В долгое правление сына Мануэла I Жоана III Благочестивого (1521–1557), огромная колониальная империя уже определенно клонилась к упадку, что, впрочем, никак не связано с личными качествами монарха. Цена за статус колониальной империи оказалась слишком велика для маленькой страны. Португалия испытывала растущие экономические трудности, расходы казны не соответствовали доходам, корона была вынуждена прибегнуть к внешним займам. Постоянный отток в заморские владения экономически и социально активной части жителей вел к сокращению населения метрополии (в XVI в. никогда не превышавшего 1,5 млн человек), а поразившие страну аграрный кризис, голод и эпидемии еще сильнее уменьшили его численность. В то же время огромные прибыли от торговли пряностями нарушили традиционное равновесие португальского общества. Это проявилось в непопулярности ставшего невыгодным крестьянского и ремесленного труда, бегстве из провинции в столицу, широком распространении паразитических настроений, непомерном увеличении числа должностных лиц. Результаты Великих географических открытий все чаще оценивались негативно и связывались с упадком страны; современники жаловались, что под запах пряностей королевство пустеет. Трудности нарастали, португальским владениям в Индии все более угрожали турки и арабы. Растущая потребность марокканских гарнизонов в людях и оружии без должной финансовой отдачи все более тяготила государство, и Жоан III вынужден был оставлять одно африканское владение за другим: Сафим, Азамор, Арзилу. Признание Испанией португальских прав на Молуккские острова и монополии на восточные пряности по Сарагосскому договору 1529 г. обошлось в 350 тыс. золотых дукатов. Король попытался взять реванш за неудачи на Востоке и в Африке, активизировав освоение Бразилии; попытки Франции проникнуть туда были жестко пресечены, хотя в целом Жоан избегал вооруженных конфликтов с европейскими странами.
Поддерживая тесные связи с папским престолом, Жоан III проводил в стране политику Контрреформации; в 1536 г. он получил от Рима разрешение ввести в стране инквизицию, и вскоре было проведено первое аутодафе. Португальская инквизиция далеко отставала от испанской в отношении числа процессов, но опередила ее по смертным приговорам. Наиболее заметную группу осужденных составили конверсо, многие из которых были потомками иудеев, переселившихся из Испании в конце XV в. В 1547 г. в Португалии появился первый Индекс запрещенных книг. И в королевстве, и в колониях быстро приобретали влияние иезуиты.
Все сыновья Жоана III умерли при жизни отца. Ему наследовал трехлетний внук Себастьян (Себаштьян) I (1557–1578), родившийся уже после смерти отца, младшего сына Жоана III инфанта Жоана. С 14 лет Себастьян начал править самостоятельно. Юный король, сформировавшийся под влиянием иезуитов, отличался глубокой религиозностью, честолюбием и упрямством. Он грезил о славе спасителя христианского мира от неверных. Мечты короля воплотились в планы вторжения в Марокко, где португальцы теряли прежние позиции. В то же время успехи в Африке могло бы ослабить Османскую империю, что отвечало интересам всей христианской Европы.
В 1575 г. в борьбе за власть в Марокко победил ставленник турок. Увидев в этом угрозу Португалии и всем христианам, Себастьян начал готовить экспедицию в Африку, объявленную крестовым походом. Подготовка потребовала огромных денежных средств. Филипп И, дядя Себастьяна, отказался участвовать в этой авантюре. 7 июля 1578 г. 20-тысячное войско высадилось в Танжере. Вопреки мнению опытных военных, Себастьян двинулся в глубь страны, к г. Эль-Ксар-аль-Кебир (Алькасар-Кебир), и 4 августа был там атакован превосходящими силами мусульман. Битва закончилась для португальцев катастрофой: половина войска полегла на поле боя, другая половина попала в плен. Сам Себастьян, видимо, тоже погиб.
Смерть Себастьяна привела к династическому кризису в Португалии. Себастьяну наследовал двоюродный дед, кардинал Энрике; ему было 64 и он был болен, так что вопрос о наследнике вскоре должен был встать вновь. На наследство претендовали внук Мануэла I по женской линии Филипп II Испанский и еще один внук Мануэла дон Антониу, незаконный сын инфанта Луиша. Остальные претенденты не пользовалась широкой поддержкой. В условиях упадка и нараставших трудностей союз с Испанией представлялся лучшим решением для всех, кому было что терять. Знать надеялась на милости богатого и могущественного испанского монарха, а для купцов этот союз нес с собой огромные выгоды от открытия сухопутной границы с Кастилией, доступа в Америку и защиты португальской торговли на Востоке испанским флотом — на тот момент сильнейшим в Европе. Сила дона Антониу была в поддержке простого народа; он мог рассчитывать также на помощь врагов Испании. Фактически это был выбор между утратой или сохранением независимости. Король-кардинал надеялся решить вопрос мирно и избежать насилия. С этой целью Энрике вступил с Филиппом II в тайные переговоры, но умер в начале 1580 г., так и не решив вопрос о наследнике. Вскоре после этого дон Антониу вступил в Лиссабон, радостно встреченный народом. В ответ Филипп II ввел в Португалию войска под командованием опытнейшего герцога Альбы. Дон Антониу пытался сопротивляться, но был разбит и покинул страну, чтобы искать помощи у Англии и Франции. В 1581 г. португальские кортесы официально признали Филиппа II королем Португалии.
