воинственные заявления и мобилизация резервных частей на первом этапе ожидания (даже несмотря на то, что мобилизация была ограниченной) загонят Израиль в ловушку при неблагоприятных условиях. Он призвал укрепляться и выжидать.
Разрываясь между колеблющимся правительством и готовящимся к битве Генеральным штабом и задетый упреками Бен-Гуриона, начальник Генштаба пережил нервный срыв, и ему было приказано отдохнуть в течение 24 часов. Он вернулся к своим обязанностям 23 мая. После 28 мая под давлением общественности в политическую систему было направлено требование смены руководства, и члены кабинета призвали передать портфель оборонного ведомства (который Эшколь занимал помимо должности премьер-министра) кому-нибудь другому, у кого был опыт работы в сфере безопасности. Основным претендентом был Моше Даян, триумфатор Синайской кампании. В то же время Национальная религиозная партия (НРП) настаивала на расширении правительства за счет включения в него партии Gahal (Gush Herut-Liberalim, блок «Херут-Либералы», основанный в 1965 году) и Rafi (Reshimat Poalei Yisrael, Список рабочих Израиля), которая отделилась от Mapai в результате «дела Лавона». Это было сделано 1 июня, вследствие чего сформировали «правительство национального единства». Менахем Бегин был назначен министром без портфеля, а Даян стал министром обороны.
30 мая король Хусейн вскочил на подножку панарабского национализма. Он осознавал, что Сирия и Египет постоянно подрывали его режим, изображая короля пешкой западного империализма. Но, учитывая общественный энтузиазм (особенно среди палестинцев) в собственной стране и ожидание неминуемого конфликта, Хусейн чувствовал, что у него нет выбора. Если бы он не присоединился к борьбе, то потерял бы легитимность в глазах своего народа, независимо от того, выиграет ли Египет или проиграет. Он прилетел в Египет и подписал с Насером пакт о взаимной обороне. Хусейн даже поставил собственную армию под египетское командование и впустил подразделения иракской армии на свою территорию. Многие историки рассматривают этот пакт как соломинку, сломавшую спину верблюда, поскольку документ напрямую касался обороноспособности Израиля, угроза на протяженной уязвимой восточной границе Израиля была недопустимой. Вступление иракцев в Иорданию стало еще одним поводом для беспокойства; связь между иорданской и египетской армиями усиливала ощущение осады.
Период ожидания должен был дать президенту Джонсону возможность изучить все условия открытия Тиранского пролива мирными средствами. Шли дни, и становилось ясно, что эта надежда тщетна и что американская идея создания флотилии для прорыва блокады является несбыточной мечтой. Между тем для израильтян проблема проливов стала вторичной по сравнению с противостоянием двум полностью мобилизованным армиям на южной границе без какой-либо возможности избежать столкновения в будущем. Американцы не предоставили Израилю санкции на нападение, но дали понять, что не будут выступать против действий Израиля. Меир Амит, глава «Моссада», вылетел в Соединенные Штаты 31 мая, чтобы выяснить позицию Америки, и вернулся в Израиль с «желтым светом». Соединенные Штаты, по его словам, не будут «сидеть шиву» (то есть горевать – имеется в виду семидневный период еврейского траура), если Израиль нападет на Египет. Страх повторения американского давления на Израиль, как в 1956 году, ослаб, хотя и не рассеялся полностью.
2 июня новое израильское правительство приняло решение начать войну. 5 июня, после трех недель выжидания, ЦАХАЛ начал наступление.
Шестидневная война была наиболее краткосрочной и самой исключительной из всех войн Израиля с точки зрения размаха победы, относительно низких потерь и завоеванной территории. Израиль под давлением был втянут в эту войну без заранее запланированных целей, развитие ситуации было определено министрами, общественным мнением, командующими на местах и военными успехами. Израиль начал войну, чтобы победить египетскую армию и открыть Тиранский пролив для израильских судов. Он закончил войну, достигнув полного контроля над сектором Газа и Синайским полуостровом вплоть до Суэцкого канала. В течение трех часов израильские ВВС уничтожили ВВС Египта. Затем Израиль переключился на уничтожение военно-воздушных сил Сирии и Иордании. Именно эта воздушная победа решила исход войны. В течение двух дней египетской армии на Синае был нанесен решающий удар, и она отступила, а ЦАХАЛ повис у нее на хвосте. Даян хотел остановиться в десяти километрах от канала, чтобы не допустить его закрытия, поскольку это осложнение нанесло бы ущерб отношениям Израиля с крупными державами. Но кампания развивалась таким образом, что ЦАХАЛ вышел к берегу канала.
В то же время разразилась война с Иорданией. В первый день иорданцы обстреляли Иерусалим и населенные пункты вдоль израильской границы. Израиль хотел избежать войны на нескольких фронтах и не имел агрессивных намерений в отношении Иордании, поэтому Эшколь послал сообщение королю Хусейну, в котором говорилось, что если он не будет участвовать в боевых действиях и прекратит обстрел, Израиль полностью поддержит соглашение о перемирии. Но вместо этого обстрел Иерусалима усилился, снаряды попали в авиабазу Рамат-Давид, и иорданцы попытались захватить резиденцию верховного комиссара (где размещалась группа наблюдателей ООН), которая господствовала над Южным Иерусалимом. В результате правительство было вынуждено принять решения, которые привели к оккупации Западного берега. Первым приказом было обеспечить доступ к горе Скопус, израильскому анклаву на иорданской территории, который, как опасались, не сможет противостоять атаке арабского легиона. Затем приказ был распространен на Восточный Иерусалим, а не только на Старый город, и, наконец, на весь Западный берег.
Когда боевые действия на Синае и Западном берегу закончились, кабинет обсудил, брать ли Голанские высоты или нет. На протяжении всей войны Сирия не предпринимала реальных попыток напасть на Израиль и помочь Египту или Иордании, за исключением продолжающихся обстрелов поселений в долине реки Иордан. Кабинет колебался, опасаясь советского вмешательства, если Израиль нападет на Сирию, особенно ввиду успешных действий Израиля против Египта. Однако Сирия еще больше запутала ситуацию, что привело к войне, и продолжала обстреливать долину реки Иордан на протяжении всей войны. Жители долины реки Иордан создали инициативную группу, настаивавшую на взятии высот. Большинство в кабинете министров выступило за захват высот, но Даян был против. ООН настаивала на прекращении огня, которое арабы снова и снова отвергали, требуя сначала безоговорочного вывода израильских войск к рубежам 4 июня, и казалось, что времени для войны против Сирии больше не осталось. Но рано утром 9 июня, на пятый день войны, Даян в обход премьер-министра и начальника штаба отдал прямой приказ командующему Северным штабом Давиду Элазару взять Голанские высоты. Захват высот, контролирующих долину реки Иордан и Восточную Галилею, занял менее двух дней.
Шесть дней боевых действий изменили лицо Ближнего Востока. Израиль из аутсайдера, находящегося под угрозой уничтожения, превратился в региональную державу, позицию которой необходимо было учитывать. Большинство жителей Голанских высот ушли с сирийской армией, но на Западном берегу и в секторе Газа осталось около миллиона палестинцев.