как только начались поиски виновного, Польтро де Мере умчался из лагеря на быстром скакуне.
Известие об этом настигло Екатерину в Блуа. Ее реакция, помимо естественного шока, составляла сложную смесь отчаяния из-за потери «самого способного и стоящего министра, какого [ее сын] когда-либо имел» и радости от освобождения из-под ига герцога. Зная, что смерть Гиза сводит шансы на настоящий, долгосрочный мир почти к нулю, королева-мать решила, что преступление стоит основательно расследовать, чтобы виновный понес поучительное наказание. Искренне возмущенная тем, что Гиз был сражен столь трусливо, исподтишка, она писала Анне д'Эсте, жене герцога: «Хотя меня уверяют, что рана не столь опасна, я все равно потрясена и не знаю, как быть. Но я желаю употребить все свои силы и власть, дабы отомстить за это преступление, и, я уверена, Господь простит все, что я сделаю в связи с этим». Екатерина поспешно покинула Блуа и отправилась в лагерь герцога, где проводила время у его ложа.
Польтро де Мере тем временем схватили и вернули в лагерь. Одного взгляда на полумертвого от страха убийцу хватало, чтобы понять: покушение было произведено не расчетливым шпионом, а глупцом, то ли выполнявшим приказы других, то ли пожелавшим таким образом оставить свой след в истории. Юноша, неспособный выражаться членораздельно, быстро признался, что действовал по приказу Колиньи, предложившего ему сотню экю за убийство герцога. Екатерина писала невестке, Маргарите Савойской, что Колиньи и де Без «убедили его: если он выполнит их план, тут же отправится на небеса… он также сказал мне, что имел приказ наблюдать за мной и моими детьми, что адмирал питает ко мне безграничную ненависть, так что я должна беречься. Вот так, сударыня, этот добрый человек (Колиньи), утверждающий, будто действует исключительно в интересах религии, пытается расправиться со всеми нами. Я чую, что на протяжении этой войны он действительно попытается убить моих детей и уничтожить моих лучших людей».
Допрошенный королевой-матерью, Польтро позже начал противоречить сам себе и отрицать собственные обвинения в адрес Колиньи. Тем не менее адмирал, чьи строгие нравы, пожалуй, стяжали ему большую славу, чем отчаянная храбрость и боевые победы, оказался замаран этим обвинением, в истинности которого Гизы не сомневались. Екатерину вместе с тем беспокоило не то, что Колиньи теряет безупречную репутацию, а то, что назрела насущная необходимость примирения влиятельных семейств Франции любой ценой. На данный момент обстоятельства как нельзя лучше устраивала королеву-мать — запятнанным и скомпрометированным Колиньи будет легче манипулировать.
Ободряющие прогнозы хирургов, как и в большинстве подобных случаев, оказались слишком оптимистичными, и Франсуа де Гиз, герой войны, гений воинского искусства и харизматический лидер католиков, умер 24 февраля 1563 года. Государство устроило ему поистине королевские похороны; 19 марта кортеж, состоявший из двадцати двух городских глашатаев, звонивших в колокола, влиятельных горожан с горящими факелами в руках, представителей церкви и знати прошел через весь Париж. Процессию сопровождало большое количество городской стражи, вооруженной до зубов. Тысячи скорбящих выстроились на улицах. Убийство Франсуа де Гиза положило начало кровавой вендетте между его семьей и родом Колиньи — Шатильонами, которая достигнет кульминации девять лет спустя, когда погибнут десятки тысяч человек.
Колиньи издалека отвечал на обвинения честно и откровенно, вопреки обыкновениям того времени, но это лишь повредило ему: оправдания адмирала легко было превратить в доказательство вины. Признаваясь, что слышал о нескольких заговорах против Гиза и членов его семьи еще до резни в Васси, Колиньи утверждал, что предупредил герцога через герцогиню де Гиз, но после резни счел герцога с семейством врагами короля и королевства. В тоже время было раскрыто несколько заговоров злоумышляющих против него и Конде, инспирированных герцогом. Следовательно, в условиях военного времени, когда два человека являются врагами, он не считал себя обязанным предупреждать герцога об угрозе его жизни. Утверждая, что сам он никогда не разрабатывал планов убийства герцога, Колиньи признал, что Польтро де Мере действительно был им нанят в качестве шпиона. Этот де Мере был последним человеком, кому он, Колиньи, мог бы доверить столь деликатное задание, как убийство вождя оппозиции, хотя во время последней их встречи де Мере и заявлял, что легко мог бы это сделать. В завершение своих объяснений Колиньи умолял, чтобы Польтро оставили в живых, дабы он дал показания на суде, ведь только он мог снять подозрения с Колиньи.
Так как не в интересах Екатерины было доводить расследование до суда, Польтро де Мере был быстренько осужден и четвертован в присутствии большого скопления народа на Гревской площади в Париже 18 марта. Люди, пылающие гневом в связи с кончиной военного героя, отрывали куски от тела Польтро и таскали их по улицам Парижа. Истинные обстоятельства этого весьма запутанного дела, которые вряд ли могли напрямую указывать на Колиньи, умерли вместе с ним. Колиньи в своем письме, где, по мнению Екатерины, он выказал «безрассудную откровенность», заключает: «Несмотря на полную невиновность, я рассматриваю смерть герцога как величайшее благо, могущее приключиться с королевством, церковью Господа и в особенности с нашим домом».
