Коронация Карла IX состоялась 15 мая 1561 года в Реймсе без особой роскоши — нужды экономии заставляли всех затянуть пояса, так что событие прошло почти незамеченным. Фактически если бы папа римский не настоял на присутствии герцога де Гиза и его товарищей по Триумвирату на церемонии, опасаясь, как бы юный король не попал под влияние протестантов, то, возможно, они бы и вовсе держались в стороне. Их присутствие лишь доказало преданность трону как таковому — вне зависимости от занимающего его лица. Несмотря на то что Екатерина спросила коннетабля, может ли ее любимый сын, Эдуард-Александр, или Месье («Monsieur»), как называли младшего брата короля, — возглавить процессию пэров, а Монморанси отказал ей в этом, Екатерина все равно поставила второго сына рядом с королем. Именно Месье сам держал корону над головой братца, а кардинал Лотарингский, не заботясь о том, что перед ним маленькие дети, произнес жестокие слова, напомнив Карлу и всем присутствующим сторонникам протестантизма, что «всякий, кто советует королю сменить религию, как будто сам срывает корону с его головы».
Мальчик плакал, изнемогая под весом короны. Он представлял собой жалкое зрелище — физическое воплощение выродившейся и слабой монархии. Была слышна и открытая критика в адрес Екатерины. Герцог Гиз громко обвинял ее, будто она «цедит воду из двух источников», проявляя терпимость к реформаторам. Герцог и его сподвижники по Триумвирату, Монморанси и Сент-Андре, представляли серьезную угрозу для Екатерины, ибо они контролировали французскую армию. Создав свой тайный союз, заговорщики относились к королеве-матери с явной враждебностью. Но все выпады в ее адрес не могли сбить Екатерину с курса. Она по-прежнему верила: религиозная терпимость поможет Франции — и старалась не обращать внимания на угрозы могущественных подданных своего сына.
Немедленно после коронации Екатерина попыталась перетянуть коннетабля и Гизов на сторону короля. Нанеся визит кардиналу в Реймсе, она объявила коннетаблю, что проведет ночь у него в Шантильи, добавив с горечью, но не без насмешки, что, останься она подольше, он, наверное, «вышвырнет ее за дверь». Потом она настояла, чтобы Франсуа де Гиз прибыл в Париж возглавить процессию в праздник Тела Господня, чтобы «защитить честь Господа». Другой возможности привлечь его не было, и королева отлично это знала. Он отвечал: «Раз дело касается чести Господа, я буду, и, случись что-либо, если мне придется погибнуть, лучше этой смерти и желать нельзя». Он возглавил процессию, пройдя вместе с королем и Бурбоном по улицам Парижа, заполненным радостным людом. Париж, наиболее католический из французских городов, был, таким образом, представлен единым фронтом. Королева-мать опять сумела залакировать зияющие раны противоречий, чтобы все выглядело благопристойно.
Екатерина знала, что Филипп поддерживает триумвираторов, а потом случилось неслыханное: посол Испании Шантоннэ позволил себе угрожать королеве! Он заявил, что в наказание за ее снисхождение к протестантам Екатерина будет сослана в Шенонсо. Изыскивая возможность встретиться с зятем, Екатерина писала своему послу в Испании: «…этой встречи я жажду более всего на свете, ради плодов, которые она принесет». Она хотела показать миру, «что этот католический государь берет моего сына под защиту и покровительство». Несмотря на попытки заручиться поддержкой Филиппа, Екатерина весьма либерально относилась к чтению ее детьми протестантской литературы. Говорят, что ее сын, Эдуард-Александр, перестал ходить к мессе, а однажды вздумал петь протестантские псалмы своей сестре Марго, выхватив из ее рук молитвенник. Это вряд ли соответствовало принципам строгого католического воспитания, которое можно было продемонстрировать Филиппу. Слухи утверждали, будто Эдуард-Александр выказывал признаки принадлежности к гугенотам и даже называл себя «маленьким гугенотом». Насмехаясь над изображениями святых (ему было всего девять лет!), он однажды отбил нос у статуи святого Павла, а также заставлял сестру Марго «сменить религию и кидал ее часослов в камин». Однажды, когда Екатерина давала аудиенцию папскому нунцию, король, его кузен Генрих Наваррский и компания друзей, одетых кардиналами, епископами и аббатами, ворвались в покои королевы-матери верхом на ослах. То, что Екатерина громко расхохоталась, вряд ли осталось незамеченным, хотя она и пыталась извиниться за детскую глупость. В ужасе нунций доложил обо всем, вернувшись в Рим.
