На самом деле история создания лож в России серьезно запутана, благодаря нескольким большим и множеству малых расколов в масонской среде. Наиболее стройная версия происшедшего в изложении масонских источников выглядит так.
«В 1988 году, когда стало ясно, что демократические перемены в России неизбежны, в Париже по инициативе ПС. Коблика было создано Русское Содружество (братская группа Amicale Russe).
Его основателями стали русские по происхождению масоны: А.Б. Борисов, З.М. Яффе, П.С. Коблик и др. Новая масонская группа стала быстро расти и вскоре уже объединяла 46 масонов (братьев и сестер) практически всех французских масонских послушаний (Великой Ложи Франции, Великой Национальной Французской Ложи, союза «Права Человека», Великого Востока Франции, Великой женской ложи и др.), не все из которых были русскими по происхождению, но все знали русский язык.
Председателем общества первоначально был П. С. Кобик. Вице-председателем содружества стал С.С. Пельтцер, одним из его членов — А.А. Тихомиров. Главной целью содружества было ведение работы по восстановлению масонства в России.
Основатель Русского Содружества П.С. Коблик, стал также инициатором создания новой русской ложи в Париже под отличительным названием «Renaissance Russe» («Русское Возрождение»), 14 октября 1989 года временная достопочтенная ложа «Русское Возрождение» провела первое заседание. 23 января 1991 года новая мастерская уже под названием «А.С. Пушкин» была официально открыта в Париже в составе Великой Ложи Франции под № 1101. Говоря словами покойного брата Пьера Депортера, особое достоинство этой ложи заключалось в том, что ее создатели поняли к 1988 году, что барьера больше нет и что пришло время для франкмасонства вновь повернуться лицом к России.
Хотя большинство членов ложи «А.С. Пушкин» состояло в мастерских союза Великой Ложи Франции, в нее вошли и представители других масонских послушаний: Великого Востока Франции, Великой Ложи «Опера».
Предполагалось, что значительная часть членов русской масонской группы войдет в ряды ложи, однако добиться единой политики по масонской работе в России не удавалось. Например, Великий Восток Франции формально соглашался на создание единой русской мастерской в Париже, однако настаивал на том, чтобы работы в ней велись только по французскому масонскому уставу. Это стало одной из причин того, что не «Пушкину» было суждено сыграть серьезную роль в возникновении новых лож в новой России.
27 апреля 1991 году высокопоставленная делегация Великого Востока Франции, в составе которой были досточтимый мастер ложи L’Oeuvre Fraternel; член редакции журнала «Humanisme», историк А. Комб; отставной полковник А.Б. Липский и др. прибыла в Москву.
На следующий день (28 апреля 1991 года) в Подмосковье произошло открытие первой за долгие годы ложи на русской земле, получившей традиционное название «Северная Звезда».
В апреле 1992 года под юрисдикцией Великого Востока Франции была основана ложа «Свободная Россия», 11 июля 1993 года — ложи «Девять Муз» и «Северные Братья», а 12 июня 1994 года, в Архангельске, ложа «Полярная Звезда».
Для руководства работами в России 19 декабря 1992 года в Париже была создана «административная» ложа под названием «Григорий Вырубов», которую возглавил А.В. Липский.
В августе 1991 года, в Москву прибыла делегация Великой Ложи Франции, а 30 августа состоялась церемония открытия ложи «Николай Новиков». В 1992 году Великой Ложей Франции были открыты ложи «Сфинкс» в Санкт-Петербурге и «Геометрия» в Харькове, а в 1993 году — ложа «Лютеция» в Москве.
14 января 1992 года, при помощи членов русской ложи «Астрея», в Париже была основана ложа «Гармония», руководителем которой был формально назначен российский гражданин, философ по образованию Г.Б. Дергачев.
В сентябре 1992 года в Москву прибыла делегация из семи французских высокопоставленных масонов Великой Национальной Французской Ложи (в их числе были М.В. Гардер и великий секретарь Ив Трестурнель), которая 7 (8) сентября 1992 года инсталлировала, уже в Москве, регулярную ложу «Гармония», получившую в списке Великой Национальной Французской Ложи № 698.
В 1992–1993 годах в союзе Великой Национальной Ложи Франции были основаны новые ложи: в Москве — «Лотос» (12 октября 1993 г.), в Санкт-Петербурге — «Новая Астрея» (с 1995 года — «Астрея»), в Воронеже — «Гамаюн».
