Даже до вторжения Бонапарта в Египет существовала потенциальная возможность враждебного французского вмешательства в дела Османской империи. По условиям заключенного между Австрией и Францией договора Кампо-Формио (ставшего результатом военных усилий Наполеона в Италии) Франция получила Ионические острова и портовые города южной Албании и Эпира. Благодаря тому, что во владение Франции перешли колонии Венеции в Далмации, она получила общую границу с Османской империей. Французский министр иностранных дел Талейран планировал использовать Тепеделени Али-пашу из Янины и Пасваноглы Осман-пашу с целью свержения султана. Тепеделени Али явно не чувствовал себя настолько уверенно, чтобы отказаться от своей верности Селиму, который, чтобы гарантировать лояльность своего вассала, всячески его поддерживал и обещал вознаграждение. Что касается Пасваноглы Османа, то есть сведения о том, что он не только вступал в переговоры с французами, но в 1798 году установил контакты с русским и австрийским консулами в Бухаресте.
Когда после вторжения Бонапарта в Египет туда было направлено большинство воинских соединений, находившихся в балканских провинциях Османской империи, Пасваноглы Осман оказал поддержку (и не в первый раз) янычарам, поднявшим мятеж в Белграде против Хаджи Мустафа-паши. В действительности этими мятежниками, скорее были плохо дисциплинированные и корыстолюбивые ополченцы, чем надежные, преданные султану боевые части. Дополнительные налоги, которые Хаджи Мустафа счел необходимым ввести для того, чтобы защитить провинцию от мародерства янычар, вызвали протесты среди местных сербов. Пытаясь усмирить сербов после недавней войны с Австрией, Селим незадолго до этого предоставил им некоторую автономию. Приняв самое экономически выгодное решение, Мустафа-паша разрешил сербам в целях самозащиты вооружаться, что еще больше накалило обстановку, и вскоре ему, следуя фетве, изданной старшим священнослужителем Белграда, пришлось разрешить возвращение ранее изгнанных им из провинции янычар и прочих подрывных элементов. До этого они вместе с Пасваноглы Осман-пашой бежали в Видин, а в 1801 году снова взяли под контроль крепость Белград и казнили Хаджи Мустафу. К 1804 году сопротивление ополчению со стороны страдавшего от его действий населения (как христианского, так и мусульманского) было таким, что, согласно официально объявленной правовой оценке последствий, сопротивление бесчинствам ополченцев было законным, а снаряженная турецким губернатором Ниша почти тридцатитысячная армия сербов под командованием Георгия Петровича, также известного как Кара («Черный») Георгий, успешно блокировала крепость Белград. Имели место случаи нападений на другие крепости, занятые янычарским ополчением. Сербы умоляли о помощи Россию, которая предлагала тайно оказать им поддержку, но австрийское правительство оставалось нейтральным: и у той, и у другой державы имелись более неотложные дела в других регионах. Однако сербы из приграничных районов Австрии все-таки пришли на помощь своим осажденным соплеменникам.
Местных христиан и мусульман объединяла общая цель, которой было избавление от засилья янычар, но Стамбул вскоре оказался настолько встревожен успехами сербов, что направил против них армию — что было обычной реакцией на чрезмерные амбиции провинциальных властей. Сербы под командованием Карагеоргия, вышли победителями из противостояния и взяли под свой контроль всю провинцию. В конце концов 6 января 1807 года они заняли крепость Белград. Теперь, когда войскам Османской империи противостояли православные сербы (а не дискредитировавшее себя местное ополчение), казалось, что Россия впервые получила самые благоприятные условия для того, чтобы вторгнуться на Балканы, действуя в интересах своих единоверцев. С конца 1806 года Россия вела войну с Османской империей за контроль над Молдавией и Валахией, а в июне 1807 года она направила своего посланника в Белград, поручив ему посредничество на переговорах о соглашении с сербскими властями. Решив связать судьбу со своими православным покровителем, сербы согласились принять российских военных советников и разместить в провинции русские гарнизоны. Самим сербам была обещана конституция. Однако полномасштабная интервенция, которая уже казалась неизбежной, так и не осуществилась: среди положений Тильзитского мирного договора, заключенного между Россией и Наполеоном в 1807 году, было и предложенное французами посредничество между Россией и Османской империей, которое серьезно мешало русским оказывать поддержку православным подданным султана.
