Емельянову было известно, что военный трибунал Закавказского военного округа вернул на дополнительное расследование дело по обвинению Гасана Рахманова и ещё 24-х работников Каспийского пароходства, поскольку все подсудимые заявили о незаконных методах ведения предварительного следствия. Однако он ничего не сделал для проверки всех обстоятельств дела и обоснованности заявлений подсудимых. Признав себя виновным в этой части, Емельянов показал, что следственную работу передоверил своему заместителю Керимову.
Кроме того, в мае 1940 г. Военная коллегия Верховного Суда СССР своим определением предложила объединить дело Рахманова и других с делом Курилова, Зенина и других, поскольку показания последних являлись основанием, для обвинения Рахманова. Это определение не было выполнено.
Как показал Керимов, после доклада указанного определения Багирову, было решено определение Военной коллегии Верховного Суда СССР не выполнять, посчитав, что доследовать нечего, и дело небольшими группами обвиняемых и поодиночке направить на рассмотрение Особого совещания.
Емельянов же пояснил, что указанное решение было принято после доклада Керимова о невозможности выполнить названное определение, поскольку все арестованные по делу Г. Рахманова и других отказались от своих показаний.
Кроме того, Емельянов показал: «Тогда была общая для всех органов установка, что нельзя прекращать ни одного дела, начатого в 1937 году, если арестованный обвинялся в контрреволюционном преступлении, без санкции первого секретаря ЦК партии республики. Когда же мы доложили, в соответствии с установкой, дела работников Каспара (Каспийского пароходства — Н.С.) Багирову, то он сказал, что все арестованные виноваты, и их надо судить. Когда же ему сказали, что в суд дела направлять нельзя, так как есть уже определения Военного трибунала Закавказского военного округа и Военной коллегии, то Багиров дал указание направлять дела на Особое совещание». Эти объяснения Емельянова весьма показательны. Они чётко освещают сложившуюся в то время систему бесконтрольности в деятельности не только органов НКВД, но и представителей партократии, для которых никакие законы не существовали. По любым дедам решения они принимали фактически единолично, а потом эти решения оформлялись либо приговором суда, либо постановлениями «тройки» или Особого совещания.
Емельянов не выполнил и определения военного трибунала о дополнительном расследовании дела директора завода им. Закфедерации Пильщика, отказавшегося в суде от своих показаний и заявившего о незаконных методах ведения следствия по его делу. Дело Пильщика было направлено Емельяновым на рассмотрение Особого совещания при НКВД СССР. В письме в НКВД СССР он указал, что свидетели по делу Пильщика не могут быть вызваны в суд, так как они отказались от своих показаний, в которых признавали себя виновными. Однако в обвинительном заключении по делу Пильщика, утвержденном Емельяновым, указывалось, что Пильщик в совершении вмененных ему преступлений изобличается показаниями Усейнова, Курилова и Зенина, хотя эти лица задолго до этого отказались от своих показаний.
Получается, что обвинительное заключение по делу Пильщика было сфальсифицировано. Емельянов не отрицал этого.
В бытность Емельянова наркомом внутренних дел республики были арестованы бывший главный геолог объединения «Азнефтедобыча» Машкович, главные и старшие геологи Михура, Оганов, Лаврентьев, Цатуров и другие. Первые трое были расстреляны, а остальные приговорены к лишению свободы на длительные сроки. По этому делу Емельянов проводил очные ставки между Машковичем и Билибиным, Машковичем и Огановым.
Судом было установлено, что Емельянов бездушно отнесся к судьбе члена партии с 1905 г. Г.И. Попова, обвинявшегося в шпионаже. Емельянов, не вникнув в материалы дела, не побеседовав с Поповым, утвердил обвинительное заключение по этому делу. Из тюрьмы Попов писал много жалоб, в которых приводил убедительные доводы в обоснование своей невиновности, взывал о помощи. Все осталось без внимания. Попов умер в местах лишения свободы.
В ходе исследования доказательств виновности Емельянова был установлен такой факт.
