Чтобы не зависеть от других фабрик или мастерских, Прохоров и Резанов при своей фабрике имели не только набивочные станки и красильню, но и подготовительные отделения: отбельную, резную, рисовальню.
В 1803 году, когда стало понятно, что новое дело прочно, Прохоров ликвидировал пивоварню и переехал на Пресню.
В 1810 году Резанов открыл собственную бумагопрядильную фабрику, а в 1812 году компаньоны разделились.
Когда в Москву вошли французы, Василий Иванович отправил своего сына Тимофея в Рязанскую губернию с частью товара, а сам вместе со старшим сыном остался охранять от грабежа и пожара фабрику и имущество.
Раздел фабрики, нашествие французов привели Василия Ивановича чуть ли не к банкротству. Совершенно незнакомый с технической стороной предприятия, он не мог руководить фабрикой. Старший сын его, Иван, имел другую специальность и тоже не мог заниматься этим делом, и поэтому ведение всех дел фабрики было поручено второму сыну Василия Ивановича, Тимофею, которому было тогда всего-то шестнадцать лет.
Несмотря на молодость, Тимофей Васильевич к тому времени уже был знаком с «секретами» составления красок и даже имел некоторый опыт ведения ситценабивного дела.
Ограниченный материально, Тимофей Васильевич вынужден был пойти на поклон к другим купцам. Ему поверили, помогли, и вскоре начали поступать заказы, число которых быстро увеличивалось, одновременно расширялась и фабрика.
Для успеха Трехгорной мануфактуры главным было то, что после нашествия французов все ситценабивные фабрики в Москве были разрушены, и у Прохоровых не осталось конкурентов, а качество товара выделялось как чистотой отделки, так и красотой и оригинальностью рисунка.
Дела на фабрике шли великолепно, за два года производство увеличилось в десять раз, когда в 1815 году после продолжительной болезни умер Василий Иванович, завещав фабрику жене и детям в нераздельную собственность. Дело продолжал Тимофей Васильевич, в торговых делах ему помогал Иван Васильевич. В 1816–1817 годах была открыта ткацкая фабрика для выработки собственных широких тканей. Успех платков, шалей, покрывал и шлафроков был так велик, что Прохоровы вынуждены были существенно снизить производство ситцев и расширять бумаготкацкое дело.
Тимофей Васильевич стремился к знаниям, он много читал, приглашал к себе преподавателей по разным предметам, особенное внимание уделяя химии. Подумал он и о других: в 1816 году Тимофеем Васильевичем была основана фабрично-ремесленная школа. Учебный процесс делился на два этапа: часть дня дети обучались различным специальностям в мастерских, а часть дня проводили в школе, где преподавали Закон Божий, русский язык, арифметику, чистописание, черчение и рисование узоров. Тимофей Васильевич ежедневно посещал школу и следил за тем, как дети относятся к учебе.
К 1820 году Тимофею Васильевичу стали активно помогать младшие братья, Яков и Константин, ставшие специалистами.
Весной 1832 года Тимофей Васильевич отправился в поездку по Германии с целью получить необходимые сведения о технической стороне мануфактурного дела в Европе и по вопросам образования. Он объехал все центры мануфактурного производства. Во время этой поездки он особенное внимание уделял изучению народного образования в Германии и укрепился в мысли посвятить себя делу технического образования в России.
Вернувшись в Россию, Тимофей Васильевич решил отделиться от братьев и заняться своим делом. Для этого он купил дом на Швивой горке, где организовал фабрику-школу. Его деятельность на этом поприще было замечена императором и принесла Тимофею Васильевичу звание мануфактур-советника.
«Для улучшения народной нравственности» Тимофей Васильевич организовал фабричный театр, в котором выступали ученики. Он следил за подготовкой актеров, а Екатерина Никифоровна шила костюмы для них. Продолжателем своего дела он хотел видеть своего единственного сына Александра, но тому помешала крайняя слабость здоровья. А после смерти жены Тимофей Васильевич совсем пал духом.
Руководство предприятием Прохоровых полностью перешло в руки братьев Якова Васильевича, Ивана Васильевича и Константина Васильевича.
Иван Васильевич заведовал ткацким делом, управлял фабричным хозяйством, то есть наблюдал за жизнью рабочих, занимался приобретением топлива, строительных материалов и вообще строительством.
