Неодобрительно отнесся Хорти к вторжению гитлеровских войск в Польшу 1 сентября 1939 года. Венгрия, к неудовольствию рейха, демонстративно объявила о своем нейтралитете. Но в самый разгар боевых действий Хорти вдруг потребовал вернуть Венгрии Трансильванию. Несмотря на это, Венгрия все сильнее втягивалась в орбиту германской внешней политики, что грозило потерей независимости страны.
30 августа 1940 года на основе решений второго Венского арбитража два корпуса 2-й венгерской армии вошли в Северную Трансильванию. Таким образом, и путем международных интриг, и прямым военным вмешательством, совершенным с молчаливого одобрения рейха, Венгрия в течение двух лет присоединила часть своих бывших территорий. Сам Хорти на белом коне въехал в столицу присоединенной Трансильвании Коложвар. Это был его последний триумф.
27 сентября Германия, Италия и Япония подписали Тройственный пакт, а уже через два месяца к этому договору присоединилась Венгрия. В декабре 1940 года Венгрия заключила пакт о вечной дружбе с Югославией. Этим пактом Хорти хотел найти защиту против растущей мощи Германии. Но в апреле 1941 года Гитлер, готовившийся нанести удар по Югославии, потребовал у Хорти пропустить немецкие войска для сосредоточения на венгерско-югославской границе, предложив и Венгрии принять участие в оккупации этой страны. Хорти понимал, что это плата за помощь в присоединении бывших венгерских территорий. Но он был связан договором о дружбе с Югославией, и, кроме того, на запрос о действиях Англии в случае согласия Венгрии на совместную с Германией оккупацию югославских территорий был получен однозначный ответ, что если венгерская армия примет участие в акции, то британское правительство разорвет дипломатические отношения и объявит Венгрии войну.
Хорти, не без нажима генералитета, признал положение безвыходным и решил принять германское предложение. Так в апреле 1941 года Венгрия была втянута в войну на стороне Германии.
4 апреля немецкие войска начали прибывать в Венгрию, а через шесть дней части 3-й венгерской армии вторглись в Югославию. После полной оккупации страны Хорти получил из рук Гитлера часть бывших венгерских территорий.
В начале мая 1941 года начальник венгерского Генштаба генерал Хенрик Верт обратился к Хорти с памятной запиской, в которой обосновал неизбежность военного столкновения Германии и СССР, а через несколько дней Верт направил в правительство подробный меморандум, где доказывал необходимость присоединиться к Германии при вторжении ее в Советский Союз. В планах немецкого командования не предусматривалось участие Венгрии в операции «Барбаросса», и приехавший к Верту начальник ОКХ Гальдер просил венгерскую сторону пока не предпринимать никаких враждебных действий в отношении СССР.
22 июня 1941 года Гитлер напал на Советский Союз, а 27 июня в войну вступила и Венгрия. К этому времени венгерская армия насчитывала 216 000 человек, входящих в 9 корпусов, состоявших в основном из пехотных бригад. На вооружении венгры имели устаревшие модели итальянских танков и около 200 боеспособных самолетов. В СССР была направлена Карпатская группа войск, которая ранее принимала участие в оккупации Югославии. Но за первые четыре месяца боев она потеряла 4000 человек убитыми, 80 процентов танков и 30 самолетов. По требованию Хорти эта группа была отправлена на родину, а в дальнейшем венгерские подразделения были размещены в тылу группы армий «Центр» для борьбы с партизанами.
Весной 1942 года по требованию Гитлера Миклош Хорти был вынужден отправить на Восточный фронт 2-ю венгерскую армию численностью 250 000 человек. Она была включена в состав группы армий «Б» под командованием генерала Вейхса. Немецкое командование не обеспечило венгерскую армию оружием, а с наступлением холодов даже теплая одежда, присланная в армию из Венгрии, была реквизирована немецкими тыловыми службами. В венгерских войсках стали частыми случаи перехода линии фронта для сдачи в плен. В начале февраля 1943 года 2-я венгерская армия прекратила свое существование. Немецкое командование требовало от Хорти прислать на Восточный фронт новые дивизии, но Хорти ответил отказом, заявив, что из имевшихся у него 25 дивизий на Восточный фронт было послано 18 и большая их часть разгромлены.
