Однажды ученики последнего, Дионисий, князь звенигородский, да Нил Полев, жившие в Белозерской пустыни, донесли ему, что нашли следы ереси жидовствующих у двух белозерских пустынников, и прислали к нему священника, бывшего свидетелем события. Иосиф препроводил присланную грамоту и священника к Ростовскому архиепископу Вассиану, своему брату, в епархии которого состояли белозерские монастыри и пустыни.
Вассиан, находившийся тогда в Москве, представил грамоту великому князю, а великий князь показал ее старцу-князю Вассиану Косому и спросил его: «Хорошо ли делают твои пустынники?» Вассиан отвечал, что все донесение ложно, и когда присланный священник подтвердил справедливость грамоты, то Вассиан просил дозволения отдать его на пытку. Священника пытали, изломали ему ногу, и он умер, но от своих слов не отказался. Великий князь прогневался на старцев Дионисия и Нила, писавших грамоту (хотя следовало бы прогневаться не на них, а на старца-князя Вассиана за такую пытку), и сказал: «Сами между собою бранятся, а меня в грех ввели». И велел сжечь пустыни старцев Дионисия и Нила, а самих отдать под начало в Кириллов монастырь. Вассиан Косой, без сомнения, торжествовал с своею партиею, а Иосиф должен был перенести скорбь со своими учениками.
Но, видно, Вассиан не довольствовался одними хульными словами против Иосифа и святителей, не пощадивших на Соборе ереси жидовствующих; вероятно, еретики, пользуясь покровительством этого сильного временщика, начали смело поднимать свои головы и угрожать опасностию православию, потому что Иосиф в 1511–1512 гг. нашелся вынужденным снова со слезами умолять великого князя Василия Иоановича от лица всей своей обители и писал к нему:
«Ради Бога и Пречистой Богородицы, попекись и промысли о Божественных церквах и православной вере и об нас, нищих твоих и убогих…
Как прежде, боговенчанный владыко, ты поревновал благочестивому царю Константину и вместе с отцом своим до конца низложил скверных новгородских еретиков и отступников, так и теперь, если ты, государь, не позаботишься и не подвигнешься, чтобы подавить их темное еретическое учение, то придется погибнуть от него всему православному христианству… Как в первом обыску все ты, государь, обыскал и управил, так и ныне подобает тебе попещися: ты всем глава, покажи ревность твоего благочестия… Отец твой по проклятии еретиков Захарии чернеца и Дионисия попа велел заключить их в темницу, и они там скончались и не прельстили никого из православных.
А которые начали каяться и отец твой покаянию их поверил, те много зла сотворили и многих христиан увлекли в жидовство. Так, невозможно никому той беды утолить, кроме тебя, государя и самодержца всей Русской земли».
Убеждения святого старца и в этот раз подействовали на Василия Иоанновича: он «повелел всех еретиков побросать в темницу и держать там неисходно до конца их жизни». Но преподобный Иосиф вскоре скончался (9 сентября 1515 г.), а по смерти его жидовствующие снова приободрились. Дошло до того, что явился, как было при начале этой ереси, какой-то «жидовин-волхв, чародей и прелестник» по имени Исаак, который обольщал и увлекал православных.
Около 1520 г. составился Собор на еретика, и только что прибывший к нам Максим Грек написал отцам Собора «Совет» — подвигнуться ревностию за православие и единодушно с дерзновением предать смутившего стадо Христово внешней власти на казнь, чтобы и другие научились не смущать более овец Христовых и земля наша очистилась от таких бешеных псов. После этого, казалось, ересь жидовствующих совсем исчезла, так что Новгородский архиепископ Макарий около 1527 г. величал великого князя Василия Иоанновича окончательным ее низложителем. Но на самом деле она только притаилась и продолжала существовать, хотя уже под другим названием.
27 февраля 1522 г. на Русскую митрополию поставлен был Даниил, игумен Иосифова монастыря. О достоинствах Даниила в должности настоятеля можем заключать из того, что он заслужил особенное благоволение самого государя, часто посещавшего монастырь, и удостоился быть избранным прямо в сан митрополита. Он был по своему времени человек очень образованный и весьма начитанный, как свидетельствуют его сочинения и другие памятники. Он с ревностию проповедовал истины святой веры как в храмах, что составляло тогда у нас редкость, так и чрез послания разным лицам, смело обличал современные пороки в обществе, в духовенстве, в самых вельможах. Особенно он вооружался против господствовавшего тогда у нас вольнодумства и неповиновения уставам Церкви, старался охранить свое духовное стадо «от еретиков, хуливших Христа Бога и Его Пречистую Матерь», т. е. жидовствующих, которые, значит, еще существовали.
