комиссии вошли также окольничий А. П. Клешнин, бывший дядька царя и тесть Г. Ф. Нагого, и дьяк Елизарий Вылузгин, курировавший территорию бывшего Углического княжества.
Получив назначение, Василий Иванович стал действовать быстро и энергично. Уже вечером 19 мая он прибыл в Углич, имея представление о том, что следует расследовать (по дороге он выяснил некоторые обстоятельства происшедшего у встречавших его угличан). Поэтому уже утром допрашиваемым задавали также вопросы: «Которым образом царевича не стало и что за болезнь была у него? Почему были убиты государевы люди во главе с дьяком М. Битя-говским? Для чего на убитых клали вымазанное куриной кровью оружие? Против кого Нагие призывали угличан к восстанию?» Данные вопросы свидетельствовали о том, что князь Василий уже понял суть произошедших в Угличе событий. Ответы свидетелей должны были обличить Нагих в организации восстания против государевых людей и, значит, против царской власти.
Первыми для допроса вызвали самых важных горожан: брата царицы Михаила Федоровича Нагого, ее родственников, городового приказчика Русина Ракова, представителей местного духовенства. Саму Марию Нагую члены комиссии не имели права допрашивать. Из всех допрошенных только Михаил Нагой заявил, что царевич Дмитрий был убит людьми дьяка Михаила Битяговского и за это угличане расправились и с самим дьяком, и его помощниками, и родственниками. Вызванный для очной ставки Русин Раков не подтвердил эту версию и своими показаниями заставил усомниться в ее правдивости. Он заявил, что в момент смерти царевича Михаила не было во дворе дворца, где разыгралась трагедия. Царицын брат прибежал позднее со своего подворья, где пьянствовал с друзьями. Услышав крики сестры, он умышленно стал натравливать угличан на дьяка Битяговского, с которым имел неоднократные стычки по поводу сбора налогов в царскую казну и выполнения государственных повинностей жителями Углича. (Нагие хотели безнадзорно властвовать в уезде, но дьяк им это не позволял.)
После этого для обличения неправды Михаила были вызваны другие свидетели: его родственники и очевидцы гибели Дмитрия, в числе которых были мамка В. Волохова, кормилица И. Тучкова, постельница М. Колобова и мальчики-жильцы, с которыми играл царевич. Все они говорили одно и то же: Дмитрий вместе с мальчиками играл в «ножички». Игра состояла в том, что необходимо было в броске ткнуть нож в очерченный на земле круг. Внезапно, когда в руке царевича находился острый нож, с ним случился приступ «падучей болезни», т. е. эпилепсии. Руки его начали судорожно двигаться, в одной был крепко зажат острый нож; во время падения Дмитрия на землю нож случайно вонзился в горло и, видимо, повредил сонную артерию. Когда начался припадок, все присутствующие будто оцепенели, и только когда Дмитрий упал, Ирина Тучкова бросилась к нему и подхватила на руки. Он еще был жив, но вскоре умер. Тут только все закричали от ужаса. На крики прибежала царица Мария. Увидев бездыханного сына, она без всякого разбирательства набросилась на Василису Волохову и стала избивать ее поленом. Потом она сорвала с ее головы платок (опростоволосить замужнюю женщину означало нанести ей страшное оскорбление) и стала кричать уже собравшимся угличанам, что царевича убили люди дьяка Битяговского: его сын Данила, племянник Никита Качалов и Осип Волохов, сын Василисы. В это время, на свою беду, во двор вошел дьяк Михаил Битяговский, чтобы узнать причину переполоха. Разгоряченные словами царицы угличане набросились на него и убили. Потом они ринулись на подворье Битяговских и в дьяческую избу, где обнаружили Данилу Битяговского и Никиту Качалова. Их тут же убили. Позднее нашли и Осипа Волохова. Он также стал жертвой ярости разбушевавшейся толпы.
Допрошены были и другие Нагие. Григорий не подтвердил версии Михаила о том, что царевич Дмитрий был убит людьми государева дьяка. Андрей сообщил об особенностях болезни царевича, о частых приступах, во время которых мальчик пытался покусать всех, кто был рядом с ним. Это объясняло то, что во время приступа во дворе никто не решился сразу прийти ему на помощь. Представители духовенства что-либо пояснить не могли, поскольку не были очевидцами происшедшего. В целом за несколько дней было допрошено больше 150 человек. Наиболее ценные показания были записаны и заверены. Многие из них дошли до наших дней в составе Угличского следственного дела. В ходе допросов В. И. Шуйский понял, что Мария и Михаил Нагие умышленно дезинформировали угличан, чтобы расправиться с ненавистным им государевым дьяком и его родственниками. Поняв, что со смертью царевича они навсегда лишаются возможности оказаться у царского трона, всю свою злобу и отчаяние они выместили на ни в чем не повинных людях. Поэтому после завершения следствия члены комиссии вызвали царицу и ее родственников к церкви и с помощью свидетелей обличили их неправду.
21 мая Дмитрий был похоронен в местном соборе — без особых почестей, поскольку как самоубийца он не имел на них право, потом Шуйский с комиссией со всеми расспросными речами и челобитными, в том числе и царицы Марии, отбыли в Москву. 2 июня на расширенном заседании Боярской думы в присутствии царя и патриарха Иова состоялось слушание итогов работы следственной комиссии. Материалы зачитывал дьяк В. Щелкалов. На все поставленные В. И. Шуйским вопросы были подучены такие ответы: царевич Дмитрий покололся сам во время приступа падучей болезни; Нагие во главе с царицей навели напраслину на государевых людей, и те были невинно убиты; восстание угличан носило явно выраженный антиправительственный характер. В итоге Мария и ее родственники были признаны виновными и в том, что плохо следили за больным царевичем и разрешили ему играть в опасную игру. Из-за их «небрежения» мальчик погиб. Кроме того, они стали подстрекателями антиправительственного восстания в Угличе, в ходе которого погибли невинные государевы люди. Боярская дума постановила: царицу Марию постричь в монахини и сослать на Белоозеро, ее родственников лишить всех званий, имущества и отправить в тюрьмы в маленькие поволжские городки. Некоторых особенно виновных угличан казнили, других отправили в Сибирь. В городе был снят вечевой колокол, и с этого времени Углич «запустел».
Поскольку В. И. Шуйский вполне добросовестно выполнил свою работу и ее результаты оказались благоприятными для царя Федора и его администрации (они снимали подозрение в причастности кого-либо к умышленному покушению на жизнь царевича), то некогда опальный князь вновь стал желанным гостем во дворце. Его приглашают на праздничные пиры и торжественные приемы. Зимой 1591 года Василий Иванович получил важное назначение — возглавить оборону Новгорода Великого в случае обострения отношений со Швецией. После успешного. Ругодивского похода царя Федора на русско-шведской границе было очень неспокойно. В подчинении у Шуйского оказались видные представители знати — В. В. Голицын и М. Г. Салтыков. Только в 1595 году после подписания мирного договора со Швецией
