Вооруженные силы Литвы состояли из сухопутной армии и авиации. Командование армией осуществлял генерал В. Виткаускас (начальник штаба генерал Пундзявичус), подчинявшийся военному министру бригадному генералу К. Мустейкису. Призыв в армию осуществлялся на основе всеобщей воинской повинности. Сухопутная армия состояла из 3 пехотных дивизий, 1 кавалерийской бригады и технических частей. 1-я пехотная дивизия дислоцировалась в районах Вильно - Расейняй - Паневежис-Купишкис. 2-я пехотная дивизия дислоцировалась в районах Каунас - Ионава - Шауляй Мариамполь. 3-я пехотная дивизия дислоцировалась в районах Шауляй Плунге - Таураге. Отдельные части кавбригады располагались в Каунасе, Вильнюсе, Таураге и Вилькавишкис. В составе армии имелись инженерный батальон, батальон связи, бронеотряд, автоотряд, а также военно-учебное судно "Президентас Сметона". ВВС Литвы (командующий - бригадный генерал Густайтис) включали 4 авиагруппы, зенитный дивизион, прожекторную роту, 5 рот ПВО, роту звукоулавливания, батальон охраны аэродромов и роту постов наблюдения. В республике имелось 7 аэродромов (еще 5 строилось) и 4 посадочные площадки. Кроме того, в Литве существовала военизированная организация "Шаулю Саюнга", подразделявшаяся на 20 отрядов (полков или батальонов).
Располагая столь незначительными вооруженными силами, отрезанные от любой помощи извне, прибалтийские государства, естественно, старались по возможности не обострять отношений с СССР. Экономические трудности, вызванные войной, вели к росту недовольства населения, особенно в городах, все более сужая социальную базу правящих авторитарных режимов. Надежды на политические перемены все глубже проникали в прибалтийские общества. Наступление Германии на Западном фронте и прорыв вермахта к Ла-Маншу 20 мая 1940 г. значительно изменили стратегическую обстановку в Европе. Среди некоторых слоев населения Прибалтики вновь оживились опасения: после победы на Западе Германия возобновит экспансию на Восток, что сделает эти страны театром военных действий. Часть правящих кругов Эстонии, Латвии и Литвы стремилась ценой переориентации на Германию избавиться от советской опеки. В этой ситуации события мая - июня 1940 г. оказались для них полной неожиданностью.
К лету 1940 г. в Прибалтике размещались следующие советские войска. В Эстонии находилось управление 65-го ОСК, 123-й отдельный батальон связи, 11-й корпусной зенитный артдивизион, 16-я стрелковая дивизия, 18-я легкая танковая бригада, 5-й мото-механизированный отряд, 414-й, 415-й автотранспортные батальоны, Особая группа ВВС в составе 35-го, 52-го среднебомбардировочных, 7-го, 53-го дальнебомбардировочных, 15-го, 38-го истребительных авиаполков и другие части. В Латвии были развернуты управление 2-го ОСК, 10-й отдельный батальон связи, 86-й корпусной зенитный артдивизион, 67-я стрелковая дивизия, 6-я легкая танковая бригада, 10-й танковый полк, 18-я авиабригада в составе 31-го среднебомбардировочного, 21-го и 148-го истребительных авиаполков, 640-й автотранспортный батальон и другие части. В Литве располагались управление 16-го ОСК, 46-я отдельная рота связи, 19-й корпусной зенитный артдивизион, 5-я стрелковая дивизия, 2-я легкая танковая бригада, 54-й среднебомбардировочный и 10-й истребительный отдельные авиаполки, 641-й автотранспортный батальон и другие части. Всего войска насчитывали 66 946 человек, 1 630 орудий и минометов, 1 065 танков, 150 бронемашин, 5 579 автомашин и 526 самолетов561 .
23 апреля 1940 г. в войска была направлена директива наркома обороны № 177122, в соответствии с которой требовалось с 1 по 15 июня 1940 г. произвести смену войск, находящихся в Прибалтике с осени 1939 г. Нарком обороны маршал Советского Союза С.К. Тимошенко 2 мая 1940 г. докладывал в ЦК ВКП(б) и Комитет Обороны при СНК СССР о переносе срока смены войск на период с 1 по 15 июля и называл конкретные готовящиеся на смену части. Предполагалось направить в Эстонию 90-ю стрелковую дивизию, 13-ю танковую бригаду, 77-й отдельный механизированный отряд, 23-й отдельный батальон связи, 38-й корпусной зенитный артдивизион, 11-й дальнебомбардировочный, 10-й среднебомбардировочный и 7-й истребительный авиаполки, 420-й и 470-й автотранспортные батальоны. В Латвию - 48-ю стрелковую дивизию, 1-ю танковую бригаду, 8-й танковый полк, 54-й отдельный батальон связи, 12-й корпусной зенитный артдивизион и 633-й автотранспортный батальон. В Литву 27-ю стрелковую дивизию, 27-ю танковую бригаду, 30-й отдельный батальон связи, корпусной зенитный артдивизион, 31-й истребительный авиаполк и автотранспортный батальон562 .
