Преемником шейха Заир аль-Омара, который был самым влиятельным аристократом северной Сирии, стал человек совсем иного склада. Джезар Ахмед-паша, босниец по национальности, прибыл в Каир в 1756 году в составе сопровождения итальянского перебежчика, трижды занимавшего пост великого визиря, а затем ставшего губернатором Египта, Хекимоглы («Сын врача») Али-паши. Он стал членом семьи Булуткапана Али-бея, но в 1769 году оставил службу и впоследствии отличился тем, что пришел на помощь клану Шихаб, когда Бейрут был взят в осаду шейхом Заиром. В 1775 году он получил в качестве награды пост губернатора Сидона, на котором оставался до самой своей смерти в 1804 году, и держал под своей властью значительную часть Сирии (помимо этого, его в 1785 году назначили губернатором Дамаска). Он контролировал доходы региона, которые главным образом приносила торговля хлопком и зерном. Тщетными оказались попытки центрального правительства ограничить его власть, поручая ему управлять такими удаленными от его финансовой базы в Сирии провинциями, как Босния. Но какими бы ни были опасения Стамбула относительно его квазиавтономии, он в своих взаимоотношениях с султаном педантично соблюдал все формальности, в том числе ежегодно переводил денежные средства в центральную казну и обеспечивал безопасность передвижений паломников. Он смог это делать, подчинив себе местные воинские формирования, которые отличались большой строптивостью. В годы правления Джезара Ахмед-паши экономика Сирии была на подъеме, поскольку доходы от торговли обеспечили развитие таких городов, как Акра, Бейрут и в особенности Сидон. Сам он построил множество зданий в Акре, где находилась его резиденция: шесть мечетей, два базара и множество караван-сараев, фонтаны, бани и водяные мельницы.
Мир и экономическое процветание пришли в Египет в середине XVIII столетия, когда могущественная группировка Каздоглы стала самым влиятельным семейством этой провинции. То было время, когда множество новых зданий возводилось в Каире и других центрах правителями, которые поначалу довольствовались той степенью автономии, которой они обладали в Османской империи. С 1760 года главой семейства был Булуткапан Али-бей. Предпринятое им в 1771 году вторжение в Сирию, с целью добиться еще большей независимости от Стамбула, указывает на величину ресурсов, которые были в его распоряжении, и на неспособность Стамбула ему помешать. Впрочем, все закончилось неудачей по причине того, что его предал Мехмед-бей Абу аль-Дхахаб.
К 1786 году обстановка нестабильности и снижения безопасности в Египте побуждала центральное правительство вмешаться и восстановить порядок в провинции, которая после смерти Булут-капана Али-бея в 1773 году и Мехмед-бея Абу аль-Дхахаба в 1775-м оказалась расколотой по причине соперничества враждующих группировок. Два других члена семейства Каздоглы (Ибрагим-бей и Мурад-бей) с трудом делили власть. Не так давно они сместили двух турецких губернаторов, не переводили денег в центральную казну и подозревались в сотрудничестве с Россией. Более того, пострадавшие от их рук французские купцы просили султана пресечь нападения Мурад-бея на их церкви и угрожали обратиться к французскому правительству с просьбой вмешаться, если султан ничего не сделает. Стамбул поручил Джезар Ахмед-паше сделать доклад о положении в Египте. В своем докладе Джезар Ахмед дал описание Каира и сельской местности, а также вооруженных сил Египта и порекомендовал султану направить военную экспедицию, чтобы восстановить власть центрального правительства и улучшить организацию управления Египтом:
Чтобы предпринять такую экспедицию, будет достаточно направить из Газы всего двенадцать тысяч солдат… а времени на все это путешествие [до Каира] потребуется восемьдесят три часа. Во время перехода… новый губернатор Египта под любым предлогом должен будет постоянно делать подношения солдатам для того, чтобы заручиться их поддержкой, так как с древних времен египтяне были отъявленными лжецами и предателями. Хорошо известно, насколько разнообразными были уловки и хитрости, которые применялись против древних царей и князей… Помимо выполнения других обязательных предварительных условий, этот губернатор должен прибыть в Египет заблаговременно, оставаться там в течение нескольких лет и принимать участие во всех важных делах этой провинции.
В 1786 году были направлены военно-морские силы под командованием главного адмирала Кезаирлы Хасан-паши, но это закончилось стратегическим отступлением, после того как высаженные им войска не смогли припереть к стене смутьянов, которые отступили в удаленные районы провинции, а в следующем году, когда была объявлена война России, адмирала отозвали в Стамбул. Ибрагим-бей и Мурад-бей были помилованы султаном и продолжали пополнять свои финансовые ресурсы за счет доходов провинции. Обстановка неопределенности, царившая в 80-е и 90-е годы XVIII столетия, отрицательным образом сказалась на доходах французских купцов в Египте.
