Основное содержание деятельности Избранной рады — это попытка реформировать управление государством, привести в порядок законодательство и судебную систему, упрочить финансы, упорядочить военную службу и тем самым повысить боеспособность войска, изыскать возможности поступления в казну новых доходов, расширить источники старых. По своему смыслу реформы отвечали интересам мелкого и среднего служилого дворянства и были не совсем позитивно встречены крупной феодальной аристократией. Княжеско-боярская знать, являвшая в те времена реальную политическую силу, в целом разделявшая все принципы самодержавия, опасалась, тем не менее, потерять свои права и привилегии, в первую очередь, на соучастие в управлении государством. Представители самых знатных родов и фамилий, крупнейшие земельные магнаты вовсе даже не выступали против централизованной единоличной власти, как это иногда представляется некоторыми толкователями прошлого. Время удельного сепаратизма кануло в Лету, и наша отечественная аристократическая верхушка была не так наивна, чтобы лелеять мечту о возрождении этого архаизма. Все ее стремления сводились к сохранению своего положения при царской особе, а в последних реформах нового правительства молодого царя привилегированное сословие разглядело покушение на это положение.
Но царь не мог не понимать, что ему в его деятельности не обойтись без крупной феодальной верхушки, в руках которой сосредоточена основная масса материального богатства страны, и в своих первых реформах, как и во все последующие годы, он будет лавировать, пытаясь найти компромисс между высшим сословием и средним служилым классом. Компромиссом отдает и вся программа его реформ, как и состав самой Избранной рады был выражением примирения различных слоев тогдашнего московского общества.
Намеченная царем и его новым кабинетом программа действий впервые была оглашена 27 февраля 1549 года на общем с Боярской думой собрании выборных от служилых и «всякого чина людей» Московского государства, а также духовенства. Этим было положено начало новому высшему правительственному органу — Земскому собору, или Великой земской думе. Дальнейшие созывы Земского собора не отличались регулярностью, но прочно вошли в практику московских государей, когда им требовался совет в проведении важных политических мероприятий. Такие соборы не ограничивали самодержавную власть, а носили лишь совещательный характер. Важным результатом работы первого Земского собора стали принятые им меры по расширению прав дворянства и ограничения прав крупных земельных магнатов. Служилые дворяне отныне и навсегда освобождались от подсудности местных властей, находившихся в руках крупных вотчинников, и по всем судебно-административным вопросам переходили непосредственно в ведение царской администрации. Мера эта ослабляла власть на местах бояр-наместников, но укрепляла позиции среднего служилого класса.
Одним из достижений правительства молодого царя стало составление нового свода законов вместо устаревшего Судебника времен Ивана III. Работа над новым Судебником завершилась в 1550 году, и он имел подобие своего предшественника, но при этом пытался привести законы к требованиям текущего дня. В целом новые законы не противоречили давно сложившейся системе государственного управления и лишь упорядочивали деятельность некоторых ее органов. Например, строго регламентировались судебные и финансовые права местной власти, как и средства контроля над ней. Строго оговаривались штат местных административных органов и порядок разбирательства дел на местах. Важным положением нового судебника была отмена торговых привилегий у местной феодальной знати и передача права сбора торговой пошлины в руки царской администрации. Отменялись податные льготы с монастырских владений.
В то же время новый Судебник предусматривал выборность местных служилых людей в земские органы власти, чем продолжил развитие заложенной в Земском соборе идеи представительства в административно-управленческом аппарате.
Не могла реформаторская деятельность молодого царя и его нового кабинета не задеть церковной сферы, в которой к тому времени назрело много спорных вопросов как по поводу претензий духовенства на участие в государственном управлении, так и по поводу имущественных прав церкви. Здесь положение самодержавия было двояким. С одной стороны царская власть всегда была заинтересована в поддержке духовенства, поскольку церковь играла самую важную роль в сознании всех слоев московского общества. Но с другой стороны гарантией полного союза с церковью могли быть только властные и имущественные уступки царя. Заручиться мощной поддержкой церковных иерархов значило для престола поделиться с ними своей властью и открыть им широкий доступ к материальным богатствам страны. А вот это уже шло вразрез с намерениями царя.
