Были однако и светлые минуты в жизни великого подвижника, когда после всех понесенных им искушений за чистоту догматов церковных и после мира, на время упокоившего бедствовавшую Россию, сам патриарх Иерусалимский Феофан, в 1619 году присланный вселенскими патриархами для поддержания на Руси Православия, пришел поклониться великому чудотворцу Сергию и подивиться подвигам защитников Лавры. Где еще можно было найти другого Дионисия, другого Авраамия и подобную им братию? Иерусалимский патриарх предложил патриарху Филарету, вернувшемуся из польского плена, облегчить положение преподобного, и в его оправдание указал на греческий требник. Дионисий освобожден был из темницы.
Слышав об обители Преславной Троицы, как во время разорения Московского государства и самого царствующего града то малое место спасено было от польских и литовских народов, удивился патриарх и хотел видеть с желанием сердечным не место, но дивного хранителя места, великого Сергия чудотворца. Когда же пришел в его обитель, архимандрит Дионисий сотворил ему честь, подобающую царскому величеству, и вышел в сретение вне монастыря, во множестве чина священного. Наутро же патриарх пришел служить литургию. Но прежде, отпев молебен, со многими слезами окроплял святой водой образ Живоначальной Троицы и Пресвятой Богородицы и, приступив к мощам чудотворца, велел архимандриту открыть святое лицо Сергия — ужас объял его и затрепетало в нем сердце, когда узрел нетление святого и осязал руки его и ноги.
«О великий Сергий чудотворец! — воскликнул он — Слава святого жития твоего достигла и до востока солнечного: благодарение Содетелю всех Христу Богу, что и на конец века дошедшим людям, верующим в Него, дает упование не отпадать от правил веры, ради молитв Пресвятыя Своея Матери, и вас ради, со всеми святыми подвизавшимися в благочестии». Сказав сие, совершил сам литургию.
По совершении литургии молил его Дионисий совершить успокоение себе и всем пришедшим с ним из Иерусалима, и на трапезе воздана была ему почесть, как царям московским, когда приходят на поклонение в праздники. Святейший Феофан, сидя за обильной трапезой с братией, ничего не вкушал и был неутешен от плача, хотя торжество совершалось с пением ликов. Но патриарх, духом уразумев их печаль, сказал Дионисию и всей братии: «Что смущаетесь? Не скорбите о слезах моих, ибо радостью веселится о вас сердце мое; не ищу я чего-либо вашего, но вас самих, по глаголу Апостола: Вы бо радость моя и венец (1 Фес. 2, 19), ибо здравых вас обрел. Прежде слышали все Церкви Восточные скорбь вашу и труд, какие подъяли за Христа от гонящих вас, ради правой веры, и мне не безызвестно было о всех приключившихся бедах. Ныне же еще нечто прошу у вас видеть, да возвеселюся по желанию моему. Слышал я, что во время беды ратной некоторые иноки обители вашей дерзнули возложить на себя броню и, приняв оружие в руки, ратовать крепко; дайте мне их видеть».
Умилительное зрелище представляла беседа патриарха со старцами — защитниками Лавры, подвизавшимися во время ее осады. Преподобный Дионисий принял было сие требование с недоумением, но подвижники добровольно вызвались: «Яви нас, отче, владыце нашему; буди все по воле его». И представлены патриарху более двадцати иноков, «от нихже первый был именем Афанасий Ощерин, зело стар сый, и весь уже пожелтел в сединах». Патриарх спросил его: «Ты ли ходил на войну и начальствовал пред вои мученическими?» Афанасий ответствовал: «Ей, владыко святый, понужден был слезами кровными». Патриарх спросил еще: «Что ти свойственнее, иночество ли в молитвах особо, или подвиг пред всеми людьми?» Афанасий, поклонясь ответствовал: «Всякая вещь и дело, владыко святый, во свое время познавается: у вас, святых отец, от Господа Бога власть в руку прощати и вязати, а не у всех; что творю и сотворих — в повелении послушания». И обнажив седую голову свою, поклонился ему и сказал: «Известно ти буди, владыко мой, се подпись латынян на главе моей от оружия; еще же и в лядвиях моих шесть памятей свинцовых обретаются; а в келлии сидя, в молитвах, как можно найти было из воли таких будильников к воздыханию и стенанию? А все се бысть не наше изволение, но пославших нас на службу Божию». Патриарх, без сомнения, удовлетворенный дознанием, что над воинственным одушевлением тем не менее господствует дух иноческого благочестия, смирения и простоты, благословил Афанасия, поцеловал его «любезне», и прочих его сподвижников отпустил «с похвальними словесы».
