Медлительность Спартанского союза и энергичность Афин решили судьбу Митилены. После того как спартанцы отменили свой план, Афины переправили на остров тысячу гоплитов и осадили Митилену с суши и с моря. Когда продовольствие подошло к концу, а обещанной помощи с Пелопоннеса не поступило, митиленские олигархи оказались в отчаянной ситуации и по совету лакедемонянина Салаета, который зимой пробрался в город, вооружили простой народ с намерением сделать вылазку. Но вооруженные жители собрались и пригрозили сдать город афинянам. Тогда олигархи сдались Пахесу, афинскому командиру, условившись с ним отправить митиленских послов в Афины, чтобы афинский народ определил условия капитуляции.
Неделю спустя 42 пелопоннесских корабля под командованием спартанца Алкида втайне от Пахеса прибыли к Эмбатону на азиатском побережье. В мае пелопоннесцы вторглись в Аттику и встали там лагерем, так что все афинские силы были заняты обороной города. Тем временем Алкид медленно и осторожно вел свою эскадру от мыса Тенарон через Делос, Икарию и Миконос к Эмбатону. Оттуда, вместо того чтобы напасть на армию Пахеса в Митилене или захватить базу в Ионии с целью поднять всеобщее восстание и заручиться поддержкой персидского сатрапа Писсутна, как предлагали его советники, Алкид отступил к Эфесу, а затем бежал на юго-запад к Пелопоннесу, преследуемый по пятам эскадрой Пахеса. Его трусливое бегство сопровождалось убийствами всех захваченных моряков, пока самосцы не предупредили его, что он настраивает против себя всех друзей Пелопоннеса. Когда Алкид ушел, Пахес изгнал из Нотия контролировавшую его проперсидскую партию и для укрепления города поселил в нем лояльных беженцев из Колофона, а позже и афинских колонистов. Затем он захватил подстрекателей восстания на Лесбосе и отправил их с Салаетом в Афины, где митиленские послы дожидались слушаний.
Афиняне, получив известие о выходе пелопоннесского флота в Эгейское море, были крайне встревожены, а когда опасность миновала, дали волю своему гневу. Салает был казнен незамедлительно, после чего народное собрание решило участь Лесбоса. После смерти Перикла в городе не появилось политиков равного ему уровня, а претенденты на власть старались потакать настроениям народа. В данном случае Клеон, человек, чья энергия граничила с жестокостью, предложил и провел указ, по которому все взрослые мужчины в Митилене подлежали казни, а все остальные жители – продаже в рабство. К Пахесу была отправлена трирема с приказом действовать незамедлительно. На следующий день настроение народа изменилось, и он начал сожалеть о своем жестоком решении. Народное собрание провело новое заседание. Клеон защищал вчерашний указ на том основании, что во время войны имперская власть не может позволить себе уступки и должна карать восставших смертью. Его главный противник Диодот утверждал, что подобные террористические методы не предотвратят новых восстаний в подчиненных государствах, а лишь вынудят восставших сопротивляться до конца, а разрушение Митилены отразится на афинских доходах. Голоса разделились почти поровну, однако незначительным большинством было принято предложение Диодота отменить предыдущий указ. Поспешно отправили вторую трирему – моряки ели не переставая грести, спали посменно и вошли в гавань Митилены в тот момент, когда Пахес прочел указ, доставленный первой триремой, и был готов привести его в исполнение. Вместо этого Митилена только лишилась стен, кораблей и своих владений на азиатском побережье. Вся земля на острове, за исключением территории Метимны, была разделена на 3 тысячи участков, из которых 300 было посвящено богам, а остальные розданы во владение афинским поселенцам; лесбосцы обрабатывали землю и платили 100 талантов арендной платы в год. По предложению Клеона подстрекатели восстания, содержавшиеся в Афинах, были казнены. Всего их насчитывалось больше тысячи.
Вскоре после замирения Лесбоса припасы в Платее подошли к концу. Сейчас гарнизон города насчитывал около 200 платейцев и 25 афинян, не считая женщин, так как остальные в середине зимы во время ночной бури сумели выбраться из города. Не в силах продолжать сопротивление, гарнизон сдался спартанскому командиру на условиях справедливого спартанского суда. Спарта прислала пятерых судей. Они вызвали платейцев и задали им единственный вопрос: оказывали ли они какие-либо услуги Спартанскому союзу во время войны? Платейцы заявили протест против такого суда, и в итоге им разрешили говорить о своем участии в войне с персами и об их обязательствах перед союзными Афинами. После этого к судьям обратились фиванские представители, требуя возмездия за сограждан, плененных и убитых в Платее в начале войны. Тогда спартанские судьи стали вызывать платейцев одного за другим и задавать им тот же единственный вопрос. Все отвечали, что не оказывали таких услуг, и их уводили и казнили. Афинские пленники также были преданы мечу, а женщин обратили в рабство. Позже город был сожжен до основания, а его земли передали Фивам.
