Были предусмотрены меры по работе среди войск противника, основная цель которой "сводится к тому, чтобы быстро разложить его армию, деморализовать тыл и, таким образом, помочь командованию Красной Армии в кратчайший срок и с наименьшими жертвами добиться полной победы". Требовалось "на конкретных фактах показывать тяжелое положение трудящихся масс воюющей против нас страны, террор и насилие, царящие в тылу... Показывать счастливую и радостную жизнь рабочих и крестьян в СССР. Разъяснять, как рабочие и крестьяне СССР управляют государством без капиталистов и помещиков. Противопоставлять этому бесправное положение рабочих и крестьян в капиталистических странах. Показать принципиальную разницу между царской Россией - тюрьмой народов и Советским Союзом братским союзом освобожденных народов... Политработники держат серьезный экзамен. Они должны оправдать огромное доверие, которое оказала им партия, правительство, товарищ Сталин"585 .
Для пропагандистского воздействия на военнослужащих и население противника были разработаны листовки, которые предполагалось разбросать над территорией Прибалтики в первый день военных действий. В них в духе вышеприведенной директивы излагались нарушения прибалтийскими правительствами договоров о взаимопомощи, благодаря которым СССР спас Эстонию, Латвию и Литву от втягивания в войну, а "части Красной Армии, расположенные... в отдельных пунктах" этих стран, являлись "надежной защитой и лучшей гарантией свободы и независимости" их народов. Нарушения договоров вынуждает Красную Армию "положить конец антисоветским провокациям". "Советский Союз не допустит, чтобы была сорвана вековая дружба советского и (прибалтийских) народов, чтобы (Прибалтика) была превращена империалистами в плацдарм для нападения на Советский Союз, а (прибалтийские народы) ввергнуты в горнило кровавой империалистической бойни". "Красная Армия берет под свою могучую и верную защиту независимость и свободу" народов Прибалтики, "освободит вас от капиталистов и помещиков"586 . В силу мирного решения конфликта эти листовки так и не были использованы.
Тем временем 7 июня премьер-министр Литвы А. Меркис прибыл в Москву, где начались советско-литовские переговоры. Молотов обвинил литовское правительство в нелояльном отношении к СССР, что выражалось, по его мнению, в похищении красноармейцев и других провокациях, затягивании расследования, арестах литовского обслуживающего персонала в советских гарнизонах, чрезмерно частых сборах шаулистов. Любые оправдания Меркиса без рассмотрения отметались Молотовым, считавшим, что во всем виновата литовская политическая полиция. Предложение Меркиса создать режим полной изоляции советских войск от населения во избежание новых проблем было отвергнуто Молотовым, предложившим литовской стороне самой определить меру наказания за свое враждебное поведение. В то же время советское руководство подчеркнуто лояльно вело себя по отношению к Латвии и Эстонии. С Таллином 8 июня было подписано соглашение об общих административных условиях пребывания советских войск.
В ходе беседы 9 июня новая просьба Меркиса о совместном расследовании инцидента была отвергнута Молотовым, который перешел к теме Балтийской Антанты, охарактеризовав ее как антисоветский военный союз, скрываемый от СССР. Возражения Меркиса, основанные на отсутствии каких-либо доказательств, отводились Молотовым, считавшим, что это не юридический, а политический вопрос, требующий ответа. 10 июня в Москву прибыл Урбшис, 11 июня вместе с Меркисом принявший участие в переговорах. Все предложения литовской стороны договориться и урегулировать инцидент отклонялись Молотовым, требовавшим принять меры по претензиям СССР, уволить министра внутренних дел К. Скучаса и начальника департамента политической полиции А. Повилайтиса. 12 июня советское полпредство в Литве сообщило в Москву о действиях литовской комиссии, саботирующей изучение деятельности охранки. 14 июня Молотов уведомил полпредов СССР в Финляндии, Эстонии, Латвии и Литве об отношении к Балтийской Антанте, которая "носит на деле антисоветский характер" и является "нарушением пактов, которыми запрещено участие во враждебных Договаривающимся сторонам коалициях"587 .
