Несмотря на приведенные Помбалем многочисленные доказательства преступлений, совершенных иезуитами в Испании и Португалии в области торговли и эксплуатации южноамериканского местного населения, а также их стремления присвоить себе высшую государственную власть и унизить значение светского правительства, папа Бенедикт XIV продолжал благоволить иезуитскому ордену и в специальной булле 1753 г. выразил свою глубокую благодарность за "высокополезную деятельность в деле энергичного насаждения истинных начал католической веры". Естественно, что паписты подняли страшный шум против репрессивных мер, принятых министром Помбалем. Высший церковный совет Кастилии, руководимый епископом Картахены, постановил сжечь все "памфлеты и писания", исходившие от Помбаля, его сторонников и врагов иезуитского ордена. Под угрозой отлучения от церкви великий инквизитор Кинтано запретил чтение произведений, инспирированных Помбалем и направленных против иезуитов. Высший совет инквизиции осудил "Перечень деяний португальских иезуитов", явившийся кратким изложением инструкции Помбаля португальскому посланнику. В приговоре инквизиционного совета с возмущением говорилось, что автор этого произведения называет себя министром двора; что самое произведение было напечатано без разрешения духовных властей и содержит лживые, бунтовщические мысли, могущие нарушить общественное спокойствие и являющиеся оскорбительными для святой религии и компании Иисуса.
Несмотря на эту кампанию в защиту иезуитов, папа Бенедикт XIV не мог все же игнорировать требования португальского правительства. 1 апреля 1758 г. римская курия поручила кардиналу Салданье "точно обревизовать деятельность иезуитов" и представить доклад самому папе. В инструкции о ревизии Бенедикт XIV указал Салданье на необходимость соблюдать величайшую осторожность в отношении ордена, который заслужил "такую всем хорошо известную" благодарность церкви, члены которого работали в интересах религии на "столь отдаленных участках мира", как Южная Америка и далекая Азия. В заключение кардиналу-ревизору запрещалось издавать какой-либо акт в отношении иезуитов без ведома и согласия папской курии. Все эти предосторожности Бенедикта XIV не имели, однако, реального значения, так как он умер на следующий день после того, как кардинал Салданье прибыл в Лиссабон для изучения проделок иезуитского ордена в Португалии, а в промежутке, до избрания нового папы Климента XIII (1758-1769), дело о преступной деятельности иезуитов совершенно неожиданно приняло другой оборот.
В обширном заключении кардинал Салданье объявил иезуитов виновными в коммерческой деятельности, называл их поведение "публичным скандалом" и особенно резко говорил об их делах в различных португальских колониях Южной Америки. Кардинал опубликовал запрещение иезуитам произносить проповеди и быть духовниками в пределах всего лиссабонского архиепископства и приказал, чтобы это запрещение было объявлено во всех приходах и церквах как Лиссабона, так и архиепископства. Резкое осуждение кардиналом Салданье деятельности иезуитов отчасти объяснялось старой религиозно-политической борьбой между иезуитами и некоторыми другими орденами, в особенности августинским.
"Духовный" запрет проповедей был дополнен исходившим от Помбаля "светским" запрещением иезуитам заниматься торговлей, в которой они обнаружили свои "поистине преступнейшие инстинкты". Хотя Климент XIII не был иезуитским кандидатом, так как Франция противилась избранию такового, он тем не менее не только не относился враждебно к иезуитам, но вскоре стал орудием в их руках и на всякие лады восхвалял испытанные "добродетели" ордена. Врагам ордена предстояла, таким образом, еще долгая борьба, тем более что во всех странах Европы, по данному иезуитами сигналу, началась литературная кампания в защиту ордена и в опровержение "злостной клеветы", распространяемой "продажными перьями" против "храбрых миссионеров", какими себя будто бы везде проявили иезуиты.
В разгаре полемики между сторонниками усиления светских государственных начал и приверженцами установления церковной опеки над государством, на жизнь португальского короля было произведено покушение. Помбаль, служивший в течение нескольких лет центральной мишенью для нападок иезуитского ордена, обвинил в этом покушении иезуитов. Начались репрессии, главный удар которых был направлен против ордена. Много иезуитов было посажено в тюрьму, и их имущество было конфисковано; некоторые из них по обвинению в покушении на короля были казнены. В 1759 г. Помбаль издал указ, в силу которого все португальские иезуиты были схвачены, посажены на суда и отправлены в Папскую область. В 1761 г. была совершена конфискация движимого и недвижимого имущества ордена; папский представитель Ачайоли был выслан из Португалии. В том же году, по настоянию Помбаля, инквизиционный трибунал приговорил к сожжению патера Габриеля Малагриду, обвиненного в организации заговора против короля и даже в ереси. Дипломатические сношения между Римом и Португалией были прерваны. Подданные Португалии были высланы из Папской области, а подданные папы - из Португалии.
