Через несколько дней, когда шлюп подошел к берегу, Головнин с семью матросами отправился на остров. Японцы встретили его с притворным радушием, пригласили в крепость, а когда ничего не подозревавшие Головнин и его спутники вошли в нее, японцы неожиданно напали на невооруженных русских моряков и захватили их в плен. Больше всего Головнина возмущало коварство и вероломство японцев. "От чистого сердца и от желания им добра поехал я к ним в крепость, как друг их, а теперь что они с нами делают. Я менее мучился бы, — писал он позже в своих «Записках», — если б был причиной только моего собственного несчастья; но еще семь человек подчиненных также от меня страдают".
Вскоре русских моряков перевели с острова Кунашир в город Хакодатэ на острове Хоккайдо и заключили в тюрьму. Головнина посадили в отдельную темную и сырую камеру.
Но и в этих условиях Головнин не прекращал своих научных занятий. Все, что он наблюдал во время прогулок и узнавал из разговоров с охранниками, Головнин заносил в свой оригинальный «журнал» из ниток, облегчавший ему запоминание. Каждому примечательному событию, о котором Головнину удалось узнать, в этом «журнале» соответствовала нитка определенного цвета. (Нитки выдергивались из манжет, подкладки из мундира или шарфа). Эти нитки искусно сплетались в узелок. Только благодаря этому «дневнику» Головнин впоследствии написал свое замечательное произведение "Записки флота капитана Головнина о приключениях его в плену у японцев в 1811, 1812 и 1813 годах", опубликованное в 1818 году и впоследствии переведенное почти на все европейские языки. В книге содержатся исключительной ценности сведения о нравах и обычаях японцев, об их культуре. Это был первый обстоятельный труд о Японии. По ясности и красочности изложения «Записки» принадлежат к числу лучших произведений русской литературы.
Головнин и его спутники решили бежать. С большим трудом морякам удалось раздобыть старое, покрытое ржавчиной долото, с помощью которого под крепостью был сделан подкоп, 24 апреля пленники вырвались на волю, но вскоре были пойманы.
Лишь в 1813 году, когда слух о славе русской армии, разгромившей полчища Наполеона, достиг Японии, стало возможным освобождение нашего отважного капитана. 1 октября 1813 года, после более чем двухлетнего пребывания в плену Головнин и его товарищи были отпущены на волю.
В 1814 году Головнин возвратился в Петербург и был назначен почетным членом Государственного Адмиралтейского департамента и в том же году начал готовиться к новому кругосветному плаванию, на этот раз на шлюпе «Камчатка». Ему было поручено доставить на Камчатку грузы, а затем определить астрономические координаты тех островов, на которых эта работа еще не была сделана, и произвести описание северо-западных берегов Америки от 60 до 63° северной широты.
Этому путешествию Головнин придавал особое значение. Хорошей организацией и успешным осуществлением кругосветного плавания он надеялся поддержать лучшие традиции русского флота, привлечь к нему внимание общественности.
21 сентября судно отправилось дальше и уже 23 октября, на пятьдесят восьмой день плавания, пересекло экватор. Переход в южную часть Атлантического океана был отпразднован русскими моряками согласно обычаю, принятому во всех флотах мира. Головнин поздравил экипаж с успехом и приказал выдать всем матросам двухмесячное жалование за отличное исполнение своих обязанностей, а офицеров и гардемарин пообещал при первом же удобном случае представить к награде.
В июне «Камчатка» вошла в Павловскую гавань на острове Кадьяк. За девять дней пребывания на острове Головнин составил обстоятельную карту Чиниатского залива и тщательно обследовал деятельность Российско-американской компании. Он описал природные условия острова, изучил экономику, быт и культуру его жителей. "Они, — писал Головнин, — сильны, терпеливы в трудах и смелы до отчаяния; любят независимость столько, что захотят расстаться с жизнью, и покорить их не только трудно, но даже невозможно".
Во второй половине августа 1818 года Головнин совершил плавание к берегам Калифорнии и составил обстоятельное описание этой страны, ее естественных богатств, климатических условий, социального строя.
В октябре 1818 года Головнин отправился к Гавайским островам и весьма обстоятельно описал экономику, культуру, нравы местного населения.
Выполнив обширную программу исследований Гавайских островов, Головнин в конце октября направился к Филиппинским островам, и 13 декабря «Камчатка» бросила якорь на Манильском рейде. Новый год русские моряки встречали среди гостеприимных филиппинцев.
