Приступив к написанию истории поражения Баязида под Анкарой, летописцы искали объяснение катастрофы, которая произошла с османами. Хронист XV в. Ашикпашазаде возлагает вину за поражение на Баязида, обвиняя его в распутстве — точка зрения, с которой соглашаются современники султана — и обвиняя его сербскую жену в поощрении к пьянству; он также порицает визиря Баязида Чандарли Али-пашу за общение со священниками, чьи религиозные убеждения были сомнительны. Победа Тамерлана была унизительной, но для последующих поколений гораздо большим основанием для сожаления стала последующая борьба между сыновьями Баязида за наследство. В то время как принц Муса и, возможно, принц Мустафа после битвы под Анкарой находились в руках Тамерлана, Сулейман, Мехмед и Иса бросились искать союзников для поддержания их личных претензий на трон. Еще один сын, Юсуф, нашел убежище в Константинополе, принял христианство и был крещен Димитрием. Следующие 20 лет несли с собой смуту и страдания для Османского государства в беспрецедентных масштабах.
В своем позорном поражении когда-то могущественный правитель Баязид стал трагической фигурой. И хотя османские летописцы, спустя столетие после битвы при Анкаре, будучи тронутыми его судьбой, написали о Тамерлане, посадившем Баязида в железную клетку и возившем униженного султана с собой в победоносном шествии по Малой Азии, историки считают это нереальным. Более современные османские писатели утверждали, что он сам наложил на себя руки, не вынеся бесчестья поражения. Правда о судьбе султана Баязида оказалась более прозаичной: по сообщению Шильтбергера он умер естественной смертью в марте 1403 года в городе Акшехир в западно-центральной Малой Азии. Его тело было мумифицировано и хранилось сначала в гробнице сельджукского святого. Историки того времени говорят, что его сын Муса вскоре получил у Тамерлана разрешение перевезти тело в Бурсу. Судя по надписи на гробнице, возведенной для него сыном Сулейманом, он был похоронен в 1406 году. Несколько десятилетий спустя византийский историк Дука написал, что могила Баязида была осквернена, а останки эксгумированы караманским беем Алаеддином в отместку за то, что Баязид казнил его отца в Конье в 1397 году.
Поражение султана Баязида стало впоследствии популярной темой для поздних западных писателей, композиторов и художников. Им нравилась легенда о том, как Тамерлан увез султана в Самарканд, и они украшали ее набором персонажей для создания привлекательной восточной фантазии. Пьеса Кристофера Марло «Тамерлан Великий» впервые была поставлена в Лондоне в 1587 году, через три года после официального начала английско-османских торговых отношений, когда Уильям Харборн отплыл в Стамбул в качестве агента Левантской компании. В 1684 году появилась пьеса Жана Магнона «Великий Тамерлан и Баязет», а в 1725 году в Лондоне был впервые поставлен «Тамерлан» Генделя; версия Вивальди «Баязед» была написана в 1735 году. Магнондал Баязиду пленительную жену и дочь, интерпретации Генделя и Вивальди помимо Тамерлана и Баязида с дочерью включали принца Византии и принцессу Трапезунда (Трабзон) в страстной и невероятной любовной истории. Цикл картин взамке Шлосс Эггенберг, около Граца в Австрии, передавал тему другими средствами, он был закончен в 1670 году незадолго до того, как могучая османская армия атаковала Габсбургов в центральной Европе.
Принц Сулейман и его сторонники, в число которых входил визирь Баязида Чандарли Али-паша, приняли стратегическое решение оставить Малую Азию Тамерлану и взять на себя управление западными землями его отца. Как и у османов, у Тамерлана были свои летописцы, и они тоже придерживались определенных правил: заботясь, чтобы его неспособность преследовать Сулеймана не была воспринята как слабость, официальный историк Тамерлана Шараф аль-Дин Язди писал, что его господин обменивался послами с Сулейманом, который признал сюзеренитет, и в ответ ему была дарована свобода действий в Румелии. Сулейман начал переговоры с христианскими державами на Балканах, стремясь предотвратить осуществление их исторических претензий на румелийские территории его ослабленного государства, которое тем не менее все еще оставалось самым крупным в регионе. Его быстрые действия также не позволили его балканским вассалам, византийским, сербским и латинским, извлечь такую же большую выгоду, как удалось бывшим эмирам Малой Азии, из распада османского государства. Тем не менее по условиям соглашения, заключенного в Гелиболу в 1403 году, принц Сулейман согласился на территориальные уступки, немыслимые всего несколько месяцев назад. Более того, Византия была освобождена от вассального статуса, равно как и некоторые латинские анклавы; если бы не разногласия сербских правителей, Сербия тоже могла бы освободиться от вассальной зависимости. Юго-западное побережье Черного моря и город Фессалоники были среди выгод, полученных византийским императором Мануилом II, который добился дополнительных значительных уступок в соглашении с Сулейманом о взаимопомощи в случае нападения Тамерлана. Поскольку страх Византии перед османами таким образом уменьшился, Мануил осмелился изгнать османских купцов, разместившихся в Константинополе, и разрушить мечеть, недавно построенную в городе для нужд общины. И Венеция, и Генуя добились выгодных торговых договоров в землях, которые контролировал Сулейман. Согласно сообщению венецианского посредника, ведшего переговоры, Пьетро Зено, гази Эвренос-бей выступал против отказа членами Османского дома от земель, которые были завоеваны им и его приближенными пограничными властителями.
