Таким образом принц Муса унаследовал владения своего брата Сулеймана и в Румелии, и в Малой Азии и с трудом управлял ими последующие два года. Сын Сулеймана Орхан нашел убежище в Константинополе и, опасаясь, что тот может стать центром заговора против него, Муса осадил Константинополь осенью 1411 года, но безрезультатно. Постепенно советники и командиры покидали его, а брат, принц Мехмед, с помощью Мануила переправился через Босфор и встретился с Мусой в битве около Чаталджи во Фракии, затем Мехмед вернулся в Малую Азию. Хотя Муса победил, его земли в Румелии были захвачены войсками его бывшего союзника Стефана Лазаревича, который заплатил за это на следующий год, когда Муса отомстил, напав на несколько сербских крепостей.
В 1413 году Орхан высадился в Фессалониках, возможно при содействии императора Мануила, который надеялся отвлечь Мусу от Сербии. Муса сумел пленить Орхана, но по каким-то причинам отпустил его и не смог снова захватить Фессалоники.
Соседние государства считали принца Мусу, не без помощи Валахии, большей угрозой, чем принц Мехмед. Стефан Лазаревич предложил Мехмеду присоединиться к нему в совместном походе против Мусы; Мануил также принял сторону Мехмеда, предоставив суда для перевозки его людей в Румелию еще раз и снабдив его войска продовольствием. К тому времени, когда две армии встретились к югу от Софии, армия Мехмеда включала воинов из эмирата Дулкадир в юго-восточной Малой Азии, благодаря женитьбе Мехмеда на дочери эмира, византийские войска, предоставленные императором, сербские, боснийские и венгерские войска под командованием Стефана Лазаревича, войска из Айдына, чья приверженность Мусе была тверда еще накануне битвы, и войска Румелии под командованием пограничного властелина гази Эвренос-бея. Армия Мусы атаковала решительно, но в конечном итоге была обращена в бегство. Он упалпри столкновении лошадей и был убит одним из командиров Мехмеда.
Со смертью принца Мусы в 1413 году гражданская война, похоже, закончилась, спор решился в пользу принца Мехмеда, с этого времени известного как султан Мехмед I. Первой заботой султана Мехмеда стало завоевание лояльности различных малоазийских эмиратов, которые поддерживали его в военном отношении, но не хотели отказываться от независимости, которую они вновь обрели после победы Тамерлана при Анкаре в 1402 году. Особенно решительное сопротивление Мехмед встретил со стороны Карамана, а также Джунейда, эмира Айдына; крепость Джунейда в конечном итоге была взята с помощью союзников, включавших генуэзцев Хиоса, Лесбоса, Фочи (Фокайи) и рыцарей-госпитальеров с острова Родос. Джунейд был назначен правителем Никополя на Дунае, место победы султана Баязида над крестоносцами в 1396 году. Назначение бывших мятежников на государственные посты было лейтмотивом административной практики османов уже в те далекие времена. Османы полагали более благоразумным располагать к себе побежденных местных властителей, а позднее и слишком независимых государственных подданных, с помощью доли в правительственном вознаграждении, чем убивать их, рискуя спровоцировать дальнейшие волнения среди их сторонников.
В течение пары лет султан Мехмед в значительной степени вернул бывшие османские владения в Малой Азии, и император Мануил обнаружил, что его позиции настолько же ослабели. Он не мог позволить себе потерять инициативу, захваченную в период османского междуцарствия, помогая тому или иному претенденту на престол. Единственным инструментом, оставшимся в его руках, был сын Сулеймана Орхан. В последней отчаянной попытке поддержать разногласия внутри османского дома он отправил Орхана в Валахию, чей воевода Мирча оставался непримиримым врагом османской державы. Тем не менее это означало конец полезности Орхана в качестве альтернативного фокуса османской лояльности, поскольку Мехмед поспешил встретиться с ним, пока он не зашел слишком далеко, и ослепил его. Затем, внезапно и достаточно неожиданно в 1415 году пропавший брат Мехмеда принц Мустафа, или очень правдоподобный подражатель — он был известен как «Лже»-Мустафа — объявился в Валахии в качестве византийского посла в Трабзоне на северо-восточном побережье Малой Азии. По сообщениям, Мустафа был захвачен в плен вместе со своими отцом и братом Мусой в 1402 году, но его местонахождение в течение всех этих лет оставалось неясным. Надо полагать, что он был пленником при дворе Тимуридов, а его освобождение Шахрухом, сыном и наследником Тамерлана, умершего в 1405 году, было рассчитано на то, чтобы вновь развязать борьбу за османский трон. В 1416 году Шахрух написал Мехмеду, протестуя против убийства его братьев. Мехмед демонстративно предложил оправдание: «В одном государстве не может быть двух падишахов… враги, которые окружают нас, постоянно ищут удобный случай». Шахрух сам пришел к власти только после более чем десятилетней борьбы против других претендентов и, как и его отец, хотел, чтобы государства на его внешних границах были слабыми.
