Заметив, что положение персидской армии стало еще более затруднительным, скифские цари направили к Дарию посланца с дарами. Прибыв в лагерь царя, он вручил Дарию птицу, мышь, лягушку и пять стрел. На вопрос персов, что означают эти дары, посланец ответил, что ему приказано только вручить дары. Если же персы достаточно умны, они должны сами понять их смысл.
На совете, собранном Дарием для обсуждения присланных скифами даров, мнения персидских военачальников разделились. Сам Дарий полагал, что этими дарами скифы отдают себя под его власть и приносят ему в знак покорности по персидскому обычаю землю и воду. Царю приглянулось объяснение, предложенное тысячником Оронтопагом. По его словам, мышь живет в земле и питается как человек ее плодами; лягушка же живет в воде, птица же больше всего похожа по быстроте на коня. А стрелы означают, что скифы отказываются от сопротивления. Против такой расшифровки скифского «письма» выступил Гобрий, один из приближенных Дария. По его словам, скифы хотели сказать персам: «Если вы, персы, как птицы, не улетите в небо, или как мыши, не зароетесь в землю, или как лягушки, не поскачете в болото, то не вернетесь назад, пораженные этими стрелами». Однако поскольку Гобрий и раньше выступал против похода персов в Скифию, Дарий и его окружение отнеслись к сказанному им с недоверием.
Между тем скифы предприняли попытку воплотить свои угрозы в реальность и собрались дать решительное сражение персам. Однако когда скифская пехота и конница уже построились для боя, через их боевые порядки неожиданно пробежал заяц. Позабыв о сражении, скифы, смешав ряды, с криками бросились за зайцем в погоню. Узнав, в чем дело, Дарий, по словам Геродота, обратился к своим приближенным: «Эти люди (то есть скифы) глубоко презирают нас, и мне теперь ясно, что Гобрий правильно рассудил о скифских дарах. Я сам вижу, в каком положении наши дела. Нужен хороший совет, как нам безопасно возвратиться домой». Эпизод этот, к слову, не выглядит фантастично, если вспомнить, что у многих европейских племён заяц считался вестником неудачи. Сходясь в битве с опаснейшим врагом, скифы вполне могли отказаться от неё ввиду неблагоприятного знамения.
Несостоявшееся сражение со скифами окончательно убедило персидского царя в бесперспективности дальнейшей войны, поскольку ему не удалось навязать скифам войну по своему плану. Продолжать поход в этих условиях становилось бессмысленным, и Дарий после совещания со своими полководцами принял решение начать отступление.
В ту же ночь персы как обычно зажгли огни. Затем, оставив слабосильных (то есть раненых и всех неспособных к длительному маршу) воинов и всех ослов на привязи, персидская армия покинула лагерь. Персы поспешно выступили по направлению к Истру. Но нельзя было допустить, чтобы оставленные воины раньше времени поняли, что их бросают на произвол судьбы, и подняли крик, который мог бы привлечь внимание скифов. Потому Дарий объявил им, что персидское войско выступает из лагеря для того, чтобы напасть на скифов. Дабы еще больше ввести оставшихся воинов в заблуждение относительно своих истинных намерений, персидский царь поручил им охранять лагерь. Привязанные к привязи ослы и мулы персов всю ночь своими криками отвлекали внимание скифов, создавая у них иллюзию присутствия в лагере главных сил персидской армии.
На следующий день скифы обнаружили, что персы перехитрили их. Заняв оставленный лагерь персидского царя, они нашли там брошенных больных воинов Дария. К тому времени те поняли, что их бросили на произвол судьбы. Умоляя о пощаде, они рассказали скифам о бегстве персидской армии ночью. Узнав таким образом, что Дарий ускользнул, скифы, объединив все свои силы, бросились к Истру догонять персов. Полагая, что персы отступают по кратчайшему пути, скифы также двинулись к реке по короткой дороге. Однако персидское войско плохо знало местность и, боясь заблудиться, обратный путь к переправе шло по своим следам. Поэтому по дороге скифы разошлись с персами и прибыли к переправе первыми, намного опередив отступавших. Не найдя на берегу никого, кроме по-прежнему охранявших мост ионян, скифы направились к ним. Так как срок, в течение которого греки обещали Дарию охранять переправу, истек, скифы вновь обратились к грекам с предложением разрушить мост и отплыть на родину. Если бы им удалось осуществить задуманное, уничтожить персидскую армию не составило бы большого труда. Узнав от скифов о судьбе персидской армии, греки стали совещаться. Мильтиад, тиран Херсонеса Фракийского, предложил послушаться скифов и разрушить мост. В этом случае греки могли бы освободить находившиеся под персидской властью свои города, расположенные на побережье Малой Азии. Ведь после гибели армии Дария и самого персидского царя его империя неизбежно бы развалилась. Против предложения Мильтиада выступил Гистией, тиран Милета. Он напомнил собравшимся, что их власть держится во многом лишь благодаря поддержке персидского царя. Ведь каждый греческий город всегда предпочитает демократическое правление тираническому. Гистией предложил разобрать часть моста с тем, чтобы скифы не смогли напасть на переправу и не попытались силой перейти на южный берег Истра. В то время как скифы поверили бы, будто греки согласились с их требованиями, сами греки остались бы на месте и ждали возвращения персидского войска. Участники совещания, большинство из которых вначале были готовы поддержать Мильтиада, согласились с планом Гистиея.
