Крузенштерну удалось осуществить весь этот обширный план исследований. Он закартографировал западное и северо-западное побережья японских островов, исправил ошибки, допущенные Лаперузом при описании этого района, открыл и нанес на карту множество мысов и бухт. Много времени Крузенштерн уделил изучению и описанию побережья Сахалина.
Сложная ледовая обстановка не позволила продолжить плавание на север и закончить описание Сахалина. Крузенштерн решил изменить маршрут и возвратиться в этот район позднее, когда льда уже не будет. Он повел корабль к Курильским островам, где были открыты четыре маленьких каменистых островка, почти не выступавших из воды.
Сильное течение, обнаруженное возле них, делало плавание в этом районе в условиях штормовой погоды и туманов, обычных в этой части Тихого океана, весьма опасным. Не зная о существовании островов, можно было налететь на один из них и потерпеть крушение. Крузенштерн назвал эти острова Каменными Ловушками и нанес их на карту.
Вскоре «Надежда» прибыла на Камчатку, где Крузенштерн оставил Резанова и сопровождавших его лиц.
Спустя две недели, потребовавшиеся на разгрузку доставленных из Японии грузов, «Надежда» вновь вышла в океан. Ее путь лежал к Сахалину, описание побережья которого стремился закончить Крузенштерн.
Пройдя неизвестным до тех пор проливом в Курильской гряде, названным проливом Надежды, Крузенштерн подошел к мысу Терпения. Окончив описание восточного побережья Сахалина, он направился в южную часть Сахалинского залива.
Наблюдения за удельным весом и цветом воды в заливе привели Крузенштерна к выводу, что где-то в самой южной части залива в него впадает большая река. Это же подтверждалось тем, что вода в глубине залива была пресной. В поисках устья реки Крузенштерн направил корабль к берегу, но глубина резко уменьшалась, и, боясь посадить «Надежду» на мель, Крузенштерн вынужден был повернуть корабль обратно в открытое море. Честь открытия Амура, так же как и честь открытия Татарского пролива, выпала на долю другого знаменитого русского мореплавателя Геннадия Ивановича Невельского, исправившего ошибку Крузенштерна, — который посчитал Сахалин полуостровом.
В середине августа 1805 года «Надежда» возвратилась на Камчатку, откуда после ремонта и пополнения запасов вышла в Кантон для встречи: с "Невой".
Пока «Надежда» находилась в Японии и совершала плавания в районе Курильских островов и Сахалина, «Нева» продолжала идти по своему маршруту.
Оставшись у Гавайских островов в мае 1804 года, Лисянский собрал сведения о быте, нравах и ремеслах островитян. Наблюдения и описания, сделанные Лисянским, значительно пополнили скудные этнографические познания об этих островах.
"Тамошний народ, — писал Лисянский, — кажется, имеет большую способность и вкус к рукоделиям; все делаемые ими вещи отменно хороши, но искусство в тканях превосходит даже воображение. Увидев их в первый раз, я никак не мог поверить, чтобы дикой человек имел столь изящный вкус. Смешение цветов и отличное искусство в рисунке со строжайшим наблюдением соразмерности прославили бы каждого фабрикандта… а особливо ежели возьмем в рассуждение, что дикие столь редкие удивительные изделия производят самыми простыми орудиями".
Покинув Гавайские острова, «Нева» направилась к острову Кадьяк, куда и прибыла 1 июля 1804 года.
На Кадьяке уже давно ожидали прихода «Невы». Ее помощь здесь была совершенно необходима. Из записи, оставленной Лисянскому управляющим компании Барановым, и рассказов жителей острова командир «Невы» узнал, что русская укрепленная фактория на острове Ситка — крепость Архангельская — разгромлена индейцами.
Чтобы отразить нападение американцев, Баранов с группой колонистов направился к острову Ситка. В своей записке он просил Лисянского поспешить к нему на помощь. Последний немедленно отправился на Ситку. В результате, благодаря распорядительности Лисянского и отличной военной выучке экипажа «Невы», боевые действия были закончены успешно и в короткое время Матросы и офицеры корабля, поддержанные метким огнем судовой артиллерии, разгромили неприятеля. На острове была заложена новая крепость, названная Ново-Архангельской.
В тихоокеанских владениях Российско-американской компании «Нева» пробыла более года. За это время Лисянский составил описание островов Кадьяк и Ситка и открыл в этом районе два маленьких острова, которым присвоил имена Чичагова и Круза (офицера, участника Чесменского сражения).
