Цвингли пришлось совместно с христианской властью защищать свою Реформацию от сторонников более широкого преобразования всех сфер жизни под знаком Слова Божьего. Приверженцы такого преобразования хотели учредить общину верующих как зримую Церковь на земле и разработали для этого суровый канон поведения, который предписывал крещение взрослых как символ веры, запрещал принесение присяги и военную службу и таким образом ставил под вопрос тесное сотрудничество между церковью и государством. В ходе этой полемики Цвингли упрекал своих противников «анабаптистов, перекрещенцев» (сегодня корректнее называемых баптистами) в высокомерии самозваных святых и разрушении всех человеческих связей. Уже в 1527 г. в Цюрихе был приведен в исполнение первый смертный приговор в отношении некоторых из их вождей. В кантоне же Цюрих и на сопредельных территориях группировки баптистского толка, находившиеся в оппозиции к фискальным требованиям метрополии, все же выжили на протяжении десятилетий.
Реформация в Цюрихе вызвала потрясения прежде всего в структуре Конфедерации. Достаточно рано обнаружилось, что пять внутренних кантонов, — Ури, Швиц, Унтервальден, Люцерн и Цуг — не были намерены участвовать в обновлении веры. Напротив, на тагзатцунгах они требовали от Цюриха искоренения ереси. В 1526 г. они организовали в Бадене диспут, результат которого с учетом допущенных средств доказательства, отбора участников и, конечно, позиции властей был не менее предсказуемым, чем ранее в Цюрихе, с точки зрения желаемого результата, то есть успеха теологов, придерживавшихся старой веры. Их возглавлял профессор Иоганнес Экк из Ингольштадта. Раскол принудил обе стороны к поиску союзников как внутри, так и за пределами Конфедерации, угрожая тем самым ее сплоченности. Цюрих обрел прочную опору внутри союза, когда в 1528–1529 гг. города Берн, Базель и Шафхаузен приняли решение в пользу введения Реформации. Прежде всего в Берне преобразование церковных отношений осуществлялось под бесспорным контролем власти, которая, хотя и была в курсе мнения подданных, в случае сопротивления, однако, не останавливалась перед его подавлением. Кроме того, Цвингли установил контакт с реформатскими имперскими князьями, например, с ландграфом Гессенским Филиппом и другими зарубежными суверенами. За этим стояло намерение в случае необходимости силой оружия принудить староверческую Конфедерацию к принятию истинного учения и тем самым сохранить политическое и религиозное единство союза. Этому противостояла позиция Центральной Швейцарии, отмеченная не менее единодушными притязаниями на истину. Для сохранения своих интересов пять католических кантонов заключили в апреле 1529 г. союз с Австрией.
Несколькими неделями позже под сильным давлением Цвингли Цюрих решился на войну. Территория, принадлежавшая аббату Санкт-Галлен, где большинство общин при поддержке Цюриха присоединились к Реформации, была быстро захвачена. Но в последнюю минуту удалось избежать дальнейшего обострения конфликта. Первая каппельская война закончилась 26 июня 1529 г. благодаря сдерживающему влиянию Берна, заклинавшего противоборствующие стороны старым швейцарским братством. В коллективной памяти она продолжает жить благодаря молочному супу, который представители обеих сторон съели для подтверждения мира. Но благодаря этому была получена не более чем передышка. Положение, согласно которому каждый кантон остается свободным в выборе своего вероисповедания, разочаровало партию Цвингли. А для пяти кантонов унизительными были обязательство взять на себя возмещение военных расходов, а также односторонность урегулирования на совместно управляемых территориях. Там общины хотя и имели право по собственному решению переходить в Реформацию, но не могли возвращаться к прежней вере.