В тот же день в 14 часов заместитель наркома иностранных дел СССР В.Г. Деканозов принял Урбшиса, который, сообщив об отставке Скучаса и Повилайтиса, вновь отрицал причастность литовских органов к исчезновениям советских солдат и антисоветский характер Балтийской Антанты. Казалось, ничто не предвещало резких изменений хода переговоров, но в 23.50 14 июня Урбшиса вызвал Молотов и вручил ему ультиматум советского правительства (опубликован 16 июня в "Известиях"), согласно которому следовало предать суду Скучаса и Повилайтиса, создать правительство, которое честно выполняло бы договор о взаимопомощи, и пропустить на территорию Литвы дополнительные части Красной Армии. Разъяснив, что предполагается дополнительно ввести 3-4 корпуса (9-12 дивизий) во все важные пункты Литвы, Молотов обещал, что войска не будут ни во что вмешиваться, но новое правительство должно быть просоветским. Чтобы успокоить литовцев, им было заявлено, что это временные меры, хотя это "будет зависеть от будущего литовского правительства". Молотов предупредил, что, если требования не будут приняты, войска все равно будут введены немедленно. Срок ультиматума истекал в 10.00 15 июня. Получив советский ультиматум, президент Литвы А. Сметона настаивал на сопротивлении Красной Армии и отводе литовских войск в Восточную Пруссию, но генерал Виткаускас, выражавший интересы антигермански настроенных офицеров, отказался. В итоге в 9.45 утра Урбшис сообщил Молотову об удовлетворении советских требований и составе нового правительства во главе с генералом Раштикисом. В ответ Молотов заявил, что вопрос о составе правительства будет решаться в Каунасе, куда прибудет советский представитель588 .
14-16 июня советские полпреды в Латвии и Эстонии информировали Москву о необходимости усиления бдительности на советских военно-морских базах, о подозрительных учениях латвийских частей, неприязненном отношении правящих кругов Латвии к СССР и о мобилизации в Эстонии. 16 июня Молотов пригласил в 14.00 латвийского посланника Ф. Коциньша, а в 14.30 эстонского посланника А. Рея и вручил им советские ультиматумы, в которых оценивалась деятельность Балтийской Антанты и содержалось требование сформировать просоветские правительства, допустить размещение дополнительных войск Красной Армии. Ввод войск (2 корпуса в Латвию и 2-3 корпуса в Эстонию) Молотов вновь представил как временную меру. Как он пояснил, новые правительства будут сформированы при участии советских представителей в Риге и Таллине. Коциньш уведомил об инциденте на советско-латвийской границе 15 июня, и Молотов пообещал разобраться. Рей обратил внимание собеседника на то, что осенью 1939 г. Балтийская Антанта не вызвала возражений СССР, и пытался смягчить условия ультиматума, поскольку никаких провокаций не было, но Молотов не стал обсуждать эти вопросы. Срок ультиматумов истекал для Латвии в 23.00, а для Эстонии в 24.00 16 июня589 .
Получив советский ультиматум, Ульманис обратился к германскому посланнику Г. фон Котце с просьбой разрешить правительству и армии эвакуироваться в Восточную Пруссию, но получил отказ. В 19.45 Коциньш, а в 23.00 Рей вновь посетили Молотова и сообщили о согласии своих правительств удовлетворить советские требования. Стороны согласовали кандидатуры военных представителей для решения практических вопросов. В 22.40 Коциньш вновь посетил Молотова, проинформировав об отставке правительства. Молотов сообщил, что в Ригу поедет заместитель председателя СНК СССР А.Я. Вышинский. В 1.00 17 июня Молотов уведомил Рея о времени (5.00) и местах перехода границы советскими войсками и о том, что в Таллин будет командирован А.А. Жданов. Спустя 10 минут Молотов сообщил Коциньшу, что Красная Армия перейдет границу в 5 утра, а в районе Ново-Александровск и Янишки в 8 утра590 . Соответственно, в 2.55 17 июня командующие БОВО и ЛВО получили приказ начальника Генштаба: "1. Переход латвийской границы советскими войсками начинается в 5 часов утра 17 июня... 2. Отдельные части перешедших границу советских войск вступят в города Рига, Митава, Даугавпилс, Резекне, Крейбург...". Войскам 2-го ОСК была поставлена задача в 8.00 выступить для занятия Митавы и Тукумса591 .
Пока шли дипломатические переговоры, войска 11-й и 3-й армий в течение 14 июня завершили сосредоточение и к утру 15 июня "заняли исходные позиции, ожидали сигнала" на начало вторжения. Но в 7 часов приказом командующего БОВО проведение операции было приостановлено. В 8 часов утра на станции Гудогай начались переговоры генерала Виткаускаса и командующего БОВО генерал-полковника Д.Г. Павлова, завершившиеся в 23.10 подписанием "Соглашения о дополнительном размещении войск Красной Армии", в котором были указаны 11 районов временной дислокации войск, порядок перевозок по железной дороге, найма рабочей силы, закупок фуража в Литве для советских войск592 .
