Александр Михайлов наладил и сработал систему жестокой конспирации с шифрами, паролями, предупреждающими сигналами. Была создана сеть конспиративных квартир для собраний и для проживания и для гостей. В центральных, базовых квартирах всегда находился неприкосновенный запас денег, продуктов, одежды для переодевания, средств для гримирования, оружия и динамита. Первая из центральных квартир находилась на Лештуковском переулке, 13, между Гостиным двором и Витебским вокзалом. Члены Исполнительного Комитета часто собирались в доме 24 по Вознесенскому проспекту, между Мариинским театром и Сенной площадью. В Троицком переулке у Пяти углов, рядом с Владимирской площадью, долгое время находилась оберегаемая как главный секрет партии динамитная мастерская Николая Кибальчича, в которую постоянно в больших количествах на глазах дворников проносили все необходимое для производства бомб, мин и ручных взрывных устройств, купленное в петербургских аптеках, и Кибальчич производил динамит центнерами.
Еще одна динамитная группа с Исаевым и Ширяевым работала в квартире дома 37 на Большой Подъяческой улице. Тайная Вольная типография «Народной воли» без выходных и праздников с десяти утра до десяти вечера печатала газеты, листовки, прокламации, воззвания, обозрения, брошюры в доме 10 в Саперном переулке, недалеко от Таврического дворца, а с января 1880 года на Подольской улице, 11. Квартира боевой группы находилась на Тележной улице, рядом с Николаевским вокзалом. Сам Михайлов жил в Орловском переулке, 2, Желябов и Перовская в квартире дома 27 Первой роты Измайловского полка, Кибальчич на Лиговке, в доме 83. Из-за возможного ареста революционеры никогда не жили вместе, даже для экономии средств.
В особой конспиративной квартире действовал народовольческий паспортный стол, имевший сотни калькированных и резиновых копий возможных печатей, форм паспортов, различных бланков. В партии были созданы группы эвакуации, прикрытия, боевые, безопасности, сбора пожертвований от общества, интеллигенции, мониторинга общественного мнения, пропаганды и агитации сотрудничества с газетами и журналами, с литераторами и журналистами. Для членов Исполнительного Комитета были определены способы экстренной связи – появляться в определенный день недели в определенное время в определенном месте, например, по вторникам в одиннадцать часов дня на мосту через Мойку на Невском проспекте. Александр Михайлов постоянно проводил учебу народовольцев по уходу от слежки «пауков» и «подошв», как революционеры называли агентов наружного наблюдения полиции, филеров, осуществлял контрнаблюдение за жандармами. Все нелегальные сдавали ему экзамен по знанию сотен проходных петербургских дворов. Он обучал народовольцев и контролировал соблюдение условий конспирации. Уже осенью 1879 года народоволец, заметивший слежку, часто случайную, садился на извозчика, потом на конку, потом опять на извозчика, выскакивал у дома 37 на Невском, через проходной двор пробегал на Фонтанку, несся по набережной до дома 50, влетал в проходной двор и исчезал на другой улице. Многие народовольцы, чьи лица запоминали агенты охраны на маршрутах царя, благодаря знанию выясненных Михайловым проходных дворов, так уходили от профилактической слежки.
Александр Михайлов, Александр Оболешев, Александр Квятковский потом и кровью писали революционную науку конспирации. Они часто для контроля следили за народовольцами и очень радовались, если их обнаруживали. Они лично находили конспиративные квартиры, всегда с толстыми звукоизоляционными стенами и двумя выходами, спасавшими революционеров при захвате. Именно через черный вход ушли задержанные Морозов и Любатович, напоив находившихся в квартире городовых до изумления и не попавшись наружной охране у парадного входа. Окна конспиративных квартир всегда должны были быть видны с противоположной стороны улицы, и на них находились знаки безопасности, для которых использовались шторы, форточки, цветы и игрушки на подоконниках, находившиеся в разное время дня и даже дни недели в разном положении. Александр Михайлов научил товарищей одним взглядом замечать знакомые лица в толпе, оглядываться не оглядываясь, исчезать среди белого дня на глазах у прохожих. Он часто инспектировал местные группы «Народной воли», разрабатывал и контролировал реализацию многих актов революционеров. За точность, аккуратность, обеспечение безопасности партии, народовольцы называли его «Дворником».
