С подписанием «Хартии» сотрудничество между НАТО и Украиной значительно интенсифицировалось. В Киеве стали осуществлять свою деятельность офицеры связи НАТО. 11 ноября 1998 г. на заседании «Комиссии НАТО — Украина» получила большую поддержку государственная программа сотрудничества между Украиной и НАТО, ранее одобренная президентом Л. Кучмой. В конце ноября того же года украинская делегация представляла программу сотрудничества с НАТО на 1999–2001 гг. В декабре 1998 г. эта программа получила поддержку со стороны НАТО. В мае 2002 г. был принят новый документ, призванный еще больше активизировать двусторонние связи. В настоящее время эти отношения, действительно носят всесторонний характер, охватывая не только наиболее важные стороны военно-политического взаимодействия, но также касаются и ряда других областей.
Сотрудничество Украины и НАТО, становясь все теснее, не может не затрагивать интересов безопасности России. В 2000 г. было ратифицировано совместное соглашение, в соответствии с которым разрешалось присутствие иностранных военнослужащих на территории Украины во время военных учений. В 2002 г. во время визита Дж. Робертсона в Киев между Украиной и НАТО подписан меморандум о поддержке операций и учений НАТО на украинской территории. Оценивая тогда весь комплекс отношений с Украиной, Робертсон заявил, что для НАТО эти связи более существенны, чем с Россией, особенно в военной сфере и миротворческой деятельности.
17 марта 2004 г. Верховная рада ратифицировала Меморандум о взаимопонимании между правительством Украины и штабами верховных главнокомандующих объединенных вооруженных сил НАТО в Атлантике и в Европе, который предоставляет право быстрого доступа войск альянса на территорию страны. Это соглашение допускает транзит всех видов войск НАТО через украинскую границу и временное размещение военных баз альянса на территории страны. Согласно документу, Украина обязалась предоставить силам НАТО всю необходимую техническую информацию, медицинскую и другую помощь. Военная техника альянса в случае необходимости может передвигаться по территории страны на основании общего разрешения, что не предусматривает осуществления специального контроля за ее передвижением. После этого решения украинского парламента войска НАТО фактически получили доступ к границе с Россией. По этой причине существует опасность того, что Украина может стать плацдармом для ведения военных операций НАТО против соседнего государства.
7 июня 2004 г. в кулуарах неофициальных консультаций НАТО и Украины на высоком уровне в Варшаве министр обороны Украины Евгений Марчук и адмирал Мигель Фернандес, представляющий в Европе верховного главнокомандующего ОВС НАТО, подписали меморандум о понимании по стратегическим средствам воздушной переброски. Речь идет об использовании силами НАТО украинской военно-транспортной авиации. Генеральный секретарь НАТО Яап де Хооп Схеффер, председательствовавший на церемонии подписания соглашения, высоко оценил важность этого документа, который упростит рассмотрение вопроса об использовании Североатлантическим союзом украинских средств для воздушной переброски военных грузов.
Проведение военной реформы на Украине осуществляется при самом активном участии НАТО. Более того, согласно положениям Белой книги МО Украины военное строительство в республике будет вестись согласно требованиям и стандартам НАТО. Судя по официальным сообщениям, «Комиссия НАТО — Украина» обращает особое внимание на повышение оперативной совместимости между войсками альянса и украинскими ВС и проведение военной реформы в стране. Совместная рабочая группа по военной реформе входит в общую структуру партнерства НАТО — Украина. Эта группа дает НАТО и Украине возможность обсуждать широкий круг проектов, направленных на содействие Украине в проведении военной реформы.
Предполагается осуществить постепенный перевод ВСУ на стандарты НАТО. Достигнута договоренность о том, что с помощью Израиля и Болгарии Украина осуществит модернизацию по натовским стандартам 217 самолетов «Миг-29», хотя Россия выступает категорически против этого. Согласно планам проведения военной реформы, к началу 2006 г. численность вооруженных сил будет сокращена до 200 000 военнослужащих. Кроме того, предполагается осуществить формирование новой, современной оборонной инфраструктуры. Возможно, что после проведения всех этих мероприятий начнется новый этап сотрудничества между Украиной и НАТО, который будет опираться на общие стандарты военной политики Киева и Брюсселя.
