Апрель 1939. После гитлеровского вторжения в Чехословакию Линдберг записывает в дневник: «Как я ни осуждаю Германию за многое из того, что она делает, в этом десятилетии она — единственная страна в Европе, ведущая последовательную политику». По призыву начальника ВВС генерала Арнольда и с согласия президента Рузвельта, недолюбливающего Линдберга и не доверяющего ему, переходит из запаса на воинскую службу в чине полковника ВВС США.
Сентябрь 1939. В дневниковых записях, сделанных после нападения Германии на Польшу 1 сентября, Линдберг отмечает необходимость «защититься от атаки иностранных армий и от смешения с чужими расами… и от проникновения низшей крови». Авиация, пишет он далее, — «одно из воистину бесценных достояний, позволяющих белой расе выжить под накатывающими морскими валами желтых, черных и коричневых». Несколько раньше он говорит в частной беседе с высокопоставленным членом общенационального комитета Республиканской партии консервативным газетчиком Фултоном Льюисом-младшим: «Мы встревожены результатами еврейского влияния в нашей прессе, на радио и в кинематографе… Это особенно плохо потому, что подавляющее большинство евреев соответствующих профессий ни в какой стране не являются национальным достоянием». В дневниковой записи за апрель 1939 года (изъятой при публикации «Дневников военного времени» книгой в 1970 году) значится: «В таких городах, как Нью-Йорк, и так уже слишком много евреев. И лишь единицы по-настоящему полезны стране, тогда как большинство лишь сеют панику и хаос». В апреле 1940 года, выступая по радио в округе Колумбия, Линдберг заявляет: «Единственной причиной, по которой нашей стране угрожает вовлечение в европейскую войну, является наличие могущественного элемента, нас к этому подталкивающего. Это пренебрежимое меньшинство американских граждан, однако они умеют лоббировать свои интересы и владеют пропагандистской машиной. Они используют малейшую возможность подтолкнуть нас к самому краю пропасти». Когда сенатор-республиканец от штата Айдахо Уильям Э. Бора предлагает Линдбергу обозначиться в роли возможного кандидата в президенты страны, тот отвечает, что предпочитает заниматься политикой как частное лицо.
Октябрь, 1940. Весной на юридическом факультете Иельского университета учреждают комитет «Америка прежде всего», призванный противостоять интервенционистской политике Рузвельта и пропагандировать изоляционизм США; в октябре Линдберг, выступая на трехтысячном митинге в Иеле, призывает Америку признать «новую власть в Европе». Энн Морроу Линдберг выпускает третью книгу — The Wave of the Future («Волна грядущего») — небольшой антиинтервенционистский трактат с подзаголовком «Кредо», сразу же вызывающий бурные споры и становящийся супербестселлером, вопреки мнению госсекретаря Гарольда Икеса, называющего книгу «библией каждого нациста в Америке».
Апрель-август 1941. Выступая на десятитысячном слете изоляционистов в Чикаго, а затем — и на десятитысячном слете в Нью-Йорке, Линдберг дает повод своему злейшему недругу госсекретарю Икесу назвать его «американским попутчиком нацизма № 1». А после того, как Линдберг обращается к президенту Рузвельту с жалобой на непрерывные нападки Икеса (в частности, и в связи с орденом, которым знаменитого летчика удостоили нацистские бонзы), госсекретарь выступает с письменным заявлением: «Если мистеру Линдбергу не нравится, когда его совершенно справедливо называют „нацистским прихвостнем“, почему бы ему не отказаться от позорной награды, отослав ее обратно — и тем самым покончив с вопросом раз и навсегда?» (Ранее Линдберг уже отказался вернуть орден, чтобы не нанести «незаслуженного оскорбления» нацистскому руководству.) Президент публично выражает сомнения в политической лояльности Линдберга, вынуждая его тем самым обратиться к министру обороны с прошением об отставке. Икес в этой связи замечает, что стремительно и без сожалений расставшийся со службой в армии Линдберг остается твердым как скала в своем нежелании вернуть нацистам полученную из их рук награду. В мае, в присутствии сенатора Бартона К. Уилера, восседающего на трибуне вместе с Энн Морроу Линдберг, полковник ВВС в отставке выступает на двадцатипятитысячном митинге комитета «Америка прежде всего» на Мэдисон-сквер-гарден; его появление на трибуне вызывает бурные приветствия, сопровождающиеся выкликами: «Наш следующий президент!» и четырехминутной овацией по завершении речи; всю весну и лето Линдберг разъезжает по стране, выступая перед толпами с дальнейшими призывами не дать вовлечь Америку в европейскую войну.