Казалось, что недавно восстановленная власть Мехмеда в Румелии будет вынуждена столкнуться с вызовом, брошенным его братом Мустафой, чьи послы начали переговоры с императором Мануилом и Венецией. Решение Мехмеда назначить айдынского Джунейда для защиты дунайской границы от Валахии оказалось неблагоразумным, поскольку его бывший противник вскоре переметнулся к Мустафе. Тем не менее оба были побеждены, и, когда они искали убежища в византийском городе Фессалоники, император Мануил обязался держать их в заключении в течение всей жизни Мехмеда.
Появление харизматических личностей и их способность привлекать сторонников во времена острых экономических и социальных кризисов было такой же действенной силой в османской истории, как и в европейской. В 1416 году, в том же году, в котором он одержал победу над братом Мустафой, султан Мехмед столкнулся с новым сопротивлением его попыткам управлять балканскими провинциями. Этим восстанием руководил шейх Бедреддин, высокопоставленный представитель исламской религиозной иерархии, родившейся в смешанной мусульманско-христианской семье в городе Симавне (Кипринос), к юго-востоку от Эдирне. Шейх Бедреддин был мистиком. Получив богословское образование в Конье и Каире, он отправился в Арбадил в Азербайджане, который находился под властью Тимуридов и служил местопребыванием мистического ордена Сафавидов. Там он нашел благоприятную обстановку для развития своих пантеистических идей, и в особенности доктрины «единства бытия».
Учение о единстве бытия было направлено на уничтожение противоречий, составляющих основу жизни на земле, таких как противоречия между религиями, а также между привилегированными и неимущими слоями — которые, как считалось, препятствуют единству человека и Бога. Борьба за «единство» поручила мистику важную роль, поскольку именно он, а не ортодоксальное духовное лицо, обладал мудростью, следовательно, миссией вести человека к единению с Богом. Это учение было потенциально губительно для нараставших османских усилий основать путем завоеваний государство с суннитским исламом в качестве религии и своей династией во главе.
В атмосфере противостояния султану Мехмеду шейх Бедреддин, видимо, увидел возможность проповедовать свои убеждения. В 1415 году он внезапно покинул место своей ссылки в Изнике, куда он был сослан после смерти принца Мусы, при котором он занимал пост верховного судьи в Эдирне, и направился в Валахию через Синоп, расположенный на побережье Черного моря. Шейх Бедреддин стал знаменем для тех, кто, как сторонники Мустафы и Джунейда, разочаровались в Мехмеде; основным районом, на который он опирался, был регион «Дели Орман» («Дикий лес»), лежащий к югу от дельты Дуная. Здесь, где междоусобная борьба прошлых лет еще более усилила противоречия, воспринимаемые как результат османского завоевания, он нашел сторонников среди недовольных пограничных властителей и их подданных, чья власть на местах была подорвана введением османского сюзеренитета, равно как и среди других мистиков и крестьян. Материальные интересы пограничных властителей и их воинов были ущемлены, когда Мехмед отменил дарственные на земли, которые шейх Бедреддин пожаловал от имени Мусы во время пребывания в должности верховного судьи.
Шейх Бедреддин писал синкретические послания, а его ученики Бёрклюдже Мустафа и Торлак Кемаль распространяли учение в западной Малой Азии к ужасу османских чиновников. Будучи когда-то терпимым к практике христианства в собственных рядах, на этот раз правительство приняло жесткую позицию, пытаясь опорочить в своих указах тех, кто выражал недовольство языком религии. Понося их как «деревенщин», «невеж» и «негодяев», и государство и его летописцы объявляли вспышки народного недовольства противозаконными и недопустимыми. Эти проявления народного недовольства вынудили Мехмеда направить на их подавление ресурсы и энергию, которые он надеялся использовать более продуктивно для других целей.