Радикальная группировка цюрихского реформатора продолжала преследовать цель создания реформатской Конфедерации, в том числе и ценой возобновления войны, хотя после неудачи «марбургского религиозного собеседования» это происходило бы без перспективы более широкой поддержки в империи со стороны лютеран. При этом внутри Цюриха решения все в большей степени принимал Большой совет, который в свою очередь созывал все больше специальных комиссий. К неудовольствию умеренных кругов, эти тщательно подобранные органы проголосовали за вооруженный конфликт. В течение 1531 г. в результате такой внутренней поляризации был утрачен консенсус, преобладавший прежде в правящем слое Цюриха, и инициатива все больше переходила к пяти кантонам. Их быстрое продвижение застало врасплох город на Лиммате, войска которого 11 октября 1531 г. потерпели поражение при Каппеле. В числе более чем 500 павших был и Цвингли. Заключенный вскоре после этого мирный договор хотя и полностью изменил соотношение сил, но в целом оказался не особенно жестким. Сохранялся принцип, согласно которому каждый кантон определял вероисповедание, имеющее силу на его территории. Правда, на совместно управляемых территориях теперь оказывали предпочтение приверженцам прежней веры. Католическое меньшинство могло даже поставить вопрос о разделении общины. К тому же были аннулированы особые конфессиональные союзы реформатской стороны, а на Цюрих возложили бремя возмещения военных расходов. Тем самым объемы недвижимости, а также линии фронтов были на долгое время закреплены.
Ситуация в Гларусе и Аппенцелле сделала необходимыми более дифференцированные решения. В Гларусе, где ни одна сторона не смогла завоевать главенствующего положения, сформировалась сложная система, гарантировавшая обеим конфессиям их точно определенное участие в должностных структурах и, кроме того, собственные ведомства. Так как процент католического населения впоследствии снижался, прежде всего именно оно извлекало выгоду из паритета, урегулированного в пяти государственных договорах, заключенных с 1532 по 1683 г. Если таким образом, несмотря на часто возникавшие напряжения, удалось избежать раздела страны, то он стал неминуемым в Аппенцелле в 1597 г. Однако и после этого и католический Аппенцелль Иннерроден, и реформатский Аппенцелль Ауссерроден по-прежнему имели на тагзатцунге один общий голос.
Пока испытание конфессиональным расколом удавалось выдержать, правда, не бескровно, но по сравнению с другими европейскими странами относительно мягко, хотя первоначальная реформатская этика с ее строгим запретом наемничества и ставила под вопрос образ жизни широких слоев населения. Для элиты Центральной Швейцарии служба иностранным государствам, которая после договора 1521 г. шла преимущественно на пользу Франции, была важнейшим средством утверждения своего экономического статуса и тем самым социального престижа или его развития. Представители элит получали так называемые ежегодные платежи (Pensionen), устанавливавшие непосредственную клиентельную связь между «щедрым» королем и благодарными получателями его даров. Do ut des[20] — конкретно это означало, что большие семьи Центральной Швейцарии должны были оказывать своему патрону полезные ответные услуги, например, вербовать желаемые воинские контингенты наряду с сопутствующими этому политическими мерами. Потомки этих родов занимали руководящие позиции в воинских соединениях, посылаемых за границу, и это рассматривалось как нечто само собой разумевшееся. Ежегодные платежи и офицерское денежное содержание делали возможным стиль жизни, который временами, несмотря на все необходимое внимательное отношение к настроениям народа, окрашивался в решительно аристократические тона. В качестве примера можно привести замок семьи А Про из Ури в XVI столетии. Наемничество не в последнюю очередь регулировало также демографический клапан. На годы, а нередко и навсегда, оно лишало сельские общины существенной доли самой беспокойной группы населения. Таким образом наемничество способствовало тому, что в конце «долгого XVI столетия», примерно до 1620 г. вызывавшего в Европе рост цен и численности населения, смягчалась острота все чаще возникавших продовольственных кризисов. Правда, поступление на военную службу в качестве ландскнехтов имело и свои теневые стороны. Именно для простых наемных солдат возвращение в «гражданскую жизнь» часто оказывалось достаточно проблематичным. Отбракованные ландскнехты пользовались дурной славой людей, которые и в повседневной жизни практиковали формы поведения, характерные для войны. Недоверие же своего местного начальства они возбуждали тем, что в других странах набирались опыта чужих обычаев и форм вероисповедания, отличных от здешних. С таким же недовольством относились и к предводителям наемников, ушедшим на покой. Они нередко поддерживали многообразные связи с государями и другими представителями высшей аристократии и были достаточно состоятельными, чтобы приобретать на родине замки наряду с судебной властью. Но так своим «экстравагантным» стилем жизни они угрожали подорвать местные устои.