При вхождении в состав Испанской монархии Португалии было сохранено прежнее устройство. На высшие должности могли быть назначены лишь португальцы, а вице-королем мог стать только близкий родственник монарха. Филипп II скрупулезно соблюдал все свои обещания, и уния долгое время казалась прочной. Однако, несмотря на значительную обособленность Португалии внутри Испанской монархии, присоединение к ней сильно осложнило военно-политическое положение страны, что особенно сказалось на колониях. Прежде Португалии удавалось обеспечивать их безопасность, теперь же соперники Испании, англичане и голландцы, атаковали и португальские колонии, защищенные хуже испанских. Смещение центра политической жизни Португалии в Испанию также вызвало недовольство и части дворянства, и простонародья. Дворяне, протестуя против испанского владычества, отказывались от службы при дворе или в колониях и удалялись в свои поместья. Недовольство унией с Испанией находило свое выражение в низших слоях в форме так называемого себастьянизма — мессианской веры в то, что король Себастьян не погиб в походе в Африку, но чудесным образом спасся и может объявиться, чтобы спасти Португалию в самые трудные времена и вернуть ей независимость. Появление нескольких самозванцев, выдававших себя за погибшего монарха, усилило брожение. Даже и после возвращения Португалией независимости в 1640 г. себастьянизм как мистическая вера в возрождение «золотого века» Португалии периодически давал о себе знать.
Последние десятилетия независимого существования Португалии (т. е. годы правления Жоана III и Себастьяна) стали временем всестороннего расцвета культуры Возрождения. Многие гуманисты испытали влияние Эразма; среди них Жоан де Барруш (ок. 1497–1570) и особенно Дамиан де Гойш (1502–1574), который заплатил за дружбу с Эразмом и личную встречу с Лютером инквизиционными преследованиями. Перу Гойша принадлежат разные по жанру произведения: «Верования, религия и обычаи эфиопов», «Описание города Лиссабона», «Хроника короля Мануэла I», «Хроника государя Дона Жоана». «Хроника Мануэла» посвящена главным образом событиям в заморских владениях Португалии и содержит описание деяний многих знаменитых португальцев: Васко да Гамы, Кабрала, Алмейды, Албукерке.
Жоан де Барруш за свою долгую жизнь также успел написать множество сочинений: рыцарский роман, исторические, этические и дидактические сочинения (в том числе одну из первых грамматик португальского языка). Высоко оценивая португальский язык как результат и инструмент творчества португальского народа, Барруш мечтал о том, что он станет языком всемирной христианской империи («Диалог во славу португальского языка»). Его исторический труд «Декады», рассказывавший о былых деяниях португальцев во всех частях света, имел целью пробудить в соотечественниках чувство гражданственности и возродить подражание великим предкам; часть «Декад», которую автор успел закончить и выпустить в свет, посвящена Азии и составляет лишь малую часть задуманного. В книге ярко проявилось присущее португальской культуре XVI в. осознание исторической миссии географических открытий и заморской экспансии. «Декады» стали для современников и потомков главным источником знаний о заморских открытиях и завоеваниях.
Деяния португальцев на Востоке оказались и в центре творчества Луиса де Камоэнса (1524/25-1580), одного из величайших лириков своего времени и автора эпической поэмы «Лузиады», воспевающей открытие Васко да Гамой морского пути в Индию. Камоэнс эпизод за эпизодом воссоздает героические деяния лузов (потомков легендарного короля португальцев Луза) на этом пути, а в отступлениях рисует картины исторического прошлого страны, включенные в панораму всемирной истории. Смысл жизни человека и истории народа он видит в героическом преодолении препятствий, в воплощении в жизнь, с помощью человеческой доблести, божественного плана. В поэму включены пророчества о грядущих деяниях португальцев на Востоке, что позволило рассказать всю историю португальских завоеваний в Азии за время между плаванием Васко да Гамы и годами создания поэмы. Однако в авторских отступлениях немало горечи, в них звучит мысль о том, что прекрасный и героический мир, описанный в поэме, ушел в прошлое, а в реальности нет места героизму, бескорыстию, рыцарственному служению королю и народу.