Необходимо отметить особый интерес Запада к украинскому ВПК, который связан с его масштабами. В наследство от СССР Украине досталось более 2 тыс. предприятий, занимающихся производством оружия. Приватизация оборонных предприятий, возможно, приведет к тому, что их новыми собственниками станут американские бизнесмены, которые позаимствуют все самое ценное для производства вооружений в США, а технологические цепочки с российскими оборонными предприятиями оборвутся. Сближение Украины с НАТО, вероятнее всего, приведет к закрытию ряда украинских оборонных заводов, так как новым источником поступления техники и вооружения для украинской армии станут западные производители, прежде всего американские.
Проведение совместных учений вооруженных сил альянса и Украины является важным направлением военной реформы. Для проведения военных маневров на территории Украины в марте 1999 г. Яворовский полигон был преобразован в учебный центр программы «Партнерство ради мира». Кроме этого полигона, существует только шесть других подобных центров в Австрии, Румынии, Словении, Турции, Швейцарии и Швеции. Эти центры предлагают странам НАТО и их партнерам курсы и учебные средства для проведения совместных военных учений. Учения «Кооперейтив адвенчер эксчейндж — 2002» были одними из наиболее крупных, проводившихся на Яворовском полигоне. На этих учениях были собраны подразделения мобильных сухопутных сил стран НАТО и их партнеров в рамках предполагаемой операции по поддержанию мира.
Развитие военного сотрудничества Киева и Брюсселя уже привело к тому, что Черное море фактически превратилось во внутренний водоем Североатлантического альянса. Вот лишь некоторые из проведенных НАТО маневров в акватории Черного моря. В учениях «Кооперейтив партнер-2000», которые проходили с 19 июня по 1 июля, принимали участие десять членов НАТО и шесть стран-партнеров, которые взаимодействовали вместе с силами постоянной военно-морской группы НАТО в Средиземном море и постоянной противоминной группы НАТО. В ходе учений «Кооперейтив партнер-2003» морские и десантные силы из восьми стран НАТО и государств-партнеров отрабатывали навыки проведения совместных миротворческих операций. В этом мероприятии участвовали свыше 5000 военнослужащих, 43 корабля и 17 самолетов. Кроме того, для участия в учениях были привлечены соединения военно-морских сил НАТО в Средиземном море и минно-тральных сил альянса «Юг». В рамках программы «Партнерство ради мира» особое место занимают командно-штабные учения «Щит мира-2005», которые традиционно проходят на двусторонней основе — с участием украинских военных и американских.
Подразделения украинских ВС принимают участие в миротворческих акциях, которые осуществляются НАТО. На заседаниях «Комиссии НАТО— Украина» ее вклад в возглавляемые альянсом операции на Балканах, в особенности участие украинской вертолетной эскадрильи и польско-украинского батальона в деятельности КФОР, получил высокую оценку. Хотя формально НАТО не участвует в разрешении иракского кризиса, однако украинский контингент вместе с частями и подразделениями большинства членов альянса решал возложенные на него задачи. Согласно оценке, которая была дана генеральным секретарем НАТО еще во второй половине 90-х гг., уровень военного сотрудничества является беспрецедентным для взаимоотношений НАТО с Украиной. К настоящему времени эта характеристика не только не утратила своей актуальности, но и приобрела еще большее значение.
Адаптация к новым условиям и реструктуризация украинской оборонной промышленности представляют собой один из важных аспектов военной реформы, в которой принимает активное участие Североатлантический альянс. В частности, Управление НАТО по оборонной экономике разработало конкретные проекты по конверсии военных баз и переподготовке военнослужащих, уволенных в запас. К числу конверсионных проектов, подготовленных при участии специалистов НАТО, следует отнести технико-экономическое обоснование перепрофилирования бывшей военной авиабазы в Узине, к югу от Киева, а также проект безопасной ликвидации 133 000 тонн боеприпасов и 1,5 млн ед. стрелкового и легкого оружия. Проект по ликвидации украинского арсенала противопехотных мин был начат в январе 2002 г. с целью их демонтажа в производственном цикле Донецкого химического комбината. Последние из 400 000 противопехотных мин были уничтожены 27 мая 2003 г. в Донецке.