Среди этих забот и трудов для спасения отечества Дионисий успел поправить и вверенную ему Лавру. Ее башни и стены после осады были полуразрушены; уцелевшие от огня келлии стояли почти без крыши; имения разорены и рабочие разбежались. По ходатайству Дионисия царь подтвердил права Лавры грамотами и повелел возвратить на свои места разбежавшихся крестьян. Деятельностью настоятеля мало-помалу изглаждались следы разорения в обители.
Еще не совсем окончились начатые поправки хозяйства по обители, как преподобный Дионисий должен был начать подвиги для святой веры. Казалось, после столь великих заслуг преподобного для отечества и Лавры наступило для него время отдыха и успокоения. Не то судил Бог. Царь Михаил Феодорович, зная благочестие и ученость Дионисия, поручил ему грамотой от 8 ноября 1616 года исправить Требник от грубых ошибок, которые вкрались от времени. Дионисий и его сотрудники, старец Арсений и священник Иоанн, с усердием и благоразумием занялись этим делом; для пособия, кроме многих древних славянских требников, в числе коих был и требник митрополита Киприана, были и греческие требники. Ошибок найдено множество и иные крайне грубые. «О воплощении Сына Божия в потребниках письменных и в служебниках выхода первых печатей обрелося, яко Отец Бог с Сыном воплотися». Через полтора года представили исправленный ими требник в Москву, на рассмотрение Собора. Собор 1618 года, по наветам врагов преподобного, без вины осудил его как еретика на лишение сана и заточение. Дионисия обвиняли и в том, что «имя Святой Троицы велел в книгах марать и Духа Святого не исповедует, яко огнь есть». Это означало, что исправители полагали сделать перемены в славословиях Святой Троице, оканчивающих собой разные молитвы, а в чине водоосвящения исключали слово «и огнем», как внесенное произволом невежества. В защитительной речи преподобный Дионисий сказал: «Писано во всех требниках письменных старых, в том числе и пергаменных, в молитве: Твоею бо волею от небытия в бытие привел еси всяческая. Ты и ныне, Владыко, освяти воду сию Духом Твоим Святым. Так стоят слова в пергаменных и в бумажных списках и в них нет слова “и огнем”. Так и в списках, присланных из Москвы, — в книге митрополита Киприана (а Киприан митрополит — человек святой, как все знают) и в двух других списках! Так и в греческих книгах! Но не так в Московском печатном служебнике, где напечатано: “Духом Твоим Святым и огнем”. Мы не знаем, с чего напечатано “и огнем”. Мы думали, что напечатано так сообразно с словами евангелиста Луки: Той вы крестит Духом Святым и огнем. Но, зная, что евангелисты Марк и Матфей не сказали “и огнем”, а только — Духом, приняли в основание слова Господа к Никодиму: Аще кто не родится водою и Духом, не может внити в Царствие Небесное. Сам евангелист Лука, предлагая обетование Господа, пишет: имате креститися Духом Святым, но не сказал: “и огнем”. По книге Деяний апостольских, в день Пятидесятницы снисшел Дух Святой на апостолов и явишася им разделени языцы яко огненни; не сказано: “Явились языки огненные,” но — яко огненни. Да и книга Деяний не определяет, в каком виде снисходил Дух Святой на крещающихся. Крещением же огненным означается только испытание огненное». Весьма любопытно и поучительно, что говорил Арсений о прибавке слова «и огнем» в чине Крещения. Из числа 12-ти славянских списков, писал он, в 10 не было этого слева; в одном приписано на поле «и огнем», и в другом то же слово написано выше строки; в печатном же требнике это слово поставлено уже в строке. Вот происхождение прибавлений, за которые так упорно стоят ревнители мнимой старины! Преподобному Дионисию пришлось вытерпеть много и много оскорблений незаслуженных.
Но по всей земле Русской еще бродили шайки литовцев и поляков, так что Дионисий не мог достигнуть места заточения, а потому его возвратили в Москву, заключили в Новоспасский монастырь, морили голодом, томили в дыму бани, заставляли класть каждый день по тысяче поклонов. Преподобный, укрепляемый Господом, не только выполнял наложенную эпитимию, но еще от усердия своего клал другую тысячу поклонов ежедневно. По праздникам его водили, а иногда возили верхом на кляче, еще до обедни, к митрополиту на смирение. Здесь в оковах он стоял на открытом дворе в летний зной до вечерни, не освежаемый и чашей студеной воды.