В августе 1805 года «Нева», приняв на борт груз пушнины, покинула Ситку и направилась в Кантон. На этот раз Лисянский решил идти к тропикам неизведанным путем: к точке, лежащей на 45°30 северной широты и 145° западной долготы, затем на запад до 42° северной широты и 165° западной долготы, а потом спуститься до параллели 36°30 , дойти по ней до меридиана 180° и от него проложить курс к Марианским островам. Лисянский предполагал сделать в этом районе новые географические открытия.
Более месяца шла «Нева» через Тихий океан, не встречая никаких признаков земли. И вот поздним вечером 3 октября 1805 года, когда Лисянский, отдав последнее приказание вахтенному офицеру, собрался уже спуститься в каюту, корпус «Невы» дрогнул: корабль сел на неизвестную до того коралловую мель. С большим трудом шлюп был снят с мели, недалеко от нее на 26°02 48" северной широты и 173°35 45" восточной долготы был обнаружен небольшой необитаемый островок.
Остров и коралловая мель были нанесены на карту. По единодушному требованию команды острову было присвоено имя славного командира «Невы» Юрия Лисянского, а коралловая отмель названа в честь шлюпа Невскою 11 октября был открыт коралловый риф, который был назван рифом Крузенштерна.
От рифа Крузенштерна Лисянский взял курс на Тайвань мимо Марианских островов. 10 ноября, когда далеко позади остался самый высокий остров этой группы — Сайпан, началась буря, "которая, — по описанию Лисянского, — сперва начала рвать снасти, а потом положила корабль на бок, так что подветренная сторона была в воде до самых мачт, разбило в щепки ял, висевший за кормою, а несколько времени спустя оторвало шкафуты и унесло в море многие вещи, находившиеся наверху…" Вода начала быстро проникать в трюм. Люди работали по колено в воде. Невероятными усилиями команды корабль был спасен, но часть мехов была испорчена.
22 ноября 1805 года «Нева» прибыла на рейд Макао, где в это время находилась «Надежда». Оба судна перешли в бухту Вампу близ Кантона, и там Крузенштерн и Лисянский успешно выполнили поручения Российско-американской компании, выгодно продав меха и закупив китайские товары.
За два месяца пребывания в Китае русские мореплаватели собрали много ценнейших сведений об этой стране, о ее государственном устройстве, экономике, быте и нравах китайского народа. "Благосостояние, — писал Крузенштерн, — и покой китайцев есть ложный блеск, нас обманывающий. Довольно известно уже, что число недовольных распространилось ныне по всему Китаю. В бытность мою в Кантоне 1798 года возмущалось три провинции… но теперь бунтуют многие области, почти вся южная часть Китая вооружилась против правительства. Искра ко всеобщему возмущению тлеется".
В феврале 1806 года «Надежда» и «Нева» отправились в дальнейший путь через Южно-Китайское море и Индийский океан вокруг мыса Доброй Надежды в Европу.
Пройдя сложный лабиринт Малайского архипелага, шлюпы вошли в Зондский пролив, связывающий Южно-Китайское море с Индийским океаном. Здесь они попали в полосу жестоких штормов, но благодаря искусству командиров благополучно прошли пролив и вышли в океан.
В начале апреля русские моряки увидели вдалеке очертания земли — это было побережье Африки. В середине апреля у мыса Доброй Надежды корабли в тумане потеряли друг друга из виду.
Обогнув 7 апреля южную оконечность Африки, «Надежда» направилась к острову Святой Елены, где была намечена встреча кораблей. Здесь Крузенштерн узнал о начавшейся войне между Россией и Францией. Событие это обязывало командира «Надежды» принять меры на случай встречи с французскими кораблями, тем более что часть корабельных пушек он оставил на Камчатке, где они были необходимы для защиты русских селений от туземцев. Так как достать орудия на острове Святой Елены не удалось, Крузенштерн решил несколько изменить маршрут и возвращаться на родину не Английским каналом, около которого обычно крейсировали французские корабли, а обогнув Англию с севера "Сей путь, — записал в своем дневнике Крузенштерн, — долженствовал быть продолжительнее, как то подтвердилось и на самом деле — но я признал его надежнейшим по обстоятельствам".
Решение это следует считать правильным еще и потому, что Крузенштерн не встретил возле Святой Елены «Невы» Не дойдя немного до острова, Лисянский решил изменить маршрут и, не заходя ни в одну гавань, идти прямо в Англию.
