князь Василий смог вернуться в Москву. Он вновь становится активным участником придворной жизни. В 1596 году вместе с братом Дмитрием присутствует на праздничном пиру в Новодевичьем монастыре. На приеме персидского посла в Кремле занимает среди бояр второе место после князя Ф. И. Мстиславского. Возможно, более низкое положение, чем у Шуйского, не слишком устраивало Годуновых, но они были вынуждены смириться. Весной 1596 и 1597 годов на Береговой службе В. И. Шуйский возглавлял второй по значимости полк Правой руки (самый главный Большой полк возглавлял Ф. И. Мстиславский). Князь Т. Р. Трубецкой, Гедиминович, пытался было местничать с Василием, но доказать свою большую знатность не смог.
Все это свидетельствует о том, что в последние годы правления Федора Ивановича В. И. Шуйский считался одним из наиболее знатных людей государства и занимал в армии и при дворе очень высокое место. Но вступить в схватку за престол со всесильными Годуновыми он не мог. Главные рычаги по управлению страной находились в их руках. К тому же по завещанию царя Федора его наследницей была объявлена царица Ирина, и только она, отрекшись от престола, могла назвать имя своего преемника и благословить того на царство. В. И. Шуйский, естественно, в число таких людей не входил.
Оставшись в стороне от придворных интриг после смерти царя Федора Ивановича в январе 1598 года, князь Василий сумел сохранить свое прежнее высокое положение и при новом государе — Б. Ф. Годунове. Более того, он даже вошел в число царских родственников, поскольку его брат Дмитрий был женат на сестре новой царицы — Марии Григорьевны. Старшие представители рода Шуйских уже не посылались на дальние воеводства, не участвовали в Береговой службе. Они все время при дворе, на царских пирах и приемах. Борис, видимо, уважал В. И. Шуйского за глубокие знания и цепкий ум, поэтому поручал ему распутывать очень сложные местнические споры. Так, в 1600 году он разбирал спор между активным спорщиком П. Н. Шереметевым и князем Ф. А. Ноготковым, в 1602 году — между постоянно борющимся за свою честь князем Ф. И. Лыковым и Ю. Г. Пильемовым. Следует отметить, что в первом случае П. Н. Шереметев выиграл спор, во втором случае он не был разрешен, поскольку для судей его существо было не слишком понятно: одного из спорщиков назначили воеводой Шацка, другого — Рязани, что было почетнее — неизвестно.
В 1600 году уже самому В. И. Шуйскому с братом Дмитрием пришлось отстаивать родовую честь в споре с князем И. Н. Одоевским. Последний потерпел полное фиаско.
Несомненно, что при Б. Ф. Годунове Шуйские входили в процарскую группировку. Во время званых обедов среди князей и бояр В. И. Шуйский с братом Дмитрием занимали соответственно вторые и третьи позиции, их брат Александр — шестую, опережая С.В. и И. В. Годуновых. Правда, через некоторое время имя В. И. Шуйского из разрядов исчезает. Его не приглашают ни на торжества, связанные с приездом первого жениха царевны Ксении шведского принца Густава, ни на приемы иностранных послов. Его место в полку Правой руки занимает недавно получивший боярство князь М. П. Катырев-Ростовский. В 1600 году Василия вновь отправляют на почетное воеводство в Новгород Великий. Возможно, он мешал Годуновым и брату Дмитрию занимать первые строчки в придворной иерархии. Только в 1601 году В. И. Шуйский вновь первый воевода полка Правой руки, в руководстве войском у него снова второе место, после Ф. И. Мстиславского.
В мае 1602 года В. И. Шуйского приглашают в Москву. Можно предположить, что его воеводство было как-то связано с делом Романовых. Через умершую жену из рода Репниных он состоял с ними в родстве. Князь мог оказаться в опале и за то, что был против столь массовых репрессий по отношению к самым знатным людям государства. Поэтому, когда ссыльных Романовых и их родственников стали возвращать из отдаленных мест, получил возможность вернуться в столицу и князь Василий. Уже в сентябре он участник встречи второго жениха царевны Ксении — датского принца Иоганна. Пригласили его и на пир по поводу этого события. Вскоре царю Борису очень понадобилась помощь Шуйского. В Речи Посполитой объявился самозванный царевич Дмитрий, который собирал войско для похода на Москву для возвращения «отчего престола». Князь Василий должен был убеждать всех в том, что настоящий царевич давным-давно умер и похоронен в Угличе. Его выступления на Лобном месте некоторых убеждали, но другие полагали, что хитрый боярин просто желает угодить царю Борису.
Когда Лжедмитрий I вторгся в пределы России, В. И. Шуйский находился в Москве. Его место во главе полка Правой руки занял брат Дмитрий. Войском же по-прежнему руководил Ф. М. Мстиславский. Однако в декабре 1604 года в битве под Новгородом-Северским царская армия потерпела жестокое поражение. Мстиславский был тяжело ранен, а Д. И. Шуйский не смог достойно его заменить. В итоге самозванец праздновал победу. В этой критической ситуации царь Борис решил во всем положиться на князя Василия Ивановича. Ему было поручено возглавить новое войско и дать бой лжецаревичу. В сражении под селом Добры-ничи он с блеском показал свой полководческий талант.
В то время многие русские воеводы имели смутное представление о военной стратегии и тактике. Главным залогом успеха считались быстрота, внезапность и натиск. Именно с их помощью одерживал свои победы Лжедмитрий. Князь Василий, видимо, узнал об этой особенности тактики самозванческой армии, поэтому решил заманить ее в ловушку. В его распоряжении было только три полка: Большой, Правой и Левой руки, а также достаточно мощная артиллерия. Ее было решено разместить в Добрыничах сзади полков, чтобы противник заранее не догадался о ее существовании. Предполагалось, что безрассудный лжецаревич нападет первым и будет стараться действовать быстро, чтобы разметать полки. Так и случилось. Запорожские казаки с остервенением набросились на полк Правой руки, намереваясь зайти в тыл Большого полка. Это им удалось, но за русскими полками они были встречены мощным залпом артиллерии. Для казаков это оказалось полной неожиданностью — в страхе они повернули назад и столкнулись со своей же конницей и буквально смяли ее. В самозванческом войске началась всеобщая паника. Увидев это, В. И. Шуйский приказал русским полкам ударить по врагу. Семь верст преследовали они редеющую армию, безжалостно расправляясь с бегущими. К сожалению, самого Лжедмитрия не удалось захватить, но все его пушки, знамена и многочисленное вооружение стали добычей победителя.
Конечно, Василий понимал, что достигнутый успех следует развивать и окончательно добить противника в его последнем логове — Путивле. Но действовать самостоятельно он не имел права. Главнокомандующим оставался раненый Ф. И. Мстиславский, приказы о наступлении приходили из Москвы. Царь Борис хотя и не смог лично возглавить поход против своего соперника, но регулярно слал грамоты с различными указами. В итоге В. И. Шуйский со своими полками провел в бездействии остаток зимы сначала под Рыльском, потом — под Кромами. При осаде этих маленьких