5 мая 1940 г. начальник Политуправления Красной Армии армейский комиссар 1 ранга Л.З. Мехлис направил начальникам Политуправлений ЛВО, КалВО и Белорусского особого военного округа (БОВО) "План политзанятий с красноармейцами и младшими командирами в частях, предназначенных для отправки в Прибалтийские страны", к выполнению которого следовало приступить немедленно. В докладе начальника политуправления ЛВО дивизионного комиссара Горохова от 27 мая сообщалось о ходе подготовки войск, которая в основном должна была завершиться к 1 июня563 .
Тем временем 24 мая 1940 г. советский полпред в Литве сообщил в Москву, что 24 апреля и 18 мая из советских частей, расположенных в Литве, сбежало два красноармейца: Носов и Шмавгонец, которые разыскивались по линии военного командования. Уже на следующий день Молотов вызвал литовского посланника в Москве Наткявичуса и заявил ему, что "исчезновение этих военнослужащих организуется некоторыми лицами, пользующимися покровительством органов Литовского правительства". Обвинив литовское правительство в провокациях, Молотов потребовал прекратить их, разыскать пропавших солдат и вернуть в части, выразив надежду советского правительства, что Литва "пойдет навстречу его предложениям и не вынудит его к другим мероприятиям". Литовская сторона серьезно отнеслась к демаршу советского руководства и уже 26 мая выразила "готовность немедленно произвести самое подробное расследование", для облегчения которого просила советское правительство сообщить "имеющиеся в его распоряжении данные". 27 мая стало ясно, что Шмавгонец и Писарев уже вернулись в части, но предложение литовской стороны об их совместном допросе для ускорения расследования было отклонено советской стороной под предлогом истощения обоих военнослужащих564 .
Официально советская сторона заявила о похищении 4 солдат: Бутаева, Шутова, Писарева и Шмавгонца. Собственно, эта тема никогда в отечественной историографии не изучалась, что дало повод ряду авторов совершенно справедливо указать на недоказанность официальной советской версии565 . Ныне стали доступны материалы следственных органов НКВД и Главной военной прокуратуры, занимавшихся расследованием этих случаев, позволяющие установить, что же именно произошло. Как установило следствие, Г.А. Бутаев прибыл в 336-й стрелковый полк 5-й стрелковой дивизии в октябре 1939 г. и сообщил, что он является младшим командиром, хотя документов, подтверждающих это утверждение, он не имел. Тем не менее командование полка утвердило его младшим командиром. После этого Бутаев "стал просить командира, комиссара полка и начальника штаба, чтобы его назначили помощником коменданта полка, приказа по полку о назначении его пом. коменданта нет, но с ноября месяца по февраль 1940 г. Бутаев работал пом. коменданта полка. Получив беспрепятственный выход с территории полка, Бутаев ежедневно находился в гор. Вильно и окрестностях, посещал притоны, пьянствовал у литовских граждан, рекомендовал себя работником НКВД.
После его дезертирства найдены письма от литовских граждан, в которых они просили Бутаева принять их на работу в НКВД в качестве агентов. Для того чтобы сгладить свои поступки, Бутаев часто информировал Военкома полка т. Яблокова о поведении комсостава в городе, кто с кем пьянствует и в какие притоны ходит. Этим самым завоевал себе доверие и только после неоднократного появления в пьяном виде в расположении полка с должности помощника коменданта был снят". 4 февраля 1940 г. после беседы с прокурором, которого Бутаев просил не отдавать его под суд, он дезертировал. 12 мая 1940 г. при попытке задержания его сотрудниками литовской полиции Бутаев застрелился. При обыске трупа было найдено письмо Бутаева к брату, в котором он писал: "Я удрал из Красной Армии и нахожусь в буржуазном государстве и что ты мне больше не брат, т.к. я фашист, а ты большевик". Военный прокурор 16-го ОСК военный юрист 1 ранга Дроздов, принимавший участие в расследовании этого дела, полагал, что литовские власти убили Бутаева, опасаясь, что его поимка разоблачит их. Правда, никаких доказательств этого предположения в документах не приведено566 .
В ночь на 25 апреля 1940 г. с поста сбежал с винтовкой красноармеец 2-й танковой бригады П.И. Шутов. Расследованием было установлено, что Шутов, будучи недисциплинированным и, видимо, неуравновешенным человеком, еще ранее высказывал намерения дезертировать, но никаких мер к нему принято не было. Шутов до 14 июня так и не был найден567 . 18 мая из 41-й отдельной роты исчез Н.З. Шмавгонец, который объявился 26 мая и сообщил, что был похищен литовскими гражданами в Вильно. Однако в ходе дальнейшего следствия Шмавгонец рассказал, что он дезертировал и спрятался у своей знакомой Ю. Савицкой, которая познакомила его с неким Гарлиным, предложившим Шмавгонцу сотрудничать с некой антисоветской организацией. Согласившись на это, Шмавгонец попытался ответить на вопросы Гарлина о советских войсках, но не смог, так как ничего не знал. Тогда Гарлин предложил ему вернуться в часть и разузнать интересующие его сведения. В качестве легенды он предложил Шмавгонцу сообщить командованию о его "похищении"568 . К сожалению, документов, проливающих свет на случай с Писаревым, найти пока не удалось.