Сентябрь-декабрь 1941. 11 сентября произносит транслируемую по радио речь «Кто агитирует за войну?» на слете сторонников комитета «Америка прежде всего» в Де-Мойне; восьмитысячная аудитория разражается рукоплесканиями, когда Линдберг упоминает «еврейство» в ряду влиятельных и эффективных политических сил, подталкивающих Америку к войне «по причинам, которые никак нельзя назвать американскими». Прибавляет: «Мы не вправе упрекнуть их в том, что они стремятся повернуть события, как им кажется, в выгодную для себя сторону, но и о собственных интересах, о собственной выгоде нам забывать не след. Мы не можем позволить естественным чувствам и предрассудкам инородцев направить нашу страну на путь самоуничтожения». На следующий день произнесенную в Де-Мойне речь осуждают как демократы, так и республиканцы, однако сенатор-республиканец от Северной Дакоты и убежденный изоляционист Джералд П. Най берет Линдберга под защиту и бросает новые обвинения американским евреям; он в этом качестве оказывается далеко не единственным. 10 декабря Линдберг отменяет уже назначенный бостонский митинг сторонников комитета «Америка прежде всего» в связи с японским нападением на Перл-Харбор и последующим объявлением США войны Японии, Германии и Италии. Лишившись лидера, Комитет теряет былую мощь, и вскоре эта организация распадается.
Январь-декабрь 1942. Отправляется в Вашингтон с тем, чтобы попробовать вернуться на службу в ВВС, однако сталкивается с сильным сопротивлением со стороны ключевых министров в кабинете Рузвельта и в прессе, отказывает Линдбергу и сам Рузвельт. Не удаются и неоднократные попытки найти работу в авиапромышленности, хотя ранее — в конце двадцатых и начале тридцатых — Линдберг сказочно зарабатывал в авиации и авиапроме, дав свое имя коммерческой «Линии Линдберга» (трансконтинентальные перелеты), и как чрезвычайно высоко оплачиваемый консультант компании «Пан Американ». Весной, с согласия правительства, ему удается все-таки устроиться на работу консультантом в фордовскую программу производства бомбардировщиков в Уиллоу Ран под Детройтом; Линдберг с семьей переезжают в один из детройтских пригородов. (Когда в сентябре президент Рузвельт прибывает в Уиллоу Ран посмотреть на месте, как идет работа, Линдберга — по-видимому, из деликатности — не оказывается на месте.) Линдберг участвует в экспериментах, проводимых в аэромедицинской лаборатории клиники Майо с целью снизить физические риски, связанные с полетами на большой высоте; позднее участвует как летчик-испытатель в проверке кислородного снаряжения в полетах на большой высоте.
Декабрь 1942-июль 1943. Принимает активное участие в подготовке пилотов к эксплуатации истребителей военно-морской авиации «Корсар», в конструирование которого на коннектикутском авиазаводе успел внести свою лепту.
Август 1943. Энн Морроу Линдберг, к этому времени мать уже четырех детей, публикует роман The Steep Ascent («Крутой подъем»), посвященный описанию опасных приключений в воздухе и становящийся первой коммерческой неудачей — главным образом из-за враждебности, испытываемой критиками и читателями к предвоенной политической деятельности семейства Линдбергов.
Январь-сентябрь 1944. После длительного пребывания во Флориде, связанного с испытанием боевых самолетов различных типов, включая новый бомбардировщик В-29 компании «Боинг», Линдберг получает правительственное разрешение отправиться на юг тихоокеанского региона с тем, чтобы изучить «Корсар» в боевых условиях; едва попав сюда, садится за штурвал истребителя-бомбардировщика и с базы, расположенной на Новой Гвинее, начинает облетать японские цели, — сперва как наблюдатель, а затем — как боевой летчик, воюя с великим энтузиазмом и с большим успехом. Обучает пилотов тому, как повысить боеспособность, экономно расходуя в полете горючее. Совершив пятьдесят боевых вылетов — и сбив японский истребитель, — возвращается в Америку в сентябре и поступает на службу в компанию «Юнайтед эйркрафт», в программу по производству истребителей, ради чего переезжает из Мичигана в Уэстпорт, штат Коннектикут.