Наиболее известная версия последующих событий принадлежит перу анонимного панегириста принца Мехмеда, окончательного победителя в гражданской войне. После битвы при Анкаре Мехмед удалился в свою ставку в северо-центральной Малой Азии, чтобы снова появиться, когда сам Тамерлан отправился обратно на восток в 1403 году. Затем Мехмед разгромил принца Ису в сражении к югу от Мраморного моря и занял Бурсу, находившуюся в руках Исы; впоследствие его войско было вовлечено в стычки с различными местными властителями, защищавшими свою вновь обретенную независимость от османского владычества. Похоже, принц Иса дал бой армии Тамерлана в Кайсери, после чего укрылся в северо-западной Малой Азии, где и был убит Сулейманом в 1403 году. Соглашение, заключенное принцем Сулейманом в Гелиболу, обеспечило ему период стабильности на Балканах. В 1404 году он переправился в Малую Азию и отбил Бурсу и Анкару у принца Мехмеда, который отступил в Токат на севере центральной Малой Азии. Сулейман правил в Румелии и Малой Азии вплоть до Анкары, и казалось, что его будущее в качестве преемника своего отца было обеспечено, и в самом деле некоторые историки считают, что он уже стал султаном, упоминая его как Сулеймана I.
Тем не менее в 1409 году на сцене появился новый персонаж и стал угрожать владениям Сулеймана. Его младший брат принц Муса был отпущен Тамерланом в 1403 году под опеку эмира Гермияна, который в свою очередь перепоручил его Мехмеду. Нападение на Сулеймана произошло с абсолютно неожиданной стороны: Муса приплыл в Валахию из порта Синоп на севере Малой Азии, где обрел плацдарм, женившись на дочери валашского воеводы Мирчи. Мирча перенес на Сулеймана свою ненависть к Баязиду и полагал, что встать на сторону Мусы послужит его выгоде. Военная кампания Мусы в Румелии не обошлась без неудач, но к маю 1410 года он занял столицу Сулеймана в Эдирне и достиг Гелиболу, вынудив Сулеймана с некоторой поспешностью уйти из Малой Азии. Император Мануил видел в борьбе за наследство свое спасение и старался продлить ее: он вернул себе контроль над путями между Малой Азией и Румелией в результате соглашения 1403 года и помогал Сулейману переправляться через Босфор. Но вскоре Сулейман был казнен по приказу Мусы близ Эдирне, будучи пьяным, если верить анонимному летописцу, и поле битвы осталось за Мехмедом и Мусой.
Таким образом принц Муса унаследовал владения своего брата Сулеймана и в Румелии, и в Малой Азии и с трудом управлял ими последующие два года. Сын Сулеймана Орхан нашел убежище в Константинополе и, опасаясь, что тот может стать центром заговора против него, Муса осадил Константинополь осенью 1411 года, но безрезультатно. Постепенно советники и командиры покидали его, а брат, принц Мехмед, с помощью Мануила переправился через Босфор и встретился с Мусой в битве около Чаталджи во Фракии, затем Мехмед вернулся в Малую Азию. Хотя Муса победил, его земли в Румелии были захвачены войсками его бывшего союзника Стефана Лазаревича, который заплатил за это на следующий год, когда Муса отомстил, напав на несколько сербских крепостей.
В 1413 году Орхан высадился в Фессалониках, возможно при содействии императора Мануила, который надеялся отвлечь Мусу от Сербии. Муса сумел пленить Орхана, но по каким-то причинам отпустил его и не смог снова захватить Фессалоники.