Дела Мамедова, Арутюнова и Долунца неоднократно возвращались на дополнительное расследование. Когда это произошло в последний раз, Керимов доложил Емельянову, что к осуждению названных лиц действительно нет никаких данных. По предложению Емельянова, были подготовлены постановления о прекращении дел в отношении Мамедова, Арутюнова и Долунца. Прокурор согласился с этими постановлениями и дал санкцию на их освобождение. Но по заведённому порядку до того, как освободить их, поехали к Багирову для согласования указанного решения. Багиров, как показал Емельянов, разрешил прекратить дела в отношении Арутюнова и Долунца, а в отношении Мамедова распорядился дело направить на рассмотрение Особого совещания, постановлением которого Мамедов был лишен свободы на пять лет, а затем направлен в ссылку.
Хотя Емельянов и утверждал, что он не вмешивался в упоминавшееся дело Новруза Ризаева, оправданного военным трибуналом и арестованного после этого в Баку 6 января 1940 г., однако именно Емельянов составил на Ризаева справку, в которой указывалось, что он «Шпион английской разведки. К шпионской работе привлечен в 1923 г. Мирзояном Левоном Исаевичем (осужден к ВМН […]. Передавал на протяжении 1925–1929гг. Мирзояну шпионские материалы о нефтепромышленности, экономике и хлопке». В то время Емельянов почему-то не подумал о том, что этими сведениями Мирзоян, являвшийся секретарем ЦК АКП/б/, мог располагать без получения их от кого-либо в конфиденциальном порядке. Емельянов согласился, что это было абсурдное обвинение. Тем не менее, обвиняемый был расстрелян.
Емельянов сообщил ещё один факт, характеризующий Багирова как человека коварного, шедшего на самые гнусные поступки во имя своего благополучия.
В 1948 или 1949 г., показал Емельянов, в Баку прибыла комиссия во главе с заместителем министра Госконтроля. Сначала Багиров не обращал внимания на работу этой комиссии, но когда она стала интересоваться вопросами, затрагивавшими ответственных работников и самого Багирова, последний стал пристально следить, чем она занимается. Он стал получать сведения о тех, с кем беседовали члены комиссии и тех, кто обращался к ним. Багиров передал списки на этих лиц Емельянову и предложил после проверки дать ему сведения о них.
О полученном распоряжений Емельянов доложил министру Государственной безопасности СССР Абакумову (с 1948 г. Емельянов — министр государственной безопасности Азербайджанской ССР), и тот сказал, что указания Багирова надо выполнять. После этого указанных лиц стали проверять и компрометирующие материалы на них передавать Багирову.
На одном из заседаний бюро ЦК АКП/б/ Багиров сообщил, что на имя Сталина он направил телеграмму, в которой указал, что комиссия вмешивается не в свои дела и превышает предоставленные ей права. На другом заседании бюро Багиров сообщил об имевшихся данных о пьянках членов комиссии, об их связях со случайными женщинами. Об этом он сообщил Сталину. «Примерно через два дня комиссия срочно выехала в Москву», показал Емельянов.
Вслед за комиссией в Москву выехал и Багиров, а когда вернулся, то сообщил, что Сталин дал указание арестовать женщин, с которыми встречались члены комиссии. Были арестованы три женщины, две из них — Емельяновым. Двух женщин обвинили «в использовании ответственных работников в корыстных целях». Да, именно так было сформулировано обвинение. Надо было обладать большой фантазией или совершенно не знать Уголовный кодекс, чтобы придумать такой состав преступления. Впрочем, зачем нужен был какой-то Уголовный кодекс, если органы МГБ, его сотрудники могли вменить в вину преступление, вообще не существовавшее в природе?
Третья женщина обвинялась «в связи с Иранским консульством». В чём заключалась эта связь, не указывалось. Очевидно, что все эти женщины были арестованы необоснованно.
Таким образом, грубая, но безотказная провокация обеспечила дальнейшую спокойную жизнь Багирову и его приближенным.
В ходе допроса Емельянова был исследован ещё один документ, отражающий весь маразм сталинской эпохи.
16 июля 1951 г. по инициативе Багирова МГБ республики направило на места письмо, в котором указывалось следующее. «Предлагаю: с получением настоящего письма, агентурными и другими возможностями РО МГБ, тщательно проверить всех председателей и секретарей сельских Советов депутатов трудящихся, списки на коих с указанием полных установочных данных и выявленных компрматериалов представить в отдел “А” МГБ Азербайджанской ССР.
Зам. МГБ АзССР полковник Подаров».
Это было сделано перед очередными выборами в местные Советы, чтобы выяснить, кто «из ранее работавших не имел компрометирующих данных для того, чтобы вновь выставить их кандидатуры».
