Миклухо-Маклай был убежденным и последовательным сторонником научного метода, согласно которому только непосредственное наблюдение за явлениями природы и общественной жизни, только прямой опыт и опора на реальные видимые, осязаемые — факты могут дать надежные результаты. Он считал, что доверять можно лишь тому, что видишь собственными глазами. Он избегал задавать вопросы, на которые нельзя было получить точных ответов, Дни, недели, месяцы он мог выжидать в расчете непосредственно столкнуться с предметом или явлением, его интересовавшим. Как ученый он не давал воли фантазии, не занимался реконструкциями и редко строил гипотезы. Все его печатные труды основаны только на анализе собственных данных, на чужие работы он ссылается, лишь чтобы подтвердить или опровергнуть высказанные там идеи.
Строго реалистическая позиция Миклухо-Маклая давала ему немалые преимущества, она уберегала от скороспелых выводов, заставляла следовать не популярным теориям, а фактам, приводила к результатам точным, хорошо обоснованным, надежным. Миклухо-Маклай быстро завоевал авторитет в ученом мире — ему верили, зная, что все, о чем он пишет, пропущено через его личный опыт и серьезный критический анализ.
Миклухо-Маклай был поистине великим наблюдателем. Материалом для научных наблюдений ему служила в с я окружавшая его природа и жизнь людей. Любая ситуация, любой случай, любая встреча превращались для него в опытное поле. Он изучал и описывал все, что попадало в сферу его видения: жилища, орудия труда, лодки, предметы быта, плантации, одежду, украшения, татуировку, пляски и пиршества, способы обработки земли и ношения ребенка женщинами, приготовление напитка кеу, манеру есть, курить, жевать бетель, прически, способы счета и т. д. и т. д. Нередко он как опытный режиссер сам создавал ситуацию, позволявшую ему выяснить что-нибудь интересное. С особенным вниманием относился он к общественным отношениям, которые открывались только в ходе длительного наблюдения. Так, ему удалось установить, что среди папуасов его Берега нет власти, нет разделения на бедных и богатых, нет сословий, все живут равном жизнью и только разделения по полу и возрасту, по старшинству дают себя знать. Ему удалось многое выяснить по поводу взаимоотношении между деревнями и общинами, увидеть формы обмена, взаимных посещений и проч. Упорно преодолевая затруднения, изучал он физические свойства папуасов, исследовал волосяной покров (с удовлетворением обнаружил, что разговоры о пучкообразном характере волос — сущая чепуха), кожу, части тела, вплоть до положения пальцев ног, характер ногтей, болезни и многое, многое другое. Его глаз ученого и аналитический ум не прекращали работы ни при каких условиях — и когда он находился в смертельной опасности перед лицом возбужденных, с оружием в руках, папуасов, и когда очередном приступ лихорадки сваливал его, и когда он наслаждался покоем а гамаке близ своей хижины.
Конечно, в позиции Миклухо-Маклая — наблюдателя были и уязвимые моменты. Общественная жизнь папуасов, их внутренние отношения, их мировоззрение отличались такой сложностью, таким богатством содержания, которые нельзя было по-настоящему понять, опираясь только на непосредственные эмпирические наблюдения. Необходима была система опросов, нужны были долгие доверительные беседы, записи мифов, фиксация разного рода понятий и терминов, пояснений самих людей относительно их обрядов, масок, «телумов» и многого другого. Миклухо-Маклай должен был с огорчением признать, что для всей этой работы его познаний языка Бонгу оказалось недостаточно, нужны были еще годы, чтобы проникнуть в эту интереснейшую область Духовной культуры.