Греки разобрали со стороны скифов мост на расстоянии примерно полета стрелы, сделав вид, что собираются его разрушить. Одновременно Гистией предложил скифам не дожидаться, пока мост будет разобран, а отправиться на поиски персов. Он призвал кочевников отомстить тем «за нас (греков) и за себя, как они того заслуживают».
Поверив, что греки разрушают мост, скифы пошли навстречу отступающей персидской армии. Но, как и прежде, им не удалось обнаружить никакого присутствия персов. Согласно Геродоту, объяснялось это тем, что скифы в поисках неприятеля шли по «таким частям своей страны, где был корм для коней и вода, думая, что и враги отступают теми же путями. Однако персы шли, держась раннее проложенных троп, и только таким образом (да и то с трудом) нашли переправу».
Выйдя к месту переправы через Истр ночью, персы не обнаружили моста и решили, что он разрушен. Известие об этом посеяло в их рядах панику. Вскоре, однако, ошибка обнаружилась. В предрассветных сумерках стало видно, что мост разрушен лишь на небольшом расстоянии от берега, а на реке по-прежнему стоят греческие корабли. Однако тут же выяснилось, что переправиться на спасительный южный берег воины Дария все равно не могут. Охрана моста спала, и бывшие на судах греческие тираны не заметили приближения персидского войска. В этот решающий момент спас положение сам Дарий. В войске царя был один египтянин, который имел зычный голос. Дарий приказал этому египтянину встать на берегу и, повернувшись в сторону греческих кораблей, крикнуть имя милетского тирана Гистиея. Разбуженный громкими криками египтянина, Гистией увидел стоявшее на берегу Истра персидское войско. По его приказу греки быстро подогнали свои корабли к берегу и восстановили недостающую часть моста, по которому на противоположный берег немедленно стала переходить персидская армия. По сообщению некоторых древних авторов, Дарий был настолько напуган преследованием скифов, что приказал разрушить мост еще до того, как по нему переправились все войска персов. Оставшиеся на северном берегу Истра персидские войска, скорее всего, были уничтожены скифами. Поняв, что греки обманули их, скифы прониклись к ионийцам особенным презрением. Отныне они считали их покорными рабами персов — настолько покорными, что не желают даже бежать.
Таким образом, поход Дария против скифов закончился для него бесславно. Однако, даже потерпев сокрушительное поражение, персидский царь явно не считал свое дело проигранным. Лучшие и наиболее боеспособные персидские войска уцелели. Вернувшись после похода в Азию, Дарий оставил во Фракии 80-тысячную армию под командованием одного из лучших своих военачальников Мегабаза. Последнему было приказано продолжить завоевание фракийских племен и греческих городов побережья. В случае необходимости эта персидская армия должна была отразить нападение на Фракию также скифов. А при более благоприятных обстоятельствах она была способна и нанести собственный мощный удар по владениям кочевников за Дунаем. Во Фракии была создана новая персидская сатрапия Скудра (то есть «Скифская»), и Дарий претенциозно отчитывался в своих надписях о покорении «заморских саков».
Итак, даже изгнав армию Дария из своей земли, скифы не могли чувствовать себя в безопасности. Война между ними и персами продолжалась. Однако скифам было ясно, что в одиночку сокрушить персов им не удастся. После похода Дария надежд на помощь племен лесной полосы не было. Посему скифы решили поискать союзников на стороне и обратились за помощью к враждовавшим с персами грекам.
