Вскоре после битвы у Мохача победоносные войска османского султана захватили и практически уничтожили столицу венгерского королевства Буду. При этом почти полностью погибла ее ренессансная архитектура, некогда являвшаяся гордостью короля Матьяша Корвина. Затем османское войско с огромной добычей вернулось на Балканы, а в Венгрии началась ожесточенная борьба за трон, еще более истощившая страну. Государственное собрание в Секешфехерваре поддерживало «национального» короля Яноша Заполняй, вдовствующая королева на основе династического договора 1506 г. признала королем Фердинанда I Габсбурга, к тому времени уже получившего чешскую корону. Он и был избран венгерским монархом в конце 1526 г. Так как события 1527 г. в Италии усилили позиции империи и Габсбургов, часть венгерских магнатов перешла на сторону Фердинанда I. Янош Заполняй бежал в Трансильванию, воеводой которой он являлся с 1510 г., а затем в Польшу и стал искать помощи против Габсбургов у султана Сулеймана Кануни. В 1528 г. султан признал Яноша Заполняй законным венгерским королем, и тот принес султану вассальную присягу. До 1541 г. не утихала война в Венгрии между двумя королями, по сути гражданская. На сторону каждого из них перебегали крупные и мелкие дворяне, поэтому границы двух венгерских королевств постоянно менялись. Некоторые группировки магнатов, созывая «бескоролевские парламенты», пытались свергнуть обоих правителей. В 1536 г. турки захватили Славонию, принадлежавшую Яношу Запольяи. Наметилось сближение двух королей, завершившееся миром 1538 г., по которому Фердинанд I объявлялся единственным претендентом на венгерскую корону после смерти Яноша Запольяи, не имевшего на тот момент наследников. Но в 1540 г. у него от брака с Изабеллой (Эльжбетой), дочерью короля Польши Сигизмунда I, родился сын Янош Жигмонд (Сигизмунд). Через месяц Янош Запольяи умер, а епископ Варада Дьёрдь добился в нарушение договора с Габсбургами избрания младенца на трон, что было утверждено в Стамбуле. Фердинанд I в 1541 г. осадил Буду, но османские войска ее вновь взяли и разграбили. Теперь Венгрия была поделена на три части.
Центр страны с Будой стал турецкой провинцией (вилайетом), управлявшейся назначаемым из Стамбула пашой, турецкие чиновники собирали подати с местного христианского населения, свободно продолжали существовать католическая и протестантская конфессии, шла османизация системы управления, территория вилайета служила той базой турецких войск, откуда они осуществляли набеги на территории других государств, сделав границу военной зоной. В 1543 г. турки захватили религиозную столицу Венгрии резиденцию архиепископа Эстергом, земли в Южном Задунавье и между реками Дунай и Тиса. Трансильвания и комитаты в Затисье остались во владении сына Яноша Запольяи — султан признал Яноша Жигмонда своим вассалом при условии выплаты ежегодной дани. Трансильванское княжество окончательно обособилось от других венгерских земель, но во многих отношениях унаследовало традиции Венгерского королевства.
Интересы Трансильвании (в славянской традиции Семиградья), население которой было полиэтнично (венгерское дворянство, немецкие города, саксонские, секейские и румынские крестьяне, цыгане, еврейские общины), ее правители отстаивали не только от Габсбургов, но часто и от поддерживавших их господарей Молдавии и Валахии, хотя за помощь в войне против Фердинанда I в 1529 г. Янош Запольяи передал господарю Молдавии Петру Рарешу в лен значительную часть земель (ныне входят, как и вся Трансильвания, в состав Румынии). Фердинанду I и его наследникам отошла западная и северная часть Среднего Подунавья, сохранившая название королевства Венгрии. Центры венгерской государственной и церковной жизни переместились в города к северу от Дуная (совр. Словакия) — в Пожонь (Братиславу), которая на три столетия стала столицей габсбургской Венгрии, и в Трнаву, превратившуюся в центр венгерского и словацкого католицизма. Экономическую основу габсбургской Венгрии по-прежнему составляли горнорудные города на территории современной Словакии. Венгрия при Габсбургах сохранила самостоятельные государственные учреждения, державшие дистанцию по отношению к Вене, которая стремилась уважать венгерскую государственную и социальную специфику. Общим для всех габсбургских владений в Центральной Европе являлся созданный в 1556 г. Военный совет в Вене, учреждение которого было продиктовано войнами с османами. Основное управление Венгерским государством сосредоточивалось в Венгерской палате и губерниуме во главе с палатином, который замещал почти постоянно отсутствовавших королей. При Габсбургах магнаты сохранили политический вес в стране и почти неограниченную власть в своих владениях. Крупнейшие магнатские семьи — Батори, Эрдёди, Надашди, Зриньи, Турзо — продолжали практически руководить страной, давая решительный отпор попыткам усиления королевской власти.
