Телеграмма об аресте председателя Исмаиллинского райисполкома Салмана Гусейнова и обвинительное заключение также были подписаны Атакишиевым. По решению тройки Гусейнов был расстрелян.
Атакишиев участвовал в фальсификации дел на секретарей райкомов партии С.С. Каспарова, В. Кеворкова, К.Д. Беляева, заместителя начальника Каспийского пароходства В.Ф. Кузовенко, председателя Куткашенского райисполкома Н. Гасанова, заместителя директора Куткашенской МТС по политической части Ф. Мамедова.
Один раз Атакишиев допрашивал арестованного в июне 1937 г. азербайджанского поэта Ахмеда Ахунзаде и один раз проводил по этому делу очную ставку. В октябре 1937 г. Ахунзаде был расстрелян по сфальсифицированному в отношении него делу.
Помимо указанного, Атакишиев имел непосредственное отношение к фальсификации и других дел. Он подписал постановление о заключении в тюрьму секретаря Бакинского городского комитета партии Кулькова и постановление о предъявлении ему обвинения. Атакишиев подписал постановление о предъявлении дополнительного обвинения И.И. Анашкину. Им же подписана справка на арест, постановление о заключении под стражу и постановление о предъявлении обвинения заместителю народного комиссара земледелия республики Е.Г. Гарину в совершении контрреволюционных преступлений. Он же утвердил обвинительное заключение по упоминавшемуся делу работников завода имени Будённого.
Атакишиев утвердил справку на арест И.А. Крылова, в которой указывалось, что Крылов, русский по национальности, является членом мусаватистской организации. Чтобы русского признать мусаватистом, необходимо было обладать невероятной фантазией или же совершенно не разбираться в очевидных вещах. Но надо было убеждать всех в том, что повсюду враги, которых следует разоблачать и уничтожать, а поэтому не стоило выяснять, мог ли вообще русский быть мусаватистом, то есть членом азербайджанской буржуазной националистической партии «Мусават» («Равенство»), социальной базой которой являлись различные слои азербайджанской буржуазии.
На вопрос, чем объяснить, что Атакишиев не вёл расследование по тому или иному делу от начала и до окончания расследования, а только оформлял отдельные документы и проводил разовые допросы, он ответил: «Это объясняется той системой следствия, которая процветала в то время в АзНКВД». Действительно, существовавшая тогда система следствия обеспечивала безусловное «разоблачение» любого арестованного в преступлениях, которые ему даже и не снились. Расследование фактически было разбито на несколько этапов. На каждом из них исполнителям не нужно было задумываться, почему было принято то или иное решение на предшествовавшем этапе. Кто-то составлял справки на арест, другие арестовывали, третьи предъявляли обвинение, следующие выбивали нужные показания, другие оформляли эти показания, а обвинительное заключение по делу могло быть составлено лицом, которое никакого отношения к расследованию не имело. На каждом этапе такого «расследования» решалась своя задача, а в конечном итоге фальсифицировались дела, по которым необоснованно лишали свободы и расстреливали тысячи и тысячи ни в чём не повинных людей.
Отвечая на вопрос, в чём он признаёт себя виновным, Атакишиев заявил: «Я признаю себя виновным в том, что, работая в секретно-политическом отделе АзНКВД, я был использован преступным руководством АзНКВД как слепое оружие в осуществлении злодеяний, которые являются предметом разбирательства настоящего судебного процесса. Я виновен в том, что подписал несколько документов по делам, которые, как установлено сейчас, были сфальсифицированы».
Исследованными судом доказательствами, в том числе показаниями самого Атакишиева, было опровергнуто его утверждение, что он был всего лишь «слепым орудием» в руках преступников. Атакишиев был таким же преступником, как и другие, осуждённые с ним лица, разве что только объём содеянного им был несколько меньшим.
В начале своих показаний Емельянов заявил, что он, будучи назначенным наркомом внутренних дел Азербайджанской ССР после известного постановления ЦК ВКП/б/ и СНК СССР от 17 ноября 1938 г., понимал, что должен был всемерно укреплять законность и ликвидировать «последствия вражеской деятельности своих предшественников», но не смог этого сделать. Емельянов при этом пояснил: «Слепо веря Багирову, я своими действиями, вернее бездействием, способствовал сокрытию многих преступлений, совершенных им и его соучастниками».
