Исходя из таких оценок и донесений, министр обороны России маршал Игорь Сергеев доложил 29 февраля 2000 года Владимиру Путину о выполнении задач третьего этапа контртеррористической операции на Северном Кавказе. Речь шла о том, что армия свои задачи выполнила и за ней останется лишь контроль за ситуацией в горных районах Чечни. Поэтому значительная часть воинских подразделений будет выводиться в места постоянной дислокации.
Ошибка военных обнаружилась очень скоро. Боевики не были разгромлены под Шатоем, хотя и потеряли здесь около 200 человек убитыми. Они сумели выйти из окружения со своими командирами и разделились на несколько достаточно хорошо вооруженных и организованных отрядов. Лишь несколько малых групп попытались прорваться из района Шатоя на юг — в Грузию, но почти все эти группы были уничтожены и рассеяны. Небольшие группы попытались пройти горными тропами на запад — в Ингушетию, но большая часть этих боевиков, по свидетельству генерала В. Шаманова, замерзла в горах. Не были удачными и попытки отдельных групп боевиков пройти через Дагестан на территорию Азербайджана.
Но два самых больших отряда двинулись на север и северо-восток с явной целью вырваться на равнинные районы Чечни и в предгорья, а также в Дагестан. Они действовали в данном случае по той же схеме, что им удалась в конце июля и в начале августа 1996 года, когда несколько тысяч зажатых в горных районах боевиков неожиданно спустились десятками крупных групп на равнину, просочились в города и за один-два дня захватили вновь Грозный, Гудермес и Аргун. Но теперь, в 2000 году, события развивались совсем по иному сценарию.
В ночь с 29 февраля на 1 марта на линию обороны в зоне ответственности Псковской воздушно-десантной дивизии обрушился отряд Хаттаба численностью не менее тысячи человек. Этот удар приняла 6-я рота 104-го полка 76-й Псковской десантной дивизии численностью немногим более 90 человек. Десантники продержались до утра, пока к ним не пришло подкрепление, но почти все пали в этом бою.
Вероятно, это был самый героический эпизод всей кампании, хотя подробности этого ночного боя все мы узнали только через неделю. Возможно, что генералы не решились сразу сообщить об этом знаменитом теперь сражении под Улус-Кертом, ибо министр Сергеев только за день до него доложил В. Путину об окончании всех крупномасштабных военных операций в Чечне.
После Улус-Керта отряд Хаттаба отступил и разделился на более мелкие группы по 20–50, а то и 100 боевиков в каждой, которые рассредоточились в Веденском, Шатойском и других горных районах Чечни. Им нужно было время, чтобы привести себя в порядок.
Второй крупный отряд боевиков под командованием Руслана Гелаева численностью также не менее тысячи человек, двигаясь на север, вырвался в начале марта в предгорье и захватил крупное село Комсомольское. Сюда же вышли следом и несколько меньших отрядов. Однако пройти дальше или рассеяться по равнинной части Чечни боевикам не удалось. Федеральные войска сумели быстро блокировать родное село Гелаева, в котором едва ли не каждый дом был оборудован подземными укреплениями и убежищами. Почти 20 дней боевики защищались с необычайным упорством. Лишь немногим из них, включая самого Гелаева, удалось вырваться из окружения и снова уйти в горы. Около сотни обессилевших боевиков предпочли сдаться в плен. Остальные погибли с оружием в руках в подвалах и траншеях села, покинутого жителями.
Сражение под Улус-Кертом и разгром крупного отряда боевиков в Комсомольском были последними крупными боями в Чечне, но они не стали концом войны. Чеченские боевики перешли к тактике засад на дорогах и минной войны, и им удалось в марте 2000 года нанести ряд болезненных ударов по колоннам ОМОНа близ Грозного и в районе Джаной — Ведено. Федеральные силы ответили проведением десятков спецопераций, в результате которых боевики понесли тяжелые потери и, несмотря на наступление весны и приход долгожданной «зеленки», так и не смогли развернуть в Чечне широкомасштабной партизанской войны.
Начался постепенный вывод из Чечни многих бронетанковых частей и некоторых подразделений воздушно-десантных войск.
В январе, феврале и марте 2000 года в Чечне происходили главные и наиболее трудные сражения второй чеченской войны.
Вооруженные силы сепаратистов потеряли в этих сражениях не менее 15 тысяч боевиков. Но и потери федералов составили более двух тысяч убитых. Однако ни один из претендентов на пост Президента Российской Федерации, соперников Владимира Путина, не стремился вести свою избирательную кампанию, заостряя внимание на Чечне. Этой темы избегали и Явлинский, и Зюганов, и Жириновский.
Да, конечно, оппозиционная Путину и ангажированная печать продолжала свою кампанию дезинформации. Официально объявляемые еженедельно цифры потерь федеральных войск завышались отдельными газетами в пять, а то и в десять раз. Многократно раздувались отдельные случаи мародерства. «Новая газета» писала о повальном пьянстве российских офицеров и массовом употреблении наркотиков рядовыми солдатами, которых журналисты этой газеты рисовали «грязными, оборванными и запуганными». Газета утверждала, что некоторые из российских летчиков сбрасывали свой боезапас в реку, «чтобы не брать греха на душу».
Журнал «Власть» и газета «Коммерсантъ» видели в Чечне, напротив, не грязных и оборванных солдат, а бойцов, на шее у которых «красовались по две-три золотые цепи, снятые с убитых моджахедов». Даже эти газеты и журналы старались не связывать свои корреспонденции из Чечни с идущей в стране избирательной кампанией по выборам президента. И Владимир Путин, казалось, не вел целенаправленной избирательной кампании, а просто выполнял свои обязанности — оставался и. о. президента.
Уже с осени 1999 года В. Путин фактически исполнял многие из обязанностей Верховного главнокомандующего. Никому из прежних премьеров Ельцин не давал таких полномочий. Но с 12 часов дня 31 декабря 1999 года Путин и формально стал Верховным главнокомандующим. Не случайно его первый приказ в этом качестве устанавливал ряд мер поощрения офицеров и солдат, участвующих в военных действиях в Чечне. Не случайно также, что уже вечером 31 декабря Путин с супругой вылетел в Дагестан, а затем прибыл в Чечню и провел новогоднюю ночь среди российских военных в Гудермесе, вручая им награды и подарки. Не была случайной и поездка Путина 20 марта в Грозный на проводы одного из отличившихся в Чечне воздушно-десантных полков. Не совсем обычным было лишь то, что и. о. президента прибыл в аэропорт «Северный» близ Грозного на сверхзвуковом боевом истребителе Су-27 в качестве второго пилота. Глава государства отправился в Чечню практически без охраны и, принимая рапорт командования, а затем беседуя с офицерами и солдатами полка, Путин сказал, что ему не нужна охрана, когда он посещает части российской армии. Этот эпизод произвел большое впечатление и на армию, и на граждан России.