Миклухо-Маклай явился пионером подлинно научного изучения папуасов, он собрал такой ценнейший материал и сделал такие важные обобщения, которые никогда не утратят своего значения. Заслуга его состоит прежде всего в том, что он открыл, изучил, описал мир, до него не соприкасавшийся с современном цивилизацией, живший и развивавшийся по своим историческим законам. Уже через несколько лет после Миклухо-Маклая замкнутость этого мира была разорвана, естественность развития резко прервана, исторический процесс пошел по новому пути. Благодаря Миклухо-Маклаю наука получила реальные представления о папуасском обществе. Как ученый он выполнил важную гуманную роль — показал всему цивилизованному миру, что папуасы такие же люди, как все, что в своем первобытном состоянии они обладают множеством достоинств по сравнению с современным обществом белых людей, но вместе с тем они во многом отстали и это их состояние исторически обусловлено и преходяще…
Была в исследованиях Миклухо-Маклая, в его повседневной работе этнографа и антрополога одна особенность, которую следует особо выделить. Как известно, наука всегда стремится, анализируя повторяющиеся факты, дать некую общую картину, выявить закономерности, обнаружить процесс. Единичное для ученого — материал для общего, пример, иллюстрация. Грубо говоря, этнографа интересует не отдельная хижина, а тип постройки, жилища, с характерными его качествами, равным образом — типы одежды, орудий, лодок и т. д. То же самое относится к физическому облику людей, к семейным и общественным отношениям. Поэтому труды этнографов обычно представляют собою обобщенные описания, где материал «обезличен», лишен индивидуальной окраски. При таких обстоятельствах и люди, с которыми сталкивается этнограф, выступают для него прежде всего как носители какой-то общей информации. Миклухо-Маклай довольно решительно нарушает эту ученую традицию. Естественно стремясь к обобщениям, к типовым описаниям, он одновременно с этим сохраняет устойчивый и живой интерес к единичному, конкретному. Его сочинения воссоздают общую картину папуасской жизни в ее типовом содержании, но в то же время дают очень конкретное описание жизни нескольких деревень, прежде всего — Бонгу, Горенду, Гумбу, знакомят нас не просто с населением побережья, но и с реальными людьми, которые много значили для самого Маклая. Туй, Саул, Каин, Бонем и другие одновременно и этнографические типы, и личности, знакомство с которыми позволяет нам понять папуасский мир неизмеримо полнее, глубже, ярче, чем если бы дело ограничилось одними общими характеристиками.
Миклухо-Маклай установил новью принципы отношений между ученым-исследователем и обществом — объектом исследования. Он внес в эти отношения дух полного равенства, естественного взаимного уважения и доверия, а затем и настоящей дружбы, понимания и признания взаимных интересов, взаимопомощи. Для многих поколений путешественников, ученых он является образцом поведения в иноэтническом и инокультурном мире.
Однако эта сторона его отношений с папуасами имела гораздо более широкий общественный и человеческий смысл, который был очень хорошо понят на родине Миклухо-Маклая. В России 70-х годов увлеченно следили за перипетиями новогвинейской эпопеи путешественника, журналы охотно печатали заметки о нем, иногда даже его письма, помещали фотографии. Когда стало известно о бедственном его положении, многие откликнулись на призыв либеральной газеты «Голос» помочь ему материально. Передовая Россия встретила восторженно приезд Миклухо-Маклая в 1882 году. Газеты подробнейшим образом писали о его путешествиях, помещали интервью, оценивая сделанное им как великий подвиг. Миклухо-Маклай получал приветственные адреса и телеграммы из разных концов страны, его избрали почетным членом ученых обществ, на время он стал самой живой темой дня. Независимо от увлечения им люди мыслящие и передовые особенное внимание обратили на характер его отношений с папуасами, увидев в них пример того, как вообще должны строиться отношения между народами, между людьми разного цвета кожи, разных культур и уровней развития. Прекрасно сказал об этом Л. Н. Толстой (см. письмо его в начале книги). Много раз позднее Лев Николаевич вспоминал о Миклухо-Маклае с нежностью и исключительным уважением, например, однажды, когда прочитал в газетах о действиях англичан в Африке: "Все это ужасно… Почему же людям, живущим христианской жизнью, не пойти просто, как Миклухо-Маклай, жить к ним, а нужно торговать, спаивать, убивать".
Нашлись публицисты, которые громко сказали о том, что опыт общения Миклухо-Маклая с «дикими» имеет громадное значение для опровержения идей о «низших» и «высших» расах, для утверждения принципов равенства всех рас, наконец, для справедливого разрешения национального вопроса в самой России, где немало еще так называемых инородцев бесправны и угнетены: следует "изучить мир инородцев и дикарей, способствовать здоровому взгляду на жизнь этой чуждой для цивилизации среды, рассеять предрассудки и установить правильное к ней отношение". Судя по газетным глухим отголоскам, во время публичных выступлений Миклухо-Маклая раздавались голоса и тех, кто не сочувствовал его взглядам. В одном из выступлений в Петербурге он прямо сказал: в некоторых местах Океании "убить черного все равно что собаку… Я держал пистолет не против черных, а против белых, оскорблявших черного".
