Александр, понимая, что персидская конница может атаковать его на открытой местности, двигался вместе с армией в полной боеготовности; за авангардом следовали уланы и 500 легких пехотинцев, а затем фаланга двойной глубины с эскадронами тяжелой конницы с обоих флангов и обозом, державшимся поблизости. Однако персы заняли оборонительную позицию на дальнем берегу реки Граник; берег был крутой, но около воды имелась узкая низина. Растянутый строй конницы удерживал высокий берег, а пехота, насчитывавшая почти 20 тысяч наемников, выстроилась позади нее на плоской равнине. Александр решил атаковать немедленно. Хотя переправа через реку была трудной задачей, Александр увидел, что персидская диспозиция не дает врагу возможности воспользоваться огромным численным преимуществом в коннице, а пехота вообще не в состоянии участвовать в битве. Атакуя развернутым строем, он надеялся охватить строй персидской конницы, а кроме того, пробить в этом строю брешь своими лучшими отрядами. Поэтому он построил армию на своем берегу, поставив фессалийскую, греческую и фракийскую конницу на левом фланге под командованием Пармениона; пехотные батальоны в центре с гипаспистами с правой стороны; мощный правый фланг соответственно слева направо составляли уланы, пеонийская конница, гетайры, лучники и агрианяне. Крайним левым эскадроном конницы гетайров, рядом с пеонийцами, был эскадрон Сократа, который в тот день согласно очередности должен был возглавлять боевой порядок. Рядом с эскадроном Сократа находились Александр и его телохранители. Персидские командиры, заметив Александра, блистающего в своем шлеме с белыми крыльями, собрали напротив него свою лучшую конницу.
Когда прозвучали рога, в реку первым бросился эскадрон Сократа, за ним пеонийская конница, уланы и соседний батальон гипаспистов. Пересекая реку в плотном строю, они забирали вправо, чтобы остальная часть правого крыла, только что вошедшая в воду, не оказалась обойдена с крайнего правого фланга. Когда эскадрон Сократа и конница, находившаяся левее него, приблизились к другому берегу, персидская конница начала сверху метать в них дротики, а некоторые всадники во главе с Мемноном спустились в низину. Многие из передовых македонян, пытаясь выбраться на берег, были убиты или ранены, но Александр и гетайры уже были рядом и закрепились на берегу. Началась рукопашная схватка, похожая на бой гоплитов; македонская конница напирала плотным строем, и более крепкие копья македонян и их доспехи позволили им одержать верх. Александр пробился вперед, сбросил с коня Митридата, зятя Дария, и чуть не был зарублен сам. Его спасли лишь крепкий шлем да Клит, поспешно пришедший на помощь. Затем подошла основная масса конницы и, смешавшись с агрианянами, которые ранили или убивали вражеских лошадей, прорвалась через строй врага. Конница слева от Александра оттеснила вражеский центр, а фессалийская кавалерия на левом фланге разбила противостоящие ей силы. Битва конницы закончилась потерей тысячи персидских и около 90 македонских всадников. Когда персидская конница обратилась в бегство, пехота оказалась открыта для ударов со всех сторон. Поскольку большинство пехотинцев были греческими наемниками, Александр не щадил их, и в плен были взяты лишь 2 тысячи человек.
После битвы Александр посетил раненых македонян и выслушал рассказы об их подвигах. Из взятых в плен греков он отпустил лишь фиванцев, а остальных приговорил к каторжному труду за предательство Греческой лиги. 300 доспехов он отослал в Афины, велев посвятить их Афине со словами: «Захвачено у азиатских варваров Александром, сыном Филиппа, и греками, за исключением Спарты». Победа открыла дорогу в Малую Азию. Александр прошел по прибрежным землям, отправив отдельные отряды занять Сарды и другие города, перешедшие на его сторону, а проперсидскую олигархию в Эфесе заменил демократией, не позволив демократам уничтожить, как обычно, своих противников. Так он вышел на главную персидскую дорогу, ведущую в Сузы, но в первую очередь его заботил персидский флот из 400 кораблей, который приближался по морю к Милету. Александр первым достиг Милета. Его флот блокировал вход в гавань, а сам он взял город штурмом, пока персидский флот стоял поблизости у мыса Микала. В этот момент Александр распустил почти весь греческий флот, заявив, что разгромит персидский флот на суше, захватив его материковые базы. Поскольку острова пришлось оставить без защиты, персидский флот занял Самос, а позже – Хиос. Александр воспользовался оставшимися у него кораблями, включая 20 афинских трирем, для перевозки осадного обоза к Галикарнассу, который храбро защищали Мемнон и Оронтопат, сатрап Карии, с сильным гарнизоном наемников. Когда город после многочисленных штурмов лишился надежды на спасение, Мемнон бежал морем, а Оронтопат удалился в глубь страны, где продолжал сопротивляться до 332 г. В середине зимы 334/33 г. Александр отправил на родину в отпуск некоторых недавно женившихся македонян, приказал Пармениону переместить свою базу во Фригию, а сам вел войну в Ликии и Памфилии, дойдя до Перге. Оттуда, повернув в глубь материка, он прорвался через Писидию во Фригию и встретился с Парменионом в Гордионе.