Рост числа «регулярных» масонов в России происходил благодаря посвящению новых членов и регуляризации масонов из союзов Великого Востока Франции и Великой Ложи Франции. Например, в 1994 году перешли в регулярный масонский союз многие члены харьковской «Геометрии» и петербургского «Сфинкса», в 1996 году московской «Северной Звезды»; 18 октября 1997 года произошла регуляризация архангельской «Полярной Звезды».
11 июня 1993 года Управление юстиции г. Москвы выдало свидетельство за № 2743 о регистрации устава общественного объединения «Великая национальная ложа».
В качестве своих основных целей данная организация провозглашала «нравственное совершенствование людей, развитие духовного потенциала личности, утверждение в своей практике идеалов мира, любви и братства».
Таким образом, масонство в России стало легальной организацией, что позволило Великой Национальной Французской Ложе, вслед за образованием Великих Лож в Габоне, Кот д’Ивуар, Того и Бенине приступить к созданию подобной организации и в России.
Первая Великая Ложа России (ВАР) была основана Великой Национальной Ложей Франции 24 июня 1995 года. В ее состав вошло 5 законно учрежденных символических мастерских.
На церемонию создания этой уже независимой Великой Ложи приехала большая делегация из Франции: великий мастер Великой Национальной Французской Ложи Клод Шарбонье, З.-А. Петрашевский, русские члены парижских лож А.А. Римский-Корсаков, Н.В. Горчаков, В.В. Успенский, B.C. Шидловский, С.С. Пельтцер, Н.М. Яшвиль, К.Н. Котляров и другие. Последний из упомянутых для этой торжественной церемонии перевел на русский язык специальный ритуал создания Великой Ложи. Сама торжественная церемония была проведена в одном из залов Центрального Дома работников искусств.
Появилась в России и вся структура мастерских высших степеней «Древнего и Принятого Шотландского Устава». Это — ложа совершенствования «Сократ» (4– 14-я степени, основана 15 июля 1993 года) (№ 902 в регистре Великой Национальной Ложи Франции), суверенный капитул розенкрейцеров «Роза России» (18-я степень, основан 16 июля 1993 года) (№ 903), ареопаг «Святой Георгий» (30-я степень, основан 17 июля 1993 года) (№ 904), трибунал «Озирис» (31-я степень, основан 3 мая 1993) (№ 910), консистория «Михаил Гардер» (32-я степень, основана 15 (14) мая 1994 года) (№ 911).
6 июля 1996 году десять русских масонов, посвященных еще М.В. Гардером в высшую, 33-ю степень Древнего и Принятого Шотландского Устава, составили Верховный Совет России. Таким образом, регулярное масонство в России состоялось полностью.
О влиянии Великой Ложи и Верховного Совета России свидетельствует тот факт, что, почти сразу после образования, они были признаны масонскими организациями подавляющего большинства стран мира, в том числе Великой «материнской» ложей Англии (ОВЛА) и первыми по времени основания Верховными Советами.
Основание Великой Ложи и Верховного Совета России повлияло на углубление кризиса русских лож Великого Востока Франции. За чередой новых регуляризаций бывших «либеральных» масонов стало очевидно, что планы по созданию Великого Востока России несостоятельны.
В ноябре 1996 года, после рассмотрения сложившейся ситуации, Великий Восток Франции постановил закрыть все свои ложи в России, однако в середине 1997 года вновь открыл ложу, получившую название «Москва», а летом 1998 года разрешил продолжить работы в ложе под традиционным названием «Северная Звезда».
Кризис переживало и масонство союза Великой Ложи Франции. Так, к 1997 году фактически прекратила свои работы московская ложа «Лютеция», и в составе этого «послушания» осталась лишь одна ложа «Николай Новиков» (Москва).
Начиная с 1991 года немецкое, итальянское, австрийское и финское масонство также начало активно проникать и на территорию бывших республик СССР.
Масонские ложи были открыты в Клайпеде, Вильнюсе, Таллинне, Риге, Львове, Киеве, Кишиневе, Одессе. Руководитель Великой Регулярной Ложи Италии, профессор Дж. Ди Бернардо открыл первые ложи в Кишиневе (июнь
1997 года) и в Одессе (февраль 1998 года). Руководителем упомянутой ложи в Одессе («Хирам») стал ректор местного Медицинского университета В. Запорожан.
К октябрю 1998 года в Молдове было создано уже 5 масонских лож, которые при помощи того же ди Бернардо образовали самостоятельную провинцию Молдова под руководством досточтимого мастера ложи «Альянс» А. Комона. Вскоре самостоятельная масонская провинция под руководством В. Запорожана была создана и в Одессе.