В начале 1879 года к Михайлову обратился через многих знакомых Николай Васильевич Клеточников, тридцатилетний дворянин из Симферополя, решивший стать революционером. С помощью элегантной комбинации и проигранных им знатной хозяйке квартиры нескольких сот рублей Клеточников попал на работу в Третье отделение – хозяйка, рекомендовавшая его туда, не хотела терять карточный выигрыш, а жилец хотел съехать из-за того, что не мог найти в Петербурге работу. Писчик, а затем помощник делопроизводителя попал в Третью экспедицию, занимавшуюся секретной агентурой, получил ключи от особого архива и хранил самые секретные агентурные бумаги. Вскоре коллежский регистратор Клеточников знал о политическом имперском сыске почти все и два года прикрывал «Народную волю» от атак Третьего отделения, называл провокаторов в рабочих, студенческих и народнических кружках, спас многих революционеров, в том числе Степана Халтурина в декабре 1879 года. Из своего ежемесячного жалованья в восемьдесят рублей Клеточников половину отдавал на партийные нужды. С ним встречались только Михайлов, Баранников, Желябов и Корба, в квартире, где постоянно жила секретная народоволка, изображавшая барышню Клеточникова. Солидный тридцатилетний человек с университетским образованием, прекрасным почерком, без вредных привычек и связей в Петербурге несколько раз получал повышение в Третьем отделении. Все члены Исполнительного Комитета называли Клеточникова героем. Когда в январе 1880 года жандармы пришли со случайным обыском в Вольную типографию «Народной воли» в Саперном переулке, народовольцы отстреливались столько, сколько было нужно для того, чтобы сжечь хранившиеся там донесения Клеточникова и размешать пепел в тазу с водой. Листовки и прокламации партии два года тысячами экземпляров публиковали донесения Клеточникова: «Исполнительный Комитет извещает, что Петр Иванович Рачковский состоит на жалованье в Третьем отделении. Его приметы: рост высокий, телосложение довольно плотное, волосы и глаза черные, кожа на лице белая с румянцем, черты крупные, нос довольно толстый и длинный. На вид лет двадцать восемь. Усы густые черные. Бороду и баки бреет. Исполнительный Комитет просит остерегаться шпиона».
Несколько раз в начале своей работы Клеточников чудом избежал провала. Он известил «Народную волю» о грядущих обысках и сильной народнической группы, пока не входившей в партию. Михайлов предупредил товарищей, а те при появлении полицейских с улыбкой заявили, что уже давно их ждут. Исполнительный Комитет очень берег Клеточникова после этого случая.
11 августа 1879 года на юге были повешены четверо революционеров, которым по закону полагалась только ссылка. Среди них был Дмитрий Лизогуб, которого в партии называли святым. 26 августа только что созданный Исполнительный Комитет заочно судил всероссийского императора Александра II в парке, который принадлежит сейчас петербургской Лесотехнической академии. Двадцатилетнее царствование было объявлено недоведенным ни до чего, а просто наполненным пустыми обещаниями и посылами. Царь освободил крестьян, но не дал земли, а значит и средств к существованию. Он защищал балканских славян от турецкого ига, но восстановит против империи не только Турцию, но и Европу и даже Балканы, погубил из-за казнокрадства своих интендантов десятки тысяч русских солдат, погибших совсем не в боях. Он беспощадно подавил польское восстание. Реформы были начаты, но не кончены, и не стали началом возрождения России. Громкие слова о свободе и будущих когда-нибудь политических правах подданным сопровождались смертями в казематах до суда, самоубийствами и сумасшествиями сотен просто очень умеренных либералов, которых годами держали в невыносимых тюрьмах, иногда забывая об их существовании. Без суда и следствия тысячи молодых сгинули в Сибирь, сосланные туда административно, часто по раздутым из ничего делам. Один из землевольцев на суде на всю империю заявил, что бессмысленно ссылать людей в Сибирь, когда вся страна Сибирь. В решении народовольческого суда было записано, что все полезное, что совершил Александр II, он же тут же загубил, и царь должен лично ответить за казни, за надругательство над людьми, за умерших и сошедших с ума народников.
Александра II охраняла особая стража из ста унтер-офицеров, десяти тайных агентов и трех руководителей во главе с двадцатипятилетним капитаном Карлом Кохом. Несколько десятков или сотен городовых несли внешнюю охрану Зимнего дворца, других царских резиденций, в Царском Селе и Петергофе, освобождали Летний и Александровский сад от отдыхающих во время царских прогулок. Охраной императора занимались также Третье отделение и полиция Министерства внутренних дел. Летом 1879 года группа «Свобода и смерть» писала в газете «Земля и воля», что вся особая стража императора одинаково пострижена и одета и легко узнаваема. Охранники всегда предварительно осматривали царский маршрут, убирали с дороги извозчиков и ломовых лошадей с подводами, перевозящих грузы, встречали, сопровождали царя по всему маршруту. Охранялся штатской охраной и Аничков дворец, в котором жил наследник престола. Император и цесаревич выезжали из дворцов под официальным гвардейским конвоем терцев и кубанцев лейб-гусарского Казачьего полка. Сто унтеров стояли по всей царской дороге.