Несмотря на заключавшиеся время от времени мирные договоры, военные действия на венгерской территории продолжались. В конце XV в. турки начали захват земель Хорватии и тех сербских земель, которые входили в состав Венгерского королевства. В 1521 г. они взяли Белград. К концу XVI в., когда практически завершился наступательный период османского владычества в Европе, хорватские земли были завоеваны турками. В 1566 г. решительное сопротивление агрессорам оказал замок Сигетвар, гарнизон которого под командованием хорватского бана Миклоша Зриньи (Николы Зринского) мужественно сражался до последнего (оборона Сигетвара стала сюжетом фольклорных песен и преданий). Мир между Габсбургами и турками 1568 г., по которому признавались все последние османские завоевания, а затем договор между Габсбургами и Яношем Запольяи сохраняли положение статус-кво и давали мирную передышку, хотя пограничные стычки не прекращались. Пятнадцатилетняя война (1593–1606) принесла Габсбургам первые победы. Они отражены в символике парадных портретов Рудольфа II — защитника христианства и империи, поскольку у турок был временно отбит Эстергом. В первые годы XVII в. военные действия шли с переменным успехом, что дало основание заключить в 1606 г. мир, восстанавливавший довоенные границы, но освободивший Габсбургов от уплаты дани туркам. В конце войны положение габсбургской армии было существенно ослаблено восстанием трансильванского магната Иштвана Бочкаи, который со своим войском, состоявшим из гайдуков, вооруженных землевладельцев и скотоводов из Потисья, занял почти всю территорию современной Словакии. Если венгерское дворянство его приветствовало, избрав князем Венгрии, то население горнорудных городов отказало ему в поддержке. Восстание Бочкаи было направлено против власти Габсбургов, и его лидер установил союзнические отношения с турками. По Венскому миру с Бочкаи (1606), инициатором которого выступил эрцгерцог Матиас, восстанавливалась независимость Трансильвании и равенство католицизма, лютеранства и кальвинизма в городах Венгрии, что не затрагивало, однако, жителей местечек, сел и деревень. И ноября 1606 г. Матиас подписал мир с турками, что вызвало резкое недовольство Рудольфа II, требовавшего продолжать войну, исход которой представлялся еще неясным. Матиас использовал недовольство Рудольфа II для своих планов завоевания трона. С этой целью он заключил союз с австрийскими и венгерскими сословиями, желавшими мира, а затем и с гайдуками Бочкаи (после его смерти), подтвердив дарованное им дворянство. Именно гайдуки составили основу войска Матиаса, с которым он выступил в 1608 г. на Прагу. После отречения Рудольфа II от венгерской короны государственное собрание Венгрии избрало на трон Матиаса.
Дезинтеграции венгерского общества в XVI в., кроме политики и войны, послужила конфессиональная ситуация. С 30-х годов XVI в. получает распространение лютеранство, затем кальвинизм. Антипротестантские законодательные меры оказываются малоэффективными, даже будучи подкрепленными усилиями иезуитов. С 60-х годов того же века (синод в Дебрецене) лютеранство и кальвинизм окончательно отделяются друг от друга: лютеранами были представители немецкого и словацкого населения городов, кальвинизм исповедовала часть венгерского дворянства, включая некоторых магнатов. Особенно широко кальвинизм распространяется в Трансильвании. Открытые полемические выступления проповедников перед паствой придавали религиозным прениям свободный и демократический характер. В такой обстановке многие люди постоянно меняли религиозную ориентацию, и к 80-м годам XVI в. примерно 80 % населения всех частей Венгрии составляли протестанты, среди которых превалировали кальвинисты. Распространение получили и радикальные секты. Католическая церковь по-прежнему сохраняла свои общегосударственные и экономические позиции. Протестанты платили ей десятину. Религиозные гонения почти не наблюдались. В Трансильвании с 1568 г. устанавливается равноправие католицизма, лютеранства, кальвинизма и антитринитаризма, что превратило это небольшое провинциальное княжество в один из наиболее толерантных субъектов права. Рекатолизация в Венгрии делает первые шаги в 1604 г., когда Рудольф II одобрил некоторые мероприятия по защите католической веры и запретил Государственному собранию принимать решения по конфессиональным вопросам.