Для разрешения спорных проблем, назревших в церковной области, в мае 1551 года по инициативе царя в Москве собрали собор духовных иерархов. Этот собор, ставший важным событием в истории русской церкви, получил название Стоглавого, так как его решения составили 100 глав. На соборе царь поднял старый вопрос об имущественных правах церкви, вопрос, который поднимал в свое время великий князь Иван III.
Одна из сторон, отстаивая идею аскетизма в среде духовенства, осуждала наличие у него материальных богатств, другая, напротив, настаивала на необходимости для церкви иметь крупные материальные средства. Понятно, что светская власть поддерживала первых, но на церковном соборе 1503 года, когда великий князь поставил вопрос о лишении церкви земельных владений, он и его сторона потерпели полное поражение. Приблизительно то же самое случилось и теперь, спустя почти пятьдесят лет. На Стоглавом соборе большинство духовенства во главе с митрополитом Макарием встало против царя, объявив право церкви на земельные владения незыблемым. Отстаивавшая противоположные взгляды партия во главе с одним из самых главных советников царя, протопопом Сильвестром, оказалась в меньшинстве. Царь не решился пойти на прямой конфликт с церковью, и по вопросу церковного имущества был достигнут некоторый компромисс, но по сути дела явившийся поражением царской стороны. Собор давал право монастырям приобретать и продавать земельные наделы, но с разрешения царской власти. Кроме того, на монастыри накладывались некоторые новые формы налогов.
Но, несмотря на уступку церкви в ее имущественных правах, царь добился на Стоглавом соборе многих своих целей. Главное для Ивана IV было заручиться поддержкой его реформ со стороны духовенства, и в этом царь преуспел. Оставив за церковью ее вотчинные права, царь взамен получил от собора согласие с его новым Судебником и признание князьями церкви других его нововведений в области государственного управления. Но идея лишения церкви ее главного источника материальных богатств не оставила царя, она будет преследовать его до тех пор, пока он не возьмет реванш за свой неуспех на соборе 1551 года. Ровно через тридцать лет, в 1581 году, в условиях неудач на западном фронте, после ряда тяжелых поражений на полях сражений Ливонской войны Иван Грозный на очередном соборе добьется приговора, запрещающего церкви приобретать вотчины.
Одним из новшеств царя Ивана первых лет его царствования стала военная реформа. Ее цель — укрепление вооруженных сил, состояние которых во многом определяло успехи или неуспехи во внешней политике. Самым необычным, можно сказать революционным начинанием в военной реформе, стала попытка ограничить местничество, то есть давно утвердившийся и продолжавший существовать на тот момент порядок назначения на командные посты лиц, согласно «породе», когда занимаемую в армии должность определяло происхождение. Лишним будет говорить о том, что в этом направлении реформаторства Грозный добился меньшего, чем в любом другом. Местничество изживется еще очень не скоро, и хотя оно и будет несколько поколеблено в последующие времена, а решение Земского собора 1682 года официально даже совсем его отменит, по-настоящему уйдет в небытие только с реформами Петра I. А до тех пор в течение еще полутора столетий воеводский чин или ранг командира будет определяться знатностью его рода.
Другой особенностью военной реформы было создание первого в российском государстве постоянного воинского соединения. Как известно, в те времена и еще долго потом, войска собирались только на случай войны и распускались после окончания военных действий. Теперь для надежной опоры самодержавной власти было решено разместить для постоянного пребывания, или как тогда говорилось «испоместить», в столичном уезде «избранную тысячу», для чего была отобрана тысяча человек дворянского звания, которым предоставлялись поместья в окрестностях Москвы. Эта тысяча стала чем-то вроде личной царской гвардии и была призвана стать ядром дворянского ополчения, которое также на постоянной основе планировалось создать в будущем.