В 336 г. силы Пармениона и Аттала вторглись в Малую Азию, чтобы от имени Македонии и Греческой лиги освободить греческие города от власти персов. Они изгнали представителей персидской власти – как правило, тиранов или олигархов – из Хиоса, Лесбоса и Эфеса. В 334 г., когда Александр снова освободил Эфес, он изгнал оттуда олигархов и отправил своему полководцу Алкимаху приказ смещать в эолийских и ионийских городах олигархии, отдавать власть демократам, восстанавливать местные законы и отменять дань (phoros), в прошлом выплачивавшуюся Персии. В Приене Александр посвятил храм Афине Полиаде, подчеркивая в письме от «царя Александра», что приенянам возвращены «свобода и независимость». Освобожденные города на островах и материке начали чеканить монету и заключать договоры как независимые государства. Однако их свобода имела некоторые ограничения: Александр не позволял демократам уничтожать своих противников ни в Эфесе, ни где-либо еще; а позже, в 332 г., приговор, вынесенный в лесбосском Эресе демократами некоторым тиранам, мог вступить в силу лишь после согласия Александра, так как его целью было примирение и согласие (homonoia). Не собирался Александр и устанавливать повсюду демократии. На Родосе у власти осталась олигархия, возможно, потому, что она не вела активной проперсидской деятельности. Поскольку устав Греческой лиги налагал ограничения на межпартийную борьбу в государствах – членах лиги, Александр как гегемон лиги во время войны действовал в соответствии с духом, а может быть, и буквой устава.
Островные государства входили в состав Греческой лиги, заключая соглашения с «Александром и греками», и поэтому должны были делать взносы (syntaxeis) на ведение войны. Хиос, например, в 332 г. обязан был направить 20 кораблей во «флот греков», а предатели подлежали суду Греческой лиги. Определить, вступили ли в Греческую лигу греческие города азиатского побережья, мешает недостаток свидетельств. Вполне вероятно, что они остались вне лиги. Им было бы трудно обеспечить свое фактическое представительство в Совете лиги, а вследствие их большого числа лига стала бы неповоротливой. Кроме того, их проблемы были связаны с соседними землями, на которые не распространялась юрисдикция лиги, а некоторые города и села были населены и греками, и варварами. Греческие города на азиатском побережье в любом случае должны были делать взносы (syntaxeis) на ведение войны, если только Александр не избавлял город от этой повинности – как он поступил с Приеной. В случае неповиновения города Александр обходился с ним более сурово. Эфесу было приказано отправить в храм Артемиды ту дань, которую он платил царю царей. Аспендос должен был не только выплатить контрибуцию, но и оказался среди негреческих общин, обложенных «данью (phoros) в пользу Македонии».
В туземных областях Александр оставлял персидскую систему управления с небольшими, но важными изменениями. Земля, принадлежавшая царю царей, теперь становилась землей Александра, царя Македонии (он старался использовать царский титул в Азии, где это было обычной практикой, но не в Греции). Он претендовал на нее по праву завоевания от имени себя и Македонии, а не Греческой лиги. Коренные народы платили ему ту дань (phoros), которую ранее требовал с них Дарий, и становились подданными Александра и его сатрапов. В Карии Александр сделал сатрапом царицу-мать Аду, признавшую его как своего сына. В других местах он назначал сатрапами македонян из числа гетайров, но, по крайней мере в одном случае, разделил власть, которая при персах принадлежала одному человеку: в Сардах, столице Лидийской сатрапии, поставленный Александром губернатор имел гражданскую власть и распоряжался небольшими силами; другой чиновник управлял всеми финансами, а третий командовал гарнизоном в цитадели. Монетные дворы, учрежденные Александром в Лампсаке и Сардах, где в его руки попала персидская казна, а позже в Тарсусе и Милете, находились под управлением македонских чиновников. Хотя политический и экономический статус коренных народов остался неизменным, Александр выступал в роли освободителя от тирании, так как возвращал этим народам право исповедовать собственную религию и соблюдать местные обычаи, что персы нередко запрещали. Поселян он призывал возвращаться на свои земли и не позволял армии опустошать и грабить страну во время наступления. Репутация Александра как милосердного завоевателя летела впереди него в Сирию, Финикию, Кипр и Египет.