Марго вспоминает, что после коронации ее брата, двор был «заражен ересью». В своих воспоминаниях она утверждает, что Екатерина в конце концов очнулась и стала поддерживать в детях католическую веру и запрещать им читать протестантскую литературу, наставляя их «в святой, истинной и древней религии, в которой сама никогда не поколебалась».
Свобода воспитания, предоставленная королевским детям, была неверно истолкована кальвинистами в Женеве, надежды которых на смену религии королевской семьей все росли. Теодор де Без, ближайший помощник Кальвина, писал своему руководителю: «Эта королева, наша королева, лучше относится к нам, чем когда-либо. Если бы Господу было угодно позволить нам найти способ тайно написать вам о трех ее сыновьях, о которых мне многое известно из надежных источников! Они так развиты для своего возраста, что на лучшее и надеяться нельзя». Екатерина никогда не рассматривала детские заигрывания своих сыновей с протестантами иначе, чем юношеское любопытство. Ей и в голову не приходило, что кто-то из ее детей может сменить веру. Королева, однако, начала понимать: необходимо сохранять внешнюю строгость, иначе не избежать обвинений в ереси. Угроза, исходящая от различных лиц и группировок, так и кружила над ней и королевскими детьми. Проводя за бумагами долгие часы, посылая гонцов по всей Франции, Екатерина являла собой образец мужества и выносливости в дни, когда все вокруг было пропитано духом мятежа и враждебности. «Как мать, она держит короля близ себя, спит в его покоях, но никому другому этого не позволяет, и не оставляет его никогда», — писал венецианский посол.
Религиозные волнения в королевстве не утихали. Попытки Екатерины примирить противников не принесли результатов, разве что вызвали нарекания с той и другой стороны: протестанты требовали все больших послаблений, а католики — ужесточения борьбы с ересью. Был созван Совет пэров, в который входили принцы крови, все палаты парламента и королевский совет (под «парламентом» во Франции XVI века понимали «либо полный судебный комплекс, включавший Парижский парламент и шесть провинциальных судов в Руане, Бордо, Тулузе, Эксе, Гренобле и Дижоне <…> либо только Парижский парламент как таковой», причем последний воспринимался как «суверенный суд целого мира, относительно которого провинциальные парламенты являлись филиалами»). Совет продолжался две недели. В итоге было запрещено проводить любые собрания и ассамблеи, что означало полный запрет публичной протестантской деятельности. Екатерина и ее канцлер проигнорировали эти постановления и продолжали держаться середины.
30 июля был провозглашен эдикт, обещавший амнистию всем, кто был арестован за религиозные убеждения со дня смерти Генриха II, если те пообещают впредь вести «мирную жизнь католиков». Еще одна полумера. Ожидая церковного Собора, назначенного Генеральными штатами через месяц, Екатерина была настроена куда как оптимистично. Для нее Господь Всемогущий всегда являлся защитником, а не мстителем. Она не была религиозной фанатичкой, если дело не касалось ее сыновей и их монарших прав. Католическая месса устраивала Екатерину, приносила ей успокоение, хотя не хуже действовали и отгоняющие нечистого талисманы. На свою беду королеве никак не удавалось понять, что камнем преткновения являются не пустяковые доктринальные различия между христианами двух фракций, но полный отказ реформатов от двух фундаментальных догматов, лежавших в основе католичества: таинства причастия и авторитета папы.
Папа Пий IV выражал крайнюю озабоченность конференцией в Пуасси, назначенной на конец августа; она могла, как минимум, подорвать его авторитет, а кроме того, включение в состав участников французских протестантов означало, по сути, их формальное признание. Тогда стали созывать Трентский Собор — генеральную ассамблею католической церкви, изначально созданную для борьбы с Реформацией и поддержки контр-реформации. Папа дал понять, что это и только это официальное мероприятие может служить местом для дискуссий о церкви. Екатерина, боясь, что собор в Тренте пройдет слишком поздно, чтобы принести ей пользу, назначила другие даты.
Некоторые историки считают, что инициатива по созыву конференции принадлежала не королеве, поскольку официально это предложение было выдвинуто Генеральными штатами, однако именно Екатерина направила всю свою неисчерпаемую энергию на обеспечение встречи в Пуасси. Папа, неспособный помешать этой встрече, послал туда кардинала Феррарского в качестве своего специального легата. Его инструкции были ясны: как можно строже урезать повестку дня и предупредить дальнейшие уступки протестантам. Тем временем Екатерина дала понять, что на встрече будут приветствоваться все, кто пожелает высказаться.