А грубые злобные невежды всячески ругались над ним, бросали в него грязью. Но преподобный был, как младенец, и все принимал со смирением и утешал братию, страдавшую с ним вместе, говоря: «Не скорбите и не безумствуйте, Господь все видит, мы же страждем за слово истины, и это еще не вечная мука, все минет!» Его обложили пенею в 500 рублей за то, что «Духа Святого не исповедовал, яко огнь есть». Преподобный же, стоя в железах, толкавшим и оплевавшим его говорил: «Денег не имею, да и давать не за что: лихо чернецу то, если расстричь его велят, а если только достричь, то ему венец и радость. Мне грозят Сибирью и Соловками, но я рад тому, это жизнь мне». Когда другие с состраданием говорили: «Что это за беда с тобой, отче?», — он отвечал: «Беды нет никакой, а милость Божия; преподобный Иона, митрополит, смиряет меня по делам моим, чтобы не был я горд. Такие беды и напасти — милость Божия, а вот беда, если придется гореть в гееннском огне; да избавит нас Бог от сего!» И по Москве распустили нелепую молву, будто бы Дионисий и его сотрудники хотят огонь совсем вывести. Чего не выдумают и чему не поверит невежество народное! И что же? Ради сей безрассудной клеветы чернь толпами выходила на улицу, когда на худой лошади везли святого старца из обители или в обитель, чтобы над ним потешаться и бросать в него камнями и грязью; но он, как незлобивый младенец, ни на кого не скорбел.
А главными обвинителями угодника Божия были свои же, троицкие иноки: головщик Логгин и уставщик Филарет. Это были люди крайне дерзкие, невежественные; Филарет от невежества говорил даже богохульные ереси. Их дерзость и прежде доходила до того, что во время богослужения они вырывали из рук архимандрита книги. Случилось однажды, при недостатке певчих, что сам Дионисий, сойдя с клироса, хотел читать первую статию. Логгин же, бросившись к нему, вырвал из рук его книгу и с большим шумом опрокинул аналой, на соблазн всей братии. Преподобный только перекрестился и молча сел на клиросе. Логгин прочитал статию и, подойдя к архимандриту, вместо прощения, начал плевать на него. Тогда Дионисий взял в руки пастырский свой жезл, махнул им, говоря: «Перестань, Логгин, не мешай пению Божию и братию не смущай; можно нам о том переговорить и после утрени». Логгин же до такой степени разъярился, что, выхватив посох из рук Дионисия, переломил его на четыре части и бросил обломки в настоятеля. Заплакал Дионисий и, воззрев к образу Владычню, сказал: «Ты, Господи Владыко, все ведаешь; прости меня грешного, ибо я согрешил пред Тобою, а не он». Сойдя с места своего, стал он перед иконой Богоматери и проплакал всю утреню: ожесточенного же Логгина все братия не могли принудить, чтобы испросил прощения у архимандрита. Уставщик Филарет был другом Логгина. Этот был еще замечательнее. Он иночествовал в обители более 50 лет. Но «от простоты ненаучения мысли мудрования не добраго» имел он в себе, и в одном и том же лице был и темный невежда и дерзкий еретик. Преподобный Дионисий скорбел о Филарете, говорил ему, что многолетние подвиги свои губит он самоволием невежества своего. Оба ожесточенные инока, раздражавшись на святого, писали против него в другие обители, в царствующий град, разные воздвигая на него козни, от которых он много страдал. Вот каковы были его клеветники. «Смею сказать о возводящих на нас неправду, — писал страдавший вместе с Дионисием инок Арсений, — что не знают они ни Православия, ни кривославия, проходят священные Писания по буквам и не стараются понимать смысл их». Каковы и всегда ревнители старой буквы.
Были однако и светлые минуты в жизни великого подвижника, когда после всех понесенных им искушений за чистоту догматов церковных и после мира, на время упокоившего бедствовавшую Россию, сам патриарх Иерусалимский Феофан, в 1619 году присланный вселенскими патриархами для поддержания на Руси Православия, пришел поклониться великому чудотворцу Сергию и подивиться подвигам защитников Лавры. Где еще можно было найти другого Дионисия, другого Авраамия и подобную им братию? Иерусалимский патриарх предложил патриарху Филарету, вернувшемуся из польского плена, облегчить положение преподобного, и в его оправдание указал на греческий требник. Дионисий освобожден был из темницы.
Слышав об обители Преславной Троицы, как во время разорения Московского государства и самого царствующего града то малое место спасено было от польских и литовских народов, удивился патриарх и хотел видеть с желанием сердечным не место, но дивного хранителя места, великого Сергия чудотворца. Когда же пришел в его обитель, архимандрит Дионисий сотворил ему честь, подобающую царскому величеству, и вышел в сретение вне монастыря, во множестве чина священного. Наутро же патриарх пришел служить литургию. Но прежде, отпев молебен, со многими слезами окроплял святой водой образ Живоначальной Троицы и Пресвятой Богородицы и, приступив к мощам чудотворца, велел архимандриту открыть святое лицо Сергия — ужас объял его и затрепетало в нем сердце, когда узрел нетление святого и осязал руки его и ноги.