Климент XIII буллой "Apostolicum pascendi" от 1 января 1765 г. взял под свое покровительство иезуитский орден и резко порицал враждебное отношение к нему со стороны светских властей. Опубликование этой буллы было воспрещено не только в Португалии, но и во Франции, Неаполе, Венеции и Милане. Помбаль вступил в переговоры с державами о совместном обращении к папе Клименту XIII с целью добиться полного уничтожения ордена.
Обращение Помбаля встретило известное сочувствие, так как политика Климента XIII вызывала сильное недовольство. Незадолго до этого обращения на острове Корсике, принадлежащем Генуе, началось восстание. Генуэзское правительство не без основания утверждало, что повстанцев против Генуи возбуждало духовенство. Монахи, сочувствовавшие иезуитам и находившиеся в оппозиции к епископам, бывшим большею частью генуэзского происхождения, вели ожесточенную кампанию против генуэзских властей на Корсике. Епископы бежали в Геную, монахи же, а позднее и низшее духовенство примкнули к повстанцам и получили от их вождя Паоли ряд привилегий, одобренных Климентом XIII. Папа вступил в переговоры с Паоли как с "признанным главою" самостоятельного островного государства.
За Геную вступился Неаполь, однако - безрезультатно. Дело закончилось вмешательством в дела Корсики Франции. По свидетельству министра Пануччи, неаполитанского представителя при французском правительстве, у всех сложилось тогда мнение, что папа явно нанес удар независимой Генуэзской республике и вмешался в суверенные права чужого государства. Инцидент с корсиканским восстанием показал, что папство продолжало питать старую иллюзию о своей гегемонии над светскими государствами.
Вскоре возник новый конфликт. На этот раз дело касалось Пармы, на герцогском престоле которой с 1748 г. сидел представитель династии Бурбонов. В Пармском герцогстве две трети земли принадлежало церкви, которая претендовала на старые привилегии, освобождающие ее от каких бы то ни было платежей в пользу государства. Новый герцог, черпавший средства главным образом из земельных налогов своего маленького государства, не мог примириться с таким положением и добился согласия Бенедикта XIV на обложение налогом церковных владений.
Преемник Бенедикта XIV Климент XIII не только не думал об отказе от "своих" старинных прав, но считал уступки своего предшественника чрезмерными и потребовал от герцога прекращения взимания с церкви налога. Начались споры между Римом и Пармой. Вмешательство Франции и Испании не помогло ликвидации конфликта, и тогда герцог Пармы перешел в наступление. Церкви было запрещено приобретение новой земли; никто не имел права отныне искать суда за границей, то есть у римского папы; всякая земля, светская или духовная, должна была платить государству определенные налоги, размер которых устанавливался исключительно герцогской администрацией; всякого рода благотворительные учреждения подлежали контролю со стороны светской власти, а церковные бенефиции и другие доходные статьи могли передаваться исключительно жителям и уроженцам Пармы. Кроме того, всякие папские бреве, буллы, декреты и распоряжения должны были получить специальное разрешение пармского правительства, чтобы иметь силу в пределах Пармского герцогства.
В ответ на это папская булла от 30 января 1768 г. объявила "недействительным" все то, что "ущемило и оскорбило" интересы церкви в Парме. Согласно булле, виновники этих "опаснейших и позорнейших нововведений" подлежали отлучению от церкви, если они немедленно не отменят того, что они беззаконно совершили.
Булла 1768 г. вызвала возмущение далеко за пределами Пармы, так как в ней увидели возобновление политики Григория VII, Иннокентия III и других пап, мечтавших о гегемонии над светскими властями. Бурбонские дворы, то есть Франция, Испания и Неаполь, выступили с протестом против буллы и потребовали от Климента XIII немедленного удовлетворения за то оскорбление, которое он нанес одному из представителей Бурбонского дома. Но папа не только не согласился смягчить свою грозную буллу, но принял вызывающий тон по адресу трех "незваных защитников" оскорбителя папских прав в Парме. Началась резкая полемическая переписка между Римом и бурбонскими дворами. К ним вскоре присоединилась Португалия, министр которой Помбаль решил использовать "пармский инцидент" для окончательного сокрушения иезуитского ордена не только в романских странах, но и во всем мире.