Потом велел патриарх петь конечный молебен Пресвятой Троице и, знаменовавшись у святых икон, подошел ко гробу великого чудотворца, снял с себя клобук и отер им колено Сергия и ноги до подошвы и, подложил под плесна его со многими слезами, приникнув молитвенно ко гробу. А Дионисию велел стоять без клобука, с преклоненной главой, и, взяв свой клобук из-под ног чудотворца, поцеловал и дал целовать архимандриту, возложил руку на его главу. Архидиакон возгласил: «Вонмем», а архимандрит Синайской горы трижды: «Кирие элеисон». Патриарх же, возложив клобук свой на Дионисия с молитвой, благословил и целовал его в уста, с сими словами: «Во имя Отца, и Сына, и Святого Духа, дал я тебе благословение, сын мой, и знаменовал тебя в великой России, среди братии твоей да будешь первый в старейшинстве по благословению нашему, так же и кто по тебе будет, да носит в сем святом месте благословение наше, величаясь и хвалясь нашим смирением и радостно всех извещая: сие им дано знамение, что и патриархи Восточные — поклонники суть сему святому месту, и честь свою перед Святой Троицей оставили, сняв с главы своей память по себе, и положили под ноги великому стражу и блюстителю, богоносному Сергию чудотворцу!» Потом велел петь на обоих клиросах: «Спаси, Христе Боже, отца нашего архимандрита Дионисия» и, обратясь к братии, сказал: «Запишите себе все сие, что совершил я над архимандритом, и если впредь кто из братии нашей придет сюда на поклонение, пусть ведомо будет изволение наше грядущим родам, чтобы и вы не забыли наше смирение и любовь, и памятовали в своих молитвах».
Вся жизнь преподобного была жизнью истинного Божия подвижника. Большую часть времени он проводил в молитве. «Келлия устава не имать», — говаривал преподобный, и в келлии читал Псалтирь с поклонами, Евангелие и Апостол, вычитывал сполна акафисты и каноны; в церкви выстаивая все положенные службы, Дионисий совершал, кроме того, ежедневно по шесть и по восемь молебнов. Ложился спать за три часа до утрени и вставал всегда так, что успевал еще положить до нее триста поклонов. В церкви соблюдал строго церковный устав, сам пел и читал на клиросе, имея дивный голос, так что все утешались, внимая ему: как бы тихо ни читал он, каждое слово было слышно во всех углах и притворах храма. Признательный к благотворителям обители, он требовал, чтобы читались сполна синодики на проскомидии; во время соборного служения все иеромонахи в епитрахилях стояли в алтаре и поминали имена усопших вкладчиков. В каждую утреню обходил он церковь и осматривал, все ли в храме. Он выходил с братией и на работы монастырские. У него были и иконописцы, и мастера серебряных дел. Благородные князья любили его и помогали, но были и такие властолюбцы, которые ему не только не помогали, но и оскорбляли его словом и делом. Это не останавливало однако Дионисия до конца жизни от ревностного обычая строить и обновлять церкви, и после его смерти много осталось утвари, приготовленной им для обновления храмов. Он усердно заботился о храмах Божиих не только в своей обители, но и по селам монастырским, где построено им несколько церквей после польского разгрома. Один из этих храмов в 1844 году был перенесен из села Подсосенья в новооснованный тогда Гефсиманский скит близ Сергиевой Лавры, где и теперь привлекает он всех богомольцев своей изящной простотой. По благословению архимандрита Дионисия и при его собственноручной редакции рукописей был составлен сборник Четьих-Миней.
При нем было в обители 30 иеромонахов и 15 иеродиаконов, а на клиросах стояло до 30 певцов. Каждую утреню сам архимандрит обходил всю церковь со свечой в руках, посмотреть, нет ли отсутствующих, и если кого не было — посылал за ним будилыциков; если же кто действительно был болен, то промышлял об нем как врач духовный и телесный и упокоивал в больнице. Примером своего смиренномудрия он внушил равенство между братией, а подвижническая жизнь его возбуждала и других к подвигам: по его примеру даже старцы почтенные не стыдились ходить звонить на колокольню. В обращении с братией он был кроток и прямодушен, приветлив и терпелив. Он во всем старался подражать великому в своем смирении основателю Лавры преподобному Сергию, и чудотворец видимо помогал ему во всем. «Я, многогрешный, — пишет келарь Симон, — и прочие из братии, жившие с ним в одной келлии, никогда не слышали от него ничего обидного. Он всегда имел обычай говорить: “Сделай, если хочешь”», так что некоторые, не понимая его простого нрава, оставляли без исполнения его повеление, думая, что он оставляет дело на их волю. Тогда добрый наставник, помолчав немного, говорил: “Время, брат, исполнить повеленное: иди и сделай”».