Сербское восстание нашло отклик в Австрии, поскольку население ее граничивших с турками балканских провинций преимущественно было славянским и православным. Австрия была католической империей, и обеспечение лояльности населения, считавшегося католической церковью схизматиками, было вопросом особой важности для Вены, опасавшейся, что «их вера [заставляет] их искать защиты у русского царя». Освященный веками компромисс между католическим правительством и православными подданными, примером которого была униатская церковь (адепты которой признавали папу римского своим духовным владыкой, но сохраняли православную литургию и обряды), теоретически еще сохранялся, но каждый раз, когда угроза османского завоевания ослабевала (например, в 1718 году после заключения Пожаревацкого договора), католическая церковь получала большую свободу действий, и тогда православные христиане подвергались преследованиям, их свободы, связанные с вероисповеданием, еще больше урезались, а беженцы, которые после войны переходили границу и перемещались на север, возвращались в свои прежние дома, находившиеся на территории Османской империи. Так повторялось снова и снова: например, незначительное участие Австрии в войне 1737–1739 годов привело к очередной волне репрессий против православного населения, в которых на сей раз приняли участие иезуиты, и принудительным обращениям в католичество, одного слуха о которых было достаточно для того, чтобы начались волнения в приграничных областях и возобновились побеги на османскую территорию (и провоцируемые русскими агентами побеги на российскую территорию). К 70-м годам XVIII столетия проходившая через Балканы граница Австрии с Османской империей представляла собой находившуюся под строгим контролем укрепленную линию, протянувшуюся от Адриатики до Карпат. Но когда Россия активизировала свое участие во внутренней политике этого региона, удерживать границу под контролем стало более чем проблематично. Император Иосиф II лелеял надежду, что политика религиозной терпимости и заключенный в 1788 году союз Австрии с Россией обеспечат лояльность православных подданных, а его преемник, Леопольд II, в период с 1790 по 1792 год отменил все законодательные акты, которые их дискриминировали.
Восстание сербов не только заставило вновь усомниться в лояльности православных подданных Австрии, но и воскресило призрак славянского национализма, объединявшего православных славян с их католическими собратьями в южной Венгрии, Словении и Хорватии, которые были недовольны тем, что Австрия не вмешалась на стороне восставших, и при любой возможности помогали своим братьям-славянам. Теперь австрийское правительство было озабочено тем, что своекорыстные интересы общности южных славян могут вступить в противоречие с их религиозной разобщенностью, тем самым поставив под сомнение лояльность даже тех католиков-славян, которые защищали южные рубежи империи Габсбургов, там, где она граничила с Османской империей. У турок тоже было много причин опасаться тех, кто заявлял о славянской общности.
На протяжении XVIII столетия православные дунайские княжества (расположенные в нижнем течении Дуная, между Османской и Российской империями) привлекали к себе все более пристальное внимание России по мере того, как войны, в которых участвовали турки, Россия и Австрия, постепенно ослабляли влияние Османской империи в этом регионе. В силу сложившейся традиции правящая элита этих княжеств выдвигала своих кандидатов на пост князя-правителя, но система рухнула в 1711 году, после того как на сторону Петра Великого перешел молдавский князь Дмитрий Кантемир, который надеялся на то, что в ходе войны 1710–1712 годов Россия одержит победу над сюзереном Кантемира, султаном Ахмедом III. Князь Валахии Константин Бранковяну (последний правитель этого княжества, выдвинутый местной элитой) не стал оказывать помощь Петру на Пруте. Вместо этого он передал имевшиеся у него запасы османской армии, но впоследствии пал жертвой честолюбивых замыслов преемника Кантемира в Молдавии, Николаса Маврокордато (отец которого Александр был одним из тех, кто принимал участие в заключении Карловицкого договора), и в 1714 году был казнен в Стамбуле вместе со своими четырьмя сыновьями и советником. Их головы были выставлены напоказ перед воротами дворца Топкапы. После этого в истории княжеств наступил длившийся столетие «фанариотский» период, когда греки, выходцы из богатой и влиятельной купеческой и банковской общины стамбульского района Фанариот (который по-турецки назывался «Фенер» и в котором с 1587 года находилась резиденция православного патриарха), стали предпочтительными кандидатами на посты князей-правителей, осуществлявших свои полномочия и окруженных великолепными дворами в Яссах (Молдавия) или в Бухаресте (Валахия).