В сентябре следующего года «Камчатка» благополучно прибыла в Кронштадт. Кругосветное путешествие, продолжавшееся два года и десять дней, было успешно завершено. За все время плавания корабль не потерял ни одного паруса и не имел повреждений в рангоуте.
Обстоятельное описание второго кругосветного плавания представлено в двухтомном сочинении "Путешествие вокруг света по повелению государя императора, совершенное на военном шлюпе «Камчатка» в 1817 и 1819 годах флота капитаном Головниным", опубликованном в 1822 году.
В 1821 году в чине капитан-командора Головнин был назначен помощником директора Морского корпуса. Состоя в этой должности, он проявил исключительную заботу о подготовке высококвалифицированных офицеров. В это же время Головнин перевел с английского языка трехтомный труд Дункана "Описание примечательных кораблекрушений". В 1823 году Головнина назначили генерал-интендантом флота. Ему были подчинены все судостроительные верфи и береговые здания Адмиралтейского ведомства. На этом новом поприще он отдавал все свои силы строительству флота на Балтийском и Белом морях. Обладая глубокими познаниями в различных областях военно-морского дела, Головнин лично наблюдал за постройкой и вооружением кораблей, добиваясь сокращения сроков их постройки.
В своем замечательном труде "О состоянии Российского флота 1824 г", написанном в этот период, но изданном спустя тридцать лет после смерти автора, Головнин дал глубокий анализ причин упадка русского флота в 20-х годах прошлого столетия. Бичуя бюрократизм и расхищение казенных средств, Головнин подверг жестокой критике организации Адмиралтейского департамента. "Если хитрое и вероломное начальство, — писал Головнин, — пользуясь невниманием ко благу отечества, хотело, по внушению и домогательству внешних врагов России, для собственной своей корысти довести разными путями и средствами флот наш до возможного ничтожества, то и тогда не могло бы оно поставить в положение более презренное и более бессильное, в каком оно находится".
В 1827 году в подчинение Головнина были переданы Кораблестроительный, Комиссариатский и Артиллерийский департаменты. Не жалея сил, трудился Головнин над созданием сильного флота. И его труды не пропали даром: в течение семи лет на балтийских и архангельских верфях было построено двадцать шесть линейных кораблей, двадцать шесть фрегатов и множество мелких судов.
Летом 1831 года Василий Михайлович Головнин умер. Известие о его смерти глубоко опечалило не только моряков русского флота, но и всех истинных патриотов России.
Деятельность Василия Михайловича Головнина была многогранной и плодотворной. Обладая разносторонними и глубокими познаниями и большим практическим опытом, он внес ценный вклад в различные области науки. Он был одним из наиболее одаренных военно-морских теоретиков в 20-х годах XIX века. Верно оценив значение парового флота для защиты морских рубежей страны, он прилагал большие усилия для его создания в России. Особое внимание Головнин обращал на укрепление русских дальневосточных границ, считая, что правительство должно срочно принять неотложные меры для усиления безопасности Аляски, Алеутских и Курильских островов.
Головнин воспитал целую плеяду отважных русских мореплавателей. В числе их можно назвать Ф. П. Литке, Ф. П. Врангеля. Ф. Ф. Матюшкина и других.
Вклад, внесенный Василием Михайловичем Головниным в науку, был высоко оценен в нашей стране. Головнин при жизни был избран почетным членом Харьковского университета, его именем названы мыс на юго-западном берегу бывшей "Русской Америки", гора на острове Новая Земля и пролив между островами Райкоку и Матау в Курильской гряде.
Фаддей Беллингсгаузен и Михаил Лазарев
Первая русская антарктическая экспедиция капитана 2-го ранга Ф. Ф. Беллинсгаузена и лейтенанта М. П. Лазарева, морские экспедиции на шлюпах «Открытие» и «Благонамеренный» под начальством М. Н. Васильева и Г. С. Шишмарева, на бриге "Новая Земля" под начальством А. П. Лазарева, как и сухопутные экспедиции П. Ф. Анжу, Ф. П. Врангеля и Ф. Ф. Матюшкина, предпринятые русскими моряками в 20-х — начале 30-х годов прошлого столетия, — были в сущности отрядами одного крупного научного предприятия, имевшего целью изучение полярных областей обоих полушарий.