Предпринятое в 1798 году вторжение Бонапарта в Египет заставило турок испытать такое же глубокое потрясение, какое они испытали в 1770 году, когда русская эскадра появилась в Эгейском море. Французы дали вполне рациональное объяснение своему вторжению на территорию государства, формально считавшегося дружественным. Они сделали заявление в духе османской дипломатии, в котором утверждали, что являются «врагами врагов султана», то есть вздорных семейств, которые столь ненадлежащим образом правили Египтом. Бонапарт надеялся на то, что как только стоявшие во главе этих семейств продажные военные лидеры будут смещены, народ восторженно примет новый режим, который французы намеревались установить. Джезар Ахмед-паша дал султану схожие рекомендации, отличавшиеся тем, что их целью было восстановление власти Стамбула, а не насаждение власти Парижа.
Джезар Ахмед-паша доказал свою преданность Османскому государству и свою ценность, когда в 1799 году Сирия оказалась под ударом Бонапарта. В ноябре 1798 года Бонапарт заверил Джезар Ахмеда в своих мирных намерениях, но потом выступил в направлении Сирии, с целью помешать возможному соединению войск под командованием Джезар Ахмеда с экспедиционными силами, которые Османская империя могла направить на помощь Египту. К середине марта 1799 года Бонапарт подошел к Акре. Некоторые из имевшихся в этом районе соперников Джезар Ахмеда присоединились к французам, которые блокировали Акру, но ему оказала поддержку британская эскадра, в состав которой входили два крупных военных корабля. Осада продолжалась до прибытия османского флота и конвоя. Это обстоятельство в сочетании с распространением чумы среди французских войск повлияло на решение Бонапарта отступить, что и было сделано в ночь с 20 на 21 мая.
Сами турки потерпели поражение от Бонапарта в бухте Абукир, когда в июле 1799 года там была высажена армия. Но уже в августе Бонапарт тайно покинул свое новое завоевание и направился во Францию. После его отъезда стало сложно удерживать Египет. Представители низшего духовенства не верили обещаниям французов уважать ислам и сосредоточили свои усилия на создании широкой оппозиции. Вскоре французская армия столкнулась с угрозой восстания. В самом Каире французское правление удалось восстановить только весной 1800 года, после осады этого города, продолжавшейся несколько недель. В марте 1801 года британские и османские войска высадились в бухте Абукир, а сухопутная армия под командованием великого визиря, пройдя через Сирию (то есть двигаясь тем же маршрутом, который в 1517 году Селим I выбрал для завоевания Египта, находившегося под властью мамлюков), подошла к Египту. Каир был окружен, французы капитулировали, и британцы удерживали Египет до тех пор, пока он не был возвращен туркам по Амьенскому договору 1802 года.
Группировки, не поддержавшие французов, пользовались благосклонностью британцев, которые, как турки и французы, считали установление независимой власти в Египте труднодостижимой целью. Изможденное борьбой кланов и войной население оказалось в ужасных условиях, которые после ухода британцев в 1803 году не сразу улучшились. Тщетными оказались попытки назначенного Стамбулом губернатора создать современную армию по французскому образцу, и в 1803 году он был вынужден бежать по причине мятежа, вспыхнувшего в одном из албанских полков, который входил в состав османских экспедиционных сил, направленных в Египет два года назад с целью изгнать оттуда французов. Неудавшиеся попытки восстановить порядок стали причиной того, что молодой командир этого полка, некий Мехмед Али из находившейся на северном побережье Эгейского моря Кавалы, сумел перехитрить всех остальных претендентов на власть, и в 1805 году Стамбул не нашел ничего лучшего, чем назначить его на пост губернатора.
Такое решение оказалось отнюдь не кратковременной мерой. Вскоре Мехмед Али успешно подавил противодействие, которое ему как губернатору оказывали кланы, боровшиеся за то, чтобы восстановить то высокое положение, которое они занимали до 1798 года. Он учредил свой собственный двор, пригласив к себе родственников и верных союзников с родины. То ли в ответ на искренность султана, то ли по причине того, что он не отличался своекорыстием, но губернатор Египта признавал за султаном исключительное право чеканить монету и то, что его имя упоминается в пятничных молитвах. Более того, он направлял в Стамбул излишки египетской казны. Вскоре Мехмед Али превратился в образцового слугу османского государства.