Вполне понятно, что Емельянов, как и другие подсудимые, всячески старался приуменьшить свою роль в творившемся беззаконии, взвалив всю тяжесть ответственности за это на Багирова. Однако, исследованными судом доказательствами было подтверждено, что Емельянов активно участвовал в фальсификации дел, грубо нарушал законодательство.
Емельянов подтвердил, что в отдельных случаях к арестованным применялись меры физического воздействия. Это делалось по его письменным указаниям и только, как он утверждал, к действительным врагам — шпионам и диверсантам, заброшенным в СССР. Всего таких случаев, по его словам, было 4–5.
Даже, если это было бы действительно так, разве оправдано в более или менее цивилизованном обществе применение таких мер разоблачения любых преступников, в том числе шпионов и диверсантов?
Утверждение Емельянова, что он не избивал арестованных опровергнуто показаниями тех, кого он избивал. Бывший начальник бюро экономических изысканий «Азгоспроекта» Рубен Хандомиров показал, что от полученного от Емельянова удара он свалился со стула и потерял сознание. Об избиении арестованных Емельяновым рассказали суду бывший начальник базы сельхозснаба г. Хачмаса Алихан Алиев, а также Магтерам Гусейнов, которому Емельянов выбил два зуба. Последнее подтвердил бывший начальник следственного отдела АзНКВД Подаров.
Отрицал Емельянов обвинение и в том, что он ориентировал сотрудников НКВД на производство незаконных арестов в связи с этим в суде ему напомнили его выступление на совещании начальников районных отделов и оперативных отделов НКВД АзССР 8 сентября 1940 г. Узнав, что в Астаринском райотделе НКВД не реализована ни одна разработка, и никто не был арестован, Емельянов, обращаясь к начальнику райотдела НКВД Рустамову, с возмущением указывал: «Следствия не было, разработка ни одна не ликвидирована, арестов не было, чем же вы занимались, что делали?». Начальнику Кубатлинского райотдела НКВД С. Асланову Емельянов высказал такие претензии: «Мы не видим работы вашей, что вы сделали? Мы считаем произведённые аресты, осуждение врагов народа, а у вас этого не видно».
Значит, в то время считалось, что органы НКВД предназначены лишь, для арестов «врагов народа» и не для чего другого. Фактически так и было. Сотрудники НКВД обязаны были выявлять «врагов народа», которые были повсюду. Поэтому, как это следовало из выступления Емельянова, эффективность работы органов НКВД определялась количеством арестованных и осужденных этих самых «врагов». На основе подобных показателей делался вывод о соответствии того или иного должностного лица занимаемой им должности в органах НКВД.
Допрошенный по делу С. Асланов показал, что на проводившихся оперативных совещаниях Емельянов требовал от начальников районных отделений НКВД как можно больше арестовывать людей. Когда же он возразил, что к этому нет оснований, Емельянов обозвал его бездельником.
Об этом же показал и другой сотрудник НКВД — К. Романский, пояснивший, что Емельянов требовал производить как можно больше арестов. Чем больше их было, тем выше оценивалась работа того или иного сотрудника, заявил свидетель.
Как следует из показаний Емельянова, он по указанию Багирова направил 5 января 1940 г. письмо Берии с просьбой оставить Григоряна, который, согласно заключению комиссии НКВД СССР, должен был быть снят с оперативной работы за нарушения законности в органах НКВД. Он писал, что Григорян — «не потерянный для органов НКВД человек и при надлежащем партийном руководстве и влиянии будет ещё лучше работать». Как уже сказано ранее, Григорян остался работать в АзНКВД. Следовательно, и Емельянов с самого начала работы в должности наркома внутренних дел республики принимал активные меры к сохранению нужных Багирову кадров.
Допрошенные по делу свидетели показали, что Емельянов ориентировал начальников райотделений НКВД на то, что они не подотчетны ни советским, ни партийным органам.
Емельянову было известно, что военный трибунал Закавказского военного округа вернул на дополнительное расследование дело по обвинению Гасана Рахманова и ещё 24-х работников Каспийского пароходства, поскольку все подсудимые заявили о незаконных методах ведения предварительного следствия. Однако он ничего не сделал для проверки всех обстоятельств дела и обоснованности заявлений подсудимых. Признав себя виновным в этой части, Емельянов показал, что следственную работу передоверил своему заместителю Керимову.