Первый раз Иван Васильевич женился в 1831 году на Евдокии Григорьевне Авариной, подарившей, ему сына Василия. Он вел патриархальный образ жизни и ежегодно посещал святые места: Троице-Сергиеву лавру, Киев, Воронеж. В общении был кроток и миролюбив, боялся всяких общественных выступлений.
Константин Васильевич отвечал за техническую сторону предприятия. Он в деталях знал все особенности производства и всегда мог предъявить мастерам точные и обоснованные требования или претензии, если замечал дефекты на товаре.
Он получил домашнее образование, был искусен в различных ремеслах: умел шить башмаки, платья для кукол своих сестер, хорошо рисовал.
Он был чрезвычайно религиозен и по нескольку раз в год посещал всевозможные обители: Сергия Радонежского, Антония и Феодосия Печерских, Тихона Задонского и др.
В 1848 году, заразившись холерой, Иван Васильевич умер в Воронеже. После его смерти ткацкое дело на Прохоровской фабрике надолго ушло на второй план.
Сын Ивана Васильевича, Василий, большую часть времени уделял спорту и светским развлечениям, чем торговле на украинских и Нижегородской ярмарках.
Константин Васильевич состоял действительным членом Российского общества садоводства, почетным членом Императорского общества сельского хозяйства, членом Миссионерского общества.
В 1838 году он женился на Елизавете Афанасьевне Шелапутиной, которая родила ему сыновей — Василия, Николая и Сергея (умер ребенком), второй его женой стала Пелагея Николаевна Троилина, родившая сына Константина. Всем сыновьям Константин Васильевич дал хорошее домашнее образование, приглашая к ним иностранок-гувернанток и учителей гимназии, кроме того, он отправлял их в путешествия за границу, чтобы они могли учиться и поработать на лучших фабриках и заводах в Германии и Эльзасе.
В 1848–1849 годах Василий Константинович, которому было всего 18 лет, был уже заведующим ситценабивной фабрикой. У него могло бы быть большое будущее на этом поприще, но в 1854 году он умер от холеры, а в 1857 году умер Николай Васильевич. Потеряв двух взрослых сыновей, Константин Васильевич все больше стал удаляться от дел и предаваться религии.
Яков Васильевич занимался торговлей. И у него это хорошо получалось, т. к. он был человеком общительным и обаятельным.
Как и другие братья, Яков Васильевич был дважды женат, от первого брака у него было три дочери, а от второго — две дочери и два сына, Иван и Алексей. Он не был так религиозен, как старшие братья, вел более светский образ жизни.
Для обучения детей иностранным языкам он приглашал иностранок-гувернанток, и даже «учители танцевальный и фортепианный».
Своего сына, Ивана Яковлевича, отец рано начал приучать к фабричному и торговому делу. Особенно много времени Иван Яковлевич уделял работе в лаборатории и занятиям теоретической и прикладной химией.
Так как дядя Константин Васильевич из-за нервного расстройства не мог заниматься делами, а физическое здоровье Якова Васильевича все более и более ухудшалось, единственным хозяином на фабрике остался двадцатидвухлетний Иван Яковлевич, помощником которому был определен несовершеннолетний Константин Константинович.
После смерти отца (1858) Иван Яковлевич стал полновластным хозяином фабрики. Он решительно реорганизовал производство, пойдя по пути расширения и развития фабрики. Несмотря на всеобщий застой в промышленности тех лет, дела фабрики шли удовлетворительно до 1863 года, когда все-таки пришлось совсем остановить производство и распустить рабочих.
В это тяжелое время пришлось работать по чужим заказам, например, выполнять заказ Т.С. Морозова, у которого сгорела фабрика в Твери.
Работать было тяжело, поэтому Иван Яковлевич надеялся на помощь Константина Константиновича, но брат готовил ему сюрприз: женившись на Параскеве Герасимовне Хлудовой, он охладел к делам Трехгорной фабрики и занимался предприятиями тестя. Понимая, что сын ведет себя не совсем честно по отношению к семейному бизнесу, Константин Васильевич решил передать все дела Ивану Яковлевичу.
К этому времени Иван Яковлевич имел уже большой опыт работы и мог справиться с любыми трудностями.
Он продолжал исполнять заказы, что позволило избежать неприятностей в 1872–1875 годах — период промышленного застоя. Одновременно он реконструировал фабрику. Чтобы облегчить управление фабрикой и защитить ее от возможного безвластия, Иван Яковлевич решил создать «Товарищество Трехгорной мануфактуры», взяв в пайщики жену, брата и двух старых служащих.