Казнь пленных после капитуляции Лесбоса и Платеи шла вразрез с общей практикой греческих войн. При обращении с покоренными государствами практиковались разные меры: Спарта не порабощала своих врагов, за исключением Мессенийских войн, а Аргос и Афины иногда поступали так. Военнопленных обычно обменивали, освобождали за выкуп или удерживали до заключения мирного договора. Пелопоннесская же война с самого начала была отмечена актами жестокости. Платейцы убили своих пленников, спартанцы убивали союзных и нейтральных моряков, а афиняне казнили пелопоннесских послов, которых передал им Ситалк. Казнь пленных митиленцев и платейцев стала вопиющим преступлением, поскольку совершалась хладнокровно, под прикрытием судебной процедуры. Другим печальным последствием этой войны было ожесточение вражды между олигархами и демократами, которые зачастую могли воспользоваться поддержкой великих держав. Примерами могут служить Эпидамн, Платея, Митилена и Нотий.
В 427 г. еще более ужасная гражданская война вспыхнула в Керкире – государстве, которое могло изменить баланс морской силы на западе и, следовательно, имело огромное значение для Афин и Спарты. Кровопролитие началось с того, что олигархи, пятеро из которых были приговорены демократами к выплате крупных штрафов, ворвались на заседание совета и убили 60 своих противников. Они уже захватили власть, когда прибыла коринфская трирема со спартанскими послами на борту. Ободренные их появлением, олигархи напали на демократов. В ходе сражений обе стороны начали вооружать рабов, часть города сгорела, и демократы стали одерживать верх. В этот момент прибыли афиняне с 12 кораблями и 500 мессенийскими гоплитами и сумели остановить сражение. Несколько дней спустя к Сиботе на побережье Эпира подошел пелопоннесский флот из 53 кораблей под командованием Алкида, к которому в качестве советника был приставлен Брасид. Когда на рассвете они направились к Керкире, керкиряне снарядили 60 кораблей и беспорядочно выступили навстречу. Два корабля дезертировали сразу; на остальных команды сражались друг с другом; 13 были захвачены пелопоннесцами. Но афинские корабли держались. Они атаковали фланг пелопоннесского флота, который развалился и перестроился в круг. Афиняне замкнули вокруг него кольцо, как в Коринфском заливе, а затем, когда подошла остальная часть пелопоннесского флота, медленно отступили, сохраняя строй, и пелопоннесцы не осмелились атаковать. На следующий день Алкид разорил южную оконечность острова. На Керкире демократы пришли к соглашению с олигархами и совместно оснастили 30 кораблей. Но в тот вечер Алкид узнал по сигнальному огню с Левкаса, что с юга приближается афинский флот. Ночью он отошел из Сиботы к Левкасу и уплыл незамеченным. Когда прибыл афинский флот из 60 кораблей, демократы начали резню олигархов и их сторонников, многие из которых предпочли покончить с собой, чем попасть в руки сограждан. Не уважались никакие святилища, никакие родственные связи. Резня продолжалась неделю, пока афинский флот стоял в гавани. Но многие олигархи, тем не менее, спаслись. Позже они вернулись и два года вели на острове партизанскую войну, пока снова не вмешался афинский флот.
На основных противниках к 427 г. также начало сказываться военное напряжение. Продовольствие на Пелопоннесе подходило к концу. Второе вторжение в Аттику осенью 428 г. было отложено отчасти изза того, что было чрезвычайно важно собрать урожай; спартанские доброжелатели присылали в Лаконию не только деньги, но также зерно и изюм. На благополучии Аттики и Афин отрицательно сказались вторжения врагов и последствия мора. В 428 г. Афины обложили налогом (eisphora) капитал богатых граждан и метеков, что дало 200 талантов, и начали увеличивать дань с подчиненных государств.
Хотя финансы Афин подходили к концу, они снова попытались атаковать с моря и отрезать врага от источников снабжения и подкреплений. Летом 427 г. Никий разместил гарнизон на захваченном острове Миноя, благодаря чему был эффективно блокирован мегарский порт Нисея; летом 426 г. он разорил Танагру в Беотии и побережье Локриды. Его основной операцией тем летом стало нападение с 60 кораблями и 2 тысячами гоплитов на дружественный Спарте остров Милос. Но милосцы отказались входить в Афинскую империю. В конце 427 г. афиняне послали 20 кораблей в Сицилию на помощь союзным Леонтинам и Регию в их войне против Сиракуз и дорийских полисов, которые номинально состояли в союзе со Спартой, и летом 426 г. афинские силы захватили Милы и Мессану и установили контроль за проливом между Италией и Сицилией. Дальнейшие операции на северо-западе летом 426 г. провел инициативный полководец Демосфен с эскадрой из 30 кораблей. Он набрал воинов в Акарнании, на Закинфе, Кефаллении и Керкире, опустошил территорию Левкаса и собирался обложить город Левкас со стороны суши, но мессенийцы из Навпакта убедили его начать кампанию в Этолии.