В начале 1943 года Миклош Хорти стал предпринимать попытки выйти из гитлеровской коалиции. По его поручению премьер-министр Венгрии Миклош Каллаи стал налаживать связи с западными союзниками. Он передал представителям англо-американского командования через Турцию, что Венгрия готова выйти из войны, как только союзные войска достигнут ее границ, но пока, в условиях быстрого наступления частей Красной Армии, Хорти вынужден сотрудничать с Третьим рейхом. С сентября 1943 года между союзниками и Венгрией поддерживалась постоянная связь.
В феврале 1944 года Миклош Хорти просил Гитлера разрешить отвести в Карпаты все венгерские части, действовавшие на Восточном фронте. Оставшуюся армию Хорти решил задействовать для защиты собственной страны от наступающих советских войск, так как на помощь Германии не приходилось рассчитывать. Ответом Гитлера стало приведение в действие плана «Маргарита-1» – оккупация Венгрии. Под командованием генерала Вейхса 11 немецких дивизий 18 марта вошли на территорию Венгрии и, почти не встречая сопротивления, оккупировали всю территорию в течение суток. Сам Хорти укрылся в замке. Вскоре на Восточный фронт была отправлена 1-я венгерская армия численностью 300 000 человек. К началу осени 1944 года в Венгрии была сформирована 3-я армия (110 тысяч человек) и дислоцирована на румыно-венгерской границе, а переформированная 2-я венгерская армия (200 000 человек) была направлена в Северную Трансильванию.
Образованием в августе 1944 года правительства во главе с бывшим командующим 1-й венгерской армией Лакатошем Хорти стремился создать предпосылки для выхода Венгрии из войны. Были возобновлены переговоры с англичанами и американцами. В свою очередь, союзники посоветовали Хорти вступить в непосредственный контакт с СССР.
В начале сентября на расширенном заседании правительства, на котором присутствовали все известные политические деятели Венгрии, была принята резолюция, где признавалось, что «дальнейшее кровопролитие бессмысленно и необходимо добиваться немедленного прекращения войны». Но из-за боязни немецкой оккупации совет министров не принял решения о перемирии, и Хорти стал действовать на свой страх и риск. В Москву была послана делегация для ведения предварительных переговоров об условиях перемирия. Состав делегации Хорти подбирал лично. Он также написал письмо Сталину с объяснениями участия Венгрии в войне против СССР. В начале октября венгерская делегация была принята в Москве, а уже 8 октября ей вручили предварительные условия перемирия. В соответствии с ними Венгрия должна была отвести свои части с фронта, а после подписания перемирия объявить войну Германии и выступить вместе с Красной Армией. После того как от Хорти было получено дополнительное согласие на принятие этих условий, перемирие было подписано. Это событие произошло 11 октября.
В то же самое время в Венгрии нилашисты и гестапо готовились к фашистскому перевороту. Резиденция Хорти была окружена немецкими частями, и под дулами автоматов президента заставили подписать документ о «добровольной» передаче власти в стране Ференцу Салаши. Из 10 венгерских генерал-полковников девять отказались служить Салаши и перешли на сторону Красной Армии. Из 20 генерал-лейтенантов работать на немцев согласились только трое. Сразу после отстранения Хорти от власти весь штаб 1-й армии вместе со своим командующим перешел линию фронта. 18 января 1945 года после трехнедельных боев Будапешт был взят, а через два с половиной месяца вся территория Венгрии была очищена от немецких войск.
17 октября специальный поезд вывез Хорти вместе с семьей и свитой в Баварию в охотничий замок Хиршберг, где он содержался под охраной частей СС. В начале мая 1945 года Хорти был освобожден американцами. Хорти перебывал в различных лагерях для депортированных лиц, размещенных в Германии и Бельгии. Союзники решили не привлекать Миклоша Хорти к уголовной ответственности, но он привлекался к судебному разбирательству для выяснения различных обстоятельств периода войны.
18 декабря 1945 года американские власти отпустили бывшего правителя Венгрии на свободу. Вместе с семьей Хорти прожил еще четыре года в Баварии, а затем уехал в Португалию и поселился в городе Эшторил.
9 февраля 1957 года Миклош Хорти скончался. Он был похоронен в Лиссабоне на английском военном кладбище.
Хорти не смог вернуться на родину. Однако 4 сентября 1993 года в Венгрии состоялась церемония перезахоронения останков Хорти в семейном склепе в Кендереше.