Прошло уже около двадцати лет, как Василий Иоаннович вступил в брак (4 сентября 1505 г.) с дочерью князя Юрия Константиновича Сабурова Соломониею, но не имел от нее детей. Такое неплодство жены сильно огорчало государя, тем более что он желал оставить по себе наследником на престоле своего сына. Однажды Василий открыл свою скорбь пред боярами и начал с плачем говорить им: «Кому по мне царствовать на Русской земле и во всех городах моих и пределах? Братиям отдать? Но они и своих уделов управить не умеют». Бояре отвечали: «Неплодную смоковницу посекают и извергают из виноградника», намекая на необходимость развода. Бояре, конечно, знали слабость государевых братьев, могли страшиться за будущность отечества и в видах государственной пользы могли дать такой совет. Но не боярам предлежало решить этот вопрос, а власти церковной. Сохранилось предание, будто великий князь по совету митрополита Даниила посылал грамоту ко всем четырем патриархам Востока и просил у них разрешения развестися с неплодною женою и вступить в новый брак и будто патриархи все отвечали князю решительным отказом.
Дело весьма возможное, хотя самое сказание мало возбуждает к себе доверия. Да и в России, если верить Курбскому, нашлись люди, которые смело объясняли Василию Ивановичу всю противозаконность его намерения. Но Даниил, глава Русской церкви, вопреки ясному учению Евангелия и церковных правил, дозволил государю развод с его женою за одно только ее неплодство. И несчастная Соломония, по одним известиям, добровольно, а по другим — вследствие крайнего насилия, пострижена в черницы под именем Софии 28 ноября 1525 г. и потом отпущена в суздальский Покровский монастырь. Этого мало: не прошло двух месяцев после незаконного развода, как митрополит, опять вопреки церковным правилам, благословил Василия вступить в новый брак с княжною Еленою Глинскою, и даже сам 21 января 1526 г. обвенчал их.
Правление митрополита Даниила продолжалось еще около семи лет, но о действиях его в это время известно весьма немного. Пока жива была Елена, Даниил не чувствовал над собою никакой перемены. Но когда Елена скончалась (3 апреля 1538 г.) и настали смуты бояр, теснивших и давивших друг друга из-за власти, судьба митрополита скоро изменилась. Он имел неосторожность пристать к стороне князя Ивана Вельского, пользовавшегося некоторое время особенною доверенностию малолетнего Иоанна. Но князья Шуйские успели низложить Вельского и заключить в темницу. Затем свергли с престола и митрополита Даниила (в начале февраля 1539 г.) и сослали его в Волоколамский монастырь, где он прежде был игуменом. Там спустя почти два месяца заставили его написать грамоту, в которой он отрекался от митрополии не по болезни или немощи.
Свергнув Даниила, князь Иван Шуйский, естественно, мог рассчитывать, что в новом, избранном по его желанию первосвятителе найдет себе верного союзника и твердую опору, но скоро увидел свою ошибку. Иоасаф вместе с некоторыми боярами в июле 1540 г. осмелился ходатайствовать пред государем об освобождении из темницы князя Вельского, заключенного туда Шуйскими, и Вельский был освобожден. С того времени Вельский и митрополит сделались самыми приближенными лицами у государя, его «первосоветниками» и, надобно сказать, старались употреблять свою власть для умиротворения и благоденствия отечества.
Но чем больше отличал их государь, тем сильнее негодовали на них бояре, сторонники Шуйского, и составили против них заговор, в котором приняли участие многие дворяне, дети боярские и новгородцы. Сам Шуйский, находившийся тогда с войском в Новгороде, в ночь на 3 января 1542 г. прибыл в Москву без ведома государя, прислав туда наперед сына своего с тремястами всадников. В ту же ночь в Кремле произошла сильная тревога: схватили Вельского в его доме и утром отправили на Бело-озеро, где впоследствии его умертвили; схватили и двух главных его советников и разослали по городам, окружили кельи митрополита, бросали в них камнями и разбудили его. Испуганный, он думал найти убежище во дворце, но заговорщики бросились за ним и туда и своим шумом разбудили государя и привели его в